第二阶段，20世纪80~90年代，防洪体系建设从以大规模的防洪工程建设向加强管理的阶段转变。由于70~80年代，我国气候总体上处于一个偏旱的时期，加之80年代实施改革开放政策之后，百废待举，防洪工程建设速度缓慢下来，开始强调防洪体系从大规模建设逐步向加强管理转变。但当时的管理还只是停留在狭义的工程管理上。80年代后期，随着《中华人民共和国水法》《中华人民共和国河道管理条例》等一系列法规政策的出台，防洪工作逐步走上依法治水的阶段。
第三阶段，1998年大洪水后至今，进入以可持续发展的思想指导江河防洪减灾体系建设阶段。随着社会经济的高速发展，全社会对江河的防洪保安、水资源合理开发与综合利用、水环境与生态系统的保护提出了更高要求，我国防洪减灾工作从以控制河势、稳定流路、防洪工程措施为主的模式逐步向以流域可持续发展为宗旨，合理调节人与自然的关系，减轻洪水灾害与保护生态环境并举的综合防洪减灾体系转变，要从无序、无节制地与水争地转变为有序、可持续地与洪水谐调共处。2003年起，水利部与国家防总进一步提出中国的防汛抗旱工作要“坚持防汛抗旱并举，实现由控制洪水向洪水管理转变，由单一抗旱向全面抗旱转变，为我国经济社会全面、协调、可持续发展提供保障”，并明确指出今后一个时期防汛抗旱工作的目标是“实现工程标准化、管理规范化、洪水资源化、技术现代化和保障社会化”。水利部提出到21世纪中叶，要“建立较为完善的防洪安全保障体系”。
我国洪水灾害的防治特点
我国是世界上遭受洪涝灾害最为频繁的国家之一。据历史资料的不完全统计，从公元前206年到公元1949年，我国共发生大水灾1092次，平均每两年就有一次大水灾。因此，我们的祖先留下这样的古训：“治国必先治水！”新中国成立后，党和政府都高度重视治水工作，动员亿万群众积极进行江河治理和防洪建设，取得了巨大成就，改变了旧中国那种洪水肆虐、民不聊生的局面。但是，还应清醒地看到，在我国经济发展中，水患作为中华民族的心腹之患仍未解除，防洪仍是极其重要的问题，它已成为将自然环境、技术科学和社会经济紧密联系在一起的庞大复杂的系统工程。
洪灾的防治现状
（1）截至2006年年底，我国已建成各类水库85874座。其中，大型水库479座，中型水库3002座，小型水库82393座。总库容5974亿立方米，这对各级河道的洪水都起到了不同程度的控制和调节作用。在抗御1998年长江洪水的斗争中，湖南、湖北、江西、四川、重庆5省市的700多座大中型水库参与拦洪削峰，拦蓄洪量达300多亿立方米，为夺取抗洪斗争的全面胜利发挥了重要作用。许多水库采取了超常调蓄措施。例如，丹江口水库蓄洪超过汛限水位5.65米；隔河岩水库7度蓄水超过正常高水位，甚至逼近了水库校核水位。这些措施对防洪作用明显。据资料统计，1996~2005年，全国水库累计拦蓄洪水2800亿立方米，减免农田受灾面积2588万公顷，减免受灾人口4.6亿人次，减免直接经济损失9000亿元。
这些控制性水库工程，不仅本身起到显著调节洪水的作用，而且对所在河流整个防洪系统调度运用的可靠性和灵活性起到了保障作用，为防汛抢险创造了有利条件。
（2）目前，全国已建成江河堤防27.75万千米，保护人口5.13亿，保护耕地4400万公顷和100多座大中城市。这些堤防是我国精华地带防洪安全的屏障，是全国防洪系统的重要组成部分。堤防一般只能解决常遇洪水，对于较大稀遇洪水，还必须和水库或分蓄洪区联合运用。
（3）我国在长江、黄河、淮河、海河四大流域共辟有97个分蓄洪区，总面积3万多平方千米，分蓄洪能力达1000多亿立方米。1998年长江大水后，党中央、国务院做出了平垸行洪、退田还湖、移民建镇的重大决策。实施平垸行洪、退田还湖，可解除常遇洪水下洲滩民垸上居民的洪患危害，减轻防汛压力和政府救灾负担，并可增加江湖行蓄洪能力。通过实施四期的移民建镇工程，共平退了1461个圩垸，可退还江湖面积约4152平方千米，增加蓄洪容积164.5亿立方米。它们作为牺牲局部保全大局的主要措施，在整个防洪系统中占有重要地位。
（4）全国大力推行水土保持。水土保持是指在各水系的上中游地区，在山头封山育林，在陡坡退耕还林，在山坡修建梯田，在沟底修建塘坝从山上到山下，层层有拦蓄工程，把天然降水、地表径流最大限度地拦蓄起来，既可以发展灌溉又可以减轻下游洪水的压力。截至2005年底，全国累计水土流失治理保存面积达到92万平方千米比“九五”期末净增9万平方千米。水利部先后在29个省、198个县开展了水土保持生态修复试点工程；全国有20个省、136个地（市）、697个县出台了封山禁牧政策。现有水土保持措施每年可减少土壤侵蚀15亿吨，增产粮食180亿千克，五年间全国有1200多万人通过水土保持解决了温饱，生态自我修复已成为水土保持工作的核心理念。
