恩培多克勒所说的火、气、水、土都是微粒，它们处于运动状态，因此可合可分，但在运动中四根不生不灭。他提出“双重道理”：“它们（指根）有时从多中生一，有时从一中生多。”这里的“一”指每一个根都是一个单独的个体，“多”指可感事物的数量众多。众多的根组合在一起产生出可感事物，可感事物分解为单独的根则是事物的消亡。因此，“从一中生多”和“从多中生一”分别代表着可感事物的朽灭和生成。但是，根却保持着个体存在和同样的数目，既不增加也不减少，既不扩大也不缩小。这就是他所说的“全体的每一部分都既不缺又不盈”的意思。恩培多克勒认为从一到多和从多到一的运动是无休止的循环，因此，世间万物的变迁也永无止境。并且，这种循环是有序的，各类根的力量随着时间的变更而轮流取得优势。于是，火构成的太阳、气构成的天空、水构成的海洋、土构成的大地，它们周期性地显示各自威力。
种子说
阿那克萨戈拉（Anaxagoras，约公元前5（i）——前428年）生于克拉左美奈，20岁左右时来到雅典，在那里讲授哲学达三十年之久。他是第一个把哲学引入雅典的人，伯里克利曾是他的学生。伯里克利的政敌以不敬神的罪名指控他，迫使他流亡，客死在兰萨库斯城。他只写过一部著作，书名不详，只知道第一部分题目为《论自然》。
阿那克萨戈拉认为构成万物的细小微粒是种子。种子的性质与事物的可感性质相同，事物有多少种性质，构成它的种子就有多少类；数目众多的一类种子构成事物的一种性质或一个部分，比如，毛的种子构成动物的毛，肉的种子构成动物的肉。正因为如此，亚里士多德后来又把种子称作“同质体”。
阿那克萨戈拉的理由是，世界的原初状态是未分化的整体，处在“万物相混，不辨颜色”的混沌之中，后来分化出不同的部分。世界的分化在数量上是无止境的，再小的事物也可被分割为更小的组成部分；但是，分布在较大部分中的性质和分布在较小部分中的性质必然是相同的，否则的话，“毛怎能从非毛产生，肉怎能从非肉产生呢？”因此，我们虽然不能推断组成世界的最小部分在数量上有多小，但却可以肯定组成事物基本性质的终极单元；“终极”的意思并不是说数量上最小，因为它们只是可感事物所具有的物理性质的最小单元，而不是数学分割所能达到的最小单元。
（第五节）原子论
原子论创始人是留基波（Leucippus），他可能是米利都人，生卒年代不详。留基波和阿那克萨戈拉的学生德漠克利特（Democritus，鼎盛年约在公元前435年）是原子论的主要代表人物。
原子和虚空
原子论者认为世界的本原是原子和虚空。“原子”（atomon）的原意是不可分割，它被用来表示充实的最小微粒。“虚空”的意思与“充实”相反。如果说原子为存在（“是者”）的话，那么虚空就必须是非存在（“非是者”）。原子论者于是面临着一个难题：要么承认本原只是存在而放弃虚空，要么坚持虚空而承认本原也可以是非存在。第二种说法虽然听起来不合理，但却是他们惟一的选择。
原子论者的论证分三个步骤。首先，他们以可感的事实为标准，肯定存在的东西是众多、变动的。既然存在的东西是充实，那么，从可感事实可以得出这样一个结论：充实是可以分割的。因为只有分割，才会产生出众多的充实东西；只有在众多的充实东西之间留有空隙，才会发生从一个过渡到另一个的运动和变化。第二步，原子论者又讨论了分割充实所需要的条件，这就是虚空。如果没有虚空，则充实的东西之间没有间隙；如果没有间隙，则充实的东西不会彼此分开而成为众多的东西；同样，如果没有间隙，则充实的东西不会移动。既然充实的东西的众多和运动是不可否认的事实，那么，虚空对于事物的存在和运动是必不可少的。“虚空’与“充实”是一对相反相成的概念，两者都是解释世界的原则：“充实”是解释万物存在的原则，“虚空”是解释事物的众多和运动可能性的原则，两者都是本原。第三步，原子论者确定了充实的最小单元。并非任何充实的东西都可充当本原，本原必须是不生不灭的存在。在这一点上，他们同意爱利亚派的观点，认为我们可感的物体都是可分割的。但是，充实的存在物不会在分割中消失，因为存在不会变成非存在。可分割的充实物体必然是由不可分的充实物体组成的，这种不可分割的充实就是原子。原子是肉眼观察不到的微粒，原子的存在是思想设定的：它既满足了本原所需要的不生不灭的性质，又符合感觉到的生灭变化的事实。
