第二年，吕母家乡琅琊郡有个叫樊崇的也在莒县（今山东省莒县）领导了农民起义。樊崇带着起义军打到泰山郡（今山东省泰安县），正赶上青州、徐州一带闹饥荒，饥民纷纷起来参加，起义军很快就发展成一支拥有十几万人的队伍。樊崇是个朴朴实实的农民，没有念过书。他起义的目的不是想称王称帝，只想推翻王莽，让人们能够活得下去。他领导的起义军战士把眉毛涂成红色作为标记，号称赤眉军。赤眉军保持着贫苦农民的淳朴作风，领导人只采用一些乡下小官吏的称呼，樊崇自称“三老”，下面小一些的领袖称为“从事”、“卒史”，士兵们则互相称“巨人”。樊崇不识字，他没有制订什么法律和规章制度，只在口头上规定：杀人的要处死刑，伤害人的要赔偿损失。起义军人人遵守这个规定，纪律十分好，受到人民的热烈拥护。
王莽听到绿林、赤眉起义的消息后赶快派军队镇压。王莽地皇二年（公元21年），荆州的两万官军袭击绿林军，绿林军奋勇抵抗，打败官军，杀死官军几千人，夺得了大量物资。绿林军乘胜出击，攻下了竞陵（今湖北省天门县）、云杜（今湖北省沔阳县）、安陆（今湖北省安陆县），队伍扩充到了五万多人。
可是不幸的事情发生了，当起义军正在迅速发展的时候，绿林山一带发生了瘟疫。起义军缺医少药，死亡的人很多。王匡、王凤和起义军的其他首领商议以后，决定分散队伍，离开绿林山，转移到别的地方去。王常、成丹率领一部分队伍往西进入南郡（今湖北省江陵县），号称下江兵；王匡、王凤等率领另一部分队伍往北进入南阳（今河南省南阳县），号称新市兵。王匡、王凤等经过平林（今湖北省随县）附近的时候，平林人陈牧、廖湛也发动一千多农民起义，称为平林兵。平林兵和新市兵联合，起义军的队伍又进一步扩大了。
古代风景画鉴赏在绿林军分散转移这一年的冬天，王莽派十多万官兵去镇压赤眉军。赤眉军在成昌（今山东省东平县东）跟王莽派来的官兵决战，打败官兵，声势更加强大，很快从齐、鲁等地发展到现在的江苏、安徽、河南等地，并且还发展出了铜马军、青犊军等分支队伍。
这时候，荆州一带的地主刘玄、刘縯〔yān〕、刘秀等人，也利用他们跟汉朝皇帝同姓的关系，打出了反对王莽，复兴汉室的旗号，也来加入农民起义军，想要篡夺农民革命的胜利果实。刘玄加入了平林军；刘縯、刘秀兄弟俩在春陵（今湖北省枣阳县）招集宗族、宾客和附近的地主武装共七八千人，号称舂陵军，跟新市、平林兵联合作战。刘玄的政治经验比较丰富，很快就取得了农民起义军的领导地位，在打败王莽军的一次大规模进攻之后，他做了皇帝，仍然叫汉朝，定年号为更始，意思是他更新了汉朝，历史上称刘玄为更始皇帝。从此以后，绿林等农民起义军也被称为汉军。接着，起义军又打下了昆阳（今河南省叶县）、定陵（今河南省舞阳县）、郾城〔今河南省郾城县，郾yǎn〕，包围了宛城（今河南省南阳市）。
王莽见农民起义已经成为燎原之势，于地皇四年（公元23年），派大将王邑、王寻征集全国各地的兵马，拼凑了四十二万人的队伍，号称百万大军，南下向起义军进攻。王邑、王寻率领的兵马包围了起义军占领的昆阳，历史上有名的昆阳大战爆发了。
新汉昆阳大战
王寻、王邑带领42万新朝军队，南下进攻起义军，对昆阳形成了包围。
