真正让燕京大学跻身世界一流大学地位的，还是哈佛燕京-学社的建立。20世纪初期，司徒雷登了解到美国铝业大王霍尔有一笔巨额遗产捐作教育基金，并声明遗产中一部分用于研究中国文化，由一所美国大学和一所中国大学联合组成一个机构来执行这项计划。起初遗嘱执行机构选了美国的哈佛大学和中国的北京大学，但司徒雷登设法成功地说服哈佛大学与燕京大学合作，于1928年春成立哈佛-燕京学社，并设立燕京学社北平办事处，从事中美文化教育交流。司徒雷登回忆这段往事的时候说：“那是一次可怕的经历，弄得我十分紧张，心里为自己事业的前途担忧，连吃的东西也顾不上看一眼。”
司徒雷登不仅把燕京大学看作自己毕生的事业，更把她看成是中国事业的一部分，认同这所大学是“中国人的大学”。他还注意与学生、员工互动交流，对待学生和蔼可亲，对待教职员工热情温暖。也正因为如此，司徒雷登在当时的燕京师生当中受到极高的推崇。由于燕京大学的成功以及它的影响，司徒雷登在中美两国的声誉也在20世纪中叶达到了巅峰。
司徒雷登与燕京大学仿佛就是一体。那所由他的朋友们捐赠给他作为居所的庭院，位临未名湖，冰心给她起了个诗意的名字：临湖轩。但是司徒雷登并没有一个人独享它，而是作为学校的办公地点。很快地，这座庭院便成为了燕京大学的标志。每年6月24日，燕京学生必定来到这里，给这位受他们尊重的校长祝贺生日。1926年6月5日，司徒雷登夫人在这所庭院离开人世，她的墓地成了燕京校园中第一座坟墓。也许，从那个时候起，司徒雷登就跟燕京大学融为一体了。
1935年，那时的燕京大学已经享誉国际，与南京的金陵成为中国两所学术水平最高的教会大学。但对于国民政府的一些部门来说，她并没有受到足够的重视。有一次，司徒雷登不免说出了自己心中的抱怨。蒋介石知晓后，立即为司徒雷登在南京励志社安排了一次演讲。那次演讲，蒋介石因临时有事，未能参加。但是，在当时的行政院院长汪精卫率领下，包括宋子文、孔祥熙、张群、何应钦、陈诚在内的各院、部和三军负责人近200人出席了这次集会。在这次演讲中，司徒雷登把燕京大学的种种状况介绍给当时的官员，以至于此后的燕京毕业生在应聘政府职员时，政府部门都不得不对他们青眼有加。
司徒雷登对于学生更是像一个慈祥的长辈。在燕京学生人数较少的时期，他能够准确地说出每个学生的名字。后来学生逐渐增多，但他依然努力做到了这一点。当时燕京有个规定，未名湖里禁止钓鱼。但是有个学生忽视了这个规定，正当他手持鱼竿在未名湖畔悠然自得时，一个慈祥的声音在他身后响起来：“这湖里面的鱼不错吧？”那正是司徒校长。
司徒雷登同情学生运动，1931年“九一八事变”后，他亲自带领数百名燕京大学的师生上街游行，抗议日本对中国的侵略。
1937年抗日战争正式打响，司徒雷登也在考虑是否把他经营了许多年的燕京大学迁往后方。但是经过一番深思熟虑，他决定让这所大学留在北京。他迅速在燕园升起美国星条旗，以表示此处属于美国财产；又特别在大门上贴上公告，不准日军进入。而抗日刊物以及各种宣传马克思主义的刊物，依然在燕京大学里得以正常出版。
由于司徒雷登这种兼容并包的胸怀，在那段风雨如晦的岁月中，抗日救亡的呼喊得以在这个由美国人创办的教会大学中发出时代的最强音。1945年抗日战争胜利后，毛泽东主席在重庆第一次见到司徒雷登，就满脸笑容地对他说“……久仰！久仰！你们燕京同学在我们那边工作得很好……”
1941年太平洋战争爆发后，日军封闭学校。司徒雷登因为拒绝与日方合作，被日军关在集中营，直到日本投降后获释。1942年四川省成都市办起燕京大学临时学校，孔祥熙任校长，梅贻琦任代理校长。1945年学校在北平原址复校开课，司徒继任校长（后为校务长）。1946年成都临时学校师生发回，开办工学院。1951年学校改为国立。
燕京当家人司徒雷登本来应该一直生活在这个美丽的校园里，但是在1946年，他做出了出任美国驻华大使的选择。在他即将离开北平时，在某个中美联谊会为他举行的欢送会上，他突然发现了已经认识多年的北京大学校长胡适。在他的即席发言中，他把自己与胡适作了一番比较，说：“他幸运地辞去了出使国外的使命（指胡适辞去华国驻美大使的职务），返回北平当大学校长；而我却要离开这最可爱的城市和那令人满意的事业，去从事一项前途未卜的使命，而这正是胡博士所避开的。”
不过，燕京大学校友、加拿大华裔学者林孟熹对此有不同的说法。他曾请教当时燕京政治系主任兼校务委员会成员陈芳芝。陈芳芝回忆说：“在离开燕园赴南京就任前夕，司徒雷登曾经对他说：‘出任大使是为了谋求和平，而只有在和平环境下，燕京大学才能生存和发展。’”
