对于西北高干会议关于肃反问题的决定，朱理治、郭洪涛实际都不接受。朱理治的意见有两点：一是否认有政治阴谋，“此次肃反犯错误，除路线错误，洪涛挑拨，季英等独断专行之外，我自己的主观主义及过火思想斗争实占重大成分。”二是否认“不同意迎接中央红军”。郭洪涛有四点意见：“第一，高岗说陕北特委和我在实际工作中执行的是‘左’倾机会主义路线，不符合事实。第二，高岗说陕北和陕甘边是一个苏区，并说成是他们（指高岗等人）创造的，不符合事实；陕北苏区是陕北特委和谢子长同志领导创造的。第三，高岗说我主持肃反，不符合事实；我不是肃反主持人，我反对逮捕刘、高、张等红二十六军领导干部。第四，高岗说朱理治同志和我反对迎接中央和中央红军，不符合事实。”
郭洪涛当时在中共中央党校学习，他向所在的支部书记张启龙和主持中央党校日常工作的副校长彭真反映，后去找任弼时，“我即向当时担任党中央书记处书记兼秘书长、负责领导西北局工作的任弼时同志提出了四条保留意见。”1944年11月，根据郭洪涛提供的材料，他所在的中央党校的支部书记陈奇涵起草了一个审查意见，向上级反映。
阎红彦也对1942年召开的西北局高干会议有不同意见。阎红彦对重新审查的陕北肃反的结论没有什么意见，但对西北早期革命历史的表述有意见，他认为刘志丹1928年至1931年间在西北革命的问题上，有许多错误，尤其在打出红旗问题上，“当时志丹同志对这根本性的问题，在政治上和组织上都是错误的。”他一直对这段历史持不同看法，直至1963年5月还说：“高岗在边区高干会对这一段历史的结论是错误的。”并为此在整风运动期间曾与高岗激烈争吵，1945年中共七大后，他就高岗的问题向***、任弼时反映了“几条意见”，并要求把他的意见记录存档。
根据他们的意见，1945年，中共中央决定召开西北党史座谈会，再次讨论西北历史问题。会议在1945年下旬召开，8月2日结束，由朱德、任弼时、陈云等指导，中央一些领导人参加了这个座谈会。会上，很多同志发言，再次对陕北的“左”倾错误进行了批评。郭洪涛、朱理治都有发言，特别是朱理治的态度发生很大变化，在讲述陕北肃反发生的原因和经过后，沉痛检讨了自己的错误，说陕北肃反是“将党外问题与党内问题混淆起来”，“肃反整个的过程是逼供信，主观主义达到了极点。”会议并就西北革命早期历史中的一些具体问题，进行了辩驳，最后一致认为刘志丹、谢子长、高岗、马明方、习仲勋、张秀山、阎红彦、贺晋年等是陕北、陕甘边革命根据地之前路线的代表人物。任弼时在会议最后作了总结讲话。座谈会经过讨论，再次澄清了西北党历史上两条路线斗争中的是非，维护了《关于1935年陕北（包括陕甘边和陕北）“肃反”问题重新审查的决定》。
1954年高岗出问题后，在1955年中国共产党全国代表会议通过《关于高岗饶漱石反党联盟的决议》后，受中央委托，由彭德怀、马明方主持在北京饭店召开了高岗问题座谈会。会议从4月4日开始，13日结束，共开8次。出席全国代表会议的西北地区代表和在京的有关同志20余人参加，其中有朱理治、郭洪涛、程子华、聂洪钧、习仲勋、阎红彦、贾拓夫、马文瑞、张达志、刘景范等。在当时的政治形势下，批判高岗是主流，但参与陕北肃反、了解其内情的程子华第一次与会，他在发言中澄清了两个问题：逮捕刘志丹、高岗的决定是朱理治、戴季英和他作出的；不存在反对迎接中央和中央红军的问题，而是如何迎接中央和中央红军的部署问题。
