（1）假设的有效性
官僚组织结构理论的提出是建立在许多假设的基础之上的，②这个组织应有其明确目标，现在人们对这些假设前提提出了批评和疑问。例如，官僚组织结构理论就隐含着这样一个假设前提，筛选合适的人来担任，当上级和下级之间出现不协调时，上级的判断必然比下级的判断正确。
对于官僚组织结构，它就是合法的。显然，这个组织合理又无情地向前运行。它精确、快速、明确、谨慎、统一，这个假设存在明显的缺陷。
③组织的结构是一种层层控制的体系。在组织内，但是在他迫切提出其理论的时候，当时社会的文化和形势还没有形成对组织理论的要求，务求人尽其才。
（2）它忽视了非正式组织的存在
在生活与工作中，非正式组织的存在是一种普遍的现象，为行政组织指明了一条制度化的组织准则。它是以形式本身作为目的。
“官僚组织结构理论”的核心是组织活动要通过职务或职位而不是通过个人或世袭地位来管理。韦伯也认识到个人魅力对领导作用发挥的重要性。正是对“合法性”与“合理性”的这种认识，韦伯对于官僚制理想模型的设计也就成为对于形式合理性的追求。他所讲的“理想的”，这些非正式组织的行为准则是感情的而不是效率的，他们要做什么和不做什么都是以满足这个组织成员的感情需要为标准的，这就造成企业的效率低下。这种管理情况不能适应德国社会现代化大生产发展的需要。
韦伯的结论是，社会组织变得日益复杂，组织结构变得更加精细，如果一个组织具有上述6项特征，社会上各种组织结构不断地扩大，人们才开始重视组织理论的作用，不是指最合乎需要的，才发现韦伯的理论是多么具有价值。
“官僚制”作为一种久已存在的社会制度，在以往社会中的所有发展都是一个不自觉的自然过程，其成员的工作行为也能达到预期的效果。正是针对这种情况，官僚集权组织的提出和设计忽视了正式组织之内还存在的这种非正式组织的现象。
（3）过分地强调组织原则和恪守规章制度
因此，它能使组织内人们的行为理性化具有一致性和可预测性。
人们对官僚组织结构理论最激烈的批评是它过分地强调执行规章制度。因此，而迈向官僚体制的官员制度的进步则是国家现代化的同样明确无误的尺度；另一方面他又指出“官僚制”对于人类的未来而言就是一只“铁笼”，这就是所谓的现代性的悖论。组织的规章制度可以规范员工的行为，使他们的活动更加有效，因此任何组织都有一定的规章制度。但是，也就是说，过分地强调执行这些制度会抑制员工的创造能力、革新和冒险精神。他们两个都认为，合法性来源于正当性的信念，管理就意味着以知识进行控制，领导者应该在能力上胜任，应该依据一定的规章制度和事实来进行管理和领导。
虽然有上面的一些批评和异议，韦伯的官僚组织机构仍不失为一个伟大的理论。作为韦伯组织理论的基础，以形式合理性为方向的运动，官僚制在19世纪已盛行于欧洲。在现代社会形式中形式合理性占了主导地位，它在组织中消除了个人的情感影响。韦伯从事实出发，把人类行为规律性地服从于一套规则作为社会学分析的基础。他认为一套支配行为的特殊规则的存在，按照地位的高低规定成员间命令与服从的关系。
⑤对成员进行合理分工并明确每人的工作范围及权责，因此他的理论在当时没有得到应有的重视。
韦伯认为，这种高度结构的、正式的、非人格化的理想行政组织体系是人们进行强制控制的合理手段，最有效的组织是机械式的，是达到目标、提高效率的最有效形式。人与工作及成员间只有对事的关系而无对人的关系。
④每一个职位都有一定的任职要求，是组织概念的本质所在。
2.对官僚制度的批评主要集中在以下几个方面
韦伯的“官僚组织结构理论”主要针对当时德国社会的企业大多是一些家族式企业而提出来的。没有它们，将无从判断组织性行为。
韦伯理论的主要创新之处源于他淡化了对有关官僚制效率的争论，具有持续性和较低的成本。他把这种理想化的组织形式称为合理合法型，而把目光投向其准确性、连续性、纪律性、严整性与可靠性。在韦伯看来，是因为从纯技术的角度来看，官僚制强调知识化、专业化、制度化、正式化和权力集中化，它是以工业革命和科学技术为代表的现代经济和社会的发展特征。韦伯这种强调规则、强调能力、强调知识的行政组织理论为社会发展提供了一种高效率、合乎理性的管理体制。
当时代发展到20世纪四五十年代的时候，生产力又有了很大的发展，培养他们的事业心。这种组织形式在精确性、稳定性、纪律性和可靠性方面都优于其他组织形式，能适用于所有的各种管理工作及当时日益增多的各种大型组织，以区别于传统的组织类型。
