公元960年，宋太祖赵匡胤发动兵变，建立了宋朝（北宋），接着，赵氏兄弟又用了大约20年的时间，陆续平定了那些地方割据性质的军阀国家，结束了五代十国的分裂局面，实现了国家的统一。其时，在中国的北方，契丹族的辽国（公元916~1125年）并未被北宋征服，而与之对峙。北宋统治者在国内采取文治主义方针，保持了较长时间的和平局面，促进了产业经济的发展，实现了文化的发达。但在另一方面，北宋王朝又与北方各新兴民族之间不断争战，耗费了数额巨大的军费和防务费，造成国家财政的沉重负担。为了确保财源，朝廷不得不采取保护、鼓励对外贸易政策，致使对外贸易迅速发展，形成了与都市繁荣和工商业发展互为补充的局面。
许多北宋商人，比如朱仁聪、周文德、周文裔、郑仁德、孙忠、李允等，都曾乘商船多次往返于中日之间，成为当时广为人知的人物。宋朝商人运往日本的贸易物资，主要是棉、绫等丝织品和香料、药材等，其次便是陶瓷器、文具等；日本的输出品主要有砂金、水银、锦、绢、布、扇、刀剑等，大体上与前代相同。
日本自从公元894年决定停派遣唐使之后，采取限制与中国往来的政策，只允许少数僧侣来中国。这样，中国私人商船携带包括书籍在内的“唐物”赴日贸易和日僧访宋所进行的一些文化宗教活动，便成了这一时期中日文化交流的纽带。
从11世纪中叶起，日本豪商和庄园领主中开始有人向高丽方面派遣贸易船。从12世纪前半叶（南宋初期）开始，这一情况又有所发展，出现了日本商船直接开赴中国进行贸易的趋势。南宋方面指定靠近长江口的明州（宁波）为对日贸易港，日本商船便开始频繁驶人明州。利用商船出海而入宋的日本禅僧也日益增多。
进入镰仓时代（公元1181年日本源氏取代平氏，1193年源赖朝在镰仓开设幕府），日本对外贸易管理权由幕府继承。因为镰仓幕府从一开始就对对外贸易采取比较放任的政策，允许自由贸易，所以日宋间贸易继平氏时代的繁荣期之后又有了很大发展。
宋钱从12世纪中期开始大量输入日本。中国的铜钱也是在这个时期开始流通于日本的。《东大寺文书》中记载，京都买田地以铜钱额标记价格。南宋孝宗（公元1162~1194年在位）时，日本和高丽的商船每年都要开往明州进行贸易，不光以物换物，更愿意以现钱交易。鉴于宋钱大量流人日本和高丽的情况，宋庆元（宋宁宗赵扩年号）五年（1199年），宋朝政府曾公布法令，严禁把铜钱带到日本和高丽去。
13世纪初，成吉思汗统一蒙古，创立了蒙古帝国。公元1271年，世祖忽必烈（公元1215~1294年）作为中国王朝的继承者建立了元朝。在对外关系上，元世祖曾多次对邻近国家用兵。至元（元世祖年号）十一年（1274年）和十八年（1281年），便曾两次远征日本。这期间，即使因为征战造成两国关系恶化，但彼此间的贸易往来并没有中止。《元史·日本传》中就有日本商船来华贸易的记载。元朝统治者十分关注海外贸易收益，因此欢迎并优待民间贸易。
宋元时期，除了贸易往来，作为文化交流，中日两国间来往最多的还是僧侣。北宋时期，第一个因入宋而知名的僧人是奝然（diaoran）（公元938~1016年）。奝然本是日本东大寺和尚。他是与弟子成算、嘉因等一同搭乘吴越商人陈仁爽的船只人宋的。《宋史·日本传》中写道：“雍熙元年（984年）日本国僧蔚然与其徒五六人浮海而至，献铜器十余事，并本国《职员令》、《王年代纪》各一卷。”宋太宗（赵匡义，公元976~997年在位）曾召见裔然，并赐之以紫衣。宋雍熙（宋太宗年号）二年（985年），奝然随浙江台州宁海县商人郑仁德船回裔。数年后，郑仁德返回时，奝然遗其弟子喜因奉表向太宗致谢，并献上不少当时日本的高级工艺品。表中多有对宋朝皇帝的颂扬及感恩之语，从中也可看出裔然对中国的深情及其精深的汉文造诣。
