1935年10月2日，新任陕甘晋省委政治保卫局副局长（代理局长）戴季英酷刑逼供原陕甘边特委秘书长兼组织部部长蔡子伟、陕甘边苏维埃政府秘书长张文华等，得到刘志丹、高岗、张秀山（曾任红二十六军政委、时任陕甘特委书记和西北工委宣传部部长）等是“右派反革命”的口供。朱理治、程子华、戴季英三人在后方永坪镇开会，决定逮捕刘志丹、高岗等。当时，朱理治“很兴奋，认为问题已证实，为防事变，决定逮捕”。他们根据逼供的线索，全力进行肃反，一面在后方大规模抓人，一面写信给前方的聂鸿钧：“已确定刘（志丹）为反动无疑，速调刘、高（岗）回来”，并开列了逮捕一批原陕甘边和红二十六军领导干部的名单，指令逮捕他们。陕北肃反大规模兴起，冤狱遍起。
这次错误的肃反，把西北革命带入极端危险的境地。
第一，西北革命根据地的主要开创者和领导人刘志丹、高岗，及红二十六军和中共陕甘边特委、陕甘边苏维埃政府的主要领导人张秀山、习仲勋（时任陕甘边苏维埃政府主席）等；红二十六军营以上干部和陕甘根据地县级以上干部绝大多数被抓；红二十七军也有许多人被捕。并且在后方瓦窑堡已经挖了活埋他们的大坑，因此习仲勋后来说：“毛主席晚到四天，就没有刘志丹和我们了，他们已给刘志丹和我们挖好了活埋坑。”
第二，一批忠贞革命的领导干部被杀害。在大规模部署肃反的过程中，肃反领导人发出了“反革命右派要从肉体上消灭”的指示。由此，陕北肃反中发生大规模的错杀、滥杀。据长征到达陕北后担任陕甘省保卫局局长的郑自兴的调查，前方错杀二百多人。这些被杀者是红二十六军营以上和陕甘边县级以上干部，如陕甘特委第一任书记金理科、陕甘边苏维埃妇女主任张景文、冯希禹、新正县县委书记杜苑、耀县县委主要负责人宋子奇、合水县苏维埃主席李彦；西北军委副秘书长杨灏、红二十六军骑兵团政治部主任李志恭、营长于振西和红二十七军团长王士杰、参谋长樊文德等。“200多名优秀干部被错误杀害，这是当时西北根据地的一大灾难。”
第三，陕甘边根据地的工作基本瘫痪。由于中共陕甘边特委、陕甘边苏维埃政府的主要领导人几乎悉数被捕，陕甘根据地的工作处于停滞状态。时在陕甘边苏区政府工作的王华回忆道：“错误肃反，使陕甘苏区党委、政府、军委机关，除李景林外没有一个负责人。中层骨干，有水平的知识青年，几乎也都没有了。以教育部为例，共四个人，部长冯树立出发之前，被秘密逮捕杀害，陈学鼎出去视察工作，一去不复返，长期下落不明。剩下我和王存福两个参加工作不久、十六七岁的小青年。其他单位的情况基本类似。肃反随意捕人、杀人、埋人造成的政治乌云，笼罩了陕甘苏区大地。大家处在人为刀俎，我为鱼肉，人人自危的恐怖气氛中。党委、政府、军委机关都瘫痪了，各项工作都处于停顿状态。这期间除鲁贲主持开过两次会议外，工作无人过问。”这严重地损害了对红军和根据地工作的领导。
