十三四世纪时，经院哲学有两个中心：一是巴黎大学，一是牛津大学。两地的风格很不相同，巴黎大学流行的是亚里士多德主义，牛津大学继承了12世纪的英国学者研究数学和自然的传统。英国的经院哲学家利用不同的思想资源，发展出与托马斯主义不同的体系。他们的影响不局限于英国，我们下面提到的司各脱主义和奥康主义都是遍及欧洲的思潮。
（第一节）罗吉尔·培根
罗吉尔·培根（Roger Bacon，1214—1292年）出生于英国桑莫斯特郡的一个地主家庭。1230年在牛津大学艺学院学习。1236年在巴黎大学任教，他是第一批讲授被禁的《物理学》和《形而上学》的教师，成为亚里士多德的著名译注者。当他读到伪托亚里士多德写给亚历山大大帝的信《秘密之秘密》时，他对自然奥秘的好奇心被唤醒，他的兴趣从经院学术转向秘传学问和工艺制造。他于1247年返回牛津大学，1257年加人法兰西斯会，希望他的科学研究计划能得到修会支持。但事与愿违，他的革新计划不见容于修会的保守领导人。1261年他受到会规处罚，被囚禁在巴黎一修道院里。在备受劳役和饥饿折磨的情况下，他坚持写作《形而上学论》等著作。1266年他过去认识的主教福尔克斯成为教皇克莱门特六世。为了说服教皇采纳他的改革学术计划，培根在短时期内写成《大著作》、《小著作》和《第三著作》，但克莱门特六世没有读完他的著作便于1268年去世。1272年，培根又完成了《哲学纲要》的写作。据说，他在一个短时期获释，但在1277年大迫害环境里，他又以“标新立异”罪名再度被囚，直到1290年左右才被释放，旋即去世。他的最后一部著作是《神学纲要》。
基督都学术革新
罗吉尔·培根主要著作《大著作》提出了全面、系统地改造经院学术现状的计划。作为一个虔诚的基督徒，他所提倡的基督教学术的目的是为了更好地理解和宣扬上帝智慧。但是，他的思想的神学色彩没有掩盖他的批判和革新精神。他在《大著作》开篇指出，在理解上帝的光辉之前，首先必须清除障碍。他把人类认识错误的根源归结为四大障碍：
理解真理有四个主要障碍，它们妨碍着每一个人。无论人们如何学习，也无法获得真正智慧和学识。这些障碍是：（1）靠不住的、不适当的权威的榜样；（2）习俗的长期性；（3）无知民众的意见；（4）以虚夸的智慧掩饰无知。每一个人都陷入这些困难，人们的状况靠它们维持，因为每个人在生活、学习和职业活动中都用下面三种糟糕的理由达到相同的结论，即：（1）这是我们前辈树立的榜样（2）这是习俗；（3）这是共同信念，因此必须坚持它。可见，纵使这三种错误被理性令人信服地驳倒，人们还可以原谅他们的无知，第四个障碍总是出现在眼前或嘴边：虽然他不知道任何有价值的东西，但还是无耻地夸大所知道的一切。这样，他压制并避开真理，满足于可悲的愚蠢。
“四障碍说’是对经院学术的尖锐批评。崇拜权威是以圣徒和教父言论定是非的教条主义，因袭守旧是恪守传统的保守主义，服从一般人信念是盲目的信仰主义，夸夸其谈是不学无术的文字游戏。罗吉尔·培根虽然推崇奥古斯丁以来的神学传统，他的著作也常引述权威意见为论据，但他深感现有学术状况的堕落、懒惰、无知与虚浮已到了非改不可的地步。他的揭露激怒了同时代的权威，他非但没能铲除这些障碍，反而被障碍所窒息。
《大著作》等作品是写给教皇的申诉，其中突出了学术改革计划的神学意义和宗教目的，主要是出于说服教皇的现实考虑。从罗吉尔·培根设想的新学科内容来看，他提倡的革新只与哲学有关。这里的“哲学”指与神学有别的一切世俗学问的总称，他把哲学分为数学、语言学、透视学、实验科学和伦理学五部分。这种分类与亚里士多德关于科学的分类不同。更重要的是，他对这些学科性质的论述显示出与经院研究不同的科学理性精神。
罗吉尔·培根认为数学是最基本的科学，用他的话来说，数学是“其他科学的大门和钥匙”，他还特别强调数学对自然研究所起的关键作用。再如，罗吉尔·培根所谓的透视学实际上是对感觉的分析。他把感觉对象分析成二十九个感觉要素（sensibilia），它们分属两个层次。简单层次是每一感官的单独感觉，称作“专门感觉”，计有：视觉感知的光和颜色，触觉感知的热与冷、干与湿，听觉感知的声音，嗅觉感知的气体味和味觉感知的味道，共九种。第二层次是专门感觉的复合，称作“一般感觉”，计有：距离、位置、体积。形状、大小、连续化、单独性、数量、运动、静止、粗糙、光滑、透明、厚度、阴影、模糊、美、丑、近似、差别等二十种。罗吉尔·培根对感觉由简单到复杂，最后到对事物判断的感性认识过程做了详细分析，以后的经验论者也是沿着这条分析的思路来说明感觉现象的。现代分析哲学家为了说明感觉对象的简单性和客观性，借用了拉丁文sensibilia这一概念。应该肯定，罗吉尔·培根是英国经验论的先驱。
