眼见皇帝对王安已经起了疑心，魏忠贤顺势指示自己在外廷的帮手霍维华上书弹劾王安。紧接着，魏忠贤又和客氏紧密配合，在皇帝面前大说王安的坏话。而作为皇帝的朱由校，或者被蒙在鼓里，或者对此事根本就不大关心。总之，在魏忠贤的密谋策划下，一道圣旨将大太监王安发配到了南海子的太监部队。随后，魏忠贤还觉得这事干得不够彻底，于是又指使自己的狗腿子将王安迫害致死，一举夺得了对内廷的绝对控制权。
王安的倒掉，对天启时代的政治板块造成了极大的影响。本来在朝野间颇具实力的东林党人，顿时丧失了自己最明亮的一双眼睛，完全失去了直接与皇帝交流的最佳渠道。王安的倒台在一定意义上代表了一种旧势力的倒掉和另一种新兴势力的崛起，而这新兴势力的大头领就是魏忠贤。对于王安的无妄之灾，东林党人也曾有心营救，但是不知道为什么，胡乱喊了两声之后却没了下文。这种虎头蛇尾的做法或许因为东林党人自身的洁癖使之不愿落下与宦官结交的口实，或许因为其他不为人知的原因，但不管怎么说，任由王安倒台而不强力声援，最终让东林党人在日后的政治斗争中吃尽了苦头。
干掉王安之后，魏忠贤毫不费力就从惜薪司升任司礼监秉笔太监，兼提督宝和三店。司礼监秉笔太监是皇帝身边最亲近的人，要代皇帝阅批大臣奏章。魏忠贤目不识丁，却在客氏的支持下得到了这个职位，实在是无厘头至极。对于这个自己完全不能胜任的职位，魏忠贤毫不犹豫就上任了。魏忠贤解决问题的办法也很独特，基本上是由亲信将艰涩难懂的奏折翻译成大白话，然后由他批示，再由亲信措辞写成文言格式。这种独一无二的问政方式实在是滑天下之大稽。而对于这种可笑至极的事情，皇帝朱由校并没有觉得有任何的不妥。童年时代和魏忠贤建立起来的感情，在这个时候成了皇帝心中最难以割舍的东西。本来就对政事颇为厌烦的朱由校，对魏忠贤和客印月的信任可以说是到了无可复加的地步。甚至可以说，在明里朱由校坐着大明帝国的龙椅，在暗里却是魏忠贤把握着实权。
从魏忠贤等大太监的发迹历史，我们还可以看到一个有趣的现象，就是他们大多数都在皇帝还是太子的时候就跟随左右，对这些大太监有着先入为主式的亲近，这也为魏忠贤们获取权力赢得了极大的便利。这些大太监们与皇帝之间虽非亲情却胜似亲情的关系，成就了大明帝国政治生活中一道独特的风景，而这也是作为帝国缔造者的朱元璋始料未及的。从这一点来说，我们也能明显地感到在明王朝皇权的传承中，父母给予子女的关心肯定是不够的。这直接造成了王储们与太监的过于亲密，也让数个皇帝从小就患上了一种无药可医的政治幼稚病。
事实上，我们回顾历史，有关魏忠贤的专权，除了他本人的钻营、客氏的配合之外，还有另外一层、同时也是最重要的原因，那就是皇帝的态度。在当时，天启皇帝朱由校年龄不过十四五岁，正是贪玩的年龄，处理政务基本是一窍不通，对于朝政他也完全不感兴趣。朱由校的梦想是成为皇宫里最伟大的木匠。作为皇帝奴才的魏忠贤投其所好，帮着这位小皇帝顺利地实现了自己的理想。作为回报，朱由校则渐渐地把处理奏折这样的大权交到了魏忠贤的手中，至此魏忠贤也基本完成了对皇权的控制。
