和汉代经学不同，魏晋玄学开创者何晏、王弼宣扬以“无”为世界万物本源的本体论。《晋书·王衍传》说：“魏正始中，何晏、王弼等祖述《老》《庄》，立论以为：天地万物皆以无为本。无也者，开物成务，无往而不存者也。阴阳恃以化生，万物恃以成形。贤者恃以成德，不肖恃以免身。故无之为用，无爵而贵矣。”认为“无”的开展成就了一切事物，阴阳也依靠“无”才能化生万物。“无”甚至对人生的处世，成全德行，免于祸殃都有决定作用。何晏说：“有之为有，恃无以生。事而为事，由无以成。”（《列子·又瑞》张湛注引《道论》）王弼也说：“天下之物，皆以有为生，有之所始，以无为本。”（《老子·四十章注》）这里是避开了老子哲学的最大难题：宇宙究竟如何能由“无”生“有”呢？何晏、王弼是由老子的宇宙生成论转而着重讲宇宙本体论了。
王弼认为这个宇宙本体，就是统摄万有、赅总一切的宗主。他说：“夫众不能治众，治众者至寡者也。夫动不能制动，制天下之动者，贞夫一者也。……品制万变，宗主存焉。”（《周易略例·明彖》）“无形无名者，万物之宗也。”（《老子·十四章注》）“无”是宇宙万物的宗主。
玄学家把本体“无”也叫做“道”。王弼说：“万物皆由道而生。”（《老子·三十四章注》）“道”是产生万物的本源。关于宇宙的本源问题，《老子》上下两篇说法不尽一致，《老子·第四十章》说：“天下万物生于有，有生于无。”而《老子·第二章》说是“有无相生”，有无同出于道，道超乎有无而为有无之本。何晏、王弼则认为“无”就是“道”，“无”才是万物的根本。王弼还用《老子》的道的观点解释孔子讲的“志于道”即政治理想的“道”：“道者，无之称也。无不通也，无不由也，况之曰道，寂然无体，不可为象。是道不可体，故但志慕而已。”（邢昺《论语注疏·述而》引《论语释疑》）把孔子的道改造为无体超象的、万物无不由之产生和通达的世界本体。
王弼对《周易》十分重视，因为《周易》是讲天道的，而且文字艰涩简略，可以任意发挥。例如，他就着意抓住大衍之数作出了自己的解释。他说：“演天地之数，所赖者五十也。其用四十有九，则其一不用也。不用而用以之通，非数而数以之成，斯《易》之太极也（一作大极）。四十有九，数之极也。夫无不可以明，必因于有，故常于有物之极，而必明其所由之宗也。”（韩康伯：《易系辞注》引《大衍义》）大衍之数中不用的“一”，表示统一，即无形的本体，也就是太极；“四十九”，表示多，是数的极限，即有形的万物。“一”是非数，“四十九”是数，“不用而用以之通，非数而数以之成”。万物都不是独立的实体，而由“不用”、“非数”的“一”得以通达和生成，依靠它才能存在和发挥作用。同时，太极（“一”）就是“有物之极”（“四十九”），太极并不是在万物之外另有实体，而是在万物中间孕育万物。“无”是不能用无来说明的，必须通过“有”才能表现自己，所以又常常要在有形的事物上，指出它所根据的宗主就是那个无形的本体。对于大衍之数，尤其是对于大衍之数中的“一”以及“一”和“四十九”的关系的论述，关乎于宇宙生成变化的根本看法，涉及哲学的基本问题。王弼的体用说，和汉代经学把“一”和“四十九”都看为数，“一”与“四十九”分为二截，体用相分，是大相径庭的。
