清初满蒙联姻是一项既定国策。皇太极时，蒙古族女子几乎垄断后宫，仅科尔沁贝勒寨桑一家，有封号的就有三位——皇后博尔济吉特氏（孝庄的姑妈）、宸妃博尔济吉特氏（孝庄之姐）及孝庄文皇后博尔济吉特氏。
孝庄从蒙古大草原来到盛京，给皇太极生下一男三女（儿子福临即后来的顺治皇帝），崇德元年皇太极称帝时被封为永福宫庄妃，为后宫五大妃子之末。
在皇太极生前，孝庄在后宫的地位并不显赫。后官统摄一切的是她姑妈，而受到皇太极专宠的则是她姐姐宸妃。
崇德七年（1642年）三月，清军俘获明朝蓟辽总督洪承畴，皇太极大喜。洪承畴是明朝很有影响的封疆大员，收服他对于收揽汉族知识分子之心、瓦解明朝统治具有非常的意义。皇太极下令把洪押到盛京，派汉臣范文程等轮番劝说，洪承畴“延颈承刀，始终不屈”，为此皇太极颇费踌躇，食不甘昧。孝庄看到这种状况，毛遂自荐，亲自去劝说。她扮作一个待女，身上藏了一壶人参汁，来到洪承畴的居处，温颜婉语，“以壶承其唇”，一口一口给他灌下人参汁，动之以情，晓之以理，经过数天的努力，终于说服洪承畴投到清军辕下。而这个也是野史，没有任何史料加以佐证。
由于孝庄在皇太极后期，经常留意参与清廷的政治活动，她的政治素质和才能得到了磨炼，很快脱颖而出。当重大政治事变突然发生的时候，这种才能就明显地显示出来了。
崇德八年八月初九日（1643年9月21日），戎马一生的皇太极因病身亡。由于生前没有指定皇位继承人，朝中出现了权力真空，造成诸王争位的混乱局面。最终，各派达成妥协，立年仅六岁的福临为帝，这时福临的生母庄妃作为五大后妃的地位起到了重要作用，八月廿六日（10月8日），登基大典再次在盛京皇宫的大政殿举行，第一次在此登基的是丈夫皇太极，而今天则是庄妃年仅六岁的儿子福临。皇太极崩逝，作为一国之尊当是中宫皇后哲哲。出于本能，她一定会为维护母家科尔沁的利益而推举庄妃所生的福临。这样庄妃与皇后就站在了同一条战线上。史料记载给人的印象是由于皇太极长子肃亲王豪格与皇太极十四弟睿亲王多尔衮两个争位的人势均力敌，所以才鹬蚌相争，渔翁得利——庄妃之子福临登上了皇位。其实，这只是事情的一个方面。从庄妃以后的作为及当时两黄旗大臣态度微妙的变化，还是可以推断出庄妃在福临即位的问题上不遗余力地展示了其卓越的政治才能。
最初两黄旗大臣拥立豪格是在肃亲王王府盟过誓的，但召开议政王大臣会议讨论由谁继承皇位时，两黄旗大臣却只提立皇子不提立豪格；而此前雄心勃勃要与多尔衮一争高下的豪格在态度上也来了一个大转弯，称自己福小命薄，难当重任并离席而去。这不是豪格表面上所做的一种姿态，离常而去是弃权的表示，哪里有一点与多尔衮势均力敌的样子。但是多尔衮却并未当上皇帝，因为就在此时，大政殿内的两黄旗大臣都抽出佩剑上前，誓死要立皇子，大政殿外两黄旗护军侍卫刀出鞘、箭上弦，紧紧包圈了议政会议所在地。大家想象一下，如果此时不让福临即位哪个能活着出宫？在皇宫中舞刀弄枪，没有中宫皇后哲哲及庄妃的默许是无人敢为的。
应该说，庄妃的对手多尔衮也是位政治家。权衡之下，他选择了拥立幼子福临而自己做摄政王，为其于顺治初年独揽朝纲做了铺垫。福临即位登基，改年号为顺治，庄妃被尊为“圣母皇太后”。
多尔衮对皇位早已垂涎，为什么关键时刻主动放弃？缺乏与豪格抗衡的力量？
未必。或许是多尔衮从大局出发，为避免内乱而作退让。但促成这一举动的，还有一个不可忽略的因素——孝庄的幕后活动。
作为爱新觉罗家族的一员，孝庄无疑是明白内乱会造成什么危害的，一要使双方的对立缓和，只有异中求同，一使双方的要求都得到部分满足——既要满足两黄旗大臣立皇子的要求，又要使多尔衮的权力欲望不致落空，解决这个问题的唯一办法是扶立幼主；当时年纪幼小的皇子有四五个，谁来占踞天子宝座？孝庄施展手腕，笼络多尔衮，使多尔衮采纳了她的方案，把她儿子福临抱上了御座。
慑政王专权掌政，庄太后委曲求全
