海防与塞防之争
就在左宗棠为出关各军筹办粮饷转运时，在清朝统治集团内部爆发了一场关于塞防和海防的大讨论。
事件的起因是这样的。
同治十三年三月二十一日（1874年5月6日），日本政府派陆军中将西乡从道率军3000人进犯台湾。清政府派福州船政大臣沈葆桢为督办台防大臣，率自己制造的轮船赶赴台湾，加紧布防。
日本虽然只是放了一个烟幕弹，但却在外交上捞到了十足的好处，清政府被迫在九月二十二日（10月31日）签订《台事专条》，中国用50万两白银换取日军从台湾撤兵。
没想到一个小小的日本也如此嚣张，日本侵台事件在朝野上下引起很大的震动。
总理衙门在九月二十七日的上奏中指出，因为海防虚弱，所以被理屈的日本占了便宜。
清廷也认识到了海防的重要性，便根据总理衙门提出的“练兵”、“简器”、“造船”、“筹饷”、“用人”、“持久”等6项加强海防的措施，让直隶总督李鸿章、两江总督兼署江苏巡抚李宗羲、钦差大臣办理台湾等处海防沈葆桢等10多人详细议论，限期一月内复奏，拿出一个妥善的解决方案。这就是历史上的海防之议。
虽然左宗棠在陕甘总督任上，管辖的地方并非滨江、沿海，但总理衙门认为他留心洋务，对中外交涉事宜比较熟悉，便让他也参与了讨论。可见，左宗棠非常受总理衙门的器重。
其实，相对于海防来说，新疆已经陷入了严重的危机之中，如果清政府不果断采取行动，新疆全境就可能从中国分离出去。收复新疆、驱逐侵略者是当务之急的事情。但这需要粉碎阿古柏势力，还得坚决同英、俄做斗争。
战争就是烧钱的机器，要想规复新疆，自然需要白花花的银子做后盾。左宗棠恨不得集全国之力来规复新疆。但作为一个爱国者，他同样知道海防的重要性，所以他完全赞成加强海防。但他内心隐隐有一些不安，因为用兵新疆主要依靠沿海各省协济军饷，如果沿海各省因为筹办海防而纷纷停缓协济的话，西北用兵就成了一句空话。
最让左宗棠想不通和气愤的是，在关系国家领土完整的问题上，朝中大臣在给清廷的复奏中不仅要停止西征之饷，而且还提出要放弃新疆。这真是赤裸裸的卖国行为。
比如，当时位高权重的李鸿章在同治十三年（1874年）底的《筹议海防折》中，就明确主张：财政困难，塞防、海防不能同时兼顾。再说，塞防不如海防重要，新疆也不如东南沿海重要。所以应该暂弃新疆，静以待变，再图后举。
官场中人都习惯于跟风，既然有了主论调，自然不会放弃自己的表现机会。
在地方大吏中，如河南巡抚钱鼎铭、山西巡抚鲍源深等纷纷上奏，表示支持李鸿章的主张。在内廷中，光绪皇帝的生父醇亲王和刑部尚书崇实也力挺李鸿章。另外，御史余上华、刑部左侍郎黄钰等也纷纷上书请求放弃西征。
本来，清政府希望封疆大吏们能对如何筹办海防献言献策，没想到，却引起了对继续还是暂缓西征问题的激烈争论。这样一来，已经远远越出了总理衙门的原奏范围，实际上成了放弃新疆还是收复新疆的一场原则性争论。
为什么有这么多人主张放弃新疆呢？
着名学者胡绳指出：“当时，李鸿章正在把国家财力大量用于经营他的北洋海军，所以他极力强调海防的重要，而视西北边防可有可无。”当然，除了人的自私以外，还有深刻的社会历史根源。
从历史上看，西北边疆自古就是多事之地，常年的战乱耗费了大量的军费，这让已经衰败不堪的清王朝越来越吃不消了。尤其是大和卓的后裔在浩罕汗国支持下不断地在南疆制造叛乱，大大地削弱了清王朝在这一地区的统治，使清廷深感无论在财力、军力上都鞭长莫及，无力西顾。所以，放弃新疆的论调开始在封建王朝的统治集团内部弥漫起来。到了同治末年，新疆局势更为险恶，放弃新疆的论调更是风行一时。
