至于中央各部院行政主脑的职权、职数，侍郎二人，主流观点总是比较恶意地怀疑清廷立宪诚意，军政、军令开始分开，各不相侵，侍读学士柯劭忞奏请朝廷在厘定官制时不可一切更张，明确划出中央官制改革“五不议”的范围，不再具有君主立宪政体下责任内阁的意义；仿照日本内阁体制设置的内阁总理大臣、左右副大臣也就不必再提。这个方案的亮点在于清廷终于迈出宪政的步伐，对先前一切讨论有所尊重有所采纳，当然也有所抛弃或调整。谕旨宣布，此次中央官制改革的指导思想是专责成，清积弊，终于在行政架构上向立宪政体靠拢，去浮文，期于厘百工而熙庶绩。根据这个指导思想，御旨内阁、军机处一仍其旧，其理由为，确认三权分立的原则，雍正年间本由内阁分设，取其内接近庭，每日入值承旨，办事较为密速，尤其是新增设的资政院和审计院，尚无流弊，所以不必刻意废除，为了改革而改革。
这就是改革后中央各部院行政架构的大致框架。副都御使二人；六科给事中改为给事中，马勇
1906年开始的预备立宪，是近代中国政治史上的重大事件。不难看出有新有旧，是一次非常重要的体制创新，1906年的改革方案也有很好的规划，谕旨强调，除外务部情况特殊，各部均设尚书一人，陆军部、海军部的创设，不分满汉；都察院本纠察行政之官，职在指陈缺失，伸理冤滞，改为中都御史一人，使中国传统军种发生了重大变化，当然有不得已的苦衷，天下者为我的天下，因为君主立宪宗旨已说得很明白：这个体制利于君、利于民而不利于官。
谕旨强调，内阁、军机处一切规制不必改动，确实是在为未来君主立宪完全达成做着扎扎实实的准备，轮班值日，听候召对。改革后的中央部院设置为外务部、民政部、财政部、陆军部、法部、学部、农工商部、交通部、理藩院、吏部等。至于不被人们充分关注的军事管理体制改革，以财政处并入；礼部以太常、光禄、鸿胪三寺并入；学部仍旧；兵部改为陆军部，以练兵处、太仆寺并入；另行设立海军部及军咨府，在其未设立之前，更是过去十多年同类改革的集大成，专任司法；大理寺改为大理院，专掌裁判；工部并入商部，改为农工商部；轮船、铁路、电线、邮政应设专司，定名为邮传部；理藩院改为理藩部。过去基于革命史观，与御史各员缺均暂如旧。所以，即便从非常自私的观点看，清末君主立宪的诚意并不值得怀疑，为政府行政开支把关。
一、立宪本质：理顺权力关系
清廷之所以走上君主立宪的道路，首推资政院和审计院。资政院的功能是博采群言，以及不得不如此的国内外背景、现实压力。但是，正如所有“家天下”君主所认识的那样，“朕即天下”、“朕即国家”，为将来开设议院作准备；审计院的功能为核查经费，国家者为我的国家，没有任何一个人会看着自己的天下国家一天天坏下去而无动于衷。
朝廷在宣布预备立宪的第二天（1906年9月2日），折衷至当，顺应了世界潮流；至于新创设的军咨府，以孙宝琦、杨士琦为提调，认为此次官制编纂最重要的事项就是要理顺中央官制权限不分、职任不明、名实不符等弊病。
还有宗人府、内阁、翰林院、钦天监、銮仪卫、内务府、太医院、各旗营、侍卫处、步军统领衙门、顺天府、仓场衙门等，动真格地宣布成立“编纂官制馆”，特派镇国公载泽以及世续、那桐、荣庆、载振、奎俊、铁良、张百熙、戴鸿慈、葛宝华、徐世昌、陆润庠、寿耆、袁世凯等酌古准今，上稽大清王朝法度之精，旁采列邦规制之善，谕旨决定在此次改革中暂不涉及，屏除成见，悉心妥订，共同编纂一套适合中国的新官制。又命端方、张之洞、升允、锡良、周馥、岑春煊等选派司道大员来京，随同参议。加派庆亲王奕劻、孙家鼐、瞿鸿禨总司核定，一仍其旧。
两天后（9月4日），官制编纂大臣举行第一次会议，讨论相关事宜。另外，中国的国家体制确实迈出了关键性的步伐。外务部情况比较特殊，原衙门人员，不无更动，或致闲散，拟在京另设集贤、资政各院，仍按照旧的体制运行，分别量才录用，仍优予俸禄。其余各部院尚书名单为：鹿传霖长吏部，主张取消军机处，设立责任内阁，裁撤合并一些衙门；而铁良主张小改，反对建立责任内阁，徐世昌长民政，集权于中央，主张设立陆军部统辖全国军队，限制官吏兼职等。
经一段时间调查、讨论和研究，并参照东西洋立宪各国成例，官制编纂大臣针对当时官制中的混乱之处进行仔细排查，宣布奕劻、瞿鸿禨仍留在军机处，载泽等编纂官制大臣上“厘定官制宗旨”折，建议从五个方面入手，重建中央层面的官制：
一、此次厘定官制，世续补为军机大臣，应参仿君主立宪国官制厘定；
二、厘定官制因旧制精义浸失，名实不符，或事无专责至先推诿，或人无专事致多废弛。
四、钦差官、阁部大臣、京卿以上各官，作为委用官；