会后，朱理治、郭洪涛找聂洪钧联手向中央申诉平反，聂洪钧拒绝了。于是先是郭洪涛向中央提出申诉。据郭洪涛回忆：“中共八大会议以后，王首道（当时他任国务院第六办公室主任，我任副主任）向***同志反映：‘我是负责审查陕北的错误肃反问题的，知道郭洪涛不是错误肃反的主持人，而是反对逮捕刘志丹、高岗、张秀山等红二十六军老干部的。……这个问题是不是可以重新审查。’少奇同志表示：党是实事求是的，不对的可以重新审查。少奇同志告诉了邓小平同志。小平同志写信给王首道和我，说中央同意重新审查我的几个历史问题，由中央监委处理，要我将有关材料直接送中央监委。”郭洪涛于1956年9月提出书面申诉。1958年8月19日，朱理治也提出申诉（朱理治夫人苏菲在给邓小平的信中说是根据邓小平指示——“您要王首道同志转告的”。），要求对西北高干会议的结论重新审查。据参与承办此案的陈汝明说：邓小平批示道：中央书记处认为：对于历史问题的结论，如果与事实不符，不论由哪一级组织或者哪一级领导人作出的，都应该实事求是，予以更正。请中央监委审处。
1959年11月23日，中央监委提出《关于郭洪涛同志几个历史问题的审查意见》和《关于朱理治同志几个历史问题的审查意见》。1960年4月，中共中央书记处会议批准了中央监委的意见。
中央监委《审查意见》的主要内容：
第一，陕北肃反的错误是严重的，朱理治、郭洪涛应负政治上的责任。在关于朱理治的审查意见里，指出：“一九三五年陕北肃反的错误造成的后果是严重的。在这一事件中，逮捕了刘志丹、高岗等红二十六军的领导人员，杀害了党政军干部二百多人，给党造成了严重的损失。当时，朱理治同志是中央北方代表派驻陕北代表团的负责人，又是陕甘晋省委书记。因此，他在这一事件中，政治上应负主要责任。”关于郭洪涛的审查意见指出：“1935年陕北肃反错误是严重的……这一事件应当由当时中央北方代表派驻陕北代表团书记等同志负政治上的主要责任，直接负责的是陕北保卫局局长、陕北军委会主席。郭洪涛同志当时是陕甘晋省委副书记……对陕北错误肃反也负有政治上的责任。”
第二，说明郭洪涛不是肃反主持人，没有诬害刘、高的意图。审查意见指出：“就整个肃反过程来看，郭洪涛同志不是肃反主持人，没有诬害刘、高的意图，逮捕张秀山同志他事先不知道，也不同意把刘志丹、高岗、张秀山当反革命处理。在肃反初期，郭说过‘杀了我的头也不相信刘、高、张是反革命’。中央到达陕北不久，郭也向当时西北保卫局局长王首道等同志表示过类似的意见。根据以上情况，郭洪涛同志于1956年向中央提出的申诉，说他不是1935年陕北的错误肃反的主持人，他没有诬害刘志丹、高岗的意图，是符合事实的。”
第三，更改了朱理治在肃反问题上犯错误的性质。1942年决议说陕北错误肃反逮捕刘、高，是出于朱理治“个人的阴谋陷害”。现在指出：朱理治“在这一事件中，政治上应负主要责任。”但“他的错误性质，主要在于积极执行了王明的‘左’倾路线和上级对肃反的错误指示，在思想方法上存在着严重的主观性、片面性，盲目搬用鄂豫皖等苏区错误的肃反经验和信任戴季英等，偏听个别人的反映，轻信逼供信出来的材料，而对陕北情况缺乏系统的调查和具体的分析。但是，他的错误还不是出于个人对刘志丹、高岗的阴谋陷害。”
第四，否决了朱理治、郭洪涛拒绝迎接中央和中央红军的问题。
但是，中央监委的这两个“审查意见”并没有下发。“文化大革命”后，郭洪涛广为散发中共中央监察委员会1959年的“审查意见”，并且在1981年连续于全国政协的《革命史资料》上发表文章，引发一些同志的不满。1983年2月，张秀山、张邦英、张策、刘景范联名给中央写信，建议中央召开西北党史座谈会，把问题说清楚。
1983年4月，中央决定成立由李维汉、王首道、冯文彬、荣高棠、何载组成的五人小组全权负责此事，陕甘边、陕北有关当事人刘景范、张秀山、张邦英、张策，郭洪涛、贺晋年、崔田民、李铁轮参加。中共中央政治局委员、书记处书记宋任穷受中央委托负责联系工作。中央要求此次座谈会以团结为主，不要过分纠缠细节、不再追究个人责任。这是中共中央第四次公开解决西北历史问题。