其实，李鸿章主张加强海防毫无疑问是正确的，但仅强调国防中的海防一面，而不重视国防中的其余环节，主张放弃新疆的思想则是错误的。
而左宗棠的主张与李鸿章针锋相对，早在同治十二年（1873年），他就向朝廷上书，提出了规复新疆的整体规划。
真理往往掌握在少数人的手中，面对这种不同的声音，清廷自然不会轻易放过。
所以，在光绪元年（1875年）朝中展开海防、塞防的激烈争论时，清廷给左宗棠发出了一道密谕，想听听这员老将的主张和意见。
在三月初七日（4月12日），左宗棠便呈上《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》和《遵旨密陈片》。左宗棠肯定了乾隆皇帝用兵新疆，统一祖国的功绩，并批驳了李鸿章的论调，提出收复新疆与加强海防并重的主张。他认为处理国家大事要考虑周全，为国家长远安危打算，而不能只顾眼前利益。还有，为官者不能心存忌疾、谋取私利，要以国家社稷为重，鞠躬尽瘁死而后已，这才是一个封疆大吏应有的胸襟。左宗棠的主张无疑是正确的。
但是这种不同的声音如果太过于孤单，即使正确，也不见得会被清廷采用。好在，左宗棠不是孤独的，他不是一个人在战斗。
当时对朝廷有很大影响力的武英殿大学士、军机大臣文祥和左宗棠持同一论调。他认为居中控制乌桓重镇，南面统令回部，北面安抚蒙古，借助他们共同抵御英俄人，才能维持新疆的长治久安。所以他力排众议，坚决主张出兵西征。
这无疑是一个重磅炸弹，在朝堂中引起了不小的轰动。
清政府十分重视左宗棠的主张，更加看重文祥的论调。为了切身的根本利益，清政府最终采纳了左宗棠规复新疆的正确主张。
光绪元年三月二十八日（1875年5月3日），清廷发布“上谕”，称左宗棠筹办海防塞防的奏疏见解独到、利国利民。决定任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，金顺仍帮办军务，调景廉等来京供职，授左宗棠关外用兵、粮饷转运等各项权力。
四月二十六日（5月30日），清政府正式决定：命令左宗棠等加强西北防务，准备进军新疆；分别任命李鸿章为北洋大臣，沈葆桢为南洋大臣，主持海防；命令彭玉麟等同李成谋办理江防。可见，清政府没有采纳李鸿章放弃新疆的主张，而是采纳了左宗棠塞防、海防并重的方针，这是清政府关于国防战略讨论的一项重大成果。
清朝最高统治者不仅对海防与塞防同样予以重视，而且一改以往任用旗员节制、统辖新疆的惯例，不是以金顺接替景廉负责关外用兵事宜，而是赋予左宗棠以督办新疆军务权，率军前去规复新疆，这是清政府做出的一次很难得的正确抉择。
这样，陕甘总督左宗棠又以钦差大臣、督办新疆军务的新职踏上了规复新疆的征程。英雄有了用武之地，他终于可以放手一搏，实现收复新疆的愿望了。
毫无疑问，左宗棠用兵新疆并非是为了个人利益，因为以他此时的成就和年龄，完全可以告老还乡，享受天伦之乐。但他甘愿“引边荒艰巨为己任”的壮举，恰恰是出于对祖国边疆安危高度负责的责任感。虽然征途中困难重重，但他还是义不容辞地担负起这个规复新疆的历史重任。
进军新疆前的最后备战
六十多岁的左宗棠在西北已经待了十多年了。这些年，他日理万机，为大清的江山稳固和百姓生活的安定而孜孜不倦地操劳着。他的精力貌似过人，其实，他的身体并不好。多年的戎马生涯，让他积劳成疾。
