在当时，一个复原派作家能够平安到达日内瓦这一事实的背后，有着一连贯值得注意的事件。现在的瑞士西部那讲法语的区域，在当时刚刚开始和瑞士共和国发生政治上的联系。百伦这一郡对于扩展它的影响一事，特具雄心。甚至在它经过一度著名的争论(1528年正月)而正式成为慈运理派之前，它已经采纳了有利于福音派传播圣道的政策，鼓励在非利堡以南讲法语的地区进行传教工作。
1526年11月法勒尔(1489—1565)来到这一区工作，他是一位热心的传道人，生于法国东南部的加普，他在巴黎和摩斯地方曾结识了那位法国改教运动的先驱者靳非甫耳。远在1512年勒非甫耳即开始讲论因信称义的道理，他的基本信仰是属于复原派的。法勒尔和勒非甫耳不同，是一个热心而放任的新教义宣传者，他的生活充满着冒险和患难。
1524年当他在巴塞尔的时候，伊拉斯母很不喜欢他的好辩。巴塞尔的改教领袖厄科兰巴丢曾规劝法勒尔采取比较温和的态度。以后法勒尔又结识了慈运理，并热烈参加百伦的辩论。在瓦得区各乡村他的改教宣传工作十分成功；不久他获准在洛桑传道，洛桑的教会因之得以革新。他的工作获得许多讲法语的宣道家的帮助，逐渐地把整个瓦得区都争取过来了，这使复原派的百伦比罗马天主教势力下的邻郡非利堡更得优势。
现在日内瓦成为法勒尔的目标。公元2世纪以来这新兴都市不断地在为着自己的独立斗争。当地的封建及教会首长一向是萨伏衣公爵的代理人，而主教是由公爵委派的。在1519至1533的这段期间中，市民们得到了最后的胜利。1526年公爵的代表给赶走了，1533年主教亦被清除。市区的行政由民选的，4委员为首的廿人议会及另一初为60人，逐渐扩充到200人的议会，和全体市民大会所管理。因为主教曾反对市之脱离萨伏衣而独立，失掉了人民的信仰，就在政治改革中间被清除。教会权威的丧失及一般情形给了复原派一种非常的机会，而这种机会是他们所重视的。
在法勒尔进入日内瓦之前，这城市已多少有了一些复原主义的色彩。据我们所知的，第一个访问日内瓦的复原派领袖是阿立威坦(时为1531年)。1532年6月，嘲笑教皇的街招之出现，颇使市民惊奇。同年10月法勒尔来到日内瓦，旋被驱逐出境，可是他在那里留下一位助手，为他14个月以后的重来布置一切。这一次他参加辩论，获得公开演讲的机会，到了1535年5月，他说服当局，废弃旧的崇拜仪式。这时候百伦希图收日内瓦为政治上附庸，但被拒绝；法勒尔仍获准继续他的工作。他创办一个慈惠医院，并当革新派在选举中获胜后，迫使行政当局采纳了惩戒渎神行为、赌博、卖淫、盗窃、酗酒等条例。1536年5月21日市民在圣彼得堂举行大会，严肃地举手宣誓愿遵行《圣经》教训，拒绝“教皇的干预”。同时通过创办义学以教育贫穷子弟，并强迫学龄儿童入学。对这些改革仍然有反对的人，但日内瓦终于成为复原派的城市，不久之后且成为复原派的大本营。
当法勒尔知道加尔文来在日内瓦，他立刻赶到旅馆去会见他，对他大下说辞，苦苦劝他留在日内瓦和他合作。同年的9月1日，这一位年仅27岁，精力充沛、黑头发、高眉毛、瘦削，有着修剪整齐的褐色小胡子和黑得发亮的眼睛、一双尖圆的手和非常灵活的手势、口舌明快、语音清朗的法国青年，在圣彼得堂向一群牧师和市民演讲。当时那位市议会的书记忘了他的名字，只在记录上写下：聘用那位“法国人”。
这便是今天为全世界所熟知的一件伟大工作的开端。为着无法对那些倔强的市民施行训练，这些改革者在1538年3月相率离开日内瓦。法勒尔到了内沙特勒工作。加尔文则赴施塔斯堡，在那里担任法国流亡教会的牧师职位，从工作中他得到良好的教牧经验，认识了新朋友，并和一位身体纤弱而容貌动人的寡妇波蕾结婚，波蕾在1549年逝世。以后这位伤心的丈夫在他的书上提起她，说她是他最好的伴侣和忠实助手。当时日内瓦的情形纷乱，经过当地行政长官的不断敦促和法勒尔的一再来函劝说，加尔文乃于1541年重返日内瓦工作。他草拟了《圣会律例》，作为日内瓦教会的宪章，这宪章为改正教教会奠定了组织方面的基础。在这制度下，教会的大部分责任是放在平信徒的长老们身上，另外有一个健全的“牧职”，包括学者教师。那些生活腐败、怠懒放荡的人，须由教会长老和牧师等在教会法庭上以爱心相劝诫，必要时则加开除。