但是，长于治校的司徒雷登，对于政治显然没有对于教育那样了如指掌，这段大使生涯让他感到心力交瘁。他想一碗水端平，却得罪了过去的老朋友蒋介石。甚至他昔日的学生们，也不能完全了解他的一片苦心。1948年5、6月，燕京的学生代表在临湖轩就中美关系和美国对华政策交换意见，气氛剑拔弩张，因为燕京过去给他们的教育是：“吾爱吾师，吾更爱真理。”两年前他回到杭州祭扫父母墓地时，有人评论他“既是政客又是学者，既是狡猾的对手又是温馨的朋友”。
随着南京解放以及美国对华政策彻底失败，1949年8月，司徒雷登不得不踏上回美国的飞机，离开这片他曾经生活了50年、并曾深深热爱过的土地。在飞机上，他看到美国国务院发表的《白皮书》，自己完全成了一个美国对华政策失误的替罪羊。而在大洋彼岸，毛泽东也发表了那篇著名的《别了，司徒雷登》——当然，他也因为这篇文章在中国几乎家喻户晓。这位老人再也支撑不住，一下子中风卧床不起。
1952年全国高等院校院系调整，燕京的法学院、社会学系并入北京政法学院（今中国政法大学），工科并入清华大学，文、理科并入北京大学，北大迁至学校旧址——未名湖畔的“燕园”。1993年，燕京大学北京校友会和北京大学分校联合成立燕京研究院。
燕京校训：因真理，得自由，以服务。
燕京精神：坚持真理、崇尚民主、办事认真、勤奋进取、热情开朗。亲密、健康、平等的人际关系。
校长：司徒雷登、吴雷川、陆志韦、梅贻宝；孔祥熙、梅贻琦。
燕京大学毕业生主要活跃在中国的教育界、文艺界、新闻界、政界和宗教界。著名校友：雷洁琼、黄昆、侯仁之、孙道临、费孝通、谢婉莹(冰心)、李慎之、周南、赵兰坤、黄笃修、王仲翰、林孟熹、萧乾、唐振常、唐人（严庆澎）、谭文瑞、蒋荫恩、朱启平。
[附文]两位当家人
司徒雷登（1876～1962年），美裔在华教育家。生于中国杭州，会讲一口纯正杭州话，喜欢吃杭帮菜，父母都是早期到中国的美国传教士。从血统上说，司徒雷登是一位纯粹的美利坚人；而用他自己的话来说，他“是一个中国人更多于是一个美国人”。11岁时到美国弗吉尼亚州上学。1904年结婚后携妻子回到杭州，成为传教士，其实也严格执行着对中国进行西方文化侵略的使命。1908年任金陵神学院希腊文教授。1910年任南京教会事业委员会主席，1914年参与之江大学的筹建工作。1919年被聘请为燕京大学校长。此后，他作为燕大的长期领导人，为该校的发展壮大做出了不可磨灭的贡献。1946年出任美国驻华大使。1949年8月悄然返回美国，随即退休，先被国务院下了“禁言令”，后来又被麦卡锡主义者骚扰，患脑血栓，导致半身不遂和失语症，在华盛顿病故。他一直希望能将骨灰送回中国，埋在燕园内，但直到2008年才被安葬到杭州。
林孟熹这样评论他：“整个20世纪，大概没有一个美国人像司徒雷登博士那样，曾长期而全面地卷入到中国的政治、文化、教育各个领域，并且产生过难以估量的影响。”
陆志韦（1894～1970年），我国著名心理学家、语言学家和教育家，长期从事心理学、汉语音韵和语法的研究、教学工作。浙江吴兴县南浔镇人。1913年毕业于东吴大学，后赴美国芝加哥大学生物学部心理学系读书，获哲学博士学位。1920年回国后，历任南京高等师范、东南大学、燕京大学教授、系主任、校长等。建国后到中国社会科学院语言研究所任研究员，1955年被聘为中国科学院哲学社会科学部委员。
1927年4月，陆志韦应司徒雷登校长之聘，出任燕京大学文学院心理学教授，兼任心理学系主任。他努力筹划，在短短几年的时间里，就把该系建设成为具有一定规模的系科。并引进西方现代心理学，主讲系统心理学课程，成为中国心理学的先驱，与潘光旦并称为“南潘北陆”。1928年被推举为燕京大学教师会主席，1934年任燕京大学代理校长（根据当时国民政府的规定，外国人办的教会大学必须由中国人当校长；而他埋头治学，很少过问政治，又有很好的人品），做了大量具体的校务工作，直到抗战爆发。他支持进步学生的抗日救国运动，1937年夏，拒绝参加蒋介石召集全国各大学校长赴庐山“集训”。抗战初期坚持在“孤岛”继续办学，继续参与校政。1941年与几位教授被日军捕后，仍保持民族气节，绝不投降。1945年重建燕京大学，领导复校工作，再度任燕京校务委员会主席、代理校长，主持行政事务，支持爱国反蒋的学生运动。
16、1917年A：东方曙光