与魏忠贤等太监们的专权大不相同的是客印月的突然走红。作为一个和皇帝没有任何血缘关系的奶妈，客氏的地位可归于低下一类。一般来说，像客氏这样身份低微的人对于皇室而言，和一头不会说话的奶牛没有太大区别。在皇子断奶之后，最多也就是赏些银子，然后就毫不留情地逐出宫门。但由于朱由校的母亲早逝，因此对于这个缺乏母爱的小皇子来说，客氏在一定程度上承担了母亲的角色，而她与皇帝的感情也在时间的推移中变得非同寻常。甚至于在之后朱由校的娶妻立妃等等皇家事宜中，客印月都扮演了非常重要的角色。
历史就这样赋予了客氏一个奇怪的身份，而客氏恰恰又算得上一个不让须眉的硬派女子。在后宫获得一定程度的权力之后，客氏非常灵活地运用着自己独特的身份，与魏忠贤的对食也可以看作是她巩固自己实力的做法。否则我们真的很难想象，像客氏这样一个生理健全的女人会对太监动什么心思。假如客氏真的是耐不住深宫寂寞，那么以她和皇帝的亲密关系，在宫外养个模样俊俏的小白脸应该不是什么难事。在这种情况下，客氏选择和颇具实力的太监结成对食，只能解释为她确实留恋宫廷生活并且想在后宫有所作为。而正是在客氏的全力配合下，魏忠贤才会轻而易举地获得了对内廷的绝对统治权。
在魏忠贤显耀宫闱的同时，对于宫内政治势力的变化，宫外的大臣们也非常清楚。于是，投靠魏忠贤成了很多人的选择。这一次，魏忠贤真正地走到了权利的前台。
摆平内廷之后，魏忠贤很是得意了一番。但是魏忠贤很清楚，如果要让自己的意志得到贯彻，那么结交官员、进而控制外廷是最重要的一步。而要想控制外廷，魏忠贤面对的最大对手就是以东林党人为代表的政治集团。作为多为知识分子的东林党人，仁义道德是他们常挂在嘴边的话，忠君爱国、刚正不阿是他们的行为准则。虽然这些他们也未必都能做到，但表面工夫他们却做得十足，平日里总是一副浩然天地、满身正气的样子。这一类型的人向来就不适合官场的斗争，更何况如今他们面对的是魏忠贤这样一个泼皮出身、出牌从不按常理的混蛋流氓。
除了广泛地培植自己的亲信力量，对于那些不听自己话的官员，魏忠贤也尽显自己狠辣果敢的一面，轻则罢官、重则杀头。但由于出身底层无赖，毫无治国头脑的魏忠贤虽然于结党营私颇有心得，却对如何治理国家狗屁不通。也就是在这一阶段，对权力已经极度贪婪的魏忠贤对帝国之中一些颇有良知的士人、官员大肆捕杀，特别是在对待朝野间势力极大、后世声誉颇佳的东林党人时，魏忠贤连施辣手、非死即废。基本上可以说，魏忠贤之所以留下千古骂名皆因此而起。其实结党未必一定招来骂声，少许的营私也不至于遗臭万年。真正让魏忠贤落得千古骂名的就是他对异己的残酷和对亲信的极度放纵，这种残酷和放纵导致帝国的政坛腐朽到了极点。
在干政的初期，朝野之间东林党的势力异常强大，因此魏忠贤并非一帆风顺。但由于东林党人恃才傲物，所以在当时的官场中也有不少积怨。而魏忠贤则大不相同，天生流氓的他，仗着江湖义气和豪爽作风很快就拉起了一支队伍。在这批人之中，有的自然是阿谀奉承、见缝插针的鼠辈，但也有一些是“拜了码头”愿意惟魏忠贤马首是瞻的死党。而日后，在朝野之间诸多对魏忠贤顶礼膜拜的人之中，却也不乏真心实意的狗腿子。一概而论的说阉党都是见风使舵的人自然也有失偏颇，魏忠贤获得如此巨大的“成功”还是有些小道理的。
