将草拟谕旨的工作转给军机章京也是军机处发展成熟的一个标志。军机大臣每日公事是协助皇帝处理军国大事。如果军机大臣每天都要忙于处理技术性的文书工作，必然会削弱其事务工作上的效率。将草拟谕旨的工作转给军机章京，一方面，既有助于提高军机章京们的积极性，给他们发挥才华的机会，以向皇帝、向军机大臣们证明自己的才能。另一方面，也有利于军机大臣专一于军政事务，提高军机处的工作效能与质量。就皇帝而言，也乐于看到军机章京们起草谕旨，这样可以分权，避免军机大臣大权独揽的现象出现。
当军机大臣被皇帝召见，回到军机处后，将此次召见的主要内容向章京们转达，这就是“述旨”。然后章京们开始“批拟”，即拟定谕旨。一般情况下，军机大臣要根据皇帝口述的意思，于晚上将谕旨拟定，第二天进呈。一些军机章京由于善于缮写谕旨而飞黄腾达。如军机章京申甫，所起草的谕旨都能切中乾隆的意思，且明白流畅，洞彻机要，后来升任二品大员。军机章京孙永清，拟定谕旨，一气呵成，被刘统勋、于敏中等人所看重，后来也做到了广西巡抚。
作为一种荣耀，皇帝出行时，特意选择办事出色的军机章京随同扈从。在军机处章京任上时，赵翼三度扈从去木兰围场行猎。木兰围场位于承德避暑山庄以北二百里，此处风景秀美，水草茂盛，鸟兽极多。康熙年间，蒙古翁牛特部特意将这块猎场献出。康熙重视武功，通过木兰行猎，可以锻炼八旗兵丁，并示不忘祖先的马上骑射功夫。雍正却是个宅男，在位十三年，一次也没有木兰秋狝，借口自己“恶杀生”。乾隆深受祖父康熙影响，性喜游猎，自然要去木兰围场。乾隆先后木兰秋狝三十九次，在木兰围场一般要二十天，多则一个月。
离开京师这么长的时间，国政却不可荒废，自然要携带军机大臣与军机章京们同行。在行猎过程中，乾隆时常对军机大臣口述旨意。军机大臣转达后，军机章京就要立刻下马“批拟”，随后快马飞送至皇帝休憩之处进奏。
军机处中，军机大臣不在军机处领薪水，军机章京则从军机处领薪水。军机章京没有什么外快，收入也很微薄，有“职供文字一官清”之叹。
咸丰三年，为筹集军费，为此号召官员们捐款。军机章京们虽然薪资微薄，也凑了一千两银子捐出来作为军费。咸丰看到了批示：“现在军务繁多，章京日夜当差，朕念伊等辛勤，所捐银两不必赏收。”
国库吃紧，连中枢军机处也受到极大影响。每年四月，照例由内务府拨出四千五百两给军机处，作为军机章京及仆役们一年的伙食费及纸张器具木炭各项开销。但咸丰三年国库告罄，军机处只领到了一半的钱，内务府承诺，等手头一宽就将钱给补上。
不想到了咸丰四年四月，内务府一直也没把钱给补上，军机章京们的积极性也受到打击。眼看着又到了发办公经费的时间，军机章京们怕又要扣下一半的工钱，就一起鼓噪，抱怨每天没日没夜干活，还要自己出钱吃饭。咸丰召见时，军机大臣赶紧奏请，现在战事频繁，日夜加班，军机处进来的新人也多，不能再扣钱了。至于去年欠下的办公费用，给不给回头再说，但这次一定要给全额拨款。咸丰一看，不能只让马跑，不给马吃草啊，赶紧让内务府把钱拨全。
在选拔军机章京时就要求德才兼备，入了军机处后，经过多年训练，政务熟练，世事通达，参加科举时自然比其他考生具有更多的优势。此外，军机章京的勤劳，皇帝每日都看在眼里，不时会有封赏。第一次金川战事最吃紧时，乾隆突然想起来，得奖励奖励天天加班的军机章京们了，下旨称：“办理金川军务以来，军机处行走官员，皆黾勉供职，著分别等次，交部议叙。”随后军机大臣将军机章京按照出力多少，分为三个级别，造表献上，一一予以奖励。
军机章京久处中枢，与皇帝及重臣接触的机会多。常有军机章京因为办事干练，给皇帝留下深刻印象而飞黄腾达。白莲教起义时，一夜乾隆突然想询问军事事务，当时没有军机大臣在身边，就将两名军机章京吴熊光、戴衢亨唤入询问军情。两人对答如流，乾隆大喜，当场拍板让两人加三品衔，升为军机大臣。