《老子》讲的道和《周易》讲的道不同。《老子》的道是宇宙万物的本源，《周易》的道约指变化的规律，而《老子》的道则和《周易》的太极相当，于是王弼把两者沟通和等同了起来，说道或太极是万物的本体。同时王弼又和《老子》、《周易》不同，认为道、太极和万物是体用关系，而不是先有道、太极，然后依次相生出天地、阴阳、四象……王弼认为天地并没有开端，天地是太极的体现。太极是本，是体，天地是末、是用。太极和天地，并不是此生彼的关系，也没有时间先后的关系。《晋书·纪瞻传》载有顾荣、纪瞻对王弼太极天地说的批评。如顾荣说：“太极者，盖谓混沌之时，朦未分，……《老子》云：‘有物混成，先天地生’。诚《易》之太极也。而王氏云：‘太极天地’，愚谓未当。夫两仪之谓，以体为称，则是天地；以气为名，则名阴阳。今若谓太极为天地，则是天地自生，无生天地者也。”顾荣用混沌的元气来解释太极，认为天地由太极产生，而太极不就是天地。这也是用《周易·乾凿度》的观点来反对王弼的思想。王弼对顾荣所引《老子》的话注的是：“混然不可得而知，而万物由之以成，故曰混成也。不知其谁之子，故先天地生”。王弼把混沌未分的元气解释成寂然至无的本体，把太极生天地的宇宙生成解释为本末体用的关系。所以王弼解释“先天地生”为“不知其谁之子”。所谓不知其谁之子，就是以寂然至无为天地万物的本体，并不是说先有混沌的太极，后来才分为天地，如汉代经学所论，顾荣所述那样。所谓“先天地生”，也并不是时间先后的先，而是逻辑上先后的先。这里王弼的太极天地论，太极天地即体即用，体用一如的思想，是魏晋玄学区别于汉代经学的至关重要的地方。
魏晋玄学认为本体就是“自然”。什么叫“自然”？“自然者，无称之言，穷极之辞也。”（王弼：《老子·二十五章注》）“自然”，不是自然界的自然，是本然的意思，合乎本性，本来如此，自然而然。王弼说：“道不违自然，乃得其性。”（同上）甚至说：“神不害自然也。物守自然，则神无所知；神无所知，则不知神之为神也。”（《老子·六十章注》）这是对神的威力和作用的一种限制和贬低，而且带有无视神的意味。
魏晋玄学家的所谓“自然”，又是无为的意思。《老子》讲的无为，原来指无意于为，排去智慧欲望而自然地生活，这样虽为也是无为，所以又是无为而无不为。而王弼说：“天地任自然，无为无造，万物自相治理。”（《老子·五章注》）认为天地万物都是自然的，都是按照其自身的本性与趋势而为，即无为的。这是主张以随顺事物的自然趋势而为为无为，是对《老子》无为思想的发展。《庄子》注重任从个人的本性而为。向秀、郭象在注解《庄子·在宥》“故君子不得已而临莅天下，莫若无为”一语时说：“无为者，非拱默之谓也。直各任其自为，则性命安矣。”强调个人要顺性而为，也就是无为而无不为。这也是从另一角度发展了《老子》的无为思想。显然，这些观点和汉代经学神学目的论的思想是迥然异趣的。
对于天帝鬼神的看法，魏晋玄学和汉代经学也是不同的。王弼在注《老子》第四章“道……吾不知谁之子，象帝之先”时说：“帝，天帝也。”在《老子》看来，道象在帝之先，是万物的宗主。王弼继承这种观点，认为在天帝之前还有更根本的道，这虽含蓄地肯定了天帝的存在，但却明显地贬低了天帝的地位。嵇康在鬼神的问题上，和孔子的不语怪力乱神的态度相仿佛，他在《难宅无吉凶摄生论》中说：“神祇遐远，吉凶难明，……故夫子（孔子）寝答于来问，终慎神怪而不言”。又说：“吾怯于专断，进不敢定祸福于人相，退不敢谓家无吉凶也。”嵇康怀疑、犹豫，采取了依违两可的态度。向秀、郭象主张鬼神自神，他说：“无也，岂能生神哉？不神鬼帝，而鬼帝自神，斯乃不神之神也；不生天地，而天地自生，斯乃不生之生也。故夫神之果不足以神，而不神则神矣。”（《庄子·大宗师注》）认为道就是无，无所有，既然是无所有，怎么能生出东西呢？鬼帝天地都是自生的。向秀、郭象的观点在反对统一的至上神方面是有意义的，但是也还没有否定鬼帝的存在。晋代韩康伯则认为神就是变化的奥妙。他在注《易传·系辞》“神无方而易无体”、“阴阳不测之谓神”时说：“神也者，变化之极妙，万物而为言，不可以形诘者也，故曰阴阳不测”。这里所讲的神和鬼神的神是不同的。可见，汉代经学的天帝鬼神观念，在魏晋玄学中是被漠视的，天帝鬼神的地位降低了，动摇了。
