躲避到香港的通商银行董事长杜月笙，在香港遥控中国通商银行上海总行。1938年4月24日，他致函该行总行常务董事会，告知该行与四明商业储蓄银行、中汇银行两行在香港组设通讯处，对外用三行联合名义，内部则各自记账，于4月5日起在港办公，并派业务部副经理陈国华暂行驻港，就近秉承董事长之命处理该通讯处事务。由此，香港通讯处取代了上海总行的一些功能。
1941年秋，中国通商银行奉国民政府财政部谕令，在重庆筹备总行内迁事宜。但不久，太平洋战争爆发，沿海与大后方交通阻断，总行内迁之事搁浅。
1942年5月12日，通商银行重庆分行被财政部指定为内地管辖行，在总行未迁入内地以前，内地各行处受该管辖行指导监督。
随着内地分支行处的增设和业务的拓展，该行在内地之中枢管理机构亟须加强。尤其是日伪在上海对中国通商银行、四明商业储蓄银行、中国实业银行、中国国货银行四家官商合办银行（即“小四行”）的劫夺，已使中国通商银行在沪总行形同虚设。为此，中国通商银行决定将总行由沪迁渝。
1943年2月11日，杜月笙向财政部呈请该行总行内迁，被批准备案。该行总经理胡以庸因病不能至重庆任事，经财政部批准，杜月笙兼代总经理之职。
1943年6月10日，中国通商银行总行正式在重庆成立，同时，通商银行函告各同业行庄，原上海总行机构及重庆内地管辖行同时撤销。8月13日，该重庆总行致函上海分行，令其于本月15日撤销，所有该分行经办事务归总行接办。
中国通商银行总行内迁重庆的同时，战事导致前方人口、机关、学校、工厂的大量内迁，内地对金融业服务的需求与日俱增，为增进业务，中国通商银行在内地陆续广设分支机构。
抗战期间，中国通商银行先后在重庆、兰州、西安、宝鸡、洛阳、成都、自流井、东关、威远、平凉、天水、桂林、衡阳等地设立分支行处。
与总行的内迁相伴随的，是资金的内移。
中国通商银行在大后方未设分支行处时，曾因重庆地区放款获利丰厚，于1941年7月拨款50万元，委托代理人试办。因试办情形尚佳，是年10月初，通商银行又增拨50万元。
这两笔款项共计100万元，存在中央银行重庆分行的账户上，专做这一时期放款之用，作为主要的运营资金。这是通商银行资金内迁的开始，1942年重庆分行成立时，总行还曾汇去31万元筹备经费，也是资金内移的一部分。
通商银行在内地设立分行、支行、办事处时，总行拨付的营运基金，实际上也是通商银行资金的内移。
1942年5月，国民政府财政部颁布的《商业银行设立分支行处办法》中规定，商业银行实收资本50万元，方得设立分支行处，每超过25万元，得增设一处。对通商银行1943年1月30日呈请在贵阳、桂林、衡阳、曲江四地设立分支行处之事，财政部当年2月25日批示，要求该行连同此前在重庆、兰州、西安、宝鸡、洛阳、成都六地成立之分支行处，共增拨250万元资金。
对此，杜月笙在是年5月5日的呈文中表示，本行资本额400万元，对于此250万元当无问题。不过，当时内地各商业银行为应付政府的此项规定，虽然每增加一分支行处加拨25万元，但常常只是在账面上划转，中国通商银行也不例外。
实际上，与当时上海其他一些商业银行内迁一样，中国通商银行战时虽有资金内移，但运营资金主要靠就地筹措。
当时，中国通商银行在内地吸收存款可谓是突飞猛进，这得益于当时一种畸形的业内现象，时称“堆花”——由于中国通商银行官商合办的性质及董事长杜月笙的影响力，抗战时期，中国通商银行内地各分支行、办事处开业时，每每能获得同业的大量存款，其中以中央银行、中国银行、交通银行、农业银行的支持和捧场为主。
譬如，通商银行西安分行开幕之日，来宾达2万人，存款达12708万余元，其中同业存款计6653万余元，占52%；宝鸡办事处开业时，同业存款8640万元，在存款总额12156万余元，占71%；自流井办事处开业时，收存款7170万余元，其中同业存款4248万余元，达59%；平凉办事处开业时，收存款3700万元，内计同业存款2200万元，达59%。
当然，“堆花”也仅是形式上争面子而已，并非有现款的真正支持，这点从该行天水办事处和西安分行的存款账目可以看出——该办事处开业时，收进存款21030万余元，大部分为同业存款，现款仅约5000万余元。
而且，此种存款属于临时性质，一旦达到了挣面子的目的，即完成了使命，故该行各分支行处之存款额往往在开业之后不久即锐减。例如，西安分行1943年3月10开幕时账面上的存款额为12708万余元，但到4月底锐减至6479万余元。
傅宗耀之死
