到了近代，随着我国逐步沦为半殖民地半封建国家，西洋宗教开始在纳西族地区传播，美、英、意、法、荷等国家的传教士都曾在丽江、维西、贡山、德钦等地建立过他们各自的教堂，只是由于纳西族拥有足以抵抗西洋宗教的本民族信仰体系才未成大观。
以下就宗教、自然崇拜、灵魂崇拜、神灵崇拜、巫术、占卜等方面对纳西族的信仰体系作一简单的记述。
一、宗教
1.巫教
纳西族的巫教徒被称为桑尼。桑尼一般为巫婆，但也有神汉。他们信仰万物有灵，并以咒语与咒术、占卜等特殊手段感知灵界，为人们禳灾除病、驱鬼迎神。桑尼无经书，无固定仪式，他们平时从事生产劳动，遇有村邻有生老病死等才被延请去主持各种巫术活动。桑尼之成巫大多是自发性的，很少有人投师学成，所能学到的只是一些法术而已，也很少世袭。在一般情况下，成巫之后，桑尼要狂舞至三多庙，在三多神前继续狂舞。如果在其狂舞之间有垂挂于三多神像前的红布条自然掉落在身上，便证明她（他）的桑尼资格已获神灵的认可，因此要立即停舞，拾起红布条缠在头上，表明自己的桑尼身份。桑尼崇拜三多神，举行法事前要祈求三多及诸神、自己的九代男祖七代女祖降威灵，然后呼喊主人家新近去世者之名字，除了共同残存于各地、各个支系的巫术信仰之外，令其降灵，与主人进行对话。桑尼大都法术高强，她（他）们能以手摸烫油锅，以口衔烧红的铁铧，以酒等对活牲施催眠术，赤脚上刀山、下火海，极受民众的崇信。
2.东巴教
东巴教是在固有的巫教之基础上融合本教、佛教、喇嘛教、道教诸种因素形成的民族宗教。其教义信仰万物有灵，重视祖先崇拜，强调自然与人的和谐，持三界二元宇宙观，即天上、人间、地狱三际及黑白二元论，认为它们之间的对立统一乃世界的本源以及事物发展的动力所在。并且，五行、气、声是构成物质的基本要素。
东巴教教主为丁巴什罗，其音与本教教祖登巴喜饶暗合。据《祭丁巴什罗经》称，教主生于母腋，身怀超凡本领，专为镇鬼除邪而出世。他曾赴天界与喇嘛一起学经，学成后率弟子返回人间并杀死女魔众鬼，使人类得以安宁。丁巴什罗也因此成了东巴教教主，并深受人们崇拜。有的传说还称丁巴什罗曾在拉萨学习本教经典，因斗法失败，只好逃离藏地另创东巴教。
东巴教圣地为云南省中甸县白地，那里有一灵洞，人称阿明洞。相传东巴教亚圣阿明什罗为白地人，他十三岁赴藏学经，后学成逃回，将所携经书藏于灵洞，自己也在其中静坐冥思，将所有经书译成纳西文，收徒授业，创建了东巴教。正由于此，白地灵洞便成了当地为大东巴加威灵之所。纳西族民间有谚语曰：“没有到过白地不算真东巴”，每年都有无数的东巴及其信徒前去白地朝圣。除灵洞之外，白地在千百年来还出现了众多的东巴大师。
东巴教徒称“东巴”，又叫“毕补”，有诵经耆老之意，梁慧皎《高僧传·经师篇》曰：“天竺方俗，凡歌咏法言皆称为呗”。《曲礼》则曰：“八十九十曰耄”。“呗”即“毕”，“耄”即“补”也。东巴在家庭内部世代相传，也有投师学习的情况。他们平时从事生产劳动，大多是能工巧匠，只有在村邻举行祭典、生老病死仪式等时才担任祭司，以收取微薄的报酬。东巴有专业分工，不同的东巴有不同的称呼，如祭天东巴叫“虚孙”，主持丧事仪式东巴叫“道亨”，主持禳灾、祭风、祭署（龙王）、除秽等仪式的东巴叫“毕补”。要注明的是这只是指同一个东巴在主持不同道场仪式时的不同称呼。东巴主持法事往往需要众多小东巴作为助手，在举行重大祭典时还要设一徐多进行辅助。
