从1518~1523年，每一年都有农民起义发生。到1524年，起义更是频繁，声势也更为浩大。各地的农民起义，汇合在几个主要地区：士瓦本、法兰克尼亚、图林根和萨克森。
1524年6月14日，士瓦本的施图林根伯爵领地的农民，拒绝纳税服役，组织了武装起义。邻近的农民和平民纷纷响应，其中不少是闵采尔的门徒。他们公推当过雇佣兵、富有战斗经验的农民汉斯·弥勒做首领。农民长期积聚起来的力量，这时已锐不可挡，德国农民战争打响了。
弥勒首先占领施图林根城堡，接着率领起义队伍攻占邻近的瓦尔茨胡特市。他立即联合市民，成立了“新教兄弟会”，作为起义的领导核心。兄弟会的宗旨是“消除封建统治，破坏所有城堡寺院，消灭除皇帝一人之外的一切统治者”。会旗是象征德意志统一的黑红黄三色旗。到1524年底，弥勒领导的军队发展到3500人。
1525年2月，起义队伍密布整个士瓦本地区。起义人数达四五万人，组成六支农民军：黑森一赫部农民军，由弥勒领导，有3500人，根据地在埃瓦廷根；巴伊特林根农民军，领导人是乌尔利希·施米特，有1万到1.2万人，根据地在巴伊特林根；博登湖农民军，由艾特尔·汉斯领导，指挥部在伯马廷根；上阿尔部农民军，有7000人，起义中心在肯普腾；下阿尔部农民军，有7000人，起义中心在乌尔察赫；来普海姆农民军，领导人是乌尔利希·雪恩，有15000人，起义中心在来普海姆。
这时候，贵族的士瓦本联盟，委派特鲁赫泽斯公爵负责镇压起义。特鲁赫泽斯是个老奸巨猾的家伙，他假意同农民军协议停战，商定在1525年4月2日谈判解决农民的要求。
为了准备谈判，3月6日至7日，六支农民军的领导人在梅明根集会，草拟农民的要求《十二条款》。主要内容有：废除什一税，农民自己选举本区的牧师；解除农奴对主人的人身依附关系；封建主侵占的草地、森林和牧场归还农民；减轻租税和徭役等等。
正当农民军严格遵守停战协议，等待4月2日的谈判时，刚拼凑起一支军队的贵族立刻扯下了假面具，宣称“决心依靠武器和上帝的帮助来对付农民无法无天的举动”。特鲁赫泽斯率领1万雇佣军向农民军进攻。消息传来，人民气愤万分，全德意志有2/3地区的农民举行起义。
但是，各地起义的农民，相互之间缺乏联系，都是孤军奋战。特鲁赫泽斯利用农民军的这些弱点，于3月末集中兵力进攻斗争最坚决的巴伊特林根农民军。巴伊特林根农民军绕过沼泽进入森林，使得那些用骑兵和大炮作主力的特鲁赫泽斯军队束手无策。
特鲁赫泽斯立即转攻来普海姆农民军，并于4月4日进攻农民军的主力，农民军的领导人雪恩和韦埃被俘。这时候，特鲁赫泽斯的领地瓦伊德堡被巴伊特林根农民军围困。特鲁赫泽斯在4月11日和12日集中全力进攻巴伊特林根农民军。但是，休整后的巴伊特林根农民军联合博登湖农民军一致对敌。4月15日在加斯伯伦一役，打败了特鲁赫泽斯，开始转败为胜。
农民认为自己的利益有了保障，参加起义的目的达到了。他们害怕战争持久下去有些厌战，希望早日回乡重整家业过太平日子。农民为了狭隘的利益竟同意特鲁赫泽斯的要求，在4月17日签订了协定。结果，农民轻易地让特鲁赫泽斯逃出农民军的重围，这好比放虎归山祸患无穷。
逃脱士瓦本农民军围困的特鲁赫泽斯立刻向北进军，前往镇压力量较弱的法兰克尼亚地区的起义。到1525年7月，特鲁赫泽斯的力量扩大以后，又调转头来镇压了士瓦本的农民军。