（5）逐步建立和完善了非工程防洪措施。大江河都建立了水文预报、防洪通讯和调度指挥系统，并通过法律、行政、经济手段加强河道、水域和分蓄洪区的管理，制定洪水保险条例，建立专项救灾基金等；这些措施为减少洪灾损失发挥了重要作用。
（6）编制了大江河全流域防洪规划。新中国成立以来，长江、黄河、淮河、海河、松辽、珠江、太湖七大流域都曾经制订过流域防洪规划，有的流域做过三四次规划，但由于防洪工作是动态的，必须根据变化进行调整。水利部按照国务院的要求，在1998年长江、松花江、嫩江发生大洪水之后，就启动了七大流域防洪规划工作，制订出各个流域的防洪规划。这些规划对七大流域各自的防洪形势进行了科学的分析和评介，确定了今后20年中国防洪工作的蓝图。防洪规划的编制完成，标志着我国防洪减灾体系的建设与洪水管理进入了一个新阶段。对完善我国综合防洪减灾体系和提高江河总体防洪减灾能力必将起到重要的推动作用。
存在的问题
我国的洪水灾害经过40多年的大力治理，已在我国主要江河形成了比较完整的防洪体系。而当前防洪工作的突出问题是：
（1）防洪标准偏低，防洪工程设施老化失修，加上人类社会活动影响的增加，防洪设施的效能在逐步减弱，原来规划设计的防洪标准难以达到。首先是河道的淤积和人为设障，河道行洪能力普遍下降，达不到原有的设计能力；其次是水库淤积防洪能力下降，尚有1／4的大型水库和1／3的中小型水库，安全标准低或存在严重缺陷和隐患，不能合理发挥防洪作用；最后是河湖州滩的滥占滥用，任意设置行洪障碍，结果每次堤防圩垸加高加固所起的加强作用还抵消不了人为设障的削弱作用。
（2）人与水争地，生态环境恶化，危害严重。陡坡开荒、任意砍伐森林、破坏草地、超采地下水、开矿、修路、城镇建设等仍在不断地恶化生态环境，致使防洪困难不断增加。
（3）我国防洪目前仍局限于主要依靠工程措施。我国的防洪减灾对策仍主要是建坝修堤、疏浚河道等工程措施，工程防洪不可或缺，但显然是不完全和不充分的，要完全免除水灾是不可能的，即使力所能及，也不经济合理。应该在合理性的前提下，采取综合措施，以最少限度地减少灾害损失和保障社会安定为最终目标。目前非工程措施中突出的问题是，法规不健全，有法不依和执法不严的现象普遍存在，技术装备如预警报系统、通信、抢险设施等仍十分落后。
（4）城市防洪形势日益严峻。中国城市大多分布在洪水多发地区，据统计，中国600多座城市中，90％有防洪任务，随着城市化水平提高，城市防洪保护范围扩大，有的地区城市群相连成片，防洪战线拉长。预测未来20年，我国城市化率将提高到50％，随着城市化进程的进一步加快，人口和财富必将继续向城市集中，人与洪水争地的矛盾日益突出。同时城市化的发展改变了城市的暴雨洪水规律，加大了洪涝强度。但是从总体上看，我国城市防洪标准普遍偏低，防洪形势比较严峻，确保城市防洪安全，仍是一项艰巨重要而紧迫的任务。
（5）全社会防洪意识淡薄。由于常遇洪水减少，缺乏应付洪灾的经验，一旦遭遇较大洪水，意外事故和意外损失将大量增加。防洪减灾涉及全社会的各个方面，涉及各行各业各部门。因此，要动员全社会力量，积极投入到防洪减灾的斗争中去，要让群众充分认识到，发生洪灾的突然性和危险性，从上到下树立防洪保安全、防洪求发展的思想。增强对防洪减灾工作的紧迫感和责任感，使人们牢固树立防洪减灾意识，积极采取防洪减灾的各项措施。
国外防洪减灾体系
美国在防洪组织体系方面有着先进的经验，美国联邦政府参与防洪救灾的部门主要包括陆军工程师团、国家气象局、国家地质调查局、国家垦务局和联邦紧急事务管理署。其中陆军工程师团是承担防洪任务的核心部门。这些部门责任明确，分工合作，相互尊重，从洪水的预报预警到灾后抢险救援工作，各个环节都做得很好，使洪水灾害的损失降低到最小。
日本也非常重视防洪机构的设置，日本的河流按照河川法分成3个等级，其中一级河川109条，由日本中央直接管辖，即由建设省负责规划、建设和管理，资金也由建设省下达。从上到下统一规划，立足长远，避免重复和浪费，减少矛盾。完善的防洪组织体系，是有效组织全社会人力、物力、财力进行防洪抗灾，把洪水灾害减少到最小限度的必要措施。