上
蔡元培，中国民主革命家、教育家、科学家，中国知识界的卓越前驱。清光绪进士，翰林院编修。1898年（光绪二十四年）弃官南下，投身于推翻清朝封建统治的旧民主主义革命。
蔡元培回到浙江家乡，曾任绍兴中西学堂监督、上海南洋公学特班总教习等职。1902年，同章太炎等人在上海发起创立中国教育会，任会长；并创办爱国学社、爱国女学，宣传民主革命思想。1904年与陶成章等组织光复会，翌年加入同盟会。1907年赴德国留学，入莱比锡大学研究心理学、美学、哲学等。
1911年辛亥革命后，蔡元培回国。1912年1月任南京临时政府教育总长，发表《对于教育方针之意见》，反对清末钦定教育宗旨，认为“‘忠君’与共和政体不合，‘尊孔’与信仰自由相违”。主张教育应从造成现世幸福出发，而以达到“实体世界”（即观念世界）为最终目的。并认为国民教育、实利教育与公民道德教育是造成现世幸福的教育，“世界观教育”是追求实体世界的教育，美感教育则为达到实体世界之手段。并起草《大学令》，确立“学”与“术”的分离，以“教授高深学问，养成硕学宏材应国家需要”为大学教育宗旨。他这些教育观点，后来成为民国政府制定教育方针的依据。任职期间，曾提出修改学制、小学男女同校、废除读经等改革措施。同年7月，因不满袁世凯专制统治，退出内阁。1913年赴法国考察教育，1915年与吴玉章等倡办留法勤工俭学会。
1917年蔡元培回国，任北京大学校长，提倡学术研究与学术民主，主张对新旧思想兼容并包，实行民主管理与教授治校，并提出许多措施整顿校风，使经过改造的北大成为新文化运动的中心，也使北大不断发展成为中国文理综合的第一学府。此后10年，北大达到发展的最顶峰。五四运动期间，他积极支持学生的爱国行动，多方营救北京各大专学校被捕学生。五四运动后被迫辞职，赴欧美考察教育。1920年初在北京创办中法大学。
1927年蔡元培回国，任国民党政府大学院院院长，后改任中央研究院院长。1931年“九一八事变”后，主张抗日，与宋庆龄、杨杏佛等组织中国民权保障同盟，任副主席。1940年3月5日在香港病逝。中共中央和毛泽东发了唁电，称他为“学界泰斗，人世楷模”。
1917年1月，蔡元培出任北京大学校长，他“循思想自由原则、取兼容并包之义”，使得北大思想解放，学术繁荣。1月9日在就任北大校长的演说上，他对学生提出3点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位，即“培养人格”。
1918年，蔡元培更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”他强烈反对工具论的观点，声称：“教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别的器具，给抱有他种目的的人去应用的。”
1920年2月，蔡元培下令允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开我国公立大学招收女生之先例。
陈独秀、李大钊、朱家骅、胡适、刘半农、钱玄同、傅斯年、罗家伦、周作人、沈尹默、刘文典、徐悲鸿、马裕藻、马寅初、李四光、翁文灏、丁文江、李石曾、朱家骅、周鲠生、陶孟和、陈垣等一批重要历史人物，都曾在此时期被蔡元培邀请到北大任教，鲁迅也在此兼讲师。再加上先后来到北大的辜鸿铭、黄侃、刘师培、梁漱溟、马叙伦、顾颉刚、钱穆等，一时大师云集，北大因而成为开风气之先的“新文化运动”中心和多种社会思潮的策源地。北大也是中国共产主义思想的重要发源地和中国共产党早期活动的重要基地。北大教授“南陈北李”相约分别在南方和北方筹建中国共产党，陈独秀当选为第一届中共中央总书记。曾任北大图书馆管理员的毛泽东，自1935年至1976年去世，长期作为中共实际的领袖人物。
据曾在北京大学就读的朱偰回忆：
在蔡元培到北大以前，代理校长是胡仁源。胡本是前清进士，后来到英国去留学，在推尔蒙大学毕业，专门学工业。1913年担任北京大学预科学长，后来又担任工科学长、代理校长。他所聘请的一些教授，大多是前清遗老，和封建士大夫阶级的一些所谓名流。在教授中间，有拖着辫子的保皇党辜鸿铭，也有封建文人如黄侃、刘师培、姚仲实、陈石遗等。在学生中间，也大多是着长袍马褂、捧着水烟袋的遗少，上也者在报章上写写文章，捧捧女伶；下也者则打打麻将，逛逛八大胡同。学术研究的风气异常缺乏。