一波未平，一波又起。明廷上下来不及庆功行赏，就在和议及迎取英宗的问题上展开了激烈的争执。起先，也先以英宗为要挟，常以和议为敲诈的方式，明朝君臣多次予以坚决回绝，但这次也先遣使奉书前来议和，显然是有一些诚意，这倒使明朝君臣着实为难。大臣王直率群臣上言：“也先请还上皇，与我和议，确为转祸为福之机，请应允其请，迎回圣驾。”没想到这一席话正好触痛了景泰帝的心病。“天无二日，国无二君”，迎回英宗必然引起皇位之争，景泰帝为英宗之弟，理应让出大位，可这当然是景泰帝极不情愿的事。因此，景泰帝以也先多次借和议相欺诈为由，加以拒绝。可是不久，瓦剌使者又至，王直等人又上奏道：“太上皇蒙尘朔北，理应迎回，莫贻他日之悔。”景帝顿时不悦道：“朕并非贪恋大位，当初是诸位拥戴，固非朕本意。”此言一出，在场的文武百官瞠目结舌，不敢再言语。
显然，景泰帝是将迎英宗回銮与迎英宗复位等同起来，这是最敏感又最棘手的问题，景泰帝是在逼迫群臣对这一根本问题作出答复，文武百官自然语塞，不敢妄言。在一片寂静之中，于谦当机立断，从容不迫地回答道：“天位已定，宁复有他？顾理当速奉迎，万一彼果怀诈，我有词矣。”景泰帝闻听此言，喜上心头，不觉和颜悦色地说道：“从汝，从汝。”至此才议定奉迎之事。于谦的抉择无疑是明智而可行的，如果没有明确景泰帝的合法合理地位，片面强调奉迎英宗，必将导致新的皇位之争，以弟让兄，顺情合理，这当然是景泰帝所无法接受的。而另一方面只顺从景泰帝之意，拒绝奉迎英宗，于情理不合，必遭天下吏民耻笑。故而，于谦首先承认景泰帝的合法地位不可动摇，令景泰帝消除疑虑，同时指出奉迎为情理中事，不得不行，这使得景泰帝也无法拒绝。
于谦的建议是当时唯一可行的方案，但其倾向性也是相当明显的。自从“土木之变”英宗被俘后，于谦便一直主张“社稷为重，君为轻”，这是敦促景泰帝即位的重要理由，根据这一观点，社稷高于一切，君王可以更改。正是在这一主张的支持下，于谦等人拥立景泰帝，保卫北京，彻底粉碎了也先、喜宁等人以英宗为要挟的图谋。在国家危难之时，作出明确的选择，力挽狂澜，使大明王朝逃过了自开国以后最大的一场劫难，于谦居功甚伟，其临危不乱的抉择也是无可挑剔的。这也是导致也先放归英宗的最主要的因素。
但是，英宗有望回銮之时也正是于谦等人更为尴尬之日。社稷安然无恙，而君王却只能有一位，于谦毅然选择了景泰帝，也就将自己的命运与景泰帝联系在一起了。其他文武大臣犹豫不决，首鼠两端，在这两难的选择中徘徊。以刚烈著称的于谦自然不会作此妇孺情态，后来的事实证明，这种鲜明的态度虽然无可厚非，但他本人必须承担由此招来的风险。英宗就对于谦“社稷为重，君为轻”之言一直耿耿于怀。
景泰帝不愿意其兄回归的态度是非常明确的，就在廷议完毕之后，还使太监兴安出面声色俱厉地斥责群臣：“公等欲报使塞上，谁能担当此任，难道他想以此成为文天祥与富弼吗？”在场的老臣王直忍无可忍地回答道：“臣等既食国家俸禄，难道能够临难退缩？”兴安这才无话可说。礼科都给事中李实慨然请行，景泰帝下诏升李实为礼部侍郎，与罗绮、马显等人一同前往。但李实拿到景泰帝致也先敕书后，发现其中并无迎取英宗之言。大惊失色，急请入宫求见。途中遇到兴安，兴安斥责道：“你只管奉敕前往，其余事体休得干预！”李实无可奈何，索然而返。
李实等人到达瓦剌大营之后，也先即命前往参见英宗。君臣相见不免感泣不已，尔后，朱祁镇迫不及待地询问：“我在此已有一年，为何朝廷不迎我回？”又道：“你们回复当今皇帝并文武群臣，我回去之后，看守祖宗陵寝也可，做一百姓也可。”这表明朱祁镇当时一心只想回到北京。李实见到也先后，也先也讲道：“皇帝敕书中只讲和议，并无奉归太上皇之意。他留在这里，只是一个闲人，我还你们，也好图一个千载美名。请回去奏知当今皇帝，务差太监及老臣来接。”可见，也先交还朱祁镇的态度是相当明确的。李实自然有苦难言。