如何进行防洪工程措施
防洪工程是指为了防御洪水或减免洪水灾害而修建的水利工程。防洪工程措施对洪水的作用主要有如下几方面。
1.挡
主要是运用工程措施挡住洪水对保护对象的侵袭。如修筑河堤防御河、湖洪水泛滥；修围堤限制分洪区淹没范围；修海堤和防潮闸防御海潮、风浪的侵袭等。
2.泄
主要是增加河道泄洪能力，如修分洪道、整治河道（扩大河槽、裁弯取直等），沿河修堤也有增加泄洪能力的作用，这些措施对防御常遇洪水较为经济，容易实行，因此得到广泛的采用。
3.蓄
主要作用是拦蓄（滞）调节洪水，削减洪峰，为下游减少防洪负担。如水库、蓄滞洪区等。水库具有调蓄洪水能力，用水库蓄洪一般可以结合水资源开发利用，发挥综合效益，故成为近代河流治理开发中普遍采用的方法。
防洪非工程措施的具体应用
防洪非工程措施是指通过法令、政策、经济和防洪工程以外的技术手段，减少洪水灾害损失的措施。一般包括以下内容。
1.建立洪水预报和警报系统
在洪水到达之前，利用卫星、雷达和电子计算机，把遥测收集到的水文气象数据，通过无线电系统传输，进行综合处理，准确做出洪峰、洪量、洪水位、流速、洪水到达时间、洪水历时等洪水特征值的预报，密切配合防洪工程，进行洪水调度；及时对洪泛区发出警报，组织居民撤离，以减少洪灾损失。一般来说，洪水预报精度愈高，预见期愈长，减少洪水灾害损失的作用就愈大。
2.制定超标准洪水防御措施
针对可能发生的超标准洪水，提出在现有防洪工程设施下最大限度减少洪灾损失的防御方案、对策和措施。
3.救灾与实行洪水保险
依靠社会筹措资金、国家拨款或国际援助进行救济。凡参加洪水保险者定期缴纳保险费，在遭受洪水灾害后按规定得到赔偿，以迅速恢复生产和保障正常生活。
4.对洪泛区进行管理
通过政府颁布法令或条例，对洪泛区进行管理。一方面，对洪泛区利用的不合理现状进行限制或调整，对不合理开发洪泛区采用较高税率，给予限制；另一方面，对洪泛区的土地利用和生产结构进行规划，达到合理开发，防止无限侵占洪泛区，以减少洪灾损失。
5.制订撤离计划
在洪泛区设立各类水标志，并事先建立救护组织、抢救设备，确定撤退路线、方式、次序以及安置等计划，根据发布的警报，将处于洪水威胁地区的人员和主要财产安全撤出。
6.进行河道管理
对河道范围内修建建筑物、地面开挖、土石搬迁、土地利用、植树砍树等进行管理。
7.制定、执行有关防洪的法规、政策
将古今中外成功的防洪经验和应当吸取的教训，以法规、政策的形式规定下来，把防洪工作纳入法制轨道。
储水与防洪
包括密西西比河在内的很多大河的较低河段边缘都存在一些湿地，即使现在已经不见了，至少过去曾经有过。湿地吸收河流中溢出的水，因此保护了邻近地区免遭水灾。
在河流的旁边通常有一些地势低矮的田地，那里的地面总是十分潮湿，生长着芦苇、香蒲、灯心草和其他一些看似草却不是草的植物。某些小水塘的里面或周围也生长着一簇簇不同种类的植物。有时，这些地区变得干燥一些，可以放牧牛羊，也有充足的草供农民们做干草。这样的区域叫做草甸，在英国叫水草滩。如果这里的水深一些，持续的时间久一些，那么就成为沼泽湿地。
大雨过后或山上融雪时，河流水位往往会上升甚至溢出，淹没邻近的湿地。水可能在这里存留一段时间，直至河流水位降下，然后再缓慢地流入河中，或者只是在湿地上流动，使河流变宽，同时也减慢了水流的速度。在较远的下游处，水会重新排放到河流的主河道中。
设想一下湿地中的水被排干的情景。在干燥的季节里，河流水位较低时，人们为了降低地下水面，在地下安装排水设施将水转移到河流里面。然后，为了不让水回渗，将河岸封住。这时，河岸边的土地既可以耕种又可以建造房屋，人们也确实多次对这类地区进行开发。然而，若干年后，房屋下面的土地干枯萎缩，房屋的重量使土地下陷，地基就会断裂。同时，化粪池也会断裂，里面的污物泄漏到河流中，对水生动植物造成伤害，也污染了下游的人们灌溉所需的水源。
河流仍旧会发生周期性的上涨，然后决堤。而此时，再也没有一条湿地带来存水或控制水的运动了，取而代之的是耕种庄稼的农田和有人居住的房屋。河流泛滥后，河水淹没农田，冲进房屋，并肆无忌惮地涌向下游，引起下游水灾。过去，河岸边的土地也经常发生洪水，但是那时的洪水发生区域有限，并且不会造成损失。生长在河岸边的植物在湿地条件下生长繁茂，陆栖动物也会在洪水退去后回到这里。只有在湿地被排干、留作他用以后，洪水才会带来巨大损失。