一、规章制度和重大事项的决定程序
规章制度的制定程序关键是要保证制定出来的规章制度内容具有民主性和科学性。规章制度的大多数内容与职工的权利密切相关，让广大职工参与规章制度的制定，可以有效地杜绝用人单位独断专行，防止用人单位利用规章制度侵犯劳动者的合法权益。
1.关于规章制度制定程序引起的争议。职工参与企业民主管理，是企业管理制度的一个重要内容。这不仅仅是我国社会主义企业管理的特色，也是世界范围内企业管理的一个趋势。职工如何参与企业管理，在哪些事项上，以什么形式和途径参与，我国的相关法律都作了规定。
《劳动法》第八条规定：“劳动者依照法律规定，通过职工大会、职工代表大会或者其他形式，参与民主管理或者就保护劳动者合法权益与用人单位进行平等协商。”
《工会法》第三十八条：“企业、事业单位研究经营管理和发展的重大问题应当听取工会的意见；召开讨论有关工资、福利、劳动安全卫生、社会保险等涉及职工切身利益的会议，必须有工会代表参加。”
《公司法》第十八条第三款规定：“公司研究决定改制以及经营方面的重大问题、制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见，并通过职工代表大会或者其他形式听取职工的意见和建议。”
在立法过程中，草案曾经规定：“规章制度涉及劳动者切身利益的，应当经工会、职工大会或者职工代表大会讨论通过，或者通过平等协商作出规定。”这样规定曾经引起较大的分歧。
一种意见认为制定规章制度和决定重大事项是企业经营管理的自主权，是用人单位的“单决权”。用人单位在制定规章制度和决定重大事项时只要听取工会和职工的意见就可以了，规定经工会、职工大会或者职工代表大会讨论通过，如果意见不统一，势必造成规章制度或者重大事项久拖不决，用人单位的管理将无所事从。这样规定，限制了用人单位的经营自主权，实践中无法操作。
另一种意见认为，用人单位制定规章制度应当有劳动者参与，从国外的情况看，涉及职工切身利益的事项，很多都是用人单位和职工双方共同决定的内容，属于“共决权”。我国的《全民所有制工业企业职工代表大会条例》规定，属于职工代表大会职权范围内的企业规章制度，应当经职工代表大会审议通过。最后，综合考虑各方面意见，本法规定：“用人单位在制定、修改或者决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”本法规定是针对所有企业的规章制度的制定程序，强调通过平等协商确定，并不影响国有企业继续按照《全民所有制工业企业职工代表大会条例》的有关规定执行。
2.平等协商的内容：直接涉及劳动者切身利益的劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等规章制度或者重大事项。规章制度如工作时间、休息休假、劳动安全卫生、劳动纪律以及劳动定额管理等规章制度，重大事项如劳动报酬、保险福利、职工培训等。
3.具体制定程序：根据本条的规定，制定规章制度或者决定重大事项，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。所以，这个程序分为两个步骤：第一步是经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见；第二步是与工会或者职工代表平等协商确定。一般来说，企业建立了工会的，与企业工会协商确定；没有建立工会的，与职工代表协商确定。这种程序，可以说是“先民主，后集中”。
一、规章制度的异议程序
用人单位的规章制度既要符合法律、法规的规定，也要合理，符合社会道德。实践中有些用人单位的规章制度虽然不违法，但不合理，不适当。如有的企业规章制度规定一顿吃饭只能几分钟吃完，一天只能上几次厕所，一次只能几分钟等。这些虽然不违法法律、法规的规定，但不合理，也应当有纠正机制。因此，本条规定在规章制度实施过程中，工会或者职工认为用人单位的规章制度不适当的，有权向用人单位提出，通过协商作出修改完善。
三、规章制度的告知程序
规章制度是劳动合同的一部分，要让劳动者遵守执行，应当让劳动者知道，向所有员工公示，方始有效。因此，本条规定，直接涉及劳动者切身利益的规章制度应当公示，或者告知劳动者。关于告知的方式有很多种，实践中，有的用人单位是在企业的告示栏张贴告示；有的用人单位是把规章制度作为劳动合同的附件发给劳动者；有的用人单位是向每个劳动者发放员工手册；内部局域网发布，并应要求收件回执；公证等。无论哪种方式，只要让劳动者知道就可以。
经上述程序制定的规章制度，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。
另外，本法第八十条还规定：“用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。”
[相关法律法规]
《劳动法》
第四条用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
第八条劳动者依照法律规定，通过职工大会、职工代表大会或者其他形式，参与民主管理或者就保护劳动者合法权益与用人单位进行平等协商。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》
（法释（2001）14号，2001年4月30日施行）第十九条用人单位根据《劳动法》第四条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（二）》法释（2006）6号，2006年10月1日施行）第十六条用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。
《中华人民共和国公司法》（2005年修订，自2006年1月1日起施行）：
第十八条公司职工依照《中华人民共和国工会法》组织工会，开展工会活动，维护职工合法权益。公司应当为本公司工会提供必要的活动条件。公司工会代表职工就职工的劳动报酬、工作时间、福利、保险和劳动安全卫生等事项依法与公司签订集体合同。
公司依照宪法和有关法律的规定，通过职工代表大会或者其他形式，实行民主管理。
公司研究决定改制以及经营方面的重大问题、制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见，并通过职工代表大会或者其他形式听取职工的意见和建议。
《劳动部关于对新开办用人单位实行劳动规章制度备案制度的通知》（1997年1。1月25日）：
一、新开办用人单位应依照《劳动法》的有关规定制定劳动规章制度（主要包括：劳动合同管理、工资管理、社会保险福利待遇、工时休假、职工奖惩，以及其他劳动管理规定），并在正式开业后半年内将制定的劳动规章制度报送当地劳动行政部门备案。劳动行政部门在组织巡视监察活动时，要检查新开办用人单位制定劳动规章制度的情况，并督促其按时报送备案；对制定的规章制度违反劳动法律法规、不按规定期限报送备案的，应依法给予行政处罚。
《现代企业制度试点企业劳动工资社会保险制度改革办法》
八、企业应遵守国家有关劳动法律、法规和规章，加强劳动法制的宣传教育，依法保障职工合法权益。企业制定的有关劳动管理的规章制度，应抄报劳动行政部门备案。企业应自觉接受劳动监察，提供真实情况，认真执行劳动监察机构的处理决定。