另一位日本高僧源信（公元942~1017年），从宗教无国界的信念出发，曾委托回国的宋商朱仁聪带回自己撰述的《往生要集》。《往生要集》后被浙江天台山国清寺收存，其教义也受到人们推崇。源信的教义不仅在日本净土宗信仰的历史上占有重要位置，而且对宋代佛教界的影响也很大。
北宋时代，日本僧侣入京和回国都要搭乘宋人的商船，到了南宋，情况便与北宋不同。引人注目的是此时已有日本船开到中国或漂流到中国。南宋时代，佛教禅宗在江苏、浙江一带十分兴盛。南宋的士大夫乃至皇帝都愿与禅僧结交，以表示自己的儒雅高洁。这一时期，为修习禅宗而人宋的日本僧侣络绎不绝（luoyibujue）。
最早人宋的和尚是东大寺的重源（公元1121~1206年）。重源1167年来到中国，曾去朝拜天台山、育王寺等地，第二年9月与荣西一起回国。回国时，他带回宋版《大藏经》等许多经典以及净土五祖像、十六罗汉像和许多佛具、佛画，并把它们捐赠给了东大寺等寺院。
比重源晚一些入宋的另一位僧人是日本禅宗临济宗的开山祖荣西（公元1141~1215年）。荣西在中国遇到重源，二人同去天台山、育王寺朝拜、修行，并于1168年9月携带天台宗经典60卷回国。荣西还带回茶种，回国后，在传布临济宗的同时，极力向日本传播饮茶风习。荣西于1187年再次人宋，到天台山万年寺学禅。荣西在宋滞留了5年，于1191年回国。回国后，他先在九州普及禅宗，又于1195年在博多营造圣福寺。后下镰仓，住寿福寺，在镰仓武士中发展信徒，并于1202年在京都营造建仁寺，致力于禅宗的普及。
荣西的门人明全（公元1184~1225年）在荣西死后继续主持建仁寺。1223年，明全偕道元等人入宋，住天童山修习曹洞宗，两年后在天童山圆寂。明全死后，道元（公元1200~1253年）继承曹洞宗的正统，师从天重山住持如净，严格修行坐禅。1227年秋，道元辞别如净，携明全遗骨回国。据说在临别时，如净禅师告诫他：不住城邑（yi，城市），不近国王大臣，即使一人或半人也要教化。道元归国后，于1233年在京都山城开兴圣寺。1244年，道元又营造永平寺，全身心致力于弟子的培养，成了日本曹洞宗鼻祖。
荣西的法孙圆尔辨圆（公元1203~1280年）1235年入宋，历访育王寺、天重山、径山（杭州府）诸寺，在径山万寿寺学禅。1214年归国后在博多开崇福寺、承天寺，在京都东南营造东福寺，专事弘布禅宗，成为临济宗东福寺派鼻祖。1280年死后被花园天皇赐“圣一国师”号。圆尔辨圆门下的僧侣大多相继入宋。其弟子无关普门（公元1212一1291年）1251年来到中国，在宋修行达10年之久。归国后居住东福寺，受“大明国师”称号。
南宋时期，与日本僧侣相继人宋学禅的同时，也有不少中国僧侣东渡日本。兰溪道隆（大觉禅师，公元1213~1278年）是第一个把大陆禅宗正式传到日本的中国禅僧。他听说日本的禅宗逐渐兴盛，便于1246年和他的弟子们一同抵达日本，人京都泉涌寺来迎院，传布禅宗。后在该院院主智镜帮助下移居镰仓寿福寺。