第四，对西北红军造成严重的影响。一是引发了严重的恐慌。对军队的肃反主要是针对红二十六军，所以对该军受到的打击就非常沉重：主要领导人和大部分营级干部被抓，从红二十五军新调来的一些军政指挥员情况隔膜，出现打骂基层干部和战士的现象，因此，“士气低落”，“出现了建军以来首次开小差逃亡的严重现象。”红二十七军也受到严重冲击：参谋长任浪花被捕，政治委员张达志调离（已经怀疑，拟捕），241团团长刘明山撤职，政委李赤然也因怀疑而被调职。该团一个营长被诬作战消极而决定立即枪毙，经李赤然抗争后调离军队。由此引起该团大部分干部情绪低落，有的要求离开部队，到地方去工作。李赤然回忆说：“搞错误的‘肃反’，伤了红军指战员的心，部队思想混乱，军心涣散，战士自杀、逃跑事件不断发生，各级指挥员也是人人自危，这是红二十七军成立以来从未有过的。”二是削弱了西北红军的力量。除了上述做法影响红军的士气和部队建设外，肃反领导人为了对红二十六军肃反，决定分隔同属西北红军的红二十六军和红二十七军。为此，命令红十五军团第八十一师（由原西北红军第二十七军编成）急行军赶到富县套通原攻打一个土围子。由于敌情不明、地形不利，结果反复进攻，屡攻不下，部队伤亡很大，新任参谋长路文昌和243团团长、241团政委均负伤，“红八十一师在这场无准备的战斗中伤亡比劳山战役要大一倍多”，造成红二十七军的很大损失。再如三边独立营原来“战斗力很强，干部也很好。可是，自从发生‘肃反’之后，在‘左’倾路线领导下，战斗力受了挫伤，……从定边南区到靖边宁塞川，一直打败仗，士气低落，情绪不振。”三是潜伏了西北红军和红二十五军发生冲突的危机。错误的滥捕滥杀，引起西北红军的强烈不满情绪，并认为随之而出现的被打倒的地主豪绅纷纷反水，部分苏区变成白区等，都是外来的红二十五军造成的，因此对红二十五军产生很大的不满。程子华在1943年给中央的电报中说：大规模的肃反，引发“红二十六、二十七军对肃反的不满不安，并拟在肃反继续发展时意外”。时任红十五军团第八十一师（红二十七军改编）师长的贺晋年后来就对杨尚昆说：“如果中央不来，我们就要同二十五军他们打起来了。”
第五，引发群众恐慌，大片根据地沦丧。错误的肃反重创了西北红军和陕甘边苏区，并且把危机蔓延到整个西北根据地。最典型的是在三边地区发生了“赤安事件”（又称“三边事变”）：西靖边苏维埃县政府保卫大队一连连长宗文耀、红七支队一中队队长金林截获了中共陕甘省委怀疑他们二人的密信，随即发动叛乱。由于陕北肃反造成的恐怖气氛，许多游击队员被之蒙骗，群众随之“反水”，一时形成很大的声势。他们相继杀害中共三边特委书记谢维俊、西靖边县苏维埃政府主席殷云山、红七支队队长黄万银、政委孙清胜、连指导员杨占鳌和赤安县政府秘书贺满朝等，绑架赤安县县委书记任文明、边区特派员冯世祥（后被杀害），破坏了三边特委和西靖边、赤安县19个区、35个乡苏维埃政府，并到处捉杀地方干部和红军伤病员。“三边党组织基本停止了活动。”
肃反还造成三边平叛的很大困难，一是叛乱吓得群众四处逃散，找不到人；而即使遇见一些人，群众也弄不清是叛军还是红军，不敢接近；平叛部队也弄不清这些群众反水了没有，双方都警惕着。因此在一段时间里，平叛很难得到群众的有力支持。二是肃反把一些领导干部的身份弄混淆了。领导平叛的刘景范曾任陕甘边军委主席，但在肃反中被捕过。因此当他受命平叛，经过很多危险和曲折找到赤安县委后，被赤安县委视为叛徒、右派，“是从监狱里逃出来的”，被缴枪、限制自由，无法开展工作。直到经过刘景范给周恩来写信并得到回信确认他们身份以后，才被信任和开展工作。三边平叛从1936年3月到5月，用去了3个月的时间。
