刘毅及其党羽被迅速消灭后，与刘裕起兵反对桓玄的异己就只有诸葛长民了。诸葛长民在卢循之乱中守卫京城，立下大功，这个时候就任督豫州扬州六郡诸军事，镇守在京城附近。
诸葛长民虽说也是老资格的重臣，但在很多方面却显得目光短浅，又不懂得明确站队，跟刘裕并不是一条心。卢循进攻建康的时候，诸葛长民的主张与前面所说的孟昶是一致的，要求护驾北迁。刘裕坚决不同意北迁，诸葛长民比孟昶聪明那么一点点，服从了刘裕的调遣，与刘毅等人守备在北陵。卢循之乱平息，诸葛长民升了官，就没了记性，反倒得意起来。
二刘相争，刘裕为了安抚诸葛长民，让他留守太尉府管事，并且可以带五十名全副武装的卫士进宫，以防不测。建康这边没了刘裕的强势压力，诸葛长民还真以为自己了不起了，他也不理政事，只让手下四处聚敛珍宝美女，并给自己营造宅院府第，引起了老百姓的不满。
这好事并没维持多久。刘毅的势力被扑灭，迅猛程度远远超过包括刘裕本人在内几乎所有人的预想。诸葛长民这才有些大梦初醒，对自己的亲信说：“俗话说：‘昔年醢彭越，前年杀韩信’，当年刘邦诛杀功臣，就是一个个下手的，我怕是要大祸临头了！”
他暗中对刘裕的副手刘穆之试探道：“民间很多人都说太尉（刘裕）与我不和，是啥原因呢？”
刘穆之应道：“太尉西征，把府上大大小小的事情都托付给了足下，岂能说与你不和？”
诸葛长民这才稍稍放心，但依然惧怕刘裕，暗中图谋不轨。他的弟弟诸葛黎民以“唇亡齿寒”的道理劝他早作打算，乘刘裕还没回京之际发动政变。“当断不断，反受其乱”，诸葛长民腐败起来“一丝不苟”，性命攸关的时刻却又变得犹豫不决，感慨道：“哎，贫贱的时候想要富贵，富贵了呢，又害怕危机降临，如今我只想在丹徒做个小小的布衣，怎么就这么难呢！”
他终究对自己的实力没信心，不敢动手，却又不甘心，画蛇添足地给刘敬宣写信，要与他联手造反。这真是所托非人，刘敬宣虽然手握重兵，却是个没啥政治野心的“好孩子”，对刘裕忠心耿耿，刘毅想作乱的时候就曾被他告过一次密，比刘毅更弱的诸葛长民哪有希望让他倒戈？“告密专家”刘敬宣专程派人把密信送到西征的刘裕手中，刘裕夸赞刘敬宣忠诚之余，并不十分担心，只派了辅国将军王诞先去京城，协助刘穆之等人防备。
刘裕率领一半军队从江陵顺江东回，开始时带着辎重一起走，速度很慢。诸葛长民带着朝中大臣，每天白天在新亭等候，却迟迟不见大军踪影。快到京城了，刘裕忽然驾着轻舟，带领很少的军队突进，连夜进入太尉府的东府。
天一亮，诸葛长民就听说刘裕已经回府，大惊失色，情急之下，只得亲自去拜见刘裕。刘裕也不大张旗鼓，悄悄地在幕后埋伏了一名叫做丁旿的勇士，然后在门厅内接见诸葛长民。刘裕拉着诸葛长民的手，家长里短地谈得可开心了。反应迟钝的诸葛长民乐呵呵地陪笑，背后已经跳出了手持利刃的丁旿，刘裕脸色立变，丁旿上前拽住诸葛长民，手起刀落，毫不含糊地将他斩杀。刘裕又下令收捕诸葛长民的几个弟弟，诸葛黎民虽骁勇过人，却挡不住捕头人多势重，力战而死。诸葛长民的小弟弟诸葛幼民逃到山里，最终被揪出来杀掉，诸葛氏一家继刘毅之后，也做了政治斗争的牺牲品。