一般认为，日内瓦的这一种严格呆板的训练，是受曾经研究过法律的加尔文的重法主义思想所影响。但事实上这种训练是从完全不同的源头来的。加尔文是在追求使无形教会成为有形，在日内瓦建立“圣徒相通”，就是他和路德所同认为信经中所指的“圣而公的教会”。污秽的罪人以及凡不履行他们对社会的责任的，都不许进入这神圣团体，或享受那作为这团体的团契凭据的圣餐。这种惩罚为的是使圣礼不受侵犯。把日内瓦造成为一神治城邦，在这里圣徒的相通能够有一种自然的环境。因此那种适用于圣徒的惩训办法，在获得民选行政长官的同意之下，亦适用于全体市民。
那些“沉湎于宴乐生活”的放荡的日内瓦人，处在这种惩训——封闭夜总会，禁止跳舞、赌博及奢侈装束——之下，都畏缩起来了。这些正在施行的条例有许多原是早已规定而没有执行的，现在在明显的原则和教会法庭及议会的督促下，严格执行起来，有好些人受严酷无情的处分。加尔文的艰苦斗争一直继续到1555年。他自称为“天性懦弱”，但许多刚强的人却无法仿效他。他准备失败不只一次，他经历过无数艰险，打倒了无数敌人。他的敌人中之最顽强者在1553年被处焚刑。
这位西班牙的科学家及反对三位一体说的塞尔维特，是一个受天主教异教裁判所判罪的流亡者，加尔文在巴黎认识他，以后从通讯中希望能说服他，但终归无效。塞尔维特不顾警告，来到日内瓦被逮捕，审讯并处焚刑。加尔文原要他受斩刑，但以后仍以异端的罪名而为焚刑辩护。1903年加尔文派的人在塞尔维特受难的地方建立纪念碑，责加尔文在这件事上“犯了当代所通有的错误”。当然我们有权利希望像这样的一位曾经上书法兰西斯一世的人，能够超越于这种时代的错误。他曾掩护另外一些不相信正统的三位一体说的人，惟独对塞尔维特残酷不仁。有人以为此反常行为的主要原因，乃加尔文认为塞尔维特非但相信异端，且是日内瓦神治政治的劲敌与破坏者。
加尔文是一个学院式的学者，没有路德所具有的对普通人的吸引力。他的听众多半为知识分子；在日内瓦要不是因为当地的知识水准很高，他可能失败。可是由于他之承认平信徒在教会中的重要地位及政治上之代议制度(这方面他比路德更前进)，深得人民的信服。在日内瓦他所建立的神治政治也就是民主政治。他清除城里的污秽区域，为贫民建设了一所济贫所。又建设一所举世闻名的学院，这学院造就出来的人材把加尔文学说的精粹传播全欧，建造新邦，摧毁王权。他所给复原教的一套神学理论可与阿奎那所著的《神学总论》相较量。他为着复原教的团结努力奋斗，但所成就的仅有1549年德语区瑞士各领袖所缔结的合一信条，尚未能达到他所希望的将复原教结合为一超国界的团体。在他所写的许多灿然有力的小册子和内容丰富的《圣经》释义里，他不断地卫护及促进复原教的主张，对抗当时罗马教廷复起的势力。
繁重的工作打击了他的衰弱身体。他的巨著，多半是当别人睡觉或是在极度忙碌工作中抽空写作的。以后一连串的恶疾侵袭了他，躺在床上，他仍然执行他的责任，一直到最后。1564年5月27日当他过世的时候，日内瓦小议会在公告中说：“上帝赋给他一种峥嵘伟大的特性。”
加尔文的严酷性格使他受到许多非议。这种性格可能是从早年的过于刻板的工作习惯而来的。他没有一个自由的童年，也不曾学会尽情游戏。虽然在理论上他反对苦修主义，赞同欢笑生活，实际上他对自己的工作抱着一种苦修而不求安逸的精神，使自己陷入于一种沉愁的气氛中。他极口称赞造物主创造星宿的巧妙，却不曾停下来欣赏它们。他称赞从一位朋友的屋子望出去的风景，却不曾提起从自己窗口望出去的动人山色。那些在这方面谴责他的人，未免是对一位16世纪的人物要求太多，尤其是对这一位衰弱憔悴、肩膀上放着全欧洲宗教问题的重负的人物。