巴菲特以长期投资而闻名，但他真正长期投资的只是那些创造价值的能力能够长期保持超越产业平均水平的优秀企业。如果这些企业的盈利能力短期发生暂时性变化，并不影响其长期盈利能力，那么，巴菲特将继续长期持有。但如果盈利能力发生根本性变化，他会毫不迟疑地将其卖出。
一、巴菲特长期投资的动机
把投资当成经营企业是最聪明的投资方式！
——沃伦·巴菲特
一张普通股票所代表的意义是拥有该企业部分的经营权就是经营一个企业。你的经纪人试图引诱你像赌马般每天早上从华尔街日报上找黑马股。但事实上，股票是代表拥有企业经营的机会，这也就是格雷厄姆和巴菲特投资思想的精髓所在。所以我们应该选择投资哪一个企业和了解该企业值多少钱。并将这些放入企业前景的标准中考量。
巴菲特主要的理念是以商业意义来看合理的价位及买优秀的企业。而什么又合乎商业意义呢？在巴菲特的世界中，合乎商业意义即是，投资能提供最高的年复利回报率与担负最低的风险。而让巴菲特的绩效能够优于华尔街其他经理人的原因，则是巴菲特长期投资的动机——像企业家一般而不是像一般华尔街的投资专家，偏重短期获利。
如果有人卖给巴菲特一家零售药店，他会先察看该店的会计账目及看他们的获利状况。如果巴菲特看到该店获利不错，他会衡量该店的获利是否持续稳定，或是大起大落。如果该店获利持续稳定，他再问自己我是否能实质改善该店的状况，如果答案是否定，那么他该问自己现在店里卖的是什么。
一旦巴菲特知道要价后，他会与该店的年盈余做比较，并算出年回报率。一个10万美元要价相对于每年2万美元的盈余，将提供巴菲特20%的投资年回报率（20000÷100000=20%）。在知道预期回报率后，巴菲特就能货比三家，以了解20%的回报是否是好的投资。一旦发觉是好的投资就马上行动。
这就是巴菲特做投资决策的过程，当他决定全部或部分入主企业投资时，他会自问：这个企业预计能赚多少钱，而卖价又是多少？并且将这个答案作为他比较的基础。这不是一般华尔街专家会告诉我们的操作方式。巴菲特及其他投资者将长期持有公司的股票，以赚取巨额利润。每年20%的回报，15年后将有相当不错的获利。
相反，华尔街则是从短期的角度观察企业，他们只重视眼前的绩效，一年20%的获利可能无法让经理人赢得顶尖的绩效排名。在财务经理人的绩效游戏中，连续几季的绩效不佳可能让经理人丧失工作，所以对他们来说，短期比长期绩效更重要。
二、持有优秀股票的时间越长，总收益越大
投资的一切秘诀在于，在适当的时机挑选好的股票之后，只要它们的情况良好就一直持有。
——沃伦·巴菲特
许多人认为长期投资非常困难，还是让巴菲特告诉他们如何做吧。巴菲特2001年7月21日在西雅图俱乐部的演讲中说：“我从不认为长期投资非常困难……你持有一只股票，而且从不卖出，这就是长期投资。我和查理都希望长期持有我们的股票。事实上，我们希望与我们持有的股票白头偕老。我们喜欢购买企业。我们不喜欢出售，我们希望与企业终生相伴。”
波克希尔从1989年开始入股吉列，巴菲特当时拿出6亿美元买下近9900万股吉列股票，并且协助吉列成功地抵挡住投机者的恶意收购攻势。在随后的16年中，巴菲特抱牢吉列股票，即使20世纪90年代末期吉列股价大跌引发其他大股东抛售股票时也不为所动。巴菲特对吉列品牌深信不疑。
巴菲特长期持有吉列股票最终得到了报偿：吉列股价因被宝洁购并而于2005年1月28日每股猛涨5.75美元至51.60美元。这一涨，让波克希尔的吉列持股总市值冲破了51亿美元。
以1989年波克希尔最初在吉列投资的6亿美元计算，这笔投资在16年中已增值45亿美元，年均投资收益率高达14%。如果投资者在1989年拿6亿美元投资于标准普尔500指数基金，现在只能拿到22亿美元。这就意味着巴菲特投资收益比标准普尔500指数基金高出一倍还多，用专业人士的话说就是巴菲特跑赢了大市。
巴菲特说：“1988年，我们大笔买进联邦家庭贷款抵押公司与可口可乐公司，我们准备长期持有。事实上，当我们持有杰出经理人管理的优秀企业的股票时，我们最喜欢的持有期限是永远。许多投资人在公司表现良好时急着想要卖出股票以兑现盈利，却紧紧抱着那些业绩令人失望的公司股票不放手，我们的做法与他们恰恰相反。彼得·林区曾恰如其分地形容这种行为是‘铲除鲜花却浇灌野草’。”