抗战期间，尽管中国通商银行在政府的支持下辛苦经营，但是损失与波折依然是无法避免。
上海沦陷后，1937年12月初，日本支那派遣军总司令松井，在浦东成立了伪“上海市大道政府”。通过一系列亲日人物的介绍，松井通过盛宣怀的孙婿周文瑞（系台湾银行买办，日本通），找到了野心不死的傅宗耀。
傅宗耀自从被撵出中国通商银行以后，霞飞路（今淮海西路）傅家堂上客常满，杯中酒不空。跟他往来的人大多是绅商闻人、北洋政府旧官僚。这批人都鼓动傅宗耀卷土重来，其中最起劲的就是周文瑞。
松井正在物色有名望的人物来当伪“上海市市长”，一听说傅曾是盛宣怀的心腹总管，又当过中国通商银行总经理、上海市商会会长，立即派员到傅家数度联系。这正中傅宗耀的下怀，双方一拍即合。
于是，傅宗耀征得日方的同意，将伪“上海市市政府”由浦东搬到江湾。松井就让伪维新政府伪维新政府：即中华民国维新政府，为日本于中日战争期间成立的傀儡政权。后来于1940年3月和华北临时政府并入汪精卫的伪国民政府。——编者注任命傅宗耀为伪“上海市市政府市长”。傅宗耀叛国投敌，于1938年10月16日上任，成为众人唾弃的汉奸。
傅宗耀委任一派人物担任伪政府各局局长，还公然以市长身份出入租界，与各国使节交涉，要求接收国民政府在公共租界的政府机构、财产、权利，甚至通函要求租界上的居民户、商店一律不得悬挂国民党的青天白日满地红旗，要改挂伪维新政府的五色旗。
傅宗耀的汉奸行径引起义愤，不断有汉奸在租界被人狙击：伪苏浙皖税务总局局长邵式军在南京路上被人狙击（未死），伪市政府的几个局长也被人狙击（未死）。傅宗耀本人亦遭遇狙击，侥幸逃脱。
日本人此时也正在极力扶持汪精卫组建伪国民政府。1939年5月6日，汪精卫在日本轮船的护卫下，由越南河内返回国内，在上海虹口码头登陆。日本军部指定江湾重光堂为汪精卫的行馆。傅宗耀以伪上海市市长的身份忙于迎接。
1940年3月29日，伪维新政府发表声明，宣布即日起解散，接着汪精卫的伪国民政府在南京成立。汪伪政府成立后，对日本军部所豢养的伪上海市市长傅宗耀极其僚属一律加委，不敢撤换。
一时得势的傅宗耀，再次图谋夺回中国通商银行。
上海沦陷后，杜月笙在中国通商银行劫去了现钞10万元，离开上海溜往香港，在香港与其他银行设立联合通讯处。杜月笙还将中国通商银行的有价证券742万多元携往香港，寄存在香港的美国大通银行，同时将大部分库存现金及一切重要单据、债券移存在上海美国花旗银行，另外抽出150万元现金转移到重庆，存入国民政府中央银行。
杜月笙离沪时，就把中国通商银行全权交给胡梅庵（以庸）负责。胡梅庵害怕傅宗耀对他不利，非常恐惧，称病不出，把权移交给经理李祖基（胡梅庵内弟）承担。
傅宗耀任伪上海市市长以后，对杜月笙抢走他的地盘耿耿于怀，除图谋破坏中国通商银行外，还阴谋破坏中汇银行（杜月笙为该行董事长）。杜月笙得知此阴谋后，亲自打电报警告傅宗耀，傅不得不暂时作罢。
傅宗耀一贯主张，有政权在手，不能不办银行，银行之利近而厚，欲以政权与银行并举。傅与周文瑞商讨，先在苏州市设立“苏民银行”，又在杭州市设立“浙民银行”，在上海河南路开设“中亚银行”。这三家银行在傅宗耀的策划下，大权交给周文瑞，分布在苏杭两地，和上海连成一气，成为日伪渗入金融领域的一个重要据点。
傅宗耀的汉奸行径，终于在1940年10月10日得到了报应。这天晚上，傅宗耀在虹口官邸熟睡之际，被他最亲信的厨师、“两代义仆”朱升源用菜刀把脑袋砍了下来。买通朱升源的，正是蒋介石领导的国民党军统特务。
战时损失
抗战初期，中国通商银行东南各行处资产遭受重大损失，主要是放款难以收回，房产遭受掠夺损坏，导致利润的两大主要来源利息和房租严重损失。
1939年7月1日，国民政府行政院训令中央各部会所属机关、学校及国营事业上报财产损失。据中国通商银行在1940年3月4日上报之资产损失，自1937年上海“八一三”事变至1939年年底，该行在上海、南京、苏州、无锡、杭州、汉口、厦门、宁波、定海等地之各行处所在地，或被日军侵占，或遭日机轰炸，或因郊外战事致受资产损失，共计直接损失3049万余元，间接损失1.7万余元。
这些损失数字，皆为该行上海分行向国民政府财政部提供。1941年11月太平洋战争爆发后，上海和内地交通隔绝，消息久断，此后该行在沦陷区之损失详情，无法查报。后来日伪在沦陷区又强行接收该行上海分行，致使调查更为困难。