在群臣的推动下，景泰帝无奈，又派杨善领衔出使。而这次敕书之中依然没有奉迎英宗之语。杨善见到也先后，也先不免困惑，幸而杨善机智巧辩，他解释道：“吾君乃欲成就阁下之美名。若敕书明载。公等就是无奈迫于君命而为之，如何能显现公等求和的诚心？”也先闻之大喜，同意放归朱祁镇。可见，英宗朱祁镇的回归并非景泰帝之意。明清史专家孟森曾精辟地分析道：“（《明史》）以此归功于（杨）善之辞令，辞令特实力之外表耳！不有主战之君相。戮力之诸将，敌岂口舌所能挫？此古今论交涉之标准也！”
英宗回归可谓是历经磨难，不幸之中的万幸。本应该是“历尽劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇”皆大欢喜之事，但由于景泰帝的度量狭小，猜忌过甚，使明廷迎接太上皇之事一波三折，这必然使落难的朱祁镇“别有一番滋味在心头”。英宗被瓦剌人放还，其身为太上皇，理应隆重相迎，而景泰帝传旨以“一舆二马”迎于居庸关，至北京安定门再易法驾。给事中刘福上言此礼太薄，景泰帝回答说：“昨得太上皇书信，要求迎驾礼从简，朕岂能违背其意！”满朝文武吓得不敢出声，恰巧此时千户龚遂荣上书，再请厚待英宗，王直等人将书呈上，再次进言，景泰帝极不高兴地加以拒绝。
英宗朱祁镇好不容易回到北京之后，日子并不好过，景泰帝十分担心他争夺皇位，迎回之后，使居南宫，开始了实际上的软禁。景泰帝不许朝臣拜见英宗，也不许英宗与大臣私自往来。在“土木之变”之前，朱祁镇毕竟已做了14年的皇帝，在瓦剌军中只有一年左右的光景，“虎走威犹在”，他对群臣的影响是难以忽视的，景泰帝不得不防。景泰帝的另一桩心事便是英宗长子朱见深犹为皇太子，因而他一心想易储，让自己的儿子朱见济为太子。贴身太监知道景泰帝之心，便向诸大臣进行试探。恰巧，有一位广西土官因犯杀人罪，害怕朝廷处置，便上书谴责朱祁镇误国，请易东宫以安天下。景泰帝闻之大喜，召集群臣进行商议。在场群臣默不作声之时，太监兴安倡言同意者签名，群臣不敢公开反对，一一签名，名正言顺地立朱见济为太子，原太子改封为沂王。
当时，于谦作为景泰帝仰赖的重臣之一，努力加强京师防御力量，以确保北京的安全。他集中力量改革京营兵制。其中创立的“团营”，是对明朝军事建设的重要贡献。明朝京师守军分为五军、三千、神机等三大营，由于创置年代各异，自成体系，互不相属。于谦在三大营中选出10万精兵，分5营团操，后扩为10营。组织严密，层层节制，10营设一总兵官，直属兵部统辖。于谦的改革大大增强了明军的战斗力。
经过一番努力之后，景泰帝似乎稳坐大明天下了，由“土木之变”引发的困厄似乎也烟消云散了，可是天有不测风云，另一场灾难悄然而至。景泰帝四年（1453年），新立太子朱见济忽然病死，皇储之事再次让景泰帝大伤脑筋。因为他只有这一个儿子，有些不知趣的官员即上疏请求复立英宗之子朱见深，不由得使景泰帝恼羞成怒，下旨严刑拷讯。另一方面更加强了对南宫朱祁镇的监视与控制。时至景泰八年（1457年），朱祁钰一病不起，东宫太子还未确定，这引起了群臣的焦虑，景泰帝坚持不肯放弃帝位。于谦率文武大臣日日上疏请求尽早决定东官储位，可景泰帝迟迟不予答复，只答应正月十七日上朝时定议。而就在十七日早朝之前，发生了明史上有名的“夺门之变”，深居南宫的朱祁镇在石亨、徐有贞等人密谋下重登皇位，故又称“南宫复辟”。