16世纪初，帖木儿的后裔巴布尔系费尔干的统治者，因受到乌兹别克人的攻击而率军南下，攻占阿富汗。他以喀布尔为基地，不断进犯次大陆。1526年，在歼灭了罗第王朝的军队并杀死其苏丹后，占领德里，又征服了次大陆北部地区，奠定了莫卧儿帝国的基础。
1530年巴布尔死后，其子胡司雍即位，国内分裂。比哈尔总督阿富汗人舍尔汗起兵作乱，赶走胡司雍，建立新王朝。1555年，胡司雍借助于波斯的帮助，从喀布尔出发，进入旁遮普并占领了德里和亚格拉，恢复了王位。
舍尔汗不久死去，由其儿子阿克巴完成重建帝国的任务。阿克巴即位后，首先对次大陆北部各地割据势力进行讨伐，击败了各大封建主的反抗。
此后，他极力扩大帝国的版图，形成南达哥达瓦里河，北抵阿富汗和克什米尔，西起俾路支、信德，东至阿萨姆和孟加拉等广大疆域的大帝国。其时次大陆只剩下南方还保存一些印度教的小国。