为减少资产的损失，中国通商银行曾于1938年9月29日将业务部库存留取少数作零用，其余整数及一切重要单据、债券等移放上海本埠美国花旗银行库房，托其暂为保管。同时，将公债票据742余万元交李骏耀、陈国华带往香港交给杜月笙，杜月笙将其交给大通银行保管。
次年2月，该行将此项公债运回上海240余万元，余下之500余万元仍寄存大通银行。1942年5月间，该行将其从大通银行取出，准备携带至重庆，终因路途不便，敌人搜检甚严，又悉数改存香港东亚银行。
一年之后，该行担心此项公债被日伪掠夺，呈请财政部将其声明作废，若战后侥幸免于损失，则该行仍应享有持票人权益。至于留存上海之公债，则进行作废处理。
以上为因战争破坏而遭受的损失，而由于中国通商银行官商合办的性质，该行在沦陷区各行处还遭受日伪的强行改组和劫夺。
早在1942年冬，就盛传汪伪政府将对中国通商银行、四明商业储蓄银行、中国实业银行和中国国货银行“小四行”进行改组。
后来，国民政府探悉汪伪政府已着手准备接收中国通商银行、四明商业储蓄银行和中国实业银行三行，其中，内定邰树华为中国通商银行董事长，只等伪财政部长周佛海访问伪满洲国归来，即对该三行正式接收。
为此，国民政府财政部于1943年5月10日致函该三行，令其在获悉敌伪确有强迫接收行为时，应立即通饬后方各分支行处对沦陷区一律停止收解，并将沦陷区行处之资产、负债及财产状况详细报部备案，并由该三行总行联合公告中外，通知各分支行处及往来之中外行号，以揭露敌伪阴谋并保护股东及存户之权益。
1943年6月26日，汪伪政府悍然对沦陷区之“小四行”实行改组，对四行资本、资财、人员、性质、机构、业务等方面作出规定。
关于资本，四行各为伪“中储券”伪“中央储备银行”是汪伪政权在日本扶持下设立的金融机构，该行所发行的伪“中储券”是1941年1月至1945年8月华东、华中和华南地区的主要流通货币。——编者著400万元，一次收足，以各行在沦陷区之纯资产缴充。四行旧股东应于六个月内向伪财政部申请登记，经鉴定为无“敌性关系”或已断绝“敌性关系”者，始得按照旧股票面值换给新股票，六个月内未申请登记者，以弃权论。四行官股及与重庆方有关之商股，由伪国民政府接收，于适当时机出售于商民。四行财产中资产、负债，经伪方鉴定为有“敌性关系”者，移交伪敌产管理委员会管理。
关于人员，四行行员以无重庆方色彩者为主，并由伪财政部斟酌人选，其监察人选，亦由伪财政部指定，且监察人中，至少须有一人由伪中央储备银行职员充任。
关于性质，四行在伪中央储备银行统制下，经营纯商业银行业务。关于机构，四行应暂在上海设立总行、支行或办事处，必要时得逐渐在其他各地设立分支行处。
关于业务，四行于营业上有必要时，得向伪中央储备银行通融低利资金，改组前过渡时期之一切业务，仍照常由各该行重要职员负责处理。汪伪政府拟具各行董事监察人名单，其中，张文焕被指定为中国通商银行董事长。中国通商银行总行被日伪强行改组后，其在沦陷区之南京、苏州、无锡、杭州、宁波、汉口、厦门等地各分支行也随之被劫夺。
为应对日伪的劫夺，中国通商银行除将总行内迁重庆外，还联合“小四行”中其他三行一起发布严正声明。
1943年8月25日起，“小四行”在重庆市《中央日报》、《时事新报》、《大公报》等报刊连续将其联合公告刊登三天，公告主要内容有三点：宣布各行总行已迁移内地，告诫原有股东应保持立场，声明敌伪假借各总行名义所开办之伪行无效。
风雨通商银行（下）：战后恢复，退还官股
战后恢复
1945年8月15日，日本天皇裕仁发布《终战诏书》，宣布日本无条件投降，抗日战争结束，中国通商银行也随即展开了战后恢复工作。
抗战胜利后，国民政府财政部发布命令，中国通商银行、四明商业储蓄银行、中国实业银行和中国国货银行“小四行”仿照中国银行、交通银行两家国家银行的办法，先行派员前往东南沿海一带接收、清理其被日伪劫夺的分支行，同时筹划恢复营业。
为了保证接收、清理工作的顺利进行，财政部还特别要求，接收人员不能在原被劫夺的银行中选派，只能在大后方各银行中遴选，而恢复营业的各银行，其经理、副经理、襄理等干部人员也应由后方派往。
为此，中国通商银行于1945年8月29日呈请财政部，该行将前往上海和南京等地办理接收清理工作，届时请京沪财政金融特派员和中央银行予以接济。财政部则训令，前往上海清理资负时，须与伪行绝对划清界限，该行除董事长杜月笙率先前往上海外，派协理骆清华率员前往上海和南京等地办理。
1945年9月，杜月笙先行回到上海，除了积极张罗自己的政治、社团势力外，中国通商银行的接收、清理、恢复工作也是紧锣密鼓进行中。