嘉靖四十一年（1562年）五月，严嵩在各种势力的攻击下终于倒台了，徐阶成为内阁首辅
此时的张居正欣喜若狂、笑逐颜开，一个名叫杨金英的宫女趁皇帝醉酒之际。因为他知道徐阶当政，在《谒晦翁南轩祠示诸同志》中，张居正借游览衡山，祭拜朱熹和张南轩的二贤祠之机，终于道出“欲骋万里途，中道安可留”的心声，并以“示诸同志”告之以世人，表示他再度出山的决心。在张居正高卧山林之时，北方俺答大举侵犯宣府、大同要塞，威逼京师。他闻讯勃然而起，作《闻警》抒发自己的忧愤：“初闻铁骑近神州，杀气遥传蓟北秋……抱火寝薪非一日，病夫空切杞人忧。”诗中弥漫着对国事的关切和对时弊积重难返的焦虑。最能反映张居正忧心忡忡而有志难伸心情的是《七贤吟》，这是他对魏晋名士阮籍、嵇康、山涛、刘伶、王戎、向秀、阮咸的咏叹诗，这七人才华横溢，卓尔不群，是乱世中的怪杰。他们行为怪诞，说话玄妙，面对各种抨击和讥讽，谈笑自若，我行我素，逃避世俗，遁迹官场，与当局采取不合作的态度，并以放荡不羁的个性，挣脱礼教和功名的约束，倡导真性情和人的自然本能。由他们开创的“越名教而任自然”的玄学，是中国思想史上的一大流派。但他们的主张终为世道所不容，或被囚，或处死，后世对他们惊世骇俗的行为也多有苛责。但张居正非常理解这七君子“心有所惬”不满现实而又无可奈何，不得不“游方之外”的处境，认为世人有关他们有损名教、贻祸晋室的种种指责，不过是以小人之心度君子之腹，无损于他们的人品和气节。这种超群出众的见解，正是张居正心情的反映。这些诗歌交织着超逸与忧思、出世与入世、愤世与经世的矛盾和冲撞，经过反思和自砺，张居正终于走出了情绪的低谷。
回到故乡，作为休假的官员，张居正本可不必下田劳作的。但他出自平民家庭，与农民有着天然的亲和感。他倡导学农，并身体力行，在家乡亲自下田，种竹植树，与老农切磋农艺，同悲共欢。张居正亲身接触农民，在乡间体会到了人民的辛劳、饥寒和痛苦。在《学农园记》中，他就记述了他对农民的观察：“每观其被风露，炙熇日，终岁仆仆，仅免于饥。岁小不登，即妇子不相眄，而官吏催科，急于救燎，寡嫠夜泣，逋寇宵行，未尝不恻然以悲，惕然以恐也。”这些都深深震撼着张居正，农民终岁劳碌，仅免于饥饿，官吏的催征急如救火，逼得农民抛妻别子，逃亡他乡，这使他“恻然以悲，惕然以恐”。这悲，是对农民的满腔同情；这恐，却是对政局安危的忧虑。这一切不禁使他恻然心动，责任感迫使他重返政坛。张居正虽然身在山林，但念念不忘的依然是官员的职责和治国安民之道。即使不再操政，也有这样自发的操守，充分反映出他对社稷和民生的忧思。
这几年的乡间生活，在张居正58年的生命旅程中只是一段小插曲，但这段时间的成长却对他将来的仕途有着不可估量的作用。期间的低沉、彷徨和奋起，还有忧国忧民的困惑和焦虑，都是他潜龙之志的体现。经过休整、反思和对农民疾苦的考察，张居正对解除社会弊端已有深思熟虑，在他的心中重新燃起了一股报效朝廷的热情。除了自身对政治梦想的追求，其父张文明同样是迫不及待，敦促他及早赴任。要知道他父亲孜孜以求的功名，一生未就，终身的遗憾全都指望着儿子来弥补，眼看儿子业已进入“储相”的行列，岂能长久在家逗留！
国运的召唤，父命的嘱托，肩负着兴国、兴家的双重使命，使张居正不能不重返政坛。这年张居正已经33岁，正值壮年，在回京途中信口吟出的“割股割股，儿心何急”最能表现他急切的心情。“我愿移此心，事君如事亲，临危忧困不爱死，忠孝万古多芳声。”这首以割股命题的《割股行》引用了《庄子·盗跖》中的一则典故，说的是春秋时期晋国的介子推随晋文公逃亡落难，途中晋文公饥饿难忍，介子推毅然割下自己的臀肉，供晋文公疗饥。张居正从封建社会最高的伦理准则——忠孝两全出发，以割股的献身精神，表达了他的耿耿忠心，这是他对自己又一次步入残酷的官场的激励，更是对他重回政坛的宣言！
重返政坛再次碰壁
张居正，这个天生的政治家，终于从潭中跃起。嘉靖三十六年（1557年）秋，怀着“摘奸剔弊”的浩然之志，张居正重回官场。然而，一切似乎都未有变化。
