玛雅人既然已经在很久以前就创造了灿烂的人类文明，那么现代的人类文明为何又失去了玛雅人的行踪呢？玛雅人这种“从天而降”的文明，为何在一刻之间就消失了呢？玛雅人为何突然背弃文明，又回归原始呢？
公元830年，科班城浩大的工程突然宣告停工。公元835年，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。公元889年，提卡尔正在建设的寺庙群工程中断了。公元909年，玛雅人最后一个城堡，也停下了已修建过半的石柱的工程。
这时候，散居在四面八方的玛雅人，好像不约而同地接到某种指令，他们抛弃了世代为之奋斗追求、辛勤建筑起来的营垒和神庙，离开了肥沃的耕地，向荒芜的深山迁移。
现在我们所能看到的玛雅人的那些具有高度文明的历史文化遗址，就是在公元8世纪至9世纪间，玛雅人自己抛弃的故居。如今的专家学者们徜徉在这精美的石雕和雄伟的构架面前，在赞叹、惋惜之时，又陷入深深的困惑之中。
玛雅人抛弃自己用双手建造起来的繁荣城市，却要转向荒凉的深山老林，这种背弃文明，回归蒙昧的做法，是出于自愿，还是另有其它原因？
史学界对此有着各种解释与猜测。譬如说：“外族侵犯、气候骤变、地震破坏、瘟疫流行，都可能造成大规模的集体迁移。然而，这些假设和猜测都没有说服力。首先，在当时的情况下，南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族，因此，外族侵犯之说站不住脚。气象专家几经查阅，仍在公元8世纪至9世纪间，南美大陆没有灾难性气候骤变的记载，同样，玛雅人那些雄伟的石构建筑，有些已倒塌，但仍有不少历经千年风雨仍然保存完整，因此地震灾难之说可以排除。
至于瘟疫流行问题，看来很有可能。然而，在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内，要大规模地流行一场瘟疫，这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移，先后共历时百年之久，一场突发性的大瘟疫，绝无耗时如此长久的可能性。
有的人从部分祭司雕像被击毁，统治者宝座被推倒的现象上，做出阶级斗争的推测。阶级斗争的确在玛雅社会中存在并出现过，但这种情况是局部的，只在个别地方和城市发生的，而玛雅人的集体北迁却是全局性的。
有人试图从生态角度解开玛雅人大迁移的谜。譬如认为玛雅人采取了某种不恰当的耕种办法，破坏了森林，土地丧失了肥力等等，造成生存的困境被迫大迁移。可是不少学者在考察中发现，玛雅人在农业生产上却表现出颇为先进的迹象，他们很早就采取轮耕制，出现了早期的集约化生产，这样既保证了土地肥力不致丧失，又提高了生产效率。因而，试图从这个角度解开谜题的尝试也是行不通的。
还有一些专家想像力更丰富，他们认为要寻找玛雅人搬向深山的原因，可以先反过来看看他们怎样选择自己定居的故土。我们已知的这些玛雅人最古老的城市，都不是建设在河流旁。埃及和印度的古代文明，首先发祥于尼罗河与恒河流域，中国古代文明的摇篮则在黄河和长江流域。河流不仅给这些早期的都市带来灌溉和饮水方面的便利，同时又是人员与商品交往最初的通道。从各民族的早期历史来看，他们的文明都离不开河流。
玛雅人偏偏把他们那些异常繁荣的城市，建筑于热带丛林之中，这又意味着什么呢？
以提扎尔为例子。从这个玛雅人的城市到洪都拉斯海湾的直线距离为109英里，距坎佩坎海湾仅161英里，到太平洋的直线距离也才236英里。玛雅人对海洋是十分了解的，在他们的城堡废墟和文化遗址上，大量的珊瑚、贻贝和贝类动物制品，可以证明这一点。那么，他们最初的城市为什么不修建在河流边，或者海滩旁，而要选择与世隔绝的丛林莽障之中？其后的大迁移，不向河沿岸和海边转移，偏偏要移至更为荒凉的深山之中？这种现象的确让人无法猜测。
提扎尔就是一个位于深山中的城市。为解决这个人口众多城市的饮水与灌溉农作物的需要，他在城周修建了13个水库。这水库的总容量达214，500立方米，在古代修建这样的工程，其艰苦是可以想像的。但让人难以想像的是，这些聪明绝顶的玛雅人为何会在这种条件艰苦的地方安邦筑城，而不去寻找一处较为方便，更符合生命逻辑的地方呢？
这虽然包括那些后来匆匆停下进行过半的工程，仓促地收拾行装，扶老携幼，举族迁移的玛雅人。他们历经长途跋涉之苦，最终只得绝望地在北方建立一个新王国。他们再次按照历法预先规定的日期，开始修建他们的城市、神殿和金字塔，而绝不重返故土。
这一切的一切，都是为什么呢？全世界的科学家也同人们一样，茫然不知。