在神府地区，原来苏区东西150多里，南北400多里，人口有14万，党团员有3800多人，红军、游击队共有400多人。但在执行“左”倾路线的肃反、干部政策和土地分配政策后，神府根据地差不多全被敌人占领，总计1000多名地方干部和红军、游击队员，仅保存下二百来人。
在关中地区，肃反引起苏区群众的极大疑虑恐惧。基层干部不敢见上级领导人，群众也跟着“跑反”，地主、富农乘机挑拨煽动、反攻倒算，根据地陷入严重的危机。习仲勋后来回忆说：“当时工作是受到了很大的影响，关中的革命运动是趋于停止的阶段。”比如陕甘边东地区群众因领导人马文瑞等被捕，纷纷向国民党地区“跑反”，宜川南塬靠近国民党区域的群众就跑了700多户。肃反结束后，中共陕甘省委宣布马文瑞等被释放，但陕甘东地区群众对新去的干部不相信，“思想情绪仍然很不稳定，陕甘省委工作很不好搞，于是陕甘省委书记朱理治专门为此来中央汇报”，为此中央安排马文瑞等去“安民”，以解除群众的疑惑。
二、西北高干会议关于肃反问题的结论
在错误的肃反即将颠覆西北根据地的紧急关头，中共中央长征到达了陕北。中共中央及时制止和纠正了错误的肃反，释放刘志丹、习仲勋等被关押的同志，从而挽救了危机，挽救了西北的党和西北根据地。
这里，有一点需要辨析。长期流行一种说法，说毛泽东到达陕北吴起镇，了解刘志丹等被逮捕后，立即下令“刀下留人，停止捕人”。但这个首先出自《王首道回忆录》的说法，有误。一是当时毛泽东等中央领导对刘志丹的实际情况并不了解，所有认知来自在哈达铺及其以后看到的报纸，而报纸反映的情况不仅有限并且是几个月前的事；随行者中出身陕北、曾任中共陕西省委委员、时任红军总政治部白军工作部部长的贾拓夫比较了解刘志丹，但他1933年底离开陕西，时隔两年，信息不通，也只是了解过去，不知近况；在吴起镇，向毛泽东和中央报告刘志丹被捕消息的，首先是保安游击支队支队长张明科，接着是陕甘边区游击队第二路政委龚逢春，但他们只知其事，不知详情。革命时期是剧烈变动的时期，曾经的同志叛变革命之事屡有发生。因此，仅听两个红军指挥员的汇报，不知详情而遽然否认或断言肃反错误，让其停止，谨慎的毛泽东显然是不会的。二是事实上，直至几近一个月后，在了解更多情况后，11月18日毛泽东、周恩来、彭德怀从前方致张闻天、博古电报中，只是指出：陕北肃反“错捕有一批人，定系事实”，没有完全否定这个“肃反”。26日，中共中央（当时名称中共西北中央局）《审查肃反工作的决定》，纠正了对刘志丹等同志的错误关押，指出陕北肃反犯了“严重错误”，但仍说：“过去陕甘晋省委领导反右倾取消主义斗争与坚决肃清反革命右派的斗争，一般的是必要的，正确的”。而在此前则更不会完全否定这个“肃反”。三是在吴起镇见到毛泽东的张明科、龚逢春的回忆，不同于王首道的回忆。张明科回忆：毛主席快离开吴起镇时，他再次见到毛主席，毛主席说：放心吧，中央已派人带电台去瓦窑堡了(后来听说是王首道等几位同志去的)，专门办理刘志丹等人被关押的事。龚逢春回忆：在向毛主席汇报西北根据地的一般情况后，“我还向毛主席汇报了当时陕北‘肃反’的情况和刘志丹被捕的问题，我向毛主席表示了我的意见，我认为刘志丹等同志不应被捕，我说我的看法，刘志丹等同志不是反革命。毛主席非常关怀陕北的‘肃反’问题，毛主席亲切的向我说，中央红军和中共中央到了陕北以后，陕北的‘肃反’问题，刘志丹的问题，都可以得到正确的解决。”毛泽东向二人的表示，是积极而稳妥的，但并没有涉及整个“肃反”问题。