这时正值镰仓时代中期，掌权的北条时赖愿意接纳新兴的禅宗，企图使镰仓既为政治中心，也为宗教中心，以便掌握宗教的实权。北条时赖以道隆赴日为良机，支持道隆于1253年在镰仓创建建长寺，道隆因此成了该寺的开山祖师。建长寺是模仿杭州径山禅寺的式样修建的，象征着镰仓禅宗的质的转换。时赖又于1255年招募禅徒，铸造巨钟，由道隆撰写钟铭，署名“建长禅寺住持宋沙门道隆”，据说这是日本有“禅寺”之名的开端。
元代，因为元军征日，在一段时间内，中日间的僧侣往来中断。直至中国僧人一山一宁（公元1247~1317年）去日之后，受其感化影响，来中国的日本僧人才逐渐增多。一山一宁是普陀山的高僧，1299年（元大德三年）受任元成宗（铁穆耳，公元1294~1307年在位）的外交使节，持国书赴日，最初被幕府疑为间谍，禁锢在伊豆修禅寺，后因其高德被赦免。一山一宁长期居住在日本，曾住过镰仓的建长寺、圆觉寺、净智寺、京都的南禅寺等处。其博学多才受到日本上下各阶层人士的尊重和仰慕。一山一宁对日本文学、书法、绘画等方面的发展产生过影响。
1305年以后，日本僧人人元者骤增。据说1305年一山一宁的弟子龙山德见人元时，有17人同行；t342年赴日僧竺仙梵仙的弟子人元时，也有25人相随；1344年日本僧大拙祖能人元时，有数十人组团同行。此外，单独人元的僧人也有很多。人元日本僧人中，有不少在中国旅居达lO年甚至20年之久，被中国禅寺迎为住持的也不鲜见。
与日本僧人人元相对应，中国的禅僧也相继赴日。其中最负盛名的如清拙正澄（公元1274~1339年）、明极楚俊（公元1262~1336年）、竺仙梵仙（公元1292~1348年）等，都是元朝第一流的高僧。他们抵日后，担任京都、镰仓禅寺的住持，受到朝廷和幕府的尊重与信赖。尤其是清拙正澄，将中国禅林的各种规式移植到日本，对完善日本禅林规则起了很大的作用。
（第四节）近代一向日本学习为主的中日文化交流
中国学术界目前对中国历史的分期，一般把1840年鸦片战争到1919年“五四”运动划为近代。这个时期包括了中国清朝晚期和民国初年，而在日本历史上与之相对应的，则是江户时代末年、明治时代和大正初年。这个时期，中日文化交流的内容同样是丰富多彩的，比起古代有了许多新的特点。如果用一句话加以概括，那就是：此时文化交流的流向，已从古代日本师从中国为主转为中国向日本学习（当然也通过日本学习西方）为主，交流的内容更为广泛，交流的方式更为多样。
这个时期，中国和日本都受到了西方列强的侵略与冲击，被迫打开了闭关锁国的大门。发生在中国的两次鸦片战争和太平天国革命运动，给了日本政治思想界以震动和警示，推动了日本的“开国”和维新思想的形成。鸦片战争失败之后，中国逐步沦为半封建半殖民地社会；日本也于1854年在美国的武力胁迫下，与之订立了《日美亲善条约》，开始了殖民地化的危机。所不同的是，日本通过1868年的明治维新，走上了民族独立和资本主义化的道路。1871年，日本与清政府签订了《中日修好条规》，把中日关系推上了以条约为基础的新阶段。中日两国互设公使馆、领事馆，互派外交官长驻，为彼此间的文化交流创造了有利条件。从这时起，日本执行的是追随欧美，修改不平等条约，并向中、朝等东方国家一步步扩张的路线。1894年至1895年的中日甲午战争（日本称为日清战争），是日本对中国发动的第一次大规模侵略战争。清廷战败，被迫与日本签订了割地赔款的《马关条约》。中国人在感到了耻辱的同时，也在逐步觉醒并开始学习、研究日本。1898年中国的戊戌维新（史称“戊戌变法”）就是效法日本明治维新进行的。二十世纪初，更出现了赴日留学与考察的热潮。大批留日学生通过他们的各种活动，推动了中日文化交流的开展；回国后，他们中的许多人又成了清末民初中国政治、军事、文化、教育改革的重要骨干，成了辛亥革命、“五四”运动的生力军。
