公元1622年，袁崇焕到达宁远，立即着手筑城。宁远离山海关二百里远，筑好此城，就等于砸下了一颗钉子。他订下城墙规格：城墙高3丈2尺，城雉再高6尺，城墙墙址广3丈。袁崇焕和将士同甘共苦，所以筑城时人人尽力，第二年宁远城墙就筑成了。宁远城高墙厚，成为关外抗击满清的最主要的防御工事之一。袁崇焕由筑此城开始，经营辽东防务长达20年，在袁崇焕未被杀死以前，满清军队虽然多次绕道进袭包括北京城在内的一些城镇，但始终未能真正跨过宁远城一步。
经过袁崇焕和孙承宗几年的苦心经营，明朝的边防力量大大增强，明军开始主动出击，陆续收复了一些失地，并把防线向北推进了几百里。面对已经取得的战果和宏伟计划的逐渐实现，袁崇焕内心充满了喜悦。袁崇焕也因功连连升官，先升为兵备副使，再升为右参政，主帅孙承宗也对他青睐有加。
前线虽逐渐稳固下来，但朝廷却日渐腐败下去，魏忠贤的专横跋扈引起了正直朝臣尤其是东林党人的义愤，纷纷上书弹劾魏忠贤，魏忠贤就采取极端的手段，杀害了杨涟等6人，史称“前六君子”，并把抗清立有大功的熊廷弼也一并处死。在镇压了这些反对派以后，魏忠贤的气焰更为嚣张，自称“九千岁”，肆意勒索贿赂。孙承宗对魏忠贤不买账，魏忠贤就派了一个叫高第的亲信去代替孙承宗做辽东主帅。
高第只会吹牛拍马，绝无所长，他到任后，胆小如鼠，不敢驻守宁远城，胡说宁远战不可战，守又不可守，命令立即撤退。作为广东人，袁崇焕有一股“蛮劲”，他坚决不服从，认为军事上有进无退，宁远一撤，全线即刻崩溃。高第虽是袁崇焕的上级，但因他胆小，况且也是文官出身，竟对袁崇焕无可奈何，只好下令把锦州及其他几个防守据点的兵马撤到了山海关。
2月，努尔哈赤的八旗精兵长驱直入，一路拿下了锦州、大小凌河、杏山、连山、塔山诸堡，兵势浩不见边，刀枪剑戟如林，19日到达宁远城下，努尔哈赤派人劝降道：“我以30万人来攻，此城必破矣！”袁崇焕回答说：“义当死守，岂有降理！且称来兵30万，予亦岂少之哉？”
努尔哈赤先派兵绕过宁远城，切断了宁远城和山海关的联络，以防明军增援。其实努尔哈赤多此一举，他不派兵，高第也决不会来援。
衰崇焕是文人出身，在一般情况下他扮成一员儒将，如诸葛亮一般，他乘轿指挥战斗。他的最大特点是镇静，即使敌兵攻破了城墙，他也一点不慌，而是披上盔甲，和战士们一起运石补墙。在这次战役中，他负伤数处。敌人退却时，他又组织敢死队，缒下城墙，追杀敌人，并捡回箭枝十余万支。这次战役，杀死满清统率300名士兵的牛录十多人。
努尔哈赤在攻城时受了炮伤，只得躺在车中郁郁而回。他对诸贝勒说：“我自25岁起兵以来，战无不胜，攻无不克，历时43年，独不克宁远一座孤城。”抑郁中背上又生了毒疮，伤病交加，数月后死于沈阳以西40里的瑗鸡堡。自此以后，满清军队对袁崇焕又敬又畏。宁远大捷的消息传到京城，朝野上下喜出望外，一片欢呼。高第因没有援救宁远而被免职，由兵部尚书王之臣取代。袁崇焕升为四品都御史。随即袁崇焕主动出击，又陆续收复了高第所放弃的土地。