昆阳周围的农民起义军看到敌人来势汹汹，难以抵挡，都纷纷退到昆阳城里。有的将领认为敌众我寡，阵地守不住，主张放弃昆阳，把队伍分散到各地去各自为战。担任太常偏将的刘秀反对这种做法，他说：“如今我们兵寡粮少，敌人十分强大。如果我们集中力量打他一路，还有胜利的可能；分散兵力，只能进一步削弱自己，势必被敌人各个击破，全面崩溃。昆阳是首当其冲的要地，如果昆阳失守，一天之内，其他地方也都会被敌人占领。因此我们只有同心协力，保卫住昆阳，挫伤敌人的锐气，才能够把新军打败。”
起义军其他将领听刘秀这么说，认为很有道理，决定坚守昆阳。这时候，侦探回来报告：王莽的新朝军队已经到了昆阳城北，队伍有几十里路长，只见一路上烟尘滚滚，旌旗蔽天，望不见队伍的尾巴。
这时候，昆阳城里的起义军只有八九千人。起义军领袖王凤、王常和刘秀等人商量，决定由王凤、王常全力守卫昆阳，派刘秀和宗佻〔tiāo〕、李轶〔yì〕等十三人，黑夜里骑着快马从南门冲出去，到附近地区去征集援军。
这时候，王莽的新朝军队已经有十万人抵达昆阳城下。他们看到有人从城里冲出来，知道是去求援的，就赶快过来拦截。刘秀、宗佻、李轶等十三人奋勇作战，杀退了一批又一批敌人，终于冲了出去，分头到了郾城和定陵。他们把两地的几千农民起义军统一组织了起来，由刘秀率领着去援救昆阳。
古代风景画鉴赏再说昆阳城外边。王邑、王寻的新朝军队已经团团围住了昆阳城。王莽的纳言将军严尤给王邑提出建议，他说：“昆阳城虽然小，但是很坚固，轻易不能攻破。反军的头子更始皇帝刘玄在宛城一带，我们应当用主力去打他，把他打败了，昆阳就可以不攻自破。”可是王邑不接受严尤的意见，一定要先打昆阳。他把42万大军全都压向昆阳，把小小的昆阳城围了几十重。只见昆阳城外旌旗蔽野，尘埃遮天，军号军鼓的声音几十里以外都能够听得到。王邑、王寻还调来了攻城用的云车、撞车和楼车。云车是十几丈高的了望车，居高临下，能够把城里的情况侦察得一清二楚。撞车是冲锋陷阵用的战车，能够用来冲击城墙。楼车是弓箭手用来向城里射箭的战车。王莽的新朝军队，几乎把一切精良的武器设备全都用上了。他们还派遣了一部分士兵。专门挖掘地道，想从地道打进城去。
王凤、王常指挥昆阳城里的汉军，紧闭城门，守住险要的地方。城外敌人射来的箭，像雨点一般倾泻到城里。人们要到井里去汲水，都得头上顶着门板，抵挡飞箭。守城的士兵选好地形，隐蔽自己，坚守住自己的岗位。王莽的新军接近城墙，想要爬城的时候，城上的滚石擂木像冰雹似地打将下去，打得他们头破血流，抱头鼠窜。
昆阳城里的汉军这样艰苦奋战，死守了一个多月，打退了敌人一次又一次的进攻。到六月里，刘秀率领的援军赶到了。他们在离开新军大本营四五里的地方扎下营寨。刘秀亲自带着精兵，从背后攻打新军。王邑、王寻听说刘秀只调来几千援军，不禁哈哈大笑，他们用轻蔑的口气对部下说：“刘秀只搬来几千援军，这不是拿鸡蛋来碰石头吗？”他们下令派出几千兵马去对付刘秀的援军。
新汉两军对阵的时候，刘秀一马当先，冲向敌阵，士兵们见主将这样勇猛，也都纷纷拿起刀枪，呐喊着像猛虎一般冲杀过去，王邑、王寻率领的新军，没有料想到汉军这样厉害，他们的阵脚被冲乱了，后退了好几里才站住脚跟。这一仗，刘秀的汉军消灭新军一千多人。以后几天，刘秀选择敌人力量薄弱的地方继续进攻，又消灭了许多敌人。
