莱亚德深信，是他而不是波塔找到了真正的尼尼微遗址。莱亚德和波塔一样，对古遗址没有进行科学考察，一门心思地寻找惹眼的东西，运回家去。不久，大量的飞狮飞牛和其他宝藏开始踏上艰险的旅程，沿下游漂运。仅仅一个巨大的牛像，就需要一只由600张羊皮制作而成的皮筏子运载，一队全副武装的防盗匪士兵来保卫。莱亚德的发现物在波斯湾的底格里斯河口装船转运，送往伦敦，在庄严的伦敦博物馆里再现风采。
1847年，莱亚德开始发掘库容吉克，那个波塔在发现喀霍沙巴德之前曾检测过然而又放弃了的土丘。莱亚德发现波塔当时找对了地址，只是挖掘得不够深。实际上，在库容吉克土下20英尺处，有大量的文物。正如亨利·罗林逊在翻译楔形文字过程中很快证实的一样，库容吉克真的是长期被人们寻找的尼尼微。莱亚德发现的第一个遗址是一个叫尼姆路德的城市。尼姆路德城与波塔发现的喀霍沙巴德有相似之处，历史上都曾作过亚述帝国的首都。然而，尼尼微才是传说中的亚述王国最强大的国王们的首者。才是《圣经》中所说的先知约拿布道的首都。
通过几年的发掘，莱亚德在尼尼微收获惊人。他发掘出了自公元前704—681年一直统治着亚述的国王辛拿切利甫的部分宫殿。宫殿拥有71间房间，其中一间是随后建造的图书馆，这是辛拿切利甫的孙子，阿西巴尼浦的杰作。图书馆包揽了古亚述丛书国——从语言、历史、文学、宗教到医学，无所不有，宫殿至少还有27个入口，每一个都由巨大的牛、狮或者狮身人面石雕卫士守卫着。也许最令人难忘的要算是那些记载着亚述历史和神话的石雕壁画。莱亚德估计，如果把画一幅接一幅地排列起来，几乎有2英里长。
由于大英博物馆提供的资金极其吝啬，恼怒的莱亚德于1851年离开发掘地，返回了英国。在美索不达米亚，来自阿拉伯、伊拉克、法国、德国、英国以及美国的考古队仍在进行着零零星星的发掘，有的发掘者高度重视科学考察价值；有的则仅仅算是些劫墓暴发户，直到20世纪，人们才真正开始了对尼尼微、尼姆路德以及其他古美索不达米亚城市的科学考察。然而，从这种《圣经》和历史似乎交错难分的土地上寻找到惊人的发现，却是在20世纪。
19世纪50年代初，大英博物馆的研究人员花了多年时间，把莱亚德从尼尼微发现的24000多块楔形文字碑分类翻译，其中一位最成功的翻译人员叫乔治·史密斯，一位热情的亚述学学者。一天，在考察一堆破碎的石碑时，他偶然读到了令人难以置信的东西。碑文记载了古巴比伦时期，上帝派大雨和洪水来惩罚邪恶有罪的人类时的情景。在那次大灾中，一个名叫尤特拿比利姆的人造了一只木船，载上家人和许多动物，在洪水中幸存了下来。史密斯意识到，碑文记载的故事极像《圣经·创世纪》一书中描述的《洪水与诺亚方舟》的故事。
史密斯的发现引起了轰动。有些人声称那段碑文证明诺亚方舟的故事是真实的；而另一些人却争论说，碑文表明《圣经》故事是依据更古老的神话而写成的。可是那块有关洪水故事的碑已破碎，史密斯也因此无法提供巴比伦故事的全文。
于是一家叫《每日邮报》的伦敦报纸派史密斯去尼尼微找回破裂碑文的残余部分，有史以来的奇迹般的巧合出现了，史密斯竟然在不到一星期的时间里就碰上了那遗失碑文其余部分。然而新恢复的碑文全文并没有增添什么有关洪水的内容，而希望继续发掘的史密斯2年后又因痢疾死在了叙利亚。
自波塔和莱亚德时代起，我们对古美索不达米亚已有了大量的了解。甚至除了美索不达米亚各城市的发掘和楔文文献翻译外，我们还填补了有关苏美尔人、巴比伦人以及亚述人问题的诸多细节。
紧随古苏美尔之后的是两种强有力的文明，即巴比伦文明和亚述文明。大约在公元前2000年，这两种文明都起源于美索不达米亚；当时巴比伦在南方，而亚述在北方。巴比伦持续几个世纪都比较强盛，可是，在公元前1600年左右，两个民族都受到了美索不达米亚以外的某个入侵民族的统治。公元前14世纪，侵略者被驱逐之后，亚述又控制了巴比伦。公元前12世纪，亚述在国王格拉派尔塞的强有力的统治下曾一度繁荣昌盛；然而在格拉派尔塞死后，国家曾一度衰落、公元前883—627年，在国王辛拿切利甫和国王阿西巴尼浦等在位期间，亚述又重新恢复了往日的辉煌和荣耀。
就是辛拿切利甫使尼尼微成为了亚述帝国的首都：城市建在山上，围墙长达7英里半还多，至少有5处因修造城门而被断开；也许还有更多的城门，只是尚未发掘出来。山顶最高处建有辛拿切利甫国王的皇宫，占地面积2英亩。为了建造这座歌颂他荣耀的丰碑，他从土耳其、波斯和巴比伦引进了大批能工巧匠。这些人又带来了如香木、象牙、金、银以及白色石灰石一类的罕见材料。宫殿四周花园环抱，园林水源充足，葱翠繁茂；殿内房屋设施舒适。由水井、滑轮、吊桶等物构成的一套精致的供水设施将水送到国王的浴室；浴室内有淋浴，格子窗和通风不断向室内送入新鲜空气，一个带轮子的移动火炉在寒冷时为房间供热。辛拿切利甫的孙子阿西巴尼浦创造了令人难忘的宫廷图书馆，收集了当时亚述人所知的全世界各地的书籍。阿西巴尼浦曾对一位巴比伦大臣下令说，“只要你知道而亚述没有的稀世碑匾，都给我找来。”