实际上多尔衮对皇位是非常向往的。由于他在诸王大会上首倡立福临，格局一成，便难以出尔反尔，推翻前议了。虽然他高居摄政王之位，掌握大清军政大权，一人之下，万人之上，但毕竟没有畅其所愿，还是一种缺憾，因此，在激烈动荡的戎马生涯之余，他的精神世界便陷入一种自相矛盾、懊悔愁苦和自怨自责的痛苦之中。随着他功业的累进，他的权力欲愈益炽烈，到后来，这种像火一样烤炙着他的心的欲望，竟使他做出可笑的举动：偷用御用器皿、私造皇帝龙袍、对镜自赏等。
当年妨碍他获得皇位的豪格，在顺治元年（1644年）就被罗织罪名，废为庶人，也禁至死，豪格的福晋被他收系王府，纳为新人。与他同居辅政王之位的济尔哈朗，尽管一开始就很知趣地退避三舍，拱手将权力支出，但终因附依过豪格的前怨夙恨，于顺治四年（1647年）被罢职，第二年又降为郡王。多尔衮命史官按帝王之制为他撰写起居注，并营建规模超逾帝王的府第。大军调度、罚赏黜涉，一出己意，关内关外，只知有睿王一人。实际上，多尔衮掌握了一切权力。孝庄在多尔衮的步步进逼下，采取了隐忍、退让委曲求全的态度。她的方法是不断给多尔衮戴高帽、加封号，不使多尔衮废帝自立。顺治元年十月，加封为叔父摄政王，旋又加封皇叔父摄政王。顺治四年，停止多尔衮御前跪拜。最后，大约在顺治四年年底，孝庄以太后的身份下嫁摄政王，福临称多尔衮为皇父，诸臣上疏称皇父摄政王。遇元旦或庆贺大礼，多尔衮与皇帝一起，接受文武百宫跪拜。
太后下嫁摄政王一事，史学界尚有争议。有的小说家试图从爱情角度解释这桩婚姻，这恐怕有点理想主义。多尔衮生活放纵，拘豪格妻其妻，又擅娶朝鲜国王族女，一女不足其欲又娶一女，这是官书明载的事情。太后下嫁，迫于时势，有什么爱情可言，恐怕是不值推敲的。何况实际上，尽管孝庄退让一而再，再而三，最后屈身下嫁，多尔衮对皇位的觊觎丝毫没消退。有一次他还对人说：“若以我为君，以今上居储位，我何以有此病症！”福临即位后，诸臣多次提出给皇帝延师典学，多尔衮都置之不理，有意让福临荒于教育，做一个傻皇帝，致使福临十四岁亲政时，不识汉字，诸臣奏章，茫然不解。多尔衮对孝庄儿子如此，所谓“爱情”云云是很难令人信服的。
顺治七年（1650年）十二月，多尔衮出猎，死于喀喇城，被迫尊为“诚敬义皇帝”，用皇帝丧仪。福临亲政，未到两个月，即宣布多尔衮“谋篡大位”等种种罪状，削爵毁墓并撤去太庙牌位，籍没家产，多尔衮的党羽也受到清洗。在“倒多”过程中，和硕郑亲王济尔哈朗取而代之，成为一个新的权力集中点。孝庄敏锐地发现了这一苗头，防微杜渐，让福临发布上谕，宣布一切章奏悉进皇帝亲览，不必启济尔哈朗，消除了可能产生的隐患。年少的皇帝在太后的安排下理政、读书，如饥似渴地吸收汉文化，在大胆使用汉官、整顿吏治等方面，开创了清初政治新局面。
权力斗争刚告一段落，孝庄又陷入家庭矛盾的旋流，满蒙联姻是清太祖努尔哈赤在位时定下的既定国策。大清帝国的建立，蒙古八旗也立下汗马之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚为股肱的力量。为了确保这种关系代代相传，也为了保持自己家族的特殊地位，福临即位不久，孝庄就册立自己的侄女、蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后。顺治皇帝亲政当年，就大礼成婚，正中宫之位。自古帝王婚姻，总是带有明显的政治色彩，人的喜好与感情则是次要的。
而福临恰恰缺乏这种胸怀，他更多以自己的好恶来对待这种关系。皇后博尔济吉特氏聪明、漂亮，但喜欢奢侈，而且爱嫉妒。本来，作为一个贵族出身的女子，这些并不是什么大毛病，但福临却不能容忍，坚决要求废后另立。这个未成年的皇帝性格十分执拗，尽管大臣们屡次谏阻，仍然坚持己见，毫不退让。顺治十年（1653年）八月，孝庄见儿子实在没有回转余地，只好同意，皇后降为静妃，改居侧宫。