重回朝廷的张居正只得到一个到汝宁册封崇端王裘封的差使。这是一个无足轻重的闲差，但汝宁靠近江陵，张居正又回到家乡。虽然张居正抱着远大的志向回到朝廷，但天不遂人愿，现实依然没有给他提供施展抱负的机会。
嘉靖皇帝一如既往，久居西苑，不愿回到大内。嘉靖不上朝其实还因为他有一块心病。其虽然致志修炼，却又暴虐成性，动辄鞭打宫女，由此伤命的达两百多人。因此，宫女们对他恨之入骨。时日一久，积怨终于爆发了。
嘉靖二十一年（1542年），嘉靖帝服过了仙丹，想在人间也找一找神仙的乐趣，就跑到万安宫去逍遥了。到半夜，就代表自己的出头之日就要来了。，因为平时经常受到嘉靖的残暴责罚，心怀怨恨，就串通了16名宫女和有同样遭遇的王宁嫔企图用绳勒死皇帝。可惜事机不密，其中有一个宫女临阵脱逃，跑去向方皇后告密。方皇后急忙带人来到万安宫，才救了嘉靖一条命。当时，所有的涉案人员都被当场拿下，第二天通通被处死，这就是震惊天下的“宫婢之变”。
嘉靖虽然侥幸未死，但却被勒得昏厥，口鼻出血，受伤不轻，精神打击相当沉重。本来他专心修坛炼丹，企求长生不老，已是怕死之徒，如今再遭受这一生死大难，受惊之大可想而知。自此他噩梦不断，睡不安宁，再也不敢回到乾清宫。而乾清宫是皇帝临朝议政的场所，这是历代必行的朝仪，不在乾清宫居住，也就不能临朝。皇帝不上朝，但对权力仍是紧抓不放，只不过都由严嵩秉承皇帝的意向处置，这给贪官提供了更多的渎职枉法的机会，严嵩的擅权便愈来愈肆无忌惮。
在朝中一手遮天的严嵩父子，依然依仗权势中饱私囊。除了卖官纳贿，严嵩父子还克扣户部拨给边防的银两，没等银子出京，就缩了大半的水，造成边防亏空，连买兵器的钱都捉襟见肘。
严嵩父子穷奢极欲，夜夜笙箫，污蔑纲常，把现世当做末日，带领整个朝廷搞“贪污”，士风败坏，贿赂公行。在这种风气下，大明王朝早已是千疮百孔——国库紧张，入不敷出，军备废弛，民力不堪重负。
朝臣对严嵩的不满由来已久，这一点嘉靖并不是不知道。不过，他当时正在用人之际，需要一个严嵩这样的统治工具，仍然像对待宠物一样护着严嵩。可一旦“不如朕意”，最高统治者的变脸也将不期而至。身为次辅的徐阶深知个中三昧，他一如既往地不与首辅严嵩硬抗，依然是少言寡语，虚与委蛇，默默等待时机。
机会终于来了，嘉靖四十年（1561年）冬，皇帝在西苑永寿宫放烟火，引发大火，烧毁了宫殿。寝宫给烧了，嘉靖只好暂住玉熙殿。可玉熙殿那个地方又小又潮，皇帝当然不愿意在那里住了。于是，召集大臣们商量，大臣们建议皇帝搬回乾清宫去住。可是，被吓坏了的嘉靖怎么可能重回噩梦中呢？
一时皇帝连住的地方都没有，大家都拿不出合适的办法。这时候，严嵩和徐阶开始为嘉靖出谋划策。一直想住回原来的永寿宫的嘉靖想修复烧毁的宫殿，可严嵩却以费用巨大为由“劝”皇帝不如迁住南城离宫。估计严嵩是老糊涂了，这“南内”是过去英宗当了瓦剌部落的俘虏，放回来后被幽禁的地方。这在政治上很敏感，对嘉靖也是一大忌讳。
此时的徐阶赔着十二分的小心，因为正在和严嵩暗斗，头脑清醒得很。徐阶了解到皇帝的心意，就提议在原址上再造一座新的宫殿，并且出其不意地拿出一套方案——不用花钱，只需用宫中修三大殿所剩余的材料，就可完成修复工程。嘉靖听后，大为高兴，立即任命徐阶的儿子徐璠担任建设部的主管。得到准许后，不过数月就大功告成，皇帝亲自更名为“万寿宫”。
嘉靖皇帝龙颜大悦，重赏了徐阶。不久，徐阶加“少师”衔，位列“三公三孤”里的“三孤”之一，可谓“位极人臣”。连带着他儿子徐璠也跃升为太常寺少卿，位居正四品。嘉靖对严嵩却是日渐疏远，凡有军国大事，都是问徐阶，只有求仙问道的时候才会想起严嵩。自此，徐、严两家的力量对比发生了根本性的变化。
徐阶就是这样一个善于谋算之人，由于他对宫中日用物资和建筑费用的留心了解，才结算出这一花费不多而又能如期完成的工程计划，并因此得到皇帝的欢心。
