今天，爱琴海一带虽然较少火山活动，但仍时常发生地震。1956年7月9日凌晨5点钟，圣托里尼又遭遇另一次劫难，突如其来的短暂的地震震撼全岛。地震强度是里氏7.8级。地震后，80多英尺高的滔天海浪接踵而来。结果，圣托里尼有50人丧生，200人受伤，2 400栋房屋被毁。劫后遗痕，至今仍见，特别是在毫无生气的伊亚镇。
伊亚镇的衰败荒凉气氛与海岛另一端的阿克罗蒂里镇形成强烈对比。阿克罗蒂里镇现在是希腊最有名的考古发掘地，考古的气氛使这个古镇异常热闹起来。它位于一个小山谷里，该处的火山灰层厚达30英尺，但还是比较易于发掘。跟庞贝相比，这个铜器时代城镇的原址，并没有什么了不起。但是亚特兰蒂斯的故事吸引力很大，每年都有数以千计的观光客前来，不辞劳苦地爬上“斐拉梯阶”的587级台阶，一睹发掘工作的进行。
在一个晴朗的秋冬佳日，从阿克罗蒂里镇可以看到110公里外的克里特岛。克里特岛也逃不过圣托里尼灾变的严重影响。圣托里尼火山爆发引起的海啸不到半个小时便涌到克里特。海浪的速度与海的深度有关系，很容易计算出来。圣托里尼与克里特之间海深平均3 280英尺，因此海浪的时速达220公里。像水墙似的大浪，涌到克里特时已升到300英尺高。水墙压上人烟稠密的北岸，横扫首都克诺索斯外面的阿穆尼索斯港，把市镇和宫殿打得粉碎，卷走、杀伤无数生灵和牲畜。整个岛的东部掩埋在一层厚厚的火山灰下面，摧毁了庄稼和农田，此后很长一段时间里寸草不生。
首都克诺索斯位于离岸较远的内陆地方，因而幸免于难；但东端的其他文化中心都因灾变而被废弃了，大量岛民迁到受影响较轻的西部地区。克里特的经济受到这突如其来的惨重打击，就再也没有恢复过来了。圣托里尼火山爆发出的那种巨大的自然力量就这样把米诺斯文明毁于一旦。
古埃及人当然知道这一切情形，因为他们的国家也不时地受到这些灾害的打击。他们应该知道有一个小岛被海洋吞噬了，还有一个大岛——他们熟知的克里特，也遭到了摧残。埃及人管克里特人叫“凯夫秀人”。多年来，彼此一直保持良好的贸易关系。对埃及人来说，一向从事海上贸易的克里特人好像一下子就不见了。尼罗河的港口里再也看不到他们的船只。埃及人简直以为西北方那个富庶的岛国从未存在过，他们对克里特毁灭的印象自然与那震撼地中海东端的大灾祸连在一起，牢不可分。亚特兰蒂斯的传说就这样产生了。
3 500年前，一次剧烈的火山爆发使希腊的圣托里尼岛陆沉了。这不仅产生了亚特兰蒂斯的传说，还毁灭了世界最早期的伟大文明——克里特岛的米诺斯文明。
约在公元前5000年，克里特的先民最初到达该岛。他们大概来自小亚细亚或地中海东部。他们渡海乘的虽是简陋的帆船，但是航海成了他们文明发展的基础。这个民族跟许多其他民族不同，米诺斯人似乎都是爱好和平的。他们运用自己的力量建立起贸易网，输出酒、橄榄油和奢华的装饰品，输入西班牙的锡、埃及的黄金和珍珠，还有北非的象牙。
首里克诺索斯，位于离东北岸不远的内陆，虽然两次毁于地震，但又重建了起来。在极盛时期，克诺索斯和附近海港的人口共约5万人，成为地中海东部最大的城市。
克里特岛上的米诺斯文明，其黄金时代从公元前1950年左右到圣托里尼火山爆发为止，维持了近500年。圣托里尼离克里特110公里，火山爆发引起海啸，狂涛巨浪摧毁了大半个克里特岛。在那繁荣的500年中，米诺斯人美化了市镇，崇拜和善的神衹，并且创造了许多当时人前所未见的精美工艺品。
在许多方面，米诺斯人远远走在时代的前面。他们修建了复杂的排水系统，并且利用水管输水，而那时世界其他地方，多半都从井里汲水。在其他民族大多还把女人当做财产的时候，米诺斯的男女地位就已经平等了。
