侯瑱将军一直追随鄱阳王萧范为将,萧范病逝后,侯瑱杀了豫章(今江西南昌市)太守庄铁,据有豫章之地。当时,侯景挟持简文帝萧纲,任意征伐各地,遣将于庆向南略地,夺取了豫章,侯瑱穷蹙乃降于庆。于庆将侯瑱送到江夏侯景营地,侯景十分喜悦,说道:“素闻将军忠义至诚,敬佩之至,彼此同姓,犹如宗族,日后诸事,望多相助。”侯瑱说道:“感激不杀之恩,敢不图报。”侯景大喜,待之甚厚,留下侯瑱的妻子和弟弟为人质,便遣侯瑱跟随于庆平定了蠡南诸郡。后来侯景的军队在巴陵(今湖南岳阳市)被王僧辩打败,并擒获了他的大将宋子仙和任约,侯瑱杀了于庆,投奔王僧辩,侯景亦将侯瑱的妻子和弟弟杀死,返回建业。侯景杀了简文帝,代梁称帝,侯瑱跟随都督王僧辩征讨侯景,在松江打败侯景,侯景被随从所杀,尽获其军队和物资。侯瑱进兵钱塘,侯景的大将谢答仁与吕子荣等人皆降,叛乱平息后,朝廷任侯瑱为豫州刺史,留镇姑熟(今安徽当涂县)。后来侯瑱击败齐将郭元建与慕容恃德,朝廷封他为车骑将军,仍然留镇豫章。他万没料到,当他率兵进击广州刺史萧勃叛乱时,原任豫章太守余孝顷,从新吴县起兵,攻占了豫章城,杀了他的家小,并把他的军府妓妾和金玉财物,全部交给了陈霸先。余孝顷还贴出告示,警告军民,凡是通敌的人全家杀绝,豫章军民都很惧怕,谁也不敢亲近侯瑱。待侯瑱打败萧勃转回豫章,城池已被人侵占,军士们见侯瑱失势,丢失豫章,断了根本,都逃走了。唯有他的心腹将士相随,这时的侯瑱,如像关羽失去荆州一样,心情十分沮丧。于是侯瑱带领众人去到湓城(今江西九市),投奔他原来的部将焦僧度。焦僧度说:“如今梁国已亡,陈霸先杀了王僧辩,创建了陈国,称为武帝。你原来和王僧辩的感情很好,恐怕武帝不容,招致杀身之祸,最好到齐国去。”侯瑱说:“从前我多次带兵打败齐国的军队,齐人怀恨在心,若去投奔他,怎能容我呢?我宁肯死于国人之手,决不逃奔敌国。我和王僧辩很好,全是忠于梁国,别无私心。如今陈霸先枉杀王僧辩,令人遗憾。唉,王僧辩接纳萧渊明回梁为帝,也是迫不得已。当时,北齐文宣帝高洋写信给王僧辩,要把贞阳侯萧渊明送回来做梁朝的君主。萧渊明在齐军的护送下,抵达寿阳,他自己也多次给王僧辩写信,说明还国继统之意,王僧辩拒绝接纳。等到萧渊明和齐将上党王高涣军抵达东关,散骑常侍裴之横率众拒战,打了败仗。王僧辩才改变主意,同意接纳萧渊明,提出册立晋安王萧方智(元帝萧绎的儿子)为皇太子,萧渊明同意了,王僧辩方拥戴他为帝。陈武帝为人明达果断,素有大度,我去投他,必能相容。”于是侯瑱独自一人去到京师建业,到皇宫叩见武帝,说道:“王僧辩错纳萧渊明为帝,是媚齐而辱梁,有失晚节;其弟王僧愔又叛梁投齐,形同叛逆。武帝捍卫梁国威严,废黜萧渊明,辅助敬帝,人皆敬服。末将失去豫章,特赴京请罪。”武帝说道:“将军深明大义,忠心为国,历事三朝,功勋卓著。今日赴阙谒朕,辅助陈国,诚国家之大幸,何罪之有?官复原职,任以侍中车骑将军,待日后建功,再行升赏。”