天启七年(公元1627)8月，爱捉迷藏和做木工的熹宗皇帝死了，因无子嗣，由他的亲弟弟朱由检继位，改年号崇祯。崇祯帝当时才17岁，他年纪虽小，却十分精明能干，与他哥哥大不相同，他不动声色地翦除了魏忠贤的阉党，然后逼得他自杀，巧妙而又干净地除掉了朝廷的一个毒瘤。魏忠贤死后，附和他的大臣或杀头或充军，被魏忠贤排挤的袁崇焕也得以重用。
公元1628年7月，崇祯召见了袁崇焕，问他辽东防务事宜，经过一番深谈，可以说对他言听计从。袁祟焕提出了诸如粮草供给保障、排除干扰等要求，崇祯都一口答应，至于具体的守辽东的策略，袁崇焕认为可用以下3个原则：“一，以辽人守辽土，以辽土养辽人，二，守为正著，战为奇著，和为旁著：三，法在渐不在骤，在实不在虚。”崇祯的确是有一番事业心，对袁崇焕的这些提法，都表示他对袁崇焕的信赖和支持，让他去总督宁远防务。但袁崇焕尚未到宁远，那里就发生了兵变，其原因很简单，军队没有粮饷。当时中央无力，财富均被各级官员和地主刮走，国库空虚，拿不出钱来发军饷。袁崇焕则建议用内帑(即皇宫中的钱)来发饷，崇祯是一个爱财如命的人，听后十分生气，从此对袁崇焕有了看法，不再像以前那样信任他了。
不久以后，袁崇焕诛杀皮岛大将毛文龙又引起了崇祯的疑忌。
袁崇焕向崇祯报告了诛杀毛文龙的原因和经过，崇祯十分惊讶，认为他擅杀大将，别有用心。但因当时正依靠袁崇焕来抗清，就未加责备。皇太极知道自己的力量敌不过明朝，所以一直想议和，但崇祯极其傲慢，根本不予承认，虽经袁崇焕从中调停，总是不能成功。于是，于公元1629年11月，皇太极率兵十余万，绕开袁崇焕驻防的宁远，从西路直奔北京，经过艰难的行军，攻进了长城，进逼遵化，明军纷纷溃退，清军攻克遵化。巡抚王元雍自杀，山海关总兵赵率教也战死遵化城下。清军攻下遵化后，直扑京师。这时袁崇焕率兵火速来援，并沿途留下军队以截断清军退路。
袁崇焕于11月10日抵蓟州，但清军绕过蓟州西进，接连攻下三河、香河等城，袁崇焕又急忙带兵去保卫京师，驻兵于北京广渠门外。
清军的猛烈进攻吓得崇祯魂飞魄散，京师一片慌乱。现在袁崇焕来了，崇祯心神略定，对他赞赏备至。袁崇焕认为部队疲劳，要求入城休息，但崇祯心中十分疑忌，借故推托不许其部队入城。袁崇焕又要求屯兵外城，崇祯也不答应。只是催促他快与满清军队交战。
袁崇焕以两昼夜三百余里的速度紧急增援京师，已是人困马乏，但在崇祯的催促之下，不得不与满清军队交战。仗打得非常艰苦，两军相持了很久，袁崇焕身穿铠甲，冲锋陷阵，两胁下受了几处箭伤。后来满清军队终于不支，退到南池子边休整。崇祯见满清军队没有退远，便急不可耐地催促袁崇焕追击，甚至围歼敌人。
这时虽然明军来了几路人马，袁崇焕也统一了指挥权，但决战时机很不成熟。万一出城决战，满清军队以置之死地而后生的态度来与明军拼命，明军很有可能溃退。如果发生了这种情况，那北京城就倾刻而下了。因此，袁崇焕的坚守不战是正确的。
但崇祯却怀疑袁崇焕了，认为他是拥兵自重，要挟制自己，甚至谋权篡位。至少也是要强迫自己采用他一贯与满清议和的主张。这么一想，崇祯那颗刚愎自用而又傲慢的心就受到了很大的损伤。