事实上，他们的宗教是以一个女人为中心的，崇奉一个露胸母仪女神。这似乎是个充满快乐的宗教。在一种奇特的仪式中，年轻人会在牛角尖上翻筋斗，大约是象征人可胜天。那头牛在仪式中不会受伤害，反而受人崇拜，被视为男性力量的象征，或者是用来提醒大家对震撼该岛的地震要提高警惕。
在后来的希腊神话中，“弥诺陶洛斯”（牛首人身的怪物）或“牛人”想必脱胎于米诺斯人跳牛的传说。圣托里尼地动山摇的时刻，米诺斯文明的光辉时代也就突然结束了。一个传说中的国度几乎在一夜之间就倾覆灭亡。
文明进步是亚特兰蒂斯神话的核心，那个乌托邦式的文明又是什么样子呢？柏拉图所描述的亚特兰蒂斯与古时的米诺斯社会极为相似。米诺斯的文物在20世纪初期已由英国考古学家阿瑟·伊文斯爵士在克里特的克诺索斯发掘出来。
米诺斯时代的克里特与柏拉图的亚特兰蒂斯显然有相似处，但是柏拉图和梭伦都不可能看到这一点，因为古希腊根本不知道有米诺斯文明。荷马也只对克里特的后期文明有印象：“有那么一个地方，名叫克里特，在醇酒般琥珀色的海洋里，风光明媚，土壤肥沃，四面环水。岛民众多，数之不尽，熙熙攘攘。90个城池星罗棋布，有共同的语言，也有方言土语……”这么简单的几句，已经有了亚特兰蒂斯的风味。
在100多年前，克诺索斯、斐斯托斯、哈伊亚特里亚达，这3个米诺斯文明的文化中心，都尚未为世人所知，就像在柏拉图时代那样，根本没有人注意。到英国人伊文斯于1905年发现这个古迹时，也没人看出它与亚特兰蒂斯有那么多类似的地方。只有弗罗斯特一人在1909年2月19日的伦敦《泰晤士报》上发表文章，提出自己的论点。
在1939年马林拿托斯在《古物》学报发表文章以前，米诺斯文明的假说一直无人提及。发掘阿穆尼索斯港时的发现，提醒了马林拿托斯，米诺斯文明的毁灭可能与圣托里尼的火山爆发有关。1967年，他亲自来到圣托里尼实地考察后，才确立自己的学说。
已有的两种文明写照似乎有很多相符的地方：一个是我们确实知道曾经一度兴盛繁荣之后，突然消失的克里特文明；另一个是传说中的失落的大洲亚特兰蒂斯。圣托里尼岛（这个传说中的亚特兰蒂斯）不过是辉煌的克里特文明的前哨而已。细节上略有不同，若推断为柏拉图故意用夸张手法所致也很合理。例如，亚特兰蒂斯的圆形首都可能根本不存在，只不过圆是完美的象征，这位哲学家便凭臆想创造出来。
可是，时间仍是问题的症结。时间的错误可能出于柏拉图把年份弄错了数位。他说亚特兰蒂斯是在他生前9 000年时，意思可能是指900年。如果是在梭伦旅行埃及前900年，那么亚特兰蒂斯的毁灭应是公元前1500年左右，这就较为合理。再说，在公元前12000年的时候，并没有任何已知的进步文化存在。
这样看来，不再把亚特兰蒂斯当做神话，而视为已获解答的历史问题，是否就可以了呢？
在某种意义上，亚特兰蒂斯的神话永远不会消逝，因为许多国家的神话也有很多类似的故事。例如印度的《摩诃婆罗多》和《罗摩衍那》史诗，就是写失踪古国的故事。又如埃及，在《落难水手》或《龙岛》这个中古帝国的传说中，也有失落大洲的传说。
即使是已有科学证据的关于圣托里尼的说法，也有人提出怀疑的意见。另有一派学说认为，北海的海姑兰岛才是亚特兰蒂斯的原址。
目前可以说，圣托里尼大概就是亚特兰蒂斯，但是还无法做出肯定的证明。所以，亚特兰蒂斯依旧是亚特兰蒂斯——世界最耐人寻味的谜团之一。
大西洲究竟在哪里？它存在于什么时候？为什么消失？传说的大西洲大陆与大西洋之间有何关系？这至今仍是无法揭开的谜，这一旷日持久，长达20多个世纪的探索或许还要继续下去。