公元前627年，阿西巴尼浦去世后，亚述再次衰落。不久，来自波斯和巴比伦的入侵者占领了尼尼微。公元前605年，巴比伦国王尼布甲尼撒击败了亚述的残余部队，从此，亚述国王消失在了历史的废墟中。希伯来先知则法尼的臣民们曾一度受过亚述人的压迫，看到尼尼微的崩溃，则法民十分开心地评论道：“看看这得意洋洋的城市遭受的惩罚吧！她曾那么不可一世，自以为‘谁也不如我强’；如今已成了沙漠，成了野兽的聚集地。无论谁经过那里都会嗤之以鼻，不屑一顾。”然而，经过几代探险者、考古学家和学者们的努力，尼尼微城消失了的辉煌又再次被展现在了当今世人眼前。
尼普尔城址
位于伊拉克希拉城东南。该城址建于苏美尔—阿卡德时代，公元前3世纪开始衰落，12世纪时被彻底废弃。1889年美国考古学家首次对这里进行发掘。第二次世界大战后美国又再次进行调查和发掘。遗址为一巨大的不规则土丘，长约0.8公里。城市可分为东西两部分，东部是庙宇和文化区，重要的建筑遗迹都集中在这里。其中心有一座塔庙残迹，塔庙西南有一座伊什塔尔女神庙。这里最有价值的是已出土的约6万块楔形文字泥版，年代多属古巴比伦时代，是研究美索不达米亚文明的重要原始材料。
马里城址
这是苏美尔时代到巴比伦时代的城市遗址，现名哈里里，位于幼发拉底河中部阿布卡马鲁附近。1933年法国对该遗址进行了首次发掘，后来又进行了多次发掘。马里城址的遗迹分布范围很广，时间跨度2000千余年，最有价值的是一些塔庙、墓葬以及宫殿遗址。从神庙遗址出土了许多珍贵文物，如神像、国王雕像陶器、贝壳镶嵌物、青铜器等，现大部分藏于法国巴黎罗浮宫。
古特罗（Tello）城位于苏美时代的吉尔苏城Girsu的宁吉尔苏（Ningirsu）女神庙及其附近，吉尔苏城是公元前2500年左右苏美城邦之一拉卡希（Lagash）的主要城市之一。当时出土最主要的物品是一系列古迪阿（Gudea）的肖像，他是公元前2130年左右拉卡希的统治者，有些肖像上还有铭文。
美国宾州大学考古队也在1884年起连续十几年发掘了尼普尔（Nippur）。尼普尔是苏美万神堂的主神恩尼尔（En—lil）的神庙所在地，恩尼尔在公元前3000年后取代日神安（An）成为苏美的主神。虽然尼普尔并非苏美主要城邦王朝的所在地，但是他在每一个王朝的心目中，能够控制尼普尔是统治整个苏美与阿卡德的必要条件。该次发掘最重要的收获是起出了大约30000片的楔形文字泥版，这些泥版多数是苏美文的楔形文字泥版，其年代从2500B.C.左右一直到100B.C.左右，前后超过两千年以上。其中有不少是从尼普尔的书写学园（scribalschool）起出的，内容十分丰富多样。
其中最著名的建筑古迹有乌鲁克的埃—安那神庙和天神阿努神庙，如帕埃斯图姆古城的尼普顿神庙一样著名。在古代美索不达米亚的神话当中，月神南纳就是一位男性神，他是天神恩利尔与女神宁利尔的儿子。在苏美尔语中月神被称作“苏恩”（Suen）或者“南纳”（Nanna/Nannar），有的时候人们也把这两个名字结合起来同时使用，称其为“南纳—苏恩”（Nannar—Suen）。在后来的阿卡德语当中，Suen的发音渐变为Sin，因此之后月神也被称为“辛”神。除此之外月神还有其他的几个名字，如阿什穆巴巴尔（Asimbabbar），纳穆拉辛特（Namrasit，意为“外射光芒的人”）以及伊布（Inbu，其暗含意义很可能是指自然界中月亮的盈亏），他的名字有的时候也被写作数字“三十”，表示的应该是一个太阴月的实际天数。南纳最为重要的祭祀神殿主要有两处，一是美索不达米亚南部乌尔城的埃基什努伽勒（Ekishnugal），另外一个是在北叙利亚地区哈兰（Harran）的神庙，这座神庙在后来的新巴比伦时期变得极其重要，月神在这里以“辛”的名义被祭祀崇拜，这座神庙还随同供奉了他的儿子努斯库（Nusku）。在巴比伦王纳波尼都斯（Nabonidus，公元前556年—公元前539年）统治时期，哈兰的神庙建筑曾经极其繁盛。
一艘孤零零的小船在今伊拉克境内底格里斯河下游一片广阔的水域航行，两岸是连绵不断的棕榈树，冉冉升起的太阳使小船成为一幅剪影。这幅古老的景象使人回想起世界上最古老的文明——巴比伦文明。巴比伦文明诞生于底格里斯河和幼发拉底河之间干旱的冲积平原，这两条河是它的生命之源。