法兰克尼亚在士瓦本北部，包括莱茵河支流美因河和尼喀河流域的广大地区。这里的农民早在1525年3月下旬就陆续举行起义。到4月初，起义烽火遍及全区。起义农民占领了几百个城堡，组成了许多支农民军。其中，最大的一支是华美农民军，意思是服装整齐、器械完备的队伍。
华美军由雪恩塔尔城附近的起义队伍组成，有8000人，3000支枪和不少大炮，领导人是希普勒、罗尔巴赫和盖尔等人。
他们首先活捉了当地政府的长官黑尔芬施太因伯爵。
特鲁赫泽斯在4月初进入法兰克尼亚，首先在伯勃林根遇到华美基督教农民军。这支农民军是以弗伦施坦山为根据地建立起来的。领袖是波特瓦市政官费尔巴哈尔。他们在4月初，转战方圆二三百里的地区，占领了许多城市和城堡，起义队伍壮大得很快。邻近的农民军都同他们一道战斗。其中，包括从华美军中分裂出来的罗尔巴赫和他率领的200名英勇战士。他们在攻打斯图加特市的时候，有6000人之众，并且配有大炮。在他们附近还有一支赫部农民军。
特鲁赫泽斯遇到这样强大的农民军，十分震惊。于是他重施故伎，一面假意谈判，削弱农民军的斗志一面收买叛徒，从内部进行破坏，乘农民军放松警惕时，在5月12日发动突然袭击。罗尔巴赫身先士卒，率领他的士兵顽强抵抗。农民军内部的中产阶级公开叛变投靠敌人。邻近的赫部农民军，以华美基督教农民军曾经拒绝援助他们为借口，在这危急关头也坐视不救。特鲁赫泽斯乘机用骑兵冲杀，消灭了这支农民军。在混战之中，罗尔巴赫不幸被俘，特鲁赫泽斯把他捆在柱子上用火慢慢烧死。
特鲁赫泽斯镇压华美基督教农民军以后，联合当地贵族军队进攻海尔布朗城。农民军中的富裕市民相继叛变。这些人早在参加起义的初期，就同贵族保持秘密的联系，随时准备妥协投降。当特鲁赫泽斯兵临城下的时候，他们勾结城内贵族开城迎接。
在6月2日的科尼斯霍芬战役中，以及在6月4日的祖尔茨多夫战役中，特鲁赫泽斯集中主力攻击农民军中坚部分。这些战士虽然顽强抗击，还是抵挡不住贵族的骑兵。到7月初，法兰克尼亚的起义基本失败了。特鲁赫泽斯回到士瓦本，又去镇压那里的起义。1525年3月17日，萨克森地区缪尔豪森城的平民，在全国农民起义的影响下，也起来推翻城市贵族的统治，组织了人民政权“上帝永约会”，公推闵采尔为主席。
闵采尔担任主席以后，在缪尔豪森城宣布：废除特权，消灭领主，财产公有，人人劳动，人人平等。幻想建立一个没有阶级，没有剥削的理想社会。
起义的迅速扩展，使得贵族惊恐万分。他们直到4月底才拼凑起一支军队，配备了武器，建立了炮兵和骑兵，由黑森伯爵腓力和萨克森公爵约翰亲自率领。他们采用突然袭击和残酷屠杀的办法，首先镇压了周围的起义军。最后，围攻闵采尔领导的革命中心——缪尔豪森。
5月16日，双方在缪尔豪森相遇。闵采尔率领了8000农民军，拥有几门大炮，并且还在城里继续铸造大炮，训练军队准备迎击敌人。狡猾的腓力和约翰，同特鲁赫泽斯一样，也施展诡计假意谈判，缔结停战协定。可是，停战期限未满，他们又突然打进来。
什利亚赫特堡失守后，闵采尔率领剩下的起义部队退进缪尔豪森城内。敌人的骑兵紧紧追来，也同时进了城。在激战中，闵采尔头部负伤，被敌人俘虏拷打致死。
德国封建主到处进行疯狂的报复，成千座村庄被焚毁；数万名农民受到审讯、拷打和判处死刑。即使侥幸活命的农民，也必须交纳很重的罚金，担负很重的徭役和租金。许多已经获得人身自由的农民重新变成农奴。十六世纪以后，西欧大多数国家的农奴制在逐渐废除，而德国的农奴制却到处死灰复燃起来了。与此同时，德国的地方封建主势力也不断增强，封建割据局面更加发展，国家更趋于分裂状态，资本主义经济的发展受到更大的阻碍。