（二）关于“命”论的演变
“命”论是我国古代哲学中和天道观密切相联的一个重要问题，既涉及对世界和人生的看法，也涉及对客观必然性和主观能动性的看法。
儒家是讲命、信命的。汉代经学更是大肆鼓噪天命论。实质上等于纬书的董仲舒的《春秋繁露》，有《顺命》篇，宣扬“天子受命于天”，为皇权神授制造舆论。纬书则更加狂热地宣扬天人感应的灾异谴告说。如说什么天命直接通过符瑞灾异表现出来，“天命以黑，故夏有元珪。天命以白，故殷有白狼衔钩。天命以赤，故周有赤雀衔书”（《礼纬·稽命征》）。把夏、商、周王朝说成是天意的体现。《大戴礼记·本命》说：“分于道谓之命。”“道”指天道；“命”指生死寿夭贫富贵贱，人的命运从天道而来，是先天命定的。《白虎通·寿命》说：“命者何谓也？人之寿也，天命已使生者也”。《白虎通》把寿命分为三科，即寿命、遭命和随命，而天命决定了这三种命。
魏晋玄学虽然也没有断然否定天命，但它和汉代经学的看法是很不相同的。如王弼在解释孔子的“五十而知天命”一语时说：“天命废兴有期，知道终不行也。”（皇侃：《论语集解义疏·为政》引《论语释疑》）这不过只是淡淡地承认有天命而已。嵇康对于那种凡所遭遇，无非相命的观点，明显地持有怀疑态度。他说，如果一切都是命定，“然唐虞之世，命何同延？长平之卒，命何同短？此吾之所疑也”（《难宅无吉凶摄生论》）。为什么唐虞时代，人命都长，而秦昭襄王十七年，白起大破赵军于长平，四十万降卒同时被坑死，寿命都同样短呢？命定论是说不通的。向秀、郭象倾向于取消“命”的名称，说：“不知其所以然而然谓之命。似若有意也，故又遣命之名，以明其自尔，而后命理全也。理必有应，若有神灵以致之也。理自相应，相应不由于故也，则虽相应，而无灵也。”（《庄子·寓言注》）命是一种必然性，但是把这种必然性称作命，容易使人误认为有意识地支配万物，所以连命的名称也不要。明白必然性是自己如此，这样理也就全了。理和神灵无关。向秀、郭象的主张带有贬低天命论的色彩。
总之，魏晋玄学是不重视命的，它虽然没有否定命，但是怀疑命，贬低命，甚至主张取消命的名称，这在一定程度上打击了汉代经学的“命”论，客观上有利于发挥人的主观能动性。
（三）关于性情说的演变
性情问题一直为我国古代哲学家所普遍关注，同样也是汉代经学与魏晋玄学高度重视的问题。“性”，指人性。“情”，指感情。“性之好恶喜怒哀乐谓之情”（《荀子·正名》），古代哲学家认为性情是密切相关的。孔子最早讲性，他说：“性相近也，习相远也。”（《论语·阳货》）认为人的天性是相近的，由于习才产生相异，并不以善恶论性，后来孟轲讲性善，荀况讲性恶，两相对垒，并成为尔后人性问题的重要争论内容。
汉代经学大讲性情。董仲舒继承传统的以生为性的观点，认为性是生而有之的质。他说：“如其生之自然之资，谓之性；性者，质也。”（《春秋繁露·深察名号》）他进而提出有什么圣人之性、斗筲之性和中民之性，而只有后者才可以真正的名为性。汉代经学家还多以阴阳为人的精神中的消极或积极的因素，董仲舒以阴阳来说明人的贪仁两性；纬书《孝经·钩命诀》则以阴阳来说明情性，“情生于阴，欲以时念也。性生于阳，以就理也。阳气者仁，阴气则贪，故情有利欲，性有仁也”。《白虎通》继承董仲舒和纬书的思想，在《情性》一节中用阴阳说来说明性的善恶，并用阴阳来区别性情：“情性者何谓也？