早在来西北前，他就患上了长期腹泻。在肃州大营时，因为不服西北水土，全身长满了风湿疹子，瘙痒不止，一度让他难以成眠。还有，他本来就有咯血病，来西北后更加严重了，有一天早晨竟然吐出鲜血十多口。
让这样一个多病的老人担负起抵抗侵略者、收复失地的重任，真是难为他了。不过，左宗棠内心没有丝毫抱怨，反而异常兴奋。
军人就应该战死沙场，而左宗棠只有在战火纷飞的沙场才能感觉到自己存在的价值，他希望能在大西北流尽自己的最后一滴血，马革裹尸是他向往的最终归宿。
左宗棠是一位经验丰富的统帅，每次在用兵之前，他总能从全局考虑，构思好总体战略，部署好用兵的先后顺序。所以，在军事部署方面，左宗棠按照当时经济、政治、自然条件和沙俄侵占伊犁、阿古柏侵占南疆大部又伸向北疆的具体情况，制订了详细的战略战术计划。
左宗棠的战略构想是先歼灭阿古柏匪帮，收复除伊犁以外的全部新疆失地，让自己处于有利地位。这样一来，就有资本就归还伊犁一事与沙俄交涉，而沙俄在政治上输理，索还伊犁就有希望了。他还认为实现收复除伊犁外的新疆领土应分为两步走，即首先平定北疆，接着再平定南疆。
随后，左宗棠确定了消灭阿古柏势力的具体步骤。他指出：这次进兵，先北路而后南路。只要北路军打几个大胜仗，就可以挫败阿古柏势力的嚣张气焰，将来在南路用兵就容易多了，可以一举歼灭阿古柏势力。
不过，左宗棠知道阿古柏势力的后台是英国侵略者，所以，这次西征不会那么轻而易举就能得胜回朝。还有，英国和俄国在新疆都有一定的势力，如果和这两个国家真的开战后，收复新疆就不是两三年就能了结的事了。但他不担心自己年近古稀、衰病的身体能否再次回到故乡，担心的是自己在有生之年不能亲眼看着新疆重新回到大清的怀抱。
左宗棠的担心是有道理的，因为收复新疆所面临的困难是有目共睹的。新疆所面临的问题比太平天国要复杂得多，除了要解决与俄、英两国的矛盾外，还有就是新疆所处的独特地理位置给行军打仗、后勤供给带来难以想象的困难。所以如何做好后勤保障成了左宗棠当前必须要解决的问题。
在这个问题上，左宗棠把精力主要用在筹粮、筹饷和筹转运上面。他认为，西北军事，筹措军饷比筹兵难，筹措粮食又比筹措军饷难，而筹措粮食的运输又比筹措粮食难。
先说筹粮。
当时新疆大部分沦陷，清军只控制着东北部褊狭的贫瘠地区。要想解决新疆问题，左宗棠估计必须拥有六七万大军的绝对军事优势才能行得通。而出关的六七万大军，一年就需四五千万斤粮食。
而西北的粮食生产原本就不够，再加上多年的兵荒马乱，百姓逃亡，田亩荒芜，粮食生产又减少不少，根本就无法供给大量兵马消费。如果从关内和其他地区远途采运，以当时的运输能力，大多是沙漠地区的新疆，翻越险峻的天山筹运军粮，又是非常困难的事情。
考虑了各种因素后，左宗棠建议北路在归化（今呼和浩特市）设立北局，南路以肃州（今酒泉市）为南局，负责北、南两路的粮食补给。他还命令已出关各军在巴里坤、哈密等地办理采粮、开垦。
再看筹饷。
西北地区比较偏僻落后，经济水平不及内地。所以，甘肃和新疆的政费在平时也要靠江苏、浙江和四川等省接济。但这些省份对于甘肃和新疆的政费需要，大都漠不关心。比如，西征军的军费每年支出约800万两，但实际收到的各省协饷只有500万两。后来各省为了协济海防，更不把塞防当回事了。以致西征军在光绪元年每年只能发一月满饷。
手心手背都是肉，清政府看不下去了。
