并购套利的运作，实际上是在试图获得股票的市场价格与交易的市场价格之间的差价。交易价格就是一个公司并购另一个公司时支付的价格。例如，A公司或许会以每股85美元的价格买入B公司。如果B公司每股的市价为80美元。那么一个投资者就可以买入B的股票，并一直持有到交完达成时再卖给A公司。这样他就会锁定一个5美元的利润。5美元的利润表示你的80美元的投资带来了6.25%的收益。如果B公司的股价跌到80美元以下，潜在的收益就更高了。
并购套利的妙处在于可以使投资者的年收益最大化并使你的损失降到最小限度。公司通常会封锁何时达成交易的信息，这对投资者的收益会产生重大影响。在上面的例子中，5美元的利润意味着12.9%的年收益，如果交易恰好在你购买后的6个月内完成。如果交易在4个月内进行，你的年收益将超过20%。这是相当吸引人的。一旦交易结束，从A公司收回了资金，投资者就可以把收入投入到能够产生类似盈利机会的另一笔交易中。
如果投资者能够在3个月内完成的一系列连续交易中使收益率达到10%，假定投资者把此前的每一笔交易的利润都进行再投资，那么投资者的复利收益在整个年度将达到惊人的46.4%（见下表）。
复利年收益（%）交易完成期
贴现率（%） 1个月2个月3个月6个月226.812.68.24.0342.619.412.66.1460.126.517.08.2579.634.021.610.36101.241.926.212.47125.250.131.114.58151.858.736.016.69181.367.741.218.810213.877.246.421.011249.887.051.823.212289.697.457.425.413333.5108.263.027.714381.8119.518.930.015435.0131.374.932.3这样的机会并不少见，在华尔街每天公布的10～20项购并中，其中一些就蕴藏着惊人的获利机会，等待着具有慧眼的投资者们发现它们。巴菲特在谈到他的套利交易时显得有些谨慎，只是说他在做（尤其是在他找不到什么好的业务时）并将继续做下去以及到目前为止做得还不错。
“我们有时把从事套利交易作为持有短期货币市场证券的一种替代，”他在1988年对股东们做的年度报告中这样写道，“当然，我们会优先考虑做一些重要的长期交易。但是除了这些好的交易之外，我们经常还有一些剩余的资金。在这样的情况下，套利交易经常会获得高于国库券的收益。并且，同样重要的是，这可以使我们克服降低长期投资收益标准的念头（每当我们谈论完一笔套利交易之后，查理的结束语往往是这样的：好吧，至少这可以使你免得做牢）。”
应该说，为了获取（但是采用了非法的手段）巴菲特通过合法的并购套利就能取得的收益，不少投资顾问们以身试法。巴菲特写到，在1926～1956年，格雷厄姆通过套利交易获得了20%的年收益，这个结果超过了道·琼斯工业股票的收益。1988年，巴菲特宣布他自己来自于套利的收益到目前为止平均已经远远超过格雷厄姆的20%水平。
在50～60年代管理他的私人合伙事务期间，巴菲特曾数十次投资于套利交易，他意识到了通过把收益率较低的交易汇集在一起就有可能产生丰厚的收益。最重要的是，巴菲特似乎是通过套利交易来使他的客户们的资产免受股市变幻的冲击。通过把客户们的部分资本投入到并购套利交易之中，他获取了非凡的收益，而且不必担心股市的整体走势，巴菲特通过套利交易可以确保股东价值得到提高或者至少不下降。
由于确保了相当部分的客户投资免受风险，巴菲特就可以把他们持有的其余股份集中投入到少数几种股票之中。1960年2月，他告诉他的客户们，他们35%的资金被投入到一种股票中（他拒绝说出是哪一种），其余的资金投入到某些被低估的股票以及并购套利交易中。