在魏忠贤结交的外廷官员中，地位参差，开始时品级大都低下，多属于成事不足败事有余的搅屎棍角色，例如之前弹劾王安的霍维华。这些人更多的是让魏忠贤罩着，干点狗腿子差事，并不能给他提供太多的帮助。这种局面直到魏忠贤与内阁大学士沈潅结交才得到了根本的改变。
早在魏忠贤还是一般太监的时候，当时供职翰林院的沈潅曾给宫中的宦官们讲过课，由此细算，魏忠贤还是他的弟子。沈潅入阁之后，魏忠贤立刻和这位昔日的老师结为同盟。至此魏忠贤才算完成了自己权力联盟的骨架建设，羽翼也迅速地丰满了起来。在接下来的数年间，魏忠贤几乎是毫不费力地就组成了中国历史上空前绝后的“政治黑手党”。在魏党的组成人员中，有“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”。正如《明史》所说：“自内阁六部至四方总督巡抚，遍置死党。”至此，魏忠贤的政治触角真正地遍布了大明江山，而在这个基础之上，他也意识到权力的巩固还需要军人的支持，于是在北京城，他又以卫戍的名义控制了数千人的精锐部队。虽然看上去数量不多，但如果真的有什么风吹草动，这支部队完全可以在别人尚未知情的情况下，迅速控制帝国的政治中枢。
魏忠贤结党营私的种种活动，东林党人可以说是看在眼里、急在心里。以他们的想法，与魏忠贤这样不学无术的流氓混蛋混在一起简直是人生最大的耻辱。因此可以说，从一开始东林党人对魏忠贤和客氏的权力集团就保持着足够的抵制力。朱由校刚刚即位不久，便有东林背景的官员侍郎陈邦瞻、御史周宗建、王心一等人上疏要求客氏出宫。少年皇帝朱由校对于这个要求也没有过分反对，于是客氏便被遣出宫。但没过多久，客氏的离去便在皇帝的心中造成了极大的影响，这个从小没有离开过奶妈的少年对客氏思念不已，甚至一度绝食。在这种情况下，朝廷只好让客氏重新回到皇宫，照料朱由校的衣食起居。客氏的这次出进，让皇帝坚定了留下客氏的决心。自此，无论是谁要求客氏出宫，朱由校都是毫不犹豫地立即拒绝，而客氏的后宫地位也就此确立。
东林党人对客氏的攻击深深地激怒了魏忠贤，于是在客氏回到皇宫之后不久，魏忠贤便对东林党人报以了强烈反击。在这一系列疯狂的攻击中，魏忠贤战术得当、进退灵活，虽然颇有曲折，但却有惊无险地将东林党的力量压制在了一定的范围之内。
在魏忠贤收拾东林党的过程中，第一个倒霉的是吏部尚书周嘉谟。作为掌管官员任命的最高长官，周嘉谟算是帝国之中的实权人物。在周嘉谟任职的几年中，不仅起用了大批后进的东林党官员，而且还成功地限制了与东林党关系龌龊的浙、楚、齐三党骨干。可以说，正是由于周嘉谟的存在，东林党才得以在朝野间保持了雄厚的政治实力和人员基础。而魏忠贤当权之后，最重要的事情也就是给他的党徒们封官进爵，这也是这个流氓出身的大太监的传统做法。这种类似于江湖义气的坐地分赃让周嘉谟非常厌恶，不免推三阻四。在魏忠贤斗倒王安的过程中，其亲信霍维华曾立下汗马功劳，让魏大太监青眼有加，提拔推荐理所当然。但作为吏部尚书的周嘉谟却并不理会魏忠贤这套把戏，随便找了个机会就把霍维华赶出了北京。这样一来，魏忠贤立刻恼羞成怒，唆使给事中孙杰，弹劾周嘉谟，说他替前任司礼监秉笔王安翻案。于是，天启元年（公元1621年）十二月，一道圣旨发出，周嘉谟被罢去官职。