李维汉等调阅数十种、70余万字的材料，反复查看，接待来访，听取意见，经过分别协商和全体座谈，五人小组对西北重大问题达成一致认识，历经5个多月，起草了《五人小组对于解决西北历史争论问题的分析和方针》。中共中央印发了这个文件（即中央［1983］28号文件）。这个文件肯定了1959年11月《中央监委关于郭洪涛同志几个历史问题的审查意见》中，关于朱理治、郭洪涛拒绝迎接中央红军和说郭洪涛对山东“湖西肃反”应负责任等两个问题的结论。但同时指出了其主要的缺陷：“把错误肃反和路线是非分开来处理，是不妥当的。”再次明确指出：1935年九十月间西北苏区的“错误肃反，使这个硕果仅存的苏区陷入非常严重的危机”，而这个“错误肃反”是“王明‘左’倾路线的产物”，“是王明‘左’倾路线的主观主义和宗派主义恶性膨胀的产物”。
中央（1983）28号文件（以下简称《文件》）明确辨析了郭洪涛在陕北肃反中的责任，指出：“郭洪涛同志一九五八年在申诉书中自我检查说：‘我应是错误肃反的政治上主要负责人之一。因为我不仅是本地干部，而且还是当时陕甘晋省委主要负责人之一。’所谓政治上，当然首先就是政治路线上。从这个意义上讲，郭洪涛同志这样来检查和认识自己的错误，是应该的也是符合实际的。”话说得委婉，但意思是清楚的，即通过肯定郭洪涛的检查而认定他在陕北肃反中的责任。
《文件》辩驳了郭洪涛“第二次国内革命战争期间陕北特委的路线基本上是正确的”说法，指出：“对这个问题得加以分析。党的路线包括战略和策略两个方面。反帝反封建、实行土地革命战争，农民是革命的主力军和农村包围城市的道路都属于战略范围。在这个方面，陕甘边和陕北都是执行了的。另一方面是为战略服务的政策、策略，如土地政策，富农政策，工商政策，上层统一战线政策，对土匪政策以及社会肃反政策等。陕北特委在郭洪涛同志来到以后，就在政策方面陆续产生一些重要‘左’倾错误。”“郭洪涛同志最近承认在政策上的‘左’倾错误他要负主要责任。我们欢迎这个态度。”
《文件》分析了郭洪涛与陕北肃反的关系。说：朱理治、聂洪钧“都说到他们被派来陕北反右倾是根据郭洪涛同志提供的情况。”并援用郭洪涛1958年申诉书中的话论证：“最严重的是在肃反前给朱理治反映的一些情况和问题，本来是属于党内问题的材料和我个人的意见，却造成了对二十六军的不信任，并成为后来进行错误肃反和逮捕二十六军老干部的根据之一了。”文件指出：“实际上是，郭洪涛同志对于刘志丹同志说了一些很错误的话。所以就成了错误肃反的根据之一。”
从总的来说，［1983］28号文件维持了1942年12月12日《中共中央关于陕北肃反问题重新审查的决定》的基本结论，认定郭洪涛是陕北肃反的“主要负责人之一”，其责任是重大的。
对于《五人小组对于解决西北历史争论问题的分析和方针》，郭洪涛表示：“我同意五人小组的上述结论。”为郑重起见，参加讨论的刘景范、张秀山、张邦英、张策和郭洪涛、贺晋年、崔田民、李铁轮共同在这个文件上签名，表示认可。至此，曾激烈争论的双方就西北历史的重大问题达成共识。
关于朱理治在陕北肃反中的责任，1984年2月24日中共中央组织部在《关于朱理治同志几个历史问题的审查情况》中指出：在1935年陕北肃反中，“当时朱理治同志是中央北方代表派驻陕北代表团的负责人，又是陕甘晋省委书记，因此，他在这一事件中应负主要责任。”应该强调的是，这个文件改变了1959年中央监委《关于朱理治同志几个历史问题的审查意见》中朱理治“在这一事件中，政治上应负主要责任”的提法，而明确说“他在这一事件中应负主要责任。”
值得强调的是，［1983］28号文件规定：关于陕北肃反问题，“以五人小组对于解决西北历史争论问题的分析和方针为标准来统一认识，最终结束争论，更加团结一致。过去文件中有同这个文件相矛盾和不一致的地方，应以这个文件为准。”不论从组织原则的角度上，还是从历史是非的考察上，经过对基本事实的反复讨论、得到争论双方认可的［1983］28号文件，是一个实事求是的文件，是人们认识西北历史问题的一个标尺。