“即使这些证券的价格高得离谱，我们也不会卖出，就像即使有人以远远高于我们自己对企业的估值的价格购买，我们也不会出售喜诗和《布法罗晚报》（Buffalo Evening News，这两家公司为伯克希尔公司直接控股的私人公司）一样。在今天积极行动已经成为普遍潮流的企业界，我们这种持股到永远的做法看起来可能有些落伍……尽管美国的企业界和金融界热衷于积极行动的频繁交易，我们仍然坚持我们‘至死不分开’的永远持有的策略。这是唯一让查理和我感到自在的策略，它产生了相当不错的效果，而且这种方式让我们的经理和投资人专注于干好自己分内的事而免于分散注意力。”
“我们拥有我们不会出售的可交易的普通股，即使其市价高得离谱。实际上，我们认为这些股票投资就像我们成功的受控制企业一样是伯克希尔公司永远的一部分，而不是一旦‘市场先生’给我们开了一个足够高的价格就会被卖掉的商品。对此，我要加上一个条件：这些股票由我们的保险公司持有，如果绝对必要的情况下，我们会卖出部分股票，支付异常的保险损失。但我们会尽力避免卖出这些企业的股票。查理和我一致决定做出买入并持有这些企业的股票，这里面既有个人情感，又有财务上的因素。……当然，在最近几年过度注重交易的华尔街上，我们的立场肯定非常古怪：对于华尔街的许多人来说，公司和股票不过是用来交易的原材料而已。但是我们的态度适合我们的个性以及我们想要的生活方式。丘吉尔曾说过，‘你塑造你的家，你的家也塑造你。’我们知道，我们愿意被塑造而成的样子。由于这个原因，我们宁愿与我们非常喜欢和敬重的人合作获得一定的回报，也不愿意与那些令人乏味或讨厌的人进行交易而再增加10%的回报。”
巴菲特还表示将继续持有大多数主要股票，无论相对公司内在价值而言它们的市场定价过高还是过低。这种至死也不分开的态度，再加上这些股票的价格已经达到高位，将意味着不能预期它们在将来能够还像过去那样快速推动伯克希尔公司的价值增加。也就是说，迄今为止，伯克希尔公司的业绩受益于双重力量的支持：一是投资组合中的公司内在价值有出乎意料的增加；二是在市场适当地‘修正’这些公司的股价时，相对与其他表现平平的公司而提高对它们的估值，从而给了巴菲特额外的奖赏。“我们将继续受益于这些公司的价值增长，我们对他们未来的增长充满信心。但我们的‘市场修正’奖赏已经兑现，这意味着我们今后不得不仅依靠另外一种支持，即单纯依靠公司的价值增长。”
除了股票分割以外，1992年，伯克希尔公司的持股数只有以下四家公司的股票有所变化：适当增持了吉尼斯和富国银行、联邦房屋抵押贷款公司的仓位增加了一倍以上，新建了通用动力公司的持股仓位。
三、企业价值增值能力决定持有的态度
对于那些投资数额较大的股票，其中大多数我们都持有了很多年份。我们的投资决策取决于企业在那一时期的经营绩效，而非哪一个给定时期的市场价格。在能够拥有整个公司的时候，过度关注短期收益就是极其愚蠢的。同样，我们认为，在买入一家公司的一小部分的时候，却被短期投资的预期收益所迷惑，也是不明智的。
——沃伦·巴菲特
巴菲特曾经买入过数十只股票，有一些股票持有时间较短，其中大部分持有期限长达数年，可口可乐、富国银行、《华盛顿邮报》、吉列等少数几只股票自买入后一直持有，长达10多年甚至20多年。
大多数人采用股价上涨或下跌的幅度作为判断持有或卖出股票的标准。而巴菲特却并非如此。
巴菲特判断持有还是卖出的唯一标准是公司的价值增值能力是否与买入时相当，甚至有所增加，而不是其价格上涨或者下跌。
巴菲特判断持有还是卖出的唯一标准是公司的价值增值能力是否与买入时相当，甚至有所增加，而不是其价格上涨或者下跌。
“每当查理和我为伯克希尔公司下属的保险公司购买普通股的时候，我们像在购买一家私营公司那样着手整个交易。我们考察企业的经营前景，负责运作公司的管理层以及我们必须支付的价格。我们根本不考虑在什么时候或以什么价格出售。实际上，我们愿意无限期地持股，只要我们预期这家公司的内在价值能以令人满意的速度增加。”
那么衡量公司价值增值能力的方法是什么呢？巴菲特认为最佳方式是透明盈利。
巴菲特认为透明盈利由三部分组成：报告营业利润，加上主要被投资公司的留存收益，扣除如果这些留存收益分配给投资人时应该缴纳的税款。
