同治十一年，同治帝颁布了册封皇后的上谕，并定在九月举行大婚的典礼。大婚之后的同治帝，虽然名义上得到了亲政的机会，但是在生活中还处处是慈禧的影子，受到慈禧很深的影响。阿鲁特氏从小生活在一个有教养的家庭，是个十分独立有见解的女性。对于慈禧处处干涉同治帝的行为，她感到十分不赞同。慈禧因为阿鲁特氏并不是自己喜欢的皇后人选，所以对阿鲁特氏也并非十分喜爱。夹在中间的同治帝，时常感到十分为难。
同治在历史上出现的时间并不长。十七岁亲政之后，政务上还是由慈禧在一旁干预，然而同治帝在政治上也确实辜负了朝廷上下对他的期待。同治帝是一个比他的父亲咸丰还要荒淫无度的人，他在后宫中有许多个美貌的后妃，但是这些后妃并不能满足他。根据历史记载，同治帝经常换上平民的衣服，带着两个太监去寻花问柳。时间一长，染上了重病，病倒了。太医根据症状，以前以为只是普通的小病，治疗了一段时间之后，发现病情加剧。同治十三年的十一月，他头部、脸面上都出现紫色发亮的斑块，到了这一年年底，同治因为病重逝世。
同治帝逝世时只有十九岁，他所有的后妃都没有生育，他还没有给这个世界留下一个子嗣。同治死后，日子最为难熬的莫过于皇后阿鲁特氏。阿鲁特氏自进宫以来，一直小心谨慎，懂得进退，毫无失礼的地方，但是慈禧对她，依旧是十分讨厌，经常左右为难，做什么事情都被慈禧挑出错误。人一旦有了自己的偏见，无论对方做了什么事情，都会挑出错误。更何况是慈禧这样偏执的人，她心中的想法是很难被旁人动摇的。
关于阿鲁特氏的处境，在末代皇帝溥仪的回忆录《我的前半生》中有过这样的记载：“有一天皇后去看同治帝，说起慈禧太后因为一件小事而骂她，皇后说着，竟失声痛哭起来，同治听了也很是同情，就劝她暂且忍耐，将来会有出头的日子。没想到这些话被太后听见了，太后非常愤怒。冲进皇帝居住的西暖阁，一把抓住皇后的头发，举起手来就痛打，还命令太监准备棍杖，非要把皇后打死不可。”从记载中可以看出，因为一件小事，慈禧就可以让阿鲁特氏在整个皇宫都没有面子，像个下人一样被打被骂。
同治帝死后，宫里除了慈安太后，再也没有可以帮助阿鲁特氏的人了，但是慈安太后与世无争的性格，并不能帮助阿鲁特氏多少。阿鲁特氏对自己的前程感到十分绝望，同治帝没有留下子嗣，继承大统的是和同治相同辈分的载湉，阿鲁特氏以长嫂的身份居住在宫中十分尴尬，同时，慈禧的专制和暴虐又让阿鲁特氏十分难熬，于是她想到了死亡——追随死去的同治帝。
阿鲁特氏作为一个年轻的女子，脑海中对于“死”这个概念，还是有着畏惧的。在准备自杀之前，她给自己的父亲写过一封信，信中问自己这样的情况该如何处理。崇琦虽然很爱这个女儿，但是在官场中打滚多年的崇琦知道，唯有“死”才是阿鲁特氏最好的归宿。于是阿鲁特氏在自己的宫中准备吞金自杀，被宫人发现，经过抢救之后，性命被救了过来，但她还没有放弃死亡，她在被救活之后进行绝食。在同治帝死后75日，阿鲁特氏绝食自尽，年仅二十二岁。这位年轻的皇后追随了同治而去，死后被追封为孝哲嘉顺淑慎贤明宪天彰圣毅皇后。
阿鲁特氏和慈禧之间的矛盾，也加深了慈安和慈禧之间的矛盾。慈安和慈禧，虽然表面上看起来相安无事，但是实际上，在两人的关系中有暗潮汹涌。
同治帝死后，年仅四岁的载湉作为继承人被接到了宫中，也就是后来的光绪皇帝。光绪皇帝被抱进皇宫之时，还在熟睡之中，这个年幼的小男孩，并不知道在醒过来之后自己的命运会发生翻天覆地的变化。进宫之后，载湉的日子并不好过，慈禧对于这个未来要掌管国家的孩子十分严厉，常常因为行为不符合她的要求而进行责骂。年幼的载湉，在四岁之前还幸福地生活在王府当中，被接入宫之后，开始了悲剧的人生。
在慈禧的眼中，载湉只不过是她用来夺权的工具，像个任意被玩弄的木偶一样。慈禧一味地对载湉要求严格，并没有给予他男孩子在这个年纪最需要的母爱和温暖。相反是一向与世无争又温柔宽厚的慈安，成了载湉在宫中最大的安慰。慈安和慈禧不同，对于载湉并没有太多政治上的要求，只是在做人方面会对载湉进行教育。载湉在和慈禧太后关系越来越紧张的同时，和慈安太后的关系则越来越密切。