东巴使用一种叫“斯究鲁究”的象形文字书写经典。这种文字见木画木，说人画人，往往一个符号代表几个音节，甚至几十个音节，是一种典型的从图画向文字过渡的记录符号。
字书写的经典十分有限，其流传地域亦不广，但这已经是一种形音义都相对固定的、严格意义上的文字符号。
东巴经典卷帙浩繁，保存至今者多达三万余卷，一千四百余种。其内容十分广泛，涉及天文、地理、历史、语言、文学、艺术、医学、哲学等领域，被誉为纳西族古代文化的百科全书。目前，这些经书分别被收藏于我国北京、昆明、南京、台湾、丽江、维西、中甸，以及美、意、法、德、英等国家。
东巴教道场是一种将仪式、经典、音乐、舞蹈、绘画、法器等有机地组合在一起的布道形式。较著名的有祭天、祭风、祭祖、禳灾、祭星、超度、祭署、祭村落神、祭畜神、祭丰收神、退口舌是非、婚典、丧礼、祭丁巴什罗、迎福神等道场。它们当中，有的有固定的祭日、祭坛，有的则按主人之愿望临时举行，具有极强的随机性、灵活性。
3.达巴教
达巴教流行于纳日人中，其形态内容都与东巴教基本相同，有些经典道场如出一辙，但也有自己的特色：其一，达巴教无文字、无经书，并不大量使用神像及木牌画；其二，达巴教的巫术性更加明显，不像东巴教那样已具有较显著的哲学化倾向；其三，达巴的构成更为复杂，除世袭而成者、拜师而成者外，有不少是神授而成者；其四，达巴教中保留有许多东巴教中所没有的仪式；其五，达巴教的道场仪式规模都比较小，内容相对简单一些。需要指出的是，纳日人有一部分也信仰东巴教，如宁蒗翠英、加泽、拉伯等地的纳日村落都有东巴以及丰富的东巴经书。
4.喇嘛教
由于居住于与藏族相毗邻的地区，纳西族早已受到喇嘛教的强烈影响。据文献记载，早在公元十二世纪就有纳西族先民参与修建西藏昌都地区的噶玛丹萨寺。到了明嘉靖庚戌（1550年），西藏二宝法王曾经路过丽江赴鸡足山进行传教活动。木增主持丽江知府时，还曾捐巨资延聘第六世噶玛巴红帽系活佛曲吉旺秋前来丽江主持编校刻印藏文大藏经《甘珠尔》。到了清代，在纳西族居住区内已先后建起以福国寺、玉峰寺、指云寺、文峰寺、普济寺为中心的十三大喇嘛寺。其中，文峰寺后还设有灵洞静坐堂，专供十三大寺取得“格萨”称号的年青喇嘛进修学经。每期二十余人，每人独处一室，她还曾受到过西藏本教、喇嘛教、汉传佛教、道教的深刻影响。东巴教与达巴教便是以此为背景形成的民族宗教。在丽江地区，学习期限为三年三月三日三时。在此期间，不许出静坐堂门，不许会见外人，与亲人及师父亦只能隔墙对语。日日面壁打坐，练功静思。结业之后，可取得“都巴”学位。还呈现出东巴教与晚期传入的道教、佛教、喇嘛教同时并存的状态。
在纳日人中，喇嘛教的影响更甚，几乎每家都设有经堂，一个家庭必有一两个男子出家当喇嘛。在永宁，最大的红教喇嘛寺为扎美戈寺，而在其边缘地区还有一座白教喇嘛寺哲波寺。喇嘛教徒、特别是上层喇嘛完全脱离生产劳动，凡入藏学经归来者都不能耕地种庄稼。喇嘛实行严格的等级制度，活佛之下为堪布，堪布之下为格施，格施之下为拉差、阁若、白干、哈干巴、格洛等。活佛一般由土司之兄弟担任。红教在一年中的活动大体如下：
一月：A.举行“拉差米洛”，时间共七天，由富有的喇嘛负责举行，是一种喇嘛升级典礼；B.举行“艺马布地”，历时五天，目的是为育龄妇女祈求子嗣。
二月：举行“松都搓”，共为七天，禳除灾害疾病，以求健康、丰收。
三月：举办“搓其”与“地搓”两个法会，每会七天。前者为喇嘛祈祷经师健康法会，后者为为百姓祈祷健康、丰收之法会。