收拾了周嘉谟之后，魏忠贤又把矛头对准了内阁大学士刘一燝。与周嘉谟不同，刘一燝除了是朝中大员之外还是顾命大臣，因此力量也更为强劲，扳倒他难度自然更大。
此时由于魏忠贤的疯狂进攻，东林党人各个义愤填膺。审时度势之后，他们决定先从外部动手，打掉魏忠贤在外廷的援手、内阁大学士沈潅。而在这次斗争中，刘一燝恰恰充当了先锋元帅的角色，正是由他牵头组织了一批言官上疏攻击沈潅。然而此时沈潅是魏忠贤在外廷的最强同党，自然不能任由刘一燝将其打倒。于是，魏忠贤立刻指使党徒弹劾刘一燝，天启二年三月，魏又假借圣旨将刘一燝罢官削籍。
几个轮次的斗争下来，东林党尽落下风。很显然，在制造舆论和政治斗争上，东林党人并没有太高的天赋。他们对沈潅的攻击没有形成杀伤力，于是只好又转而攻击沈潅背后的靠山、已退休的前任首辅方从哲，希望能借力打力以达到自己的目的。
天启二年四月，有东林背景的新任吏部尚书孙慎行重翻旧案，上疏追论方从哲在红丸案中的罪责。这所谓红丸案，乃是明万历至天启年间接连发生的内宫三大奇案之一。万历四十三年五月初四，慈庆宫（太子居所）突然闯进来一位后来被认为是有点神经错乱的男子，手持枣木棍，凶狠地击伤几位侍卫。幸好被及时扭获，此案是为“梃击案”。万历皇帝朱翊钧死后，太子朱常洛即位，但即位不久就患上重病，郑妃又派人送药，结果不光没治好病反而转危，紧接着鸿胪寺丞李可灼又进红丸药，朱常洛吃了两丸便一命呜呼，是为“红丸案”。朱常洛死了以后，其选侍李氏虽身份低下，但是挟持年幼的皇帝朱由校（也就是天启皇帝）而自重，企图打破宫廷规矩，自此占据乾清宫。后经朝臣据理力争，才不得已移居到了哕鸾宫，这件事也就是三案之中的最后一件——“移宫案”。
“三大奇案”虽说各有离奇，但却都是皇族内部的权利之争，和身为奴才的朝臣、太监没多大关系，也不是他们能管得了的事情。但偏偏在几年之后，这一连串的案子又被翻了出来，成了东林党人攻击魏党的工具。
面对东林党人这一波来势汹汹的进攻，年少的天启皇帝也不敢怠慢，只好下了一道圣旨让朝臣们凑在一起商议此事。在这次会议中，东林党人都御史邹元标、给事中魏大中等一百余名大小官员，纷纷避实就虚要求治方从哲之罪，并希冀以此将沈潅牵连下台。不过魏忠贤绝非等闲之辈，在他的操作下，以司礼监为代表的内廷官员拼力庇护方从哲，客氏也从侧面劝解皇帝。于是闹了一阵，方从哲毫发无损。这样的结果让东林党人大为恼火，而具体操作此事的吏部尚书孙慎行也觉得自己很没面子，力气费了不少，可结果却鸡飞蛋打。一气之下，没过多久，孙德行便上疏请辞。这种负气离职的做法自然又中了魏忠贤的下怀，魏大太监也不含糊，立刻帮皇帝拟了一道旨，赶走了孙慎行。
赢下这一阵之后，魏忠贤依然毫不手软，继续追击，大肆斥逐和杀害反对他的正直大臣。而在此种情形下，东林党人也像吃了兴奋剂一样，继续攻击沈潅。刑部尚书王纪在上疏弹劾沈潅的奏折中，更是把他比作大奸臣蔡京，又激起波澜无数。
在双方死命角逐的过程中，魏忠贤东踢西挡，虽然占据了斗争的主动，将王纪削籍罢官，但最终沈潅也于当年的七月下台。沈潅的下台是东林党人在这场斗争中唯一值得称道的胜利，只是这胜利的代价过于沉重。是年八月，东林党人、内阁大学士孙承宗任职辽东经略，坐拥边关军政大权，东林党人的反扑才算是真正地取得了一点点效果。