此时，满清军队在城外大肆烧杀抢掠，使得京郊的百姓大受其害，且崇祯身边的太监也多在京都置有田产，都深痛自己大破其财。想来想去，这怨愤就泼在了袁崇焕的身上，说清兵是袁崇焕引来的，是想要挟皇上与清人议和的。一时之间，这些舆论不知怎么就漫天而起，甚至大骂袁崇焕是“汉奸”，弄得人心惶惶，真假不分。竟有人站在北京城的城墙上往城下袁崇焕士兵的头上扔石头，一边扔一边骂“汉奸兵”，石头还把士兵砸死砸伤。加上皇太极此刻又使起了反间计的把戏，崇祯听了这些话，以他多疑而又忮刻的性格，当然是马上相信了。他立刻召袁崇焕进宫，在宫中将其逮捕下狱。袁崇焕的部将祖大寿等人见状，惊慌莫名，只好出城等候。
3天之后，圣旨到来，说袁崇焕以通敌谋反罪被捕，只问袁崇焕一人，余者不问。将士闻讯大哭，还有的将士破口大骂，顿足而号。如果此时有人倡议，说不定真会反了。祖大寿当然极为悲愤，他即刻率军回锦州，途中遇见驰援的袁军主力，了解了北京的情况后，也当即掉头而回。
祖大寿掉头而回，崇祯大为恐慌，他深怕清军再来攻城，连忙派人去让袁崇焕写信，召回祖大寿。这实在是一个奇怪的逻辑，既不肯正式下诏让袁崇焕写信，又派各部官吏前往劝说。袁崇焕先是不肯写，认为这种做法于情理不通，不奉明诏，于狱中写信召兵回京，无异于私人行为，但崇祯无论如何不肯向袁崇焕认错。在群臣的劝说之下，袁崇焕“以国家为重”，写信召回祖大寿。祖大寿本把崇祯派的使者看作敌人，但有袁崇焕的亲笔信，他迟疑不决。这时，祖大寿的母亲说：“如果你不回军，只能加重袁督师的罪名，如果您回去攻下一些地方，打一些胜仗，或许能救袁督师出狱。”祖大寿听了母亲的话，率师返回，沿途攻陷了清军占领的两座城池，也就是断了清军的两条归路。
皇太极听说袁崇焕下狱，大喜过望。他本来已攻克了北京以南20公里处的良乡，立刻回师卢沟桥，破了所谓的“车军”，又大破明军四万多人，擒获和斩杀了一些明军的高级将领，京师大震。但听说祖大寿率兵返回，惧怕归路被截，便写了几封议和信，领兵从山海关缓缓而退，清兵一退，崇祯又感心中大定。是时，朝野之上、军队之中替袁崇焕辩冤求情的人，纷纷上书，还有许多人情愿以身代之。袁崇焕也在狱中写信，让部下安心抗敌，半年之后，明军把清军赶出了长城。
这半年之中，袁崇焕再有什么样的罪行也该调查清楚了，也该做出决定了，早不杀袁崇焕，晚不杀袁崇焕，清兵退出长城以后就杀了袁崇焕。
想袁崇焕死日，北京人情汹汹，莫不欲食肉寝皮，一条小小的反间计，竟然“倾国倾城”，令人想来真有些不寒而栗。这就是袁崇焕的最终结果，一个为国为民的忠臣良将的结果。
以史为鉴：
“国难显忠良，家贫出孝子。”忠正之臣在关乎民族存亡的关头显得尤其重要，在这些人眼里，没有个人生死荣辱，只有民族、国家，袁崇焕是大明朝一等的忠臣良将，却被崇祯皇帝凌迟处死，这又哪里是好人有好报，分明是好人恶报，“是非成败转头空”，历史终归是历史，留给后人的只有悲怆与感叹！