另外，关于派遣王首道等前去制止错误肃反的地点和时间，不是在刚刚长征到达吴起镇之时，而是在11月初中共中央到达甘泉下寺湾后。其时，在听取陕甘晋省委和红十五军团领导人汇报，更多了解肃反情况后，毛泽东、张闻天一致表示：陕北肃反搞错了，要纠正。决定派王首道、贾拓夫等先行前往关押被捕者的瓦窑堡，接管政治保卫局，调查情况，等候中央处理。
但是，由于当时形势和条件的限制，对于陕北肃反的纠正并不彻底。
第一，并没有完全否认这次肃反。1935年11月26日中央《审查肃反工作的决定》原则上肯定了这次肃反：“当时在地方党内及红色部队中进行严厉的肃反工作，是必要的。”“过去陕甘省委领导反右倾取消主义斗争与坚决肃清反革命右派的斗争，一般是必要的、正确的”，错误只是扩大了，“个别领导同志认为右派在边区南区和红二十六军中有很大的基础，夸大反革命的力量，在反革命面前恐慌。因此在肃反斗争中犯小资产阶级的极端主义和疯狂病的严重错误。”
第二，认为刘志丹、高岗等人犯有右倾错误。当时认为他们无罪，所以释放了他们，但认为他们有错，“陕甘边区南区及二十六军部队中有些负责任的同志犯了右倾取消主义及对反革命派采取自由主义的态度的错误，以致反革命得以进行有计划的活动”。因此给刘志丹的结论中就写有“曾犯有严重的右倾错误”。东征中，刘志丹和原陕甘边第二路游击队总指挥、红二十七军84师首任师长杨琪，原红二十六军42师师长杨森牺牲，但他们直到牺牲时，身上还背着“右倾机会主义”的罪名。特别是，在他们牺牲后，肃反时期的负责人仍然诬蔑他们，散布刘志丹等的“右倾机会主义”问题。
第三，肃反领导人的错误没有得到清理。关于肃反错误的责任，当时认定是戴季英、聂洪钧二人。1935年11月30日《中共西北中央局党务委员会关于戴季英、聂洪钧二同志在陕甘区域肃反工作中所犯错误的决议》，指出：“这种错误的责任，应由当时主持全部肃反工作的戴季英及在前方主持肃反工作的聂洪钧二同志负责之。”作出对他俩的处分决定：戴季英给予最后警告，聂洪钧给以严重警告。而对于在这场肃反中负有主要责任的朱理治、郭洪涛等并没有涉及，如朱理治任中共陕甘省委书记；郭洪涛1935年11月任陕北省委书记，1936年10月调任中共中央组织部副部长，后又任中共陕甘宁特区党委书记。
1936年初，朱理治以煌岗、洪涛的署名，发表《关于过去陕甘肃反的一些事实与教训》一文。其中写道：“为了使党内更加团结，使肃反责任更加清楚，由当时代表团兼省委书记煌岗同志写了这篇东西，……希望各级负主要领导责任的同志向不了解肃反经过而有误解的同志解释清楚。”文章的主要内容是给他们二人开脱责任，说他俩反对右倾取消主义，反对肃反扩大化，压制戴季英，使后方没有大规模逮捕同志与处决无辜同志，并且“洪涛同志只参加后边制止肃反扩大的，煌岗那时全部情形不是亲身经过”；指斥戴季英、聂洪钧采取指名问供严刑拷打的方法，聂洪钧在前方大规模乱逮捕一气。“大多数被捕的同志完全是由他自己所决定的，省委并没有名单给他。”在1937年5月15日召开的陕甘宁边区第一次苏区党代表大会上，郭洪涛散发了解释肃反的小册子。直到1942年西北高干会期间，朱、郭仍不承认自己应负大的责任，“以前对于错误认为聂洪钧、戴季英要负主要责任。”