在张居正第二次回乡之际，徐阶与严嵩的争斗更加严酷。但从家乡回到京城的张居正，却对严嵩十分恭顺，为严嵩父子写了不少“歌功颂德”的文章。这是因为现在的张居正终于懂得了——隐忍是最强大的一种力量。对贪污成性的严嵩，他可以这样“赞扬”道：“惟我元翁，小心翼翼，谟议帷幄，基命宥密，忠贞作干，始终惟一，夙夜在公，不遑退食。”意思就是“夸奖”严嵩工作小心翼翼，为国家苦思冥想，堪为忠贞的栋梁，昼夜不停地在办公，连吃饭都顾不上了。除了“赞美”严嵩，对严嵩的儿子严世蕃，张居正也是奉上了溢美之词：“笃生哲嗣，异才天挺，济美象贤，笃其忠荩，出勤公家，入奉晨省，义方之训，日夕惟谨。”大概表达的是严世蕃，天生奇才，崇高品质堪比先贤，为公无私奉献，但又不忘孝敬，严于律己，从不懈怠。
但这只是他的一种政治手段，因为早在严嵩罢相以前，徐阶就在积聚力量，而张居正是首位人选。嘉靖三十八年（1559年）五月，徐阶兼任吏部尚书，第二年成为太子少师。同年，张居正还朝，经徐阶推荐，从七品编修耀升为六品右春坊右中允，主管国子监司业，相当于国立大学副校长，官品虽不算高，却是参与朝廷决策、主导社会舆论和士大夫的要职，这给张居正提供了进一步施展才能的机会。
就在徐阶的实力不断增强的同时，严嵩的地位也越来越不安稳，尤其是皇帝产生了罢黜严嵩的想法。这当然是徐阶的作为，毕竟徐阶也隐忍10年了。
徐阶与道士蓝道行联手，开始了对严嵩的反攻。徐阶与蓝道行有着盘根错节的关系，因为蓝道行长于装神弄鬼，徐阶就把他推荐给喜欢道教的嘉靖皇帝。这个蓝道行进了西苑后，因为预言祸福，无一不中，很得嘉靖的欣赏。有一次，嘉靖问蓝道行：“为什么天下还不太平？”蓝道行回答道：“因为贤臣放不开手脚，有奸臣挡道。”嘉靖又问：“贤臣是谁？奸臣是谁？”蓝道行在徐阶的“教导”下，答道：“贤如辅臣徐阶、尚书杨博，奸臣就是严嵩！”嘉靖忙问：“既然严嵩是奸臣，那上天为什么不惩罚他呢？”蓝道行回答得也很巧妙：“如果上天真的要惩罚他，那重用他的人罪过就大了，所以上天现在还没有处置他。可是，如果不知悔改，后果就不堪设想。”这一番谈话，让嘉靖下了罢黜严嵩的决心。可是，严嵩一个堂堂的内阁首辅，又不能无缘无故地罢了。
大明的官员中，有这么一类人，也许他们没有一件正事可以干得干净利索，甚至连几句官场的客套话也说不清楚，但对于人事变动却具备超级的敏感。所以，皇帝的这一倾向很快被许多官员所获悉，尤其是反对严嵩的官员们更是抓住这个千载难逢的机会。接踵而至的弹劾奏疏，不断地被送到朝廷。监察御史邹应龙一向就是一个秉公执法的好干部，对于严嵩父子早就恨之入骨，就连夜疾书奏疏，列举严嵩父子卖官鬻爵的种种不法行为，证据确凿，义正词严：“刑部主事项治元用一万三千两银子就能得到吏部稽勋司主事的肥缺；贡生潘鸿业以二千二百两买到临清州知州……如此买官的有百余人之多。现在，天下水旱频繁，灾害连连，南北多警，边防不安，可严氏父子只知道搜刮民脂民膏。严嵩父子贪婪成性，连边关的守军也不放过。”民间盛传这样的歌谣：“臊子在门前，宰相还要钱。”尤为骇人听闻的是，严世蕃在丧母期间，整日“恒舞酣歌”。
当时的百姓都狠狠地诅咒严嵩父子：“此时父子两阁老，他日一家尽狱囚。”可见严嵩父子的贪婪行径已激起全民共愤。而邹应龙的上疏也给了嘉靖一个机会，此时嘉靖也不再袒护严嵩。对他而言，严嵩已经没有利用的价值了。于是，在嘉靖四十一年（1562年），嘉靖下旨：勒令严嵩退休，严世蕃下天牢待审。诏旨一下，举国欢腾。
严嵩这个当政二十多年，权倾一时的两朝元老，终于被撤了职，儿子被杀、家产抄没。抄出的财产，仅皮衣就有一万七千余件，帐幔、被褥两万两千四百余件，金窖十多个，每窖藏银一百万两，珍玩财宝不计其数。如此巨额的财产，足以说明严嵩父子的腐败程度。
徐阶与严嵩的争斗也超越了一般的权力倾轧，具有清扫官场积弊的意义。当然更重要的是，徐阶取而代之，顺理成章地成为内阁首辅。张居正依靠徐阶的权势走过了碰壁的仕途时光，从此开始了自己辉煌的官场之路。
严嵩倒台，七品升至六品