鸦片战争战败之后，中国面临着严重的民族危机与社会危机，一些爱国知识分子纷纷总结教训，提出救国方案。一批介绍世界历史地理和鸦片战争情况的书籍相继出版，这些书籍又通过中国商船传人日本。1842年，思想家魏源写的《海国图志》一书，向国人介绍西方资本主义的情况，揭露西方殖民者的侵略野心，同时主张学习西方长处，加强武器装备，以御外侮。《海国图志》传到日本后，被日本人誉为“天下武夫必读之书”，仅1854年至1856年三年之间，日本出版《海国图志》选本的翻刻本、训点本和日译本竟达21种之多。其他传人日本受到重视并被翻刻的书籍，还有魏源的《圣武记》，徐继畲（she）的《瀛环志略》、《夷匪犯境闻见录》《乍浦集咏》等。日本民间作家还根据这些书籍和中国商人提供的“风说书”，创作了一批描写中国鸦片战争和太平天国农民起义的军谈小说，如《海外新话》、《海外余谈》、《清英近世谈》、《云南新话》、《外邦天平记》和《清明军谈》等等。
近代早期，尽管中日之间仍有民间贸易往来，尽管中国商船依旧开往长崎，但中日人士之间却少有直接的交往。因此，1854年随美国培理舰队赴日的广东文人罗森，当之无愧地成了近代中日文化交流的先驱。
罗森，字向乔，广东南海人。1854年，罗森应美国友人之邀担任了美国东印度舰队司令培理海军准将率领的远征舰队的汉文翻译。1月17日，培理舰队从香港出发，开始了第二次的日本之行。罗森的工作是：协助舰队同日本交涉，通过汉文与日本代表、官员笔谈，翻译双方文件（有关条约、文件均有汉文本）。此外，罗森在日本还进行了很多文化交流活动。
回到香港后，罗森把自己赴日期间所写的《日本日记》交给香港英华书院主办的中文月刊《遐迩贯珍》，分三期（1854年11月号、1854年12月号和1855年1月号）发表。在《日本日记》中，罗森以生动的文笔，描述了琉球、横滨、下田、箱馆等地的山水、人情、风俗、物产。他赞扬日本的社会治安，对日本的取士制度表示赞赏，对日本社会和人民也多有溢美之词。《日本日记》还记录了罗森在访日期间进行的各种文化交流活动，成了研究近代初期中日文化交流的宝贵资料。
日本开国以后，从幕府官员到各藩的有识之士，都认为有必要更多地了解中国，与中国建立外交、贸易关系，并主张应先对中国的海港和对外贸易等情况作一些实地调查。于是1862年3月，幕府花了34000银元在长崎购买了一艘名叫阿米斯得号（Artmistic）的英国商船，改名千岁丸，并决定派此船赴中国上海进行考察和贸易。因为日本各藩也迫切地要求了解中国，所以幕府同意某些藩派出若干名藩士以官吏随员身份同行。这些藩士中，高杉晋作、中牟田仓之助、五代才助等，后来都成了日本政界、军界、财界赫赫有名的人物。
千岁丸于1862年6月7日从长崎出发，6月13日便驶进了黄浦江，停泊在上海港码头。这是自日本德川幕府实行锁国政策禁止日本船航行中国200多年来，日本官方正式派遣来华的第一艘日本船。因此，千岁丸的上海之行，是近代中日文化交流史上一件具有开创性意义的大事。