四月：举行“苏尼”和“乌角搓”两个法会。前者为十六天，又叫哑巴会，目的是喇嘛为自己祈求来生幸福。后者为三天，为育龄女子祈求子嗣。
六月：举行“烟尼搓”法会，为期半个月，目的是祈求农作物免灾受虫灾霜害。
九月：举行“哈巴会”，为期七天，祈祷庄稼不受虫灾及丰收。
十月：举行“哀搓”法会，由喇嘛戴面具以驱鬼怪。
十一月：举行“熟达搓”，祈求和平安宁，不发生战祸。
除了以上这些固定性法事之外，喇嘛教还深深渗透到了日常生活之中，生老病死、婚丧旱涝等情况下，人们都喜欢延请喇嘛主持各种仪式，使东巴教与达巴教的影响力不断削弱。
5.汉传佛教
汉传佛教是最先传入丽江纳西族地区的外来宗教之一。南诏时代，就已经在玉龙山下建有其佛寺。到了明代，木氏土司在政治上忠诚于朝廷，在文化上向中原地区认同，在宗教上亦引进汉传佛教作为其精神支柱，先后于白沙、束河及府城附近建造了琉璃殿、大宝积宫、大定阁等三十余处寺、庵、堂、殿。中央王朝赏赐大批的经书被木氏捐置于鸡足山。木氏还曾在鸡足山兴建悉檀寺，向国内各大佛教名山捐资建刹。到清代，丽江纳西族地区又增建了大小佛寺六十余处，使佛教在纳西族社会中的影响更加普及、深刻。白沙护法堂法会、东山庙法会等都是有名的汉传佛教法事活动。纳西族中曾先后出现过圣露、正修、圆空、谛闻等汉传佛教大师。
6.道教
道教何时传入纳西族地区已不可详知，但在明代，木氏土司即礼遇过前来丽江的道士，著名的丽江壁画便是儒、释、道相结合的产物。可以说，它在纳西族地区的传播与佛教一样久远。道教的传入无疑与木氏土司主动学习中原文化，以及明清以来大量汉族移民进入纳西族地区有关。移民与道教同来，而在移民不断被纳西化之后，一部分道教文化有机地融合进了纳西文化。同时，道教还作为一种独立的宗教存在于纳西族社会之中。在丽江，以丽江大研古城为中心，建有玄天阁、玉皇殿、真武祠等道教庙观。道士活跃于被纳西化的汉族移民最集中的丽江坝、大东热水塘、大具营盘、石鼓、巨甸等地方，丧葬、婚典、年斋、“做七”、“甲子会”、占卜、求雨、起房盖屋等都是他们的重要舞台。有趣的是洞经、皇经音乐原是用于道教，以传播其宏旨大义，但经过不断的传承变异，它在丽江纳西族地区已经从道教中蜕变出来，成为民俗音乐，并融进了纳西族音乐的许多特色。这种共融性、变异性，也表现于各个寺宇之中，鸣音寺、多玛寺、东山庙、大宝积宫等虽是佛教寺庙，但又都少不了道教中的神像，如玉皇大帝便是其中必有的塑像。而道教与佛教、喇嘛教、东巴教同时主持各种法事的情况更是不胜枚举。
二、自然崇拜
在纳西族的观念中，自然万物皆有灵魂，它们与人类具有密切的关系。它们或赐福于人类，或降灾于人类，都是根据人类对其态度而决定的。因此，人类必须保持与自然神灵的默契，虔诚地行祭。对自然界中的那部分恶力，则要通过对那部分善的力量的尊崇与夸张进行制约。
1.祭天
祭天在全民族中都极盛行，不过，目前所看到的祭天已经在过去的自然崇拜的基础上具有了更浓重的祖先崇拜的色彩。因为据民间传说及东巴经的记载，人类始祖崇仁利恩在洪水之后与天女衬红褒白邂逅相爱，他们一同飞往天界去向天神子阿劳阿普请求准婚。在历经种种生死考验之后，崇仁利恩终于获准与衬红褒白成婚，并一同下凡人间，在玉龙雪山下定居创业，生下了三个儿子。起初，三个儿子不会说话，是天神指教他们祭天，三个儿子才说出了三种不同的话，分别成了藏、白、纳西三个民族的祖先。可见，纳西族的信仰体系非常庞杂，祭天的目的是为了祭拜天神，以求其保佑赐福。