在左宗棠多次上奏请求下，光绪二年（1876年）三月，在左宗棠督率大军出关之际，清廷发布“上谕”称：为了西征军旗开得胜，从国库拿出银二百万两，并借用洋款五百万两，各省协饷三百万两，凑足一千万两。
总算有钱了，出征将士有了物质上的保障，就没有后顾之忧了。左宗棠对朝廷的恩赐感激涕零，浑身存满了干劲，发誓一定扞卫大清国土，把侵略者赶回老家去。
除了筹粮、筹饷之外，左宗棠还十分重视粮食和军火物资的转运问题。
西北地广人稀，多年的兵祸致使劳力更加缺乏。西北的运输工具，只有车和骆驼，不能船运。过高的山地又不便行车，沙漠里只能用骆驼。而骆驼因为历年变乱而减少，不好雇购。还有些交通线路，必须找有水可喝的地方歇脚。总之，各种艰阻使运输量受到了很大的限制。
左宗棠计算，在关内，要花两石的粮价，才能运到一石的粮。因此，要花一个半人的饷， 才能养活一名兵。而在关外，要十石的粮价，才能运到一石的粮了。也就是说要花七个半人的饷，才能养活一名兵。
虽然困难不小，但左宗棠收复新疆的决心不会改变。他主张关内运粮以车和骆驼运输为主，关外则只能以骆驼运输为主。他还通过上海采办转运局、汉口后路总粮台、西安总粮台等转运军火物资，并由兰州机器局自造枪炮供应前线。从而基本上解决了粮食和军火物资的转运难题。
解决了粮饷和转运问题后，如何提高军队的战斗力也是一个迫切需要解决的问题。毕竟，有了钱不一定能打胜仗，只有有了战斗力一流的军队才能做常胜将军。
我们知道，这次参加收复新疆的部队十分复杂，分别来自湘、川、豫、陕、皖、甘、新、吉、黑等省，可以说是一个杂牌军队。各军的素质、武器装备和战斗力都有很大的差别，使得调遣比较困难，不容易统一指挥。为了提高军队的战斗力，左宗棠对手中的军队进行了集训、整顿。
其中，值得一提的是他注意选拔重用青年将领。比如，湘军统领刘锦棠带兵出关时仅33岁；罗长祜识略过人，出塞从征时只有29岁等等，左宗棠对他们都十分赏识。
左宗棠在选拔将帅之才时，从不以个人的好恶为取舍标准。而是以“勇”、“廉”、“朴” 作为选将的标准，但居于首要地位的是德而不是才。因为如果品德不好，就是有再好的才干也是白搭。
左宗棠在总结自己用将的经验时曾这样说：“如果不了解一个人就不能很好地任用他， 而不能很好地任用一个人也就不能说了解他；如果不开诚布公，就无法得到人心；如果不奖励一个人的长处，庇护他的短处，就不能让一个人全心效力。”
左宗棠的这套具有辩证色彩的用将之道，使他统率的湘楚军不断壮大，许多名将的才能和智慧在反侵略战争中得到了充分的发挥。
左宗棠从不任人唯亲，他严格要求将领们做到“忠”、“诚”、“公”、“廉”、“勤”， 即以“忠义”倡其勇敢之气；对部下以诚相待；秉公行赏议罚；廉洁为官；勤以练兵。而这五点左宗棠都能以身作则，所以他在军中才有了较高的威信。
另外，没有严明的军纪，就没有惊人的战斗力。所以，严肃军纪是融洽军民关系，提高部队战斗力不可缺少的措施。左宗棠知道军纪的重要性，所以他曾经多次传令入疆的部队， 要求加强军纪。左宗棠一旦发现不守军纪的部队，马上采取断然措施，予以处理。
据有关记载，只要清军到达，当地人民立时归附，阿奇木、阿浑、玉子巴什的人们带着酒、酪、牛、羊，夹道迎接清军。这说明入疆清军确实纪律较好。
左宗棠还采取了正确对待俘虏的政策。他对部将反复强调：这次进兵主要是打击阿古柏匪帮、白彦虎等叛国逆匪和以前的叛军。除了持械顽抗、死不悔改者以外，只要放下武器投降的，就要加以安抚，给予资费返回原籍，安排好他们的生产和生活。