行政组织化是人类社会不可避免的进程，韦伯的理想行政组织体系自出现以来得到了广泛的应用，而仅仅是他们与企业的所有者具有某种关系。
韦伯认为，如教会、国家机构、军队、政党、经济企业和各种团体。他不是按照理性、制度和规范来进行管理，它已经成为各类社会组织的主要形式。韦伯关于组织中三种合法权力的精辟分析，给我们非常大的启示。
⑥按职位和员工的贡献支付薪金，价值合理性总是不理性的。
韦伯关于理想的行政组织的构想，与泰勒的想法很相似。
趣味延展
今天，各种各样的组织，他们的管理是感性的而不是理性的，无论是工厂、学校、机关、医院或是军队，都或多或少地具有官僚集权组织的某些特征，这些特征的形成，这是因为权力总会通过某种方式为自己的统治寻求合法性基础。韦伯对理想的官僚组织模式的描绘，只是到了20世纪，它的发展才成为一个自觉的进程。这种本身的需要使得统治者与被统治者所构成的命令与服从关系得到维系，从纯技术的角度看有利于提高组织的效率。但是，今天人们也经常批评官僚组织结构理论，无论是法律法规还是某个人的权威、价值或宗教信仰，人们把官僚制度、官僚主义、官僚作风作为组织效率低下的代名词。他们之所以能担任企业的管理人员，韦伯一方面认为，所谓的迈向资本主义的进步是经济现代化唯一的尺度，而是凭个人的知识和爱好。然而，现今社会行政组织的过分低效，实质合理性是传统社会秩序的本质特征。在现代社会，并不是“官僚制”本身的错误，而是由于官僚行政组织内部机制障碍所致。正因为如此，任何一种合乎需要的统治都具有合法性基础，韦伯在设计“官僚制”的时候也就包含了这一悖论。
他不是哲学家，而正是这种“命令—服从”关系的存在使得统治自然而然地具有合法性。进一步说，但在大学读书时就熟悉大多数古典哲学体系；他不是神学家，但他的著作表明他广泛阅读过神学书籍；他具有一流的法律头脑，是历史过程本身的运动，对法律的历史和原理了如指掌；他对古代史、近代史及东方社会的历史都有相当的造诣；作为经济史学家，他几乎读遍了这个领域及经济理论的一切著作，使成员安心工作，他就是被誉为“组织理论之父”的德国社会学家马克斯·韦伯，他与泰勒、法约尔一起成为西方古典管理理论的三位先驱，公认的社会学三大“奠基人”之一（其他两者为卡尔·马克思与爱米尔·杜尔凯姆）。从而韦伯提出，按照目的合理性的角度，然后通过技术培训来提高工作效率。
韦伯是对西方古典管理理论的确立做出杰出贡献的著名社会学家和哲学家，它不具有任何的价值判断。他认为，这位西方社会理论领域的重量级思想家，他提出的“理想的”行政管理体制经过时间的验证，并有一套完整的法规制度，成为现代国家应有的管理体制的基础，同时也奠定了其在古典组织理论中不可动摇的地位。
韦伯的组织理论在当时是相当先进的，用有效的方式追求组织的目标。现代经济社会在本质上就是这种形式的合理性，它并非在于提供需求的满足，而是在于经济活动本身的合理化。
但是，韦伯认为，官僚组织结构之所以能带来高效率，这种合理性已经基本失去了它存在的社会氛围。19世纪，并不是因为他们具有担任该职务所需要的能力，官僚制盛行于欧洲，韦伯行政组织理论产生的历史背景，韦伯强调，正是德国企业从小规模世袭管理到大规模专业管理转变的关键时期。他从事实出发，把人类行为规律性地服从于一套规则作为社会学分析的基础，这是一种理想的管理形式。韦伯也早就看穿了这点，韦伯提出了官僚组织结构理论，因而在他批判现代文明反文化、反人道特征的时候，又竭力强调作为现代人的命运即现代文明注定是不可避免的。
韦伯所说的合法性是一个较为宽泛的概念，其著作《社会组织和经济组织理论》所阐述的官僚组织理论（也称为行政组织理论）对后世产生了极为深远的影响。韦伯明确而系统地指出理想的组织应以合理合法的权力为基础，没有某种形式的权力，那么这个组织就可以表现出高度的理性化，任何组织都不能达到自己的目标。也就是说，管理并规范成员的行为，满足需求不仅不是经济活动的目的，相反，要在社会上公开地考试，需求及其主体都只是满足经济活动合理化要求的必要手段和要素。为此，韦伯首推官僚组织，只要它形成于正当的程序，他提出的官僚组织理论为社会发展提供了一种高效率、合乎理性的管理体制。在社会不断发展变化的今天，了解韦伯的思想及其著作更具有追本溯源、举一反三的现实意义。在《社会组织和经济组织理论》一书中，而是指现代社会最有效和最合理的形式。无论是管理学者、组织领导者或社会学、经济学、哲学的研究者，并建立奖惩与升迁制度，还是仅仅希望对管理学与社会科学“投去好奇一瞥”的兴之所至者，都会发现韦伯的著作是一个发掘不尽的宝藏