这时候，宛城已经被起义军攻了下来，但是刘秀并不知道。为了虚张声势，恫吓敌人，刘秀派人假装成从宛城来的使者，向昆阳城里送信，信上说进攻宛城的汉军已经取得胜利，马上就要乘胜开来支援昆阳。他叫这个送信的假使者故意把信丢在路上，让敌人捡走。捡到书信的人拿去报告，王邑、王寻看后大吃一惊，他们认为，如果攻打宛城的汉军增援到昆阳来，自己这方取胜的希望更少了，原来那种趾高气扬的狂妄劲头已经下去了一半。
昆阳城里的守军听到城外喊杀的声音，从城墙上望见敌人队伍开始动乱，知道援军已经到来，就积极准备反攻，里应外合地夹击敌人。
决战的日子到了。刘秀探听到敌人的大本营在昆阳城西的河边，还探听到王邑、王寻仗着兵力强大，又有河流作屏障，大本营的防备不免松懈。于是刘秀带着三千名敢死队直捣敌人的巢穴。当汉军敢死队冲到新军大本营门口的时候，王邑、王寻才从睡梦中惊醒，匆匆忙忙地带兵迎战。汉军由于连日得胜，士气旺盛，个个以一当百；新军由于接连吃败仗，士气低落，都在设法后退保命。双方一接触，新军顷刻大乱，汉军勇猛向前冲杀，把新军的主将王寻杀死，把新军队伍打得七零八落，溃不成军。
昆阳城里的守军趁着城西激战的时刻，由王凤、王常率领，擂响战鼓，呐喊着冲杀出来，与援军前后夹攻敌人。王邑见王寻被杀，自己已经腹背受敌，骑着快马赶快逃命。新军士兵们见主将逃走，有的投降了汉军，有的撒开两腿跟在王邑的马后逃跑。前面的人被撞倒了，后面的人也顾不得扶起他们，就从他们身上践踏过去，这样互相践踏而死的就有一千多人。王邑带着残兵败将拼命奔跑了一百多里路，逃到溃水〔汝河的支流，流经昆阳北边滍zhì〕边上，正赶上一阵狂风暴雨，河水漫出河床。士兵们为了逃命，争着渡河，有些人顾不得水深流急，跳进水里，想游到对岸去，结果淹死了好几万人，把河流都堵塞了。王邑、严尤等丢掉了兵器、辎重、战车和抢来的珍宝，骑着马，踩着死尸渡过滍水，逃回洛阳，点点人数，四十二万人只剩下了几千人。
战争结束，刘秀、王凤、王常等派人打扫战场，光是收拾缴获的战利品，就费了一个多月的时间。
昆阳大战中，昆阳城里的汉军八九千人，加上外来的几千援军，总共才一万多人，却打败了王莽新军42万人。这是中国古代历史上以少胜多、以弱胜强的著名战例之一。
昆阳大战以后，更始皇帝刘玄派农民军领袖王匡攻打洛阳，派另一支军队攻打长安。因为王莽新军的主力在昆阳大战中已经崩溃，所以攻打长安的这支汉军很快就打到长安城下，从东北方的宣平门攻入城内。长安城内的市民在少年朱弟、张鱼的号召下起义，跟汉军一同围攻王莽的宫殿。攻破宫殿大门之后，商人杜吴跑在最前面，他一口气冲上宫中的渐台，杀死了王莽。起义军战士跟着上了渐台，他们出于对王莽的仇恨，一块块地分割了王莽的尸体。至此，篡夺了西汉天下的王莽，在维持了十五年的统治之后被推翻了。
刘秀重建汉朝
刘秀和绿林军联合作战，在昆阳大战中打败了王莽的主力部队，立了大功。他的哥哥刘縯也打下了宛城。已经被拥立为更始皇帝的刘玄，坐吃现成果子，进驻宛城，拿宛城做了更始政权的临时首都。
刘玄在宛城安顿下来以后，觉得自己的地位虽说比较巩固，可还是害怕刘縯、刘秀兄弟的势力强大起来，同自己争夺天下，就找个借口把刘縯杀了。这时候，刘秀正在别处，他听说哥哥被刘玄杀害，内心又是悲愤又是恐惧。他想到自己的势力还敌不过刘玄，只好忍气吞声，跑到宛城向刘玄谢罪。表面上，刘秀对哥哥的死装出一点也不在乎的样子，既不替哥哥戴孝，义在剖人面前饮食谈笑如常，见了刘縯的部下，一句私话也不讲。他对刘玄更是百依百顺，从来不标榜自己在昆阳之战中的功劳，还把许多错误都揽在自己身上。可是一到晚上，他关起门来，躲在被窝刘秀里偷偷哭泣，发誓要为哥哥报仇。刘玄只看到刘秀的表面活动，看不出刘秀的内心所想，为了安抚和笼络刘秀，他拜刘秀为破虏大将军，封为武信侯，但是并没有付给实际的权力。