总的来看，并购套利构成了巴菲特合伙资产的第二大要素。巴菲特很少告知投资者们他正在操作的套利交易的具体形式，但是他会公开他正在运作的交易的规模以及他采取融资手段进行某些交易。
在任何时候，我们都或许会涉及10～15项此类交易，一些可能刚刚开始运作，而另一些可能已到了交易过程的最后阶段。我确信通过融资来弥补我们的一部分套利资产是可行的。因为在涉及最终效果和交易过程中市场走势方面，这种行为都具有很高的可靠性。
在1999年的伯克希尔·哈萨威年会上，巴菲特被问道，如果他以一个初出茅庐的合伙人身份重新开始他的事业，他能否确信会在股市中继续胜出。巴菲特自信地说，他可以做到。他会选择交易那些不知名的股票并且从事套利交易。他对听众们说，他可以想出十几个人（包括他自己）可以使100万美元的投资获得每年50%的复利收益。
巴菲特把套利同其他大多数交易一样看做是一种数学练习。这里的潜在结果是投资的“加权期望收益”，把风险的上限和下限考虑在内。“如果我认为事件发生的概率为90%，并且作为上限的取值为3点；而事件不发生的概率为10%，作为下限的取值为9点，那么用2.7美元减去0.9美元，就可以得到数学期望为1.8美元，”巴菲特在1990年这样说道。
例如，假定人民软件被收购者报价每股20美元，而股票的市价为17美元——相对于交易价格有一个3个百分点的折扣。运用巴菲特的分析，我们进一步假设交易成功的概率为90%（可以赚3美元），如果交易失败潜在的损失为9美元，那么加权期望收益为1.8美元[（0.9×3美元）-（0.1×9美元）]。这表示17美元的投资可能获得10.6%的收益率。如果交易在一年内完成，你的年收益率就是10.6%。如果只需6个月完成，年收益率就达到了22.3%。
做并购套利取得两位数的短期收益是常见的事。1999年4月，全球交互公司向边缘公司发出了接管报价，希望将其电信业务扩展到整个大陆。在交易结束时，Frontier的股东们将得到价值62美元的全球交互公司股票作为交换。然而，Frontier的市值通常低于62美元价格的10%～20%。交易者们对并购失败的焦虑超过了在全球交互公司保证下的交易的吸引力。并购在1999年9月成功地完成了，那些在Frontier股票周期性波动中占尽先机的投资者们锁定了3位数的年收益。
正是在这些非理性的交易时期，像巴菲特这样的投资者们才开始介入。敏锐的投资者始终在注视着事物的发展动态，他们能够快速进入，以45美元的价格买入Frontier股票，并在3～4个月之内锁定潜在的17美元收益。这意味着45美元的投资将得到38%的收益。而且根据交易结束的时间不同，年收益率将达到102%～262%。
1999年5月，在收到了来自纽荷兰NV公司每股55美元的接管报价后，Case的股价也同样表现出了非理性的变动。两个月之后，在互联网的聊天室中谣言四起，散布交易即将告吹，Case的股票猛跌至44美元。这对于精明的投资者来说就出现了以44美元的投资锁定11美元收益的良机——对于愿意等上短短几个月到交易达成的投资者们来说，可能有一个25%的收益。
经验表明，大多数并购交易都充满了非理性成分。在发布消息的当日，目标公司的股票通常会迅速上涨，可以达到低于报价4%～6%的水平。在随后的几天或几周内，股票价格有可能重新回落，因为许多投资者会沉不住气，决定不再待售股份，而是取得眼前利益。他们的抛售为巴菲特渴望的高收益带来了机会。一定要记住，股价并不需要多大回落就可以使一项套利交易获利丰厚。如果C公司想以每股20美元的现金价格买入D公司，D公司的市值为19美元，那么你的潜在收益仅为5.3%。如果D公司的股票仅仅下降50美分而达到18.5美元，那么套利利润就增至8.3%。如果交易在3个月之内结束，你的年收益率就将达到37.6%。