巴菲特认为，投资者专注于他们投资组合的透明盈利将大大受益。为计算透明盈利，投资人应该确定投资组合中每只股票相应的可分配收益，然后进行加总。每个投资人的目标，应该是要建立一个投资组合（类似于一家投资公司），这个组合在从现在开始的10年左右将为他或她带来最高的预计透明盈利。这样的方式将会迫使投资人思考企业真正的长期远景而不是短期的股价表现，这种长期的思考角度有助于改善其投资绩效。当然无可否认就长期而言，投资决策的计分板还是股票市值。但价格将取决于未来的获利能力，“投资就像是打棒球一样，想要得分大家必须将注意力集中到球场上，而不是紧盯着计分板。”
巴菲特曾经也因为有些公司的经营发生重大变化，导致其长期竞争优势大大减弱甚至消失，巴菲特最终坚决卖出。其中最典型的例子是巴菲特对曾经公开声明永久持有的股票资本城／ABC公司，却在该公司盈利能力发生重大变动后，全部出售。巴菲特在伯克希尔公司1986年的年报中说：“我们可以公开声明，我们希望永久地保留我们的三种主要持股：资本城／ABC公司（Capital Cities／ABC，Inc）、富国银行、《华盛顿邮报》”。但在迪斯尼收购了ABC之后，公司的巨大规模也拖了发展的后腿，巴菲特1998年开始减持，1999年几乎把持有的迪斯尼股票都出售了。
但是，他对待同期可口可乐公司的盈利持续下降却有不同的观点。1997年，可口可乐公司股票资产的回报高达56.6%，由于受国际金融危机的影响，1998年下滑到42%，1999年则下滑到35%。尽管如此，巴菲特在伯克希尔公司1999年的年报中指出：“我们仍然相信这些公司拥有相当强大的竞争优势，可使其继续稳定经营下去，这种可以让长期投资有不错回报的特点，是查理跟我还有点自信可以分辨得出的地方，股价上涨或下跌不是判断持有还是卖出的标准。”他告诉《纽约时报》记者：“某个国家在某一时期总会出现一些暂时性的小问题，但是，这并不能阻止你畅想10年或15年之后的事情——那就是要让世界上所有的人都只喝可口可乐。”巴菲特继续坚决持有可口可乐公司股票，他与董事会解雇了可口可乐原CEO艾维思特，聘任达夫特为新CEO。果然可口可乐不久就重振雄风。
巴菲特在伯克希尔公司1993年的年报中将可口可乐公司作为一个长期投资的最成功范例。“1919年，可口可乐股票以每股40美元的价格公开上市。到1920年底，由于市场对于可口可乐的前景看法相当冷淡，股价下跌50%以上，跌至19.5美元。但是，如果将收到的股利再重复投资，那么当时价值40美元的一股股票将增值到210万美元……前面我曾经提到如果在1919年以40美元买入可口可乐公司一股股票的投资业绩将会是一个传奇。1938年，在可口可乐公司问世50年且早已成为美国的象征之后，《财富》杂志对该公司做了一次很好的报道。在这篇文章的第二段写道：‘每年都会出现几次这样的情况，一个态度认真的重量型投资人长时间关注可口可乐公司后，尽管对其过去的辉煌业绩记录表示敬意，却也只能得出非常遗憾的结论：他关注可口可乐公司太晚了。因为市场饱和以及激烈竞争的幽灵已经出现在他面前’。的确，1938年，市场竞争非常激烈，而1993年也是如此。但值得注意的是1938年可口可乐公司1年总共卖出2亿箱的饮料（若是将当时销售加仑数量换算成现在一箱192盎司的计算标准），到了1993年，该公司1年卖出饮料高达107亿箱，对这家在1938年就已经成为软饮料产业主导者的公司，在后来近50年间又增长了50倍。即使对于1938年新加入的投资者来说，盛宴也根本没有结束，虽然在1919年投资40美元在可口可乐公司股票的投资人（包括将所收到的股利再投资），到了1938年可获得3 277美元，但是如果在1938年一个新的投资者以40美元投资可口可乐股票，到1993年底可以增值到25000美元。”
四、“长持”让交易成本变低
短期股市的预测是毒药，应该把它摆在最安全的地方，远离儿童以及那些在股市中的行为像小孩般幼稚的投资人。
——沃伦·巴菲特
巴菲特觉得经常交易对投资人并没有什么好处，只是养肥了证券商而已。他曾说过：“如果你认为你可以经常进出股市而致富的话，我不愿意和你合伙做生意，但我却希望成为你的股票经纪人。”