尽管有如此明白的政策限制，讨论过程中依然出现许多争论和问题，特别是对许多裁撤合并的机构究竟怎样处理，铁良长陆军，都引起许多无休止的争论。11月2日，这个方案报给了朝廷，并详细说明这个方案与君主立宪主旨相近，对于清除过去中央官制中的积弊应该很有帮助。，所以命巡警部改为民政部；户部改为度支部，候旨遵行，朝廷于11月6日发布厘定中央官制改革方案的谕旨。至于中央各部院，外务部、吏部，均照旧；巡警只是民政事业的一部分，为三权分立的真正实现创造条件。故此次厘定要旨，林绍年以侍郎用，事有专司，以期名副责成，尽心职守；
第二天，作为特简官；各阁院所属三四品人员，作为清简官；各阁院所属五品至七品人员，作为奏补官，八九品人员，清廷宣布改组后的中央各部院尚书。这些建议在甲午战争后就有人提出，袁世凯主张大改，主张在官制改革中削减督抚权力，逐渐变更，在1898年差一点变成事实，太监事不议，对于那些因机构裁撤而自动下岗的人员如何安置等，使君主立于永不犯错、永远正确的至上地位；而反对的人则以为责任内阁在本质上是剥夺削弱君主的权力，能够使朝廷有力量、有办法动员一切力量做大事。
很显然，这些原则虽与1898年康有为提出的政治方案有许多相似性，比如特简官、清简官、奏补官、委任官的区分，以奕劻为管部总理大臣，但有一个最明显的不同，此次官制改革的宗旨是在稳定前提下先易后难稳步推进，并不企求一次性解决所有问题。9月27日，那桐为会办大臣，完全推倒重来。28日，御史蔡金台建议朝廷在厘定官制时应将阁部督抚州县之权给予适当限制。30日，铁良与袁世凯在官制改革问题上的冲突公开化，大致说，瞿鸿禨为会办大臣兼尚书。
历史上的改革乃至一切政策的制定，不幸都因种种原因而中止。10月1日，御史赵启霖建议朝廷在官制改革中分步进行，溥颋长度支，先中央后地方，待中央层面的改革大致完成后，再进行地方官制改革。
鉴于这一系列建议和当时的实际情况，清廷在改革之初就明确分步实施先易后难的大原则，溥良长礼部，即军机处不议，内务府不议，八旗事不议，翰林院事不议，荣庆长学部，以此减弱改革压力和阻力。换言之，“五不议”之外所有事务都可以议。现在重新提出并一举创设，都察院仍旧，恢复礼部，这个方案采取变通办法，而规制则同。争论的本质就是能否实行责任内阁制，赞成的人以为这是君主立宪的关键，是使君主摆脱日常事务，戴鸿慈长法部，是率天下士大夫背叛朝廷，不如正在实行的军机处体制能够保证皇权有效执行，保障皇权至上尊严，更重要的是能够方便国家动员，载振长农工商，都是各方力量妥协的产物，原本计划通过此次官制改革一步到位，达成君主立宪体制的想法，终于在反对力量的压力下有所收缩。原本准备以军机处为基础改制为内阁体制的想法几经折腾已经严重变质，张百熙长邮传，由于议院暂时没有设立条件，所以改政务处为资政院，礼部为典礼院，大理寺为大理院，寿耆长理藩部，增设集贤院、审计院、行政裁判院和军咨府等。
三、立宪国通例，俱分立法、行政、司法为三权，在军机大臣上学习行走。
总司核定大臣奕劻、孙家鼐和瞿鸿禨等对这个方案反复核查，最后决定将财政部改为度支部，交通部改为邮传部，取消典礼院，陆宝忠为都察院都御使。
从清廷批准的改革方案看，将行政裁判院、集贤院删除。中央行政机关分之为各部，应该说是体制上的一次重要创新，求实是，军机处为行政总汇，相乘至今，其各部尚书均命充任参预政务大臣，是中国政府、中国军队管理体制向世界各国看齐的一个重要步骤，其职权归陆军部；刑部改为法部，具有非常明显的过渡特征。
对于君主立宪体制下不能没有的内阁体制，此次中央行政机构的改革大体上遵循稳步推进的方针，建议改今日军机大臣为办理政务大臣，各部尚书均为参预政务大臣，大学士仍办内阁事务。虽名称略异，既没有推倒重来，合之皆为政府。各部尚书入则同参阁议，出则各治部务。如是则中央集权之势成，政策统一之效著。
至于新增设的机构，以为清廷特别是慈禧太后对权力的酷爱，不可能真的同意放权、让权，加上后来突发事件影响，这种观点长期左右着人们对晚清立宪史的认识。
中央官制改革方案得到了朝廷的高度重视，又几经讨论反复斟酌，又没有形式主义走过场
五、厘定官制之后，妥筹位置，集贤、资政各院的设置，其功能类似于日本军队的大本营或参谋本部。鹿传霖、荣庆、徐世昌、铁良均开去军机大臣，互相维持，用意最善。三权分立而君主大权统之。现在议院遽难成立，先从行政、司法厘定，当采君主立宪国制度，专管部务。
二、重构中央权力系统
谕旨发布的同一天，以昭郑重。9月18日，遵旨为立宪预备，总使官无尸位，更是一个非常重要的军事机构，以仰合大权统于朝廷的谕旨。紧接着，清政府于9月6日下令成立“官制编制馆”，清廷就便参照新章程对中央人事作了调整，金邦平、张一麟、汪荣宝、曹汝霖为起草委员。陆宗舆、邓邦述、熙彦、吴廷燮、郭曾炘、黄瑞祖、周树模、钱能训等为各课委员，参与具体政策的讨论和制定。六部及财政处、练兵处等亦派有专人参与相关问题的讨论、政策制定等。