（第二节）司各脱主义
约翰·邓·司各脱（John Duns Scotus，1265—1308年）生于苏格兰。其叔父为法兰西斯会苏格兰分会会长。司各脱15岁时（刚到加人修会年龄）便加入法兰西斯会。1283—1290年间在牛津和巴黎学习，1291年被任命为神父。1294到1297年在巴黎大学学习神学，毕业之后在巴黎和牛津等处讲授《箴言书》。正当法兰西斯会推荐他取得巴黎大学教授席位之职时，司各脱因参与教皇博尼法斯八世反对法王菲力浦的活动于1304年被驱逐出境。1304年博尼法斯八世逝世之后司各脱又重返巴黎，获神学教授席位。他在一场激烈的神学争论中独自与所有的神学教授辩论，赢得“圣母纯洁之胎”说的胜利。但学校中忠于法王的势力伺机指责这一说法为异端观点。为了保护司各脱免遭谴责，修会于1307年把他调至科隆的法兰西斯会学馆。司各脱在那里紧张地工作了一年之后去世，享年仅43岁。
邓·司各脱的主要著作是《牛津评注》，这是他在牛津讲授《箴言书》的讲稿，司各脱在巴黎大学讲授《箴言书》的课堂记录稿称作《巴黎记录》。邓·司各脱是法兰西斯会的博士，他的称号是“精细博士”。“精细”这一经院哲学的一般风格在他著作中表现得淋漓尽致，他的著作因此比其他经院哲学家的更加复杂难懂。司各脱主义是经院哲学的一个新模式，他在流行的亚里士多德主义与奥古斯丁主义中敏锐地发现问题，细致地分析问题，试图合理地解决这些问题，因此才有格外精细之风格。只有联系13世纪哲学争论中遗留的问题，才能全面地、准确地理解他的哲学。
形而上学与神学的区分
司各脱认为，形而上学研究的“是者之为是者”是人的认识的第一原则。“第一”是最确定的、不可怀疑的意思；即使那些怀疑任何一个具体事物存在的人，他的怀疑仍然要求在肯定的意义上使用“是者”这一概念。
司各脱的独创之处在于，他把对“是者”的意义区别为两种样式：无限存在和有限存在。站在神学家立场，司各脱说明无限存在是上帝，有限存在是被造物；形而上学因此包含着关于上帝的知识。但他指出，有限与无限是非连续的，两者之间有不可逾越的鸿沟，不能从有限直接推导无限存在。因此，托马斯提出的“后天证明”是无效的。这样就产生了一个问题：有限的人在多大程度上能够认识无限的上帝？
司各脱肯定形而上学可以证明上帝存在，并在事实上做出了这种证明。不过，他又否认上帝是形而上学的研究对象。他的理由是阿维森纳的一个看法，即：“一切学科都不证明其对象的存在。”因为，“对象在学科之先”，学科对一个对象的研究是以承认该对象的存在为前提的，对象的存在已经事先预定，学科的内容只与对象的属性有关。比如，物理学研究物体的运动属性而不关心这些物体是否存在，数学研究数的属性但不证明数的存在。司各脱从“把握一个对象”和“证明其存在”的区分出发，认为神学的对象是上帝的属性，但不证明上帝的存在；反之，形而上学则能证明上帝的存在，但不提供关于上帝属性的知识。
司各脱所说的形而上学与神学的区别实际上是理性与信仰的区别。人的理智属于有限存在的样式，上帝的理智属于无限存在的样式，两者有着不同的属性，不能相通，不能用有限把握无限。司各脱说，人的理智的自然对象是以自然方式获得观念，这些观念或者是关于被遗物的观念，或者是被造物与上帝共有的观念，如“存在”、“善”、“真”等。理智虽然可以通过这两类观念想象、类比、猜测上帝的属性，但这是把很多观念复合在一起的活动，难免产生虚幻和错误的观念，比如“金山”这样的观念就是这样产生的。司各脱说：“在被造物的概念里面找不出反映真正属于上帝的思想或观念，上帝同任何属于被造物的东西在性质上是完全不同的，所以，用这种方法永远也发现不了关于上帝的观念。”就是说，人的理智达不到神学的高度。
上帝的性质虽然不是理智的可知对象，但却是信仰的可信对象，神学是信仰的学问。严格地说，神学不是知识，而是一门实践的学问，它的信条是人的行动准则，教育人们如何达到生活的最终目的，增强人们对生活意志和对上帝的热爱。司各脱的本意也许是发扬通过爱心接近上帝的法兰西斯会传统，反对用形而上学的思辨削弱大多数人的信仰，或用思辨知识代替宗教道德实践。但是，他的学说的实际效果却是淡化了神学对哲学的影响，开启了哲学非宗教化的演变过程。
（第三节）奥康主义