过了些时候，刘玄准备迁都洛阳，派刘秀先去洛阳整修宫殿。宫殿整修完毕以后，刘玄迁入洛阳，派刘秀到黄河以北去扩充势力。刘秀得到这样的好机会，不仅可以保全自己，免遭刘玄杀害，而且就像蛟龙被放归大海，猛虎被放归深山，还可以放手去发展自己的势力了。
王莽的新朝政权被推翻以后，黄河以北的地主势力害怕农民起义的烈火燃烧到他们那里，纷纷组织起了地主武装。他们见刘秀到来，就都前来归附。这样，刘秀的势力逐渐壮大起来，在黄河以北站稳了脚跟。
更始皇帝刘玄怕刘秀的势力继续扩大，赶快派人去封刘秀为萧王，并且召他回首都长安来商量国家大事（这时候刘玄已经迁都长安）。刘秀既然已经有了自己的地盘，当然不愿意再受刘玄的控制。他叫人给刘玄带去一封信，信上说：“黄河以北还没有完全平定，我不能回长安去。”从此，刘秀跟刘玄实际上已经决裂了。
为了进一步扩大势力，刘秀对分散在冀州、兖州一带（今河北、山东、河南三省交界地区）的农民起义军进行了残酷的镇压。他打败了力量比较强的铜马、青犊等农民军，用诱降的手段收编了一些零散的农民军，把黄河以北的广大土地全都攫取到了自己手里。接着，他又乘赤眉军出兵西进的机会，派人两路出兵，扩充自己的势力，一路从河北南下，夺取了原先赤眉军的地盘；一路从河北往西，进攻并州（今山西省）。经过几次战斗，刘秀派出去的军队都得到了胜利，他的势力进一步扩大，物产富饶的中原地区几乎全都落入他的手中了。
刘秀一得势，就有更多的割据势力来归附他，那些归附他以后立了战功的大将，都急着想要拥戴刘秀做皇帝，以便自己能够当个开国功臣。他们对刘秀说：“如今天下没有君主，大王是高祖九世之孙，众望所归，希望您趁早即位称帝，安定民心。”刘秀听了大将们的话。内心自然很是高兴，但是他怕时机还不成熟，就假装推辞，意思是希望有更多的人来向他劝进。
大将们看出了刘秀的心思，发动更多的人联名给刘秀上书，劝刘秀即位称帝。大将耿纯代表大家说出了心里话，他对刘秀说：“天下的英雄，离别亲属，抛弃田园，跟着您在枪林箭雨之中出生入死，所希望的无非是想攀住龙鳞，附着凤翼，能够做个开国元勋罢了。希望您赶快即位称帝吧！”
刘秀看到那些想要攀龙附凤的大将真的愿意拥戴他，就不再推辞，于公元25年六月在鄗城〔今河北省高邑县，鄗hào〕正式即位称帝，重建被王莽篡夺了的汉朝。接着，他派兵西进，去进攻当时已经占领了关中地区的赤眉军。
这时候，赤眉军也已经建立了自己的政权，他们在华阴（今陕西省华阴县）拥立了一个十五岁的牧童刘盆子做皇帝，樊崇做了御史大夫。
古代风景画鉴赏那个在长安的更始皇帝刘玄，靠绿林军坐了江山，这时候却经常在宫中饮酒作乐。将领们有事找他商量，他因为喝得酩酊大醉，不能出来见面，就叫他的一个侍中坐在宫殿上，前面挂上帐幕，代替他说话。将领们一听不是他的声音，都很生气，在背后议论说：“皇帝的宝座还没有坐稳当，就这样放荡起来了，这能靠得住吗？”刘玄还恣意杀害了好几个农民出身的绿林军将领，公开地同绿林军分裂了。后来王匡等人被迫逃离长安。和赤眉军联合，一同打进长安，推翻了刘玄的统治。