然而光绪七年，也就是1881年，慈安太后逝世。慈安是在宫中少数几个能给载湉温暖的人之一，她的逝世，让载湉的生活再度陷入黑暗。
◆死亡的秘密
慈安比慈禧还小两岁，且在逝世之前一直身体健康，没有传出生病的消息，突然的暴病死亡，让她的死变得疑团重重。
在光绪七年的三月初九，也就是慈安死前的一天。慈安突然感到身体不适，于是召集了太医进宫给她医治。但是当时太医诊断出来的结果，只不过是轻微的感冒，并没有其他的症状。于是第二天，慈安照例上了早朝，恢复了正常的生活，接见军机大臣时，也没有出现什么和平时不一样的地方，唯一的特殊之处就是面色一直潮红。
反倒是慈禧，在那几个月身体一直不太好，过分劳累和忧思压垮了她的身体，她夜不能寐，即使睡着了，也会出现盗汗的现象。面色蜡黄，眼窝深陷，没有精神，任何珠宝头饰都无法掩盖她的病容。对于慈禧的病，当时宫中的太医轮番进行了诊治之后，都感到束手无策，于是慈禧要在全国范围内求医。慈禧的病一直拖着得不到医治，在这一段时间里，朝廷上的事情都交给了一向不太理会政治的慈安。虽然慈禧不愿意看到权力就这样落到了别人的手中，但是身体迟迟不好起来，让慈禧束手无策。
当光绪七年三月十日深夜，宫里传出太后逝世的消息时，人们都以为是久病的慈禧太后不治身亡。而当宫里传出确切的消息说逝世的是慈安时，人们都感到难以置信。慈安只不过是在前一天患了感冒，却没有想到在一天之内就逝世了，于是朝廷上下关于慈安之死的种种猜测不胫而走。
在所有的猜测中，大概可以分为两类。一类认为慈安的死是官方所记载的“正常病死”，另外一类则认为慈安是被“慈禧毒死（逼死）”。这两种说法都有大量的支持者，那么慈安究竟是怎么死的呢？
根据《清德宗实录》“（慈安）初九日偶染微疴，记载：初十日病势陡重，延至戌时，神思渐散，遂至弥留。”也就是说，慈安确实是因为初九那日小病而引发的死亡。但是人们都知道，小小的感冒并不会让一个健康的人在二十四小时内就暴病身亡，于是对慈安的病史进行了追问，发现慈安的两次病史。这两次病史是记载在当时的礼部尚书翁同龢的日记当中，一次是同治二年十月九日，当时的慈安才二十六岁，这次的生病根据“有类肝厥，不能言语”来判断，属于中风先兆，但由于当时的症状较轻，也因为慈安的身体健康，因此很快就恢复了。另一次出现在同治八年十二月四日，当时慈安三十三岁，距离第一次记载的时间已经过去七年，再次病倒，在翁同龢的日记中把这次病记载为“厥逆”，所谓的“厥逆”是脑供血不足而再次发作，但这次由于慈安得到了及时的救治，并没有造成遗留病症。
这些记载，说明了慈安的身体并不是没有任何毛病的。从现代医学的角度来说，慈安患有比较常见的血管疾病，虽然没有造成过致命的伤害，但是在慈安的身体里也存在着潜在的危险因素。这些危险因素就像沉睡的巨龙一般，在沉睡的时候，不能对身体造成任何危险，或许它一辈子也不会从沉睡中醒过来，但是一旦这条巨龙醒来，就会对身体造成致命的伤害。所以慈安的死，或许就是这条沉睡的巨龙突然醒来所造成的。
慈安死后，慈禧立马召集大臣进宫，商量慈安的后事问题，并安排王公大臣瞻仰慈安的遗容。这些做法，都显得慈禧在这件事情上面没有一点心虚，也没有任何私心。
另外一部分人认为慈安是被慈禧毒害而死的。根据恽毓鼎的《崇陵传言录》记载，在咸丰皇帝死前的一段日子，因为当时唯一的继承人载淳的年纪尚小，载淳的生母慈禧又是一个十分有野心的女人，咸丰皇帝对于清朝的未来十分不放心。因此，他在死前留下了一份遗诏给慈安，这份遗诏让慈安监视慈禧，若是慈禧安分守己，那么这份遗诏就不必公诸于世，若是慈禧不安分守己，那么根据这份遗诏将慈禧除去。
老实宽厚的慈安，将这份遗诏的事情告诉了慈禧。慈禧感到了空前的威胁，虽然她知道咸丰帝对自己不信任，还想过要将她除去，但是对于这份遗诏的存在，她还是感到十分惶恐。慈禧用了计谋让慈安秘密地烧掉了这份遗诏，并且，慈禧对于知道这件事情的慈安，也起了杀机。