原子的性质
原子论者认为无数原子最初处于漩涡运动之中，重的原子在中央旋转，结合成大地，轻的原子被抛到外层。原子在旋转中相互碰撞，不同形状的原子或因相互钩连、纠缠而结合，或因错开、脱落而分离。世间万物因原子的结合而产生，因原子的分离而消失。
德谟克利特把原子的漩涡运动称作必然性，说“万物都根据必然性生成”，“没有什么事物是任意产生的”。如果他把“必然性”理解为与“任意性”相对立的“原因”，那么，这些话表达了万物的生成原因是原子的运动的意思。但是，如果这里的“必然性”被理解为与“偶然原因”相对立的“必然原因”，那么，这些话是难以成立的。这是因为，原子的漩涡运动是无序运动，很像现在热力学中分子的“布朗运动”；如德谟克利特所说：“原子在虚空中乱作一团。”没有理由可以说明它们为什么必然地以这种方式，而不以那种方式结合在一起，必然产生出这一个事物，而不是那一个事物。原子的无序运动只能是偶然原因。
除了原子和虚空之外，原子论者不再诉诸其他解释原则。原子论可以说是元素论的最简明的理论形态，它不再包含四根论和种子论的一些不必要的设定。德谟克利特认为，被人们当作运动源泉的灵魂和心灵，实际上是精细的球形原子，因为“球形是最易于运动的形状”。这仍然在强调原子的几何属性。不过，他也看到最易于运动的物理元素是火，因而又说灵魂是一种火或热的东西。
流射与约定
原子论者对感觉的性质有两种解释：一是流射说，一是约定论。按照流射说，感觉是可感对象中的影像流射在人的感官上所造成的印象。“影像”是由原子构成的事物的轮廓，“印象”则是这些原子在眼睛里压下的印记。德谟克利特用影像和感官的物理性质解释感觉的成因。他说：
影像是一种空气状态，眼睛处于潮湿状态；当眼睛接近可视对象时，两者之间的空气被压缩，影像朝向眼睛运动，并进入眼睛的潮湿状态之中，呈现出形状和颜色的印象。
我们不妨想象一阵风在水面上造成的涟漪，这种现象大概与德谟克利特所解释的感觉相似。
根据约定论的解释，感觉与事物的真相并不一致。德谟克利特认为：感觉“不是按照真理，而是按照意见显现的。事物的真理是：只有原子和虚空。甜是约定的，苦是约定的，热是约定的，冷是约定的，颜色是约定的。实际上只有原子和虚空”。“约定”是与“自然相对的一个概念，意思是人为造就，并非依事物本性生成。对感觉的约定论解释否认感觉符合事物的本性，这似乎与把感觉的原因归结为原子运动的影像论相互矛盾。
为了摆脱上述两难处境，德谟克利特诉诸感觉和理智的区分。据说：
在《论规范》一书中，他说有两种认识，一种通过感觉，一种通过理智。他称从理智来的那一种是“嫡出”，肯定它判断真理的可信性；他把从感觉来的那一种称作“私生”的，否认它有分辨真实东西的无误性。
“嫡出”和“私生”之分比喻知识来源的“纯粹”和“不纯粹”。感觉的原因是外部事物刺激和身体反应的混合，不能在没有身体反应的条件下如实地把握事物，不能达到绝对无误性。但是，这不等于说感觉是虚假的，感觉仍不失为判断可感事物的标准，理智只是在“不能看到更小的，不能再听、嗅、尝，或通过触觉”时才起作用。这就是说，理智认识关于原子和虚空的真理，感觉把握可感事物的印象。印象虽然不是真理，但真理却不能违反印象。
小结关于自然哲学的结论
我们看到，早期自然哲学家关于本原的思考有两条线索：一和多以及变和不变。这两对矛盾产生四种立场：伊奥尼亚派认为本原（水、气、火）是变化的一，毕达哥拉斯派认为数是不变的多，爱利亚派认为本原为是者，是者是不变的一，元素论者所认作的本原（根、种子、原子）都是变化的多。这四个派别的关系可以用下图表示：
可以看出，在一与多、变与不变的关系的思想框架中思考本原问题，早期自然哲学家已经穷尽了一切可能性，它的发展不可避免地终止了。希腊哲学的下一步发展，需要问题的转变和思想框架的转变。智者运动提供了这一转变的契机。