性者阳之施，情者阴之化也。人禀阴阳气而生，故内怀五性六情”。“五性”，指仁义礼智信，“六情”，指喜怒哀乐爱恶。又说：“人本含六律五行气而生，故内有五脏六腑，此情性所由出入也。”这是把性情和人的生理结构机械地结合起来。郑玄也主张性有善恶，他说：“内有其性，乃可以有为德也。”（《诗笺》）“人之心皆有仁义，教之则进。”（同上）人们之所以有道德是由于有内在的善性，而这又需要通过教化才能进步。他还对《中庸》“变则化”作注说：“变，改恶为善也。变之久，则化而性善也。”人性有善也有恶，必须改变恶才能臻于全善。这种说法基本上是董仲舒观点的翻版。
关于情，董仲舒继承《中庸》的思想，强调以“中和”为要义。他说：“中者天之用也，和者天之功也。……故君子怒则反中而自说以和，喜则反中而收入以正，忧则反中而舒之以意，惧则反中而实之以精。夫中和之不可不反如此。”（《春秋繁露·循天之道》）又说：“喜怒止于中。忧惧反之正。此中和常在乎其身，谓之得天地泰。”（同上）不过董仲舒所讲的“中”，不是《中庸》未发的意思，而是指无过无不及、适中。人有喜怒哀乐，当发就发，不宜稽留郁滞，但要返于中，返于中也就得其和了。主张情要中和，这就是汉代经学家对于情的基本态度。
在性的问题上，魏晋玄学家大体上是沿袭道家的主张自然质朴的观点，因而和汉代经学家的观点相去颇远。何晏、王弼都用道家的观点来解释《论语》上讲的“性情”。何晏说：“性者，人之所受以生者也。”（《论语集解·公冶长注》）“凡人任情，喜怒违理。颜回任道，怒不过分。迁者，移也，怒当其理，不移易也。”（《论语集解·雍也注》）强调性是先天之全，情是后天之欲，人们不能任情违道、违理。王弼也说：“孔子曰：‘性相近也’……今云近者，有同有异，取其共是无善无恶，则同也；有浓有薄，则异也。虽异而未相远，故曰近也。”（皇侃：《论语集解义疏·阳货》引《论语释疑》）认为性不分正邪善恶，只有浓薄的不同。王弼认为圣人的性是不受伤害的，他说：“圣人通远虑微，应变神化，浊乱不能污其洁，凶恶不能害其性，所以避难不藏身，接物不以形也。”（同上）王弼也不尽同于何晏，他综合儒道两家论情的学说，认为圣人是有情又不累于情的。何劭《王弼传》说：“何晏以为圣人无喜怒哀乐，其论甚精，钟会等述之。弼与不同，以为圣人茂于人者神明也，同于人者五情也。神明茂故能体冲和以通无，五情同故不能无哀乐以应物，然则圣人之情，应物而无累于物者也。今以其无累，便谓不复应物，失之多矣。”（《三国志·魏书·钟会传》注引）王弼宣扬有情而不累于情，圣人与外物接触有哀乐之情，但是却不受外物的干扰，不陷溺在情感之中而不能自拔，鼓吹人们要效法圣人，“性其情”（皇侃：《论语集解义疏·阳货》引《论语释疑》），这正成为后理学家们天理人欲说教的张本。
向秀、郭象继承《庄子》思想，认为人性是自然的天性，是不能改变的。强调坚持无为，“自足其性”，安于本分，就能成全性命，得到满足和幸福。这种主张是不同于汉代经学的。
总的说来，在性情问题上，汉代经学一般是强调天命而定，强调性情有善恶之别，强调教化的重要；魏晋玄学则强调性情是自然而有，完满无瑕，不需教化。虽然，两者观点不同，但是，从根本上说来都是唯心主义的。在阶级社会里，人的性情主要是由阶级地位决定的，对于性情的好坏善恶，不同阶级也有不同的看法。汉代经学与魏晋玄学的性情说，归根结底都是超阶级的抽象的人性论。
（四）关于“名”“言”说的演变
“名”“言”是认识论方面的问题。魏晋玄学以“忘言忘象得意”的方法，取代了汉代经学的“以名正实”和象数比附术，这也是一个重大的思想演变。