纳西族的祭天按宗族为单位进行，往往每一个宗族拥有一个共同的祭天东巴和祭天坛。这些宗族又分别归属于更大的祭天群。每个祭天群当是古代的某个氏族与部落，它们各有较一致的祭天时间、程序、禁忌等。据目前所知，丽江、维西、中甸等地的祭天群大体有普笃、古徐、古哉、古珊、阮可、喜家。在永宁等地则无祭天群之谓，祭天亦只以家庭为单位进行。那些被纳西化比较晚的汉族移民并无祭天之俗，自然也就不从属于任何祭天群。
祭天的时间一年分二至三次，第一次在正月，第二次在三月或五月，第三次在七月。其中，以正月祭天规模最大、仪式最完备，其后两次不过是惟恐正月祭天有所遗漏失误而补祭而已。具体行祭的日子，各祭天群之间具有一定的差别，如普笃群为初四至初八，古徐群为初十至十三，古哉群为初五至初八，古珊群为腊月二十四至二十八，阮可群为初八至初十，喜家群为正月十三。其实，各个祭天群还有一些细微的差别，除了以上的大典之外，每家院中都设有祭天灶，每天清晨，每家家长或年长者都要到灶中烧一把松、柏之叶。这叫烧天香，也是一种祭天。下面，对中甸县白地普笃群的祭天大典作一介绍：
（1）预祭：
(1)腊月二十四日就要酿祭酒、清祭坛、筹措祭天用品。负责喂养本年度祭天猪的人家要向族中各户索米半斤，赴祭天坛煮祭酒，并约一些人清扫祭坛，在祭天东巴的主持下举行除秽仪式。祭天东巴与祭猪主人归来时，族人要用青松毛遍撒路面以示迎接。
(2)舂神米：腊月二十九日，各户要一早起来除秽，然后舂神米，并将其装入神米篓中，以备祭天典礼上使用。
(3)量神米：腊月三十日下午，在各户扎杜鹃枝火把并点火焚燃除秽。之后，举行量神米仪式。在其仪式上，家庭成员按长幼男女顺序各量米一小升，由家长分别代呼曰：“××（量神米者之名）量一石白米，磕三次头，前来给天树、地树、中央柏树供奉祭米！”接着，家长诵祷词，祈求苍天保佑，并将神米篓置于高架之上，在祭天灶中烧天香。
(4)浴身：正月初二，各家分男女前去河边浴身除秽，惟恐身体不洁而致天神生怒。
(5)搓祭天香及洗祭米：正月初三，鸡叫头遍，全家要起床洗漱，祝祷新年新月，并搓祭天香。此香大于平常所用者数倍，长约一米许。午饭后，全家到固定的河边洗祭米及祭米篓。返回时，路人要对洗祭米者欢呼颂祝。
（2）正祭：初四至初七为正式行祭的日子。
初四：
(1)告祭：鸡还未鸣，全族人都应起床洗漱完毕。鸡叫头遍，男子手执火把，背上锅、祭米等前往祭天坛，在外坛引火造饭，待半熟之后，熄火将其置于神米篓中，以备日中供天神。接着，除留一人守候神米篓外，其余人员各回家中，在祭天灶中燃柏叶以告苍天：祭天即将开始！
(2)入坛：喝过早茶，全族男女老少复赴祭天坛。待由东巴引导众人除秽之后，众人尾随东巴绕外坛除秽堆三圈进入内坛。
(3)布置祭坛：祭天坛大都设于村外，因是圣地，周围古木参天，平时严禁进出。祭坛分内坛外坛，其间用壕沟相隔离，仅有一个出入口将内外坛相连接。外坛设绑祭猪堆、除秽堆、撒谷堆。内坛最北一列之左为顶鸡处，中央为插祭香处，其右为向乌鸦施食处。其下一列之左为天神树，中央为柏树，其右为地神树。三树之下，各压神石，行祭者于神树前跪拜、献馔，供以酒、肉、饭。再下一列之左右按纵向各安放一行神米篓，族中每户一篓。中间则置以祭猪、祭石、除秽杜鹃枝。祭猪正前为东巴诵经处。在最南一角，左为煮祭猪肉处，分三个灶，头灶煮猪头，中灶煮猪肋，尾灶煮猪尾。右角为射杀仇敌处。参祭男女分两列而坐，背西朝东，在他们身后设一交换猪头肉处