军机大臣外出征战时，常常会亲自点名，将自己信任而又能干的军机章京带上从军。在前线的实际历练，与军机大臣们的同甘共苦，无疑是今后仕途中的重要资本。早在第一次金川战事时，傅恒就点名让军机章京胡宝瑔随行，战后胡宝瑔备受称赞。舒赫德前往云南征缅时，也曾亲自点名，带了军机章京程焘随行。这程焘不是常人，曾参与过第一次金川战役、伊犁战役，“心计手画，不知饥渴，诸大臣依赖甚重。”阿桂往缅甸作战时，身边也有曾做过军机章京的赵翼及因泄密而被贬从军的军机章京王昶、赵文哲等人。咸丰元年，军机大臣赛尚阿作为钦差大臣出征，随身携带了七十五名“小钦差”，其中就有军机章京丁守存等人。
军机章京虽不似军机大臣那样声名显赫，标榜于史册。但他们在当时职责重大，担任撰写谕旨，整理政令、档案工作，并因其职位之重要，而在官场中获得更多的升迁机会。“其中豪杰非常之士，久放其地，未尝不资以开广见闻，练习吏事。”
从军机章京走出来的首席军机大臣就有讷亲、阿桂、庆桂、文孚、赛尚阿、穆荫、彭蕴章等。据邓之诚统计，清代由汉军机章京升为军机大臣者有三十三名之多。又据刘绍春统计，嘉庆朝以前入值的二百七十五名满章京中，升为从二品以上官员者有七十五名，占百分之二十七。嘉庆朝以前入值的汉章京有二百一十五名，官至二品以上者五十三名，占百分之二十五。军机章京们在政治上的辉煌前途，也吸引了更多的人才投身其中，并视军机章京一职为人生的荣耀。
在军机处前期，军机章京们更多程度上是技术性官僚的角色，他们甚少参与政治冲突，靠着在军机处的努力奋斗而出人头地。咸丰朝之后，在巨大的历史变局之中，军机章京们的作用也显得越发重用，在一定的历史时期，他们甚至左右着政治的走向。
咸丰十年，军机处共有汉军机章京共二十人，满军机章京十六人。汉军机分三班在热河值班，每班七人，时间两个月。七、八两个月，在热河的汉章京有曹毓瑛、王拯、郑锡瀛、方鼎锐、许庚身、沈淮和蒋继洙等七人。俞炳坤在《热河密札考析》一文中推断，其中依附于恭亲王奕訢的有曹毓瑛、许庚身、方鼎锐等人。
在热河行宫的军机章京，通过密札，向在北京的奕訢传递情报。密札由热河传给在北京的军机章京朱学勤（朱修伯），再由朱学勤转递给奕訢。朱学勤实际上成了沟通热河和北京两地的秘密联络人。由于军机章京的密札，在京内的奕訢，得以随时掌握热河的情况。由于军机章京的通风报信，肃顺集团的一举一动，都被奕訢所掌握，在政治斗争中自然是掌握了主动权。在热河的八名顾命大臣情绪也被时刻通报，如端华有点郁郁寡欢，匡源、焦祐瀛“甚是得意”，杜翰则甘于被操控，“尤可笑也”。
咸丰十一年十月一日，在政治斗争中胜出的奕訢担任议政王、首席军机大臣、宗人府宗令三大要职，次日又补授内务府总管大臣之职。肃顺集团则被彻底击败，肃顺、端华、载垣三人被杀，其他四名依附于肃顺的军机大臣被充军。
奕訢集军政于一身，权倾天下。接着发布上谕，任命大学士桂良、户部尚书沈兆霖，户部右侍郎宝鋆、户部左侍郎文祥在军机大臣上行走，军机章京曹毓瑛政变中立下大功，也在军机大臣上学习行走。另一名在热河以密札通报信息的军机章京许庚身，由于资历尚浅，奕訢赏给他一笔黄金，在同治元年又考中进士，后来也做到了军政大臣。
光绪朝百日维新期间，康有为虽得重用，也未能入军机处，只是得了个“总理衙门行走”，并不掌握实权。为了控制军机处，光绪未征询慈禧意见，直接任命杨锐、谭嗣同、刘光第、林旭等四名力主变法者为军机章京，参与新政。在任命下达之日，光绪帝给了四章京一道密谕，命四人尽心推行新政，不必顾虑。此后，军机处中的奏折，均由四人批阅，谕旨也由四人草拟，军机章京已隐隐有军机大臣之权柄。
光绪直接任命四名军机章京，在慈禧看来，是赤裸裸地逼宫了。随后发动政变，四名军机章京在军机处不过十天就被捕杀，成为“戊戌六君子”。军机处自创设以后，虽然有诸多变革，也有诸多军机大臣被杀，可军机章京被送上刑场，这在军机处历史上是第一次，也是唯一的一次。
四保密与纪律