回头说说刘裕的另一半军队。刘裕在攻下江陵后，就有意再接再厉，进攻谯纵据守的蜀地。前文提过，谯纵的割据势力是桓玄称帝所造成的“副产品”，到这时已有八个年头，期间刘敬宣曾经在义熙三年（公元407年）试图进攻过一次，却无功而返。众将都觉得蜀地艰险，如果刘裕不亲征，恐怕还是难以成功，但蜀地离建康太远，刘裕若是真去了，东面又可能会出问题（这时诸葛长民还没倒台）。伐蜀大军的元帅人选成了个大难题。
刘裕不仅识战，而且识人。刘毅的部下毛修之在刘毅失败后，投降了刘裕。毛修之是原先的益州刺史毛璩的侄子，蜀中兵变，毛璩与毛修之的父亲毛瑾一家都被谯纵所杀，毛修之恰好在江陵任职，逃过一劫，从此他便立誓报仇雪恨。他几次向刘裕请缨，要求带兵西征。刘裕担心他到蜀地会公报私仇，大杀当地军人；蜀地的士兵害怕毛修之，也会以死固守，那样既不利于“安定团结”，也不利于攻城拔寨。
几经思量，刘裕提出让资历名气都不高、但很有才干的朱龄石担任这一重要职务，大出众人所望。刘裕给了朱龄石两万人，并让自己的小舅子臧熹以及蒯恩、刘钟等人做朱龄石的副手，可见对他的信任。（刘裕的这一趟西征，除了完成既定目标外，也颇显出他的战略眼光，通过战争的洗礼，提拔培养了王镇恶、朱龄石等一批能为他所用的得力干将，为日后的北伐大胜和掌握绝对的军事主导地位，打下了坚实的基础。）
刘裕与朱龄石密谋进攻路线，他说：“刘敬宣上回从黄虎（今四川绵阳东南涪江畔）取道内水（指今天的涪江及其下游嘉陵江）进攻，没能成功。按正理我们应取道外水（指今天的成都市府河及其下游岷江）做另一番尝试，敌人也许认为我们会出其不意仍然从内水进攻。这样一来，他们肯定会用重兵守卫涪城（今四川绵阳东）以防内水。所以我们如果再从黄虎走，一定正中其计。我想不妨布置少量疑兵取道内水，而以大军从外水直取成都，必能出奇制胜。”为了保密，商讨的内容秘而不宣，朱龄石的西征大军并不知道行军计划是怎样的。刘裕又交给朱龄石一封密信，信封边写着“至白帝乃开”（诸葛亮的锦囊妙计是假的，刘裕的锦囊妙计则是真的，历史上像这样你真我假的故事，实在数不胜数）。
朱龄石大军溯江而上，第二年，也就是义熙九年（公元413年）的六月，到达了白帝城（今四川奉节东）。朱龄石打开刘裕的密信，上面只写着三句话：“全军主力都从外水攻打成都；臧熹、朱枚从中水（今四川彭山方山下入江的绵水口）攻打广汉（今四川射洪南）；并派老弱士兵乘十几艘高大舰船，从内水佯攻黄虎。”（唯一的遗憾之处是这条锦囊欠缺一点意外性，朱龄石在此之前肯定已经消化了刘裕战略思想的精髓，这封信只不过是做了一个人员上的合理安排。但是刘裕以自己的名义写下这封信，就能够预防众人因为朱龄石资辈较低、不从将令的现象，以促使战略思想的全面贯彻。）
朱龄石得了锦囊，便布置下去，诸军倍道兼行。成都王谯纵果然被刘裕算中，他在得到情报后，认定内水的疑兵就是晋军主力，命令谯道福以重兵镇守涪城，以防晋军从内水攻来。这样一来，朱龄石主力走的进军路线就几乎成了蜀兵不设防的地段，大军很快抵达彭模（今四川彭山东南岷江东岸），离成都只有二百里。谯纵才命侯晖、谯诜率万把兵马驻扎在彭模，隔着外水筑起工事拒守。
时值盛夏，朱龄石本想以逸待劳，缓图攻城良机。部将刘钟则说：
“这可不行，我们以虚兵进攻内水，谯道福那边肯定不敢动。现在大兵突然杀到，蜀兵已经丧胆，他们之所以据守险地，就是因为怕我们啊。如果现在以精锐猛攻，必获全胜，如若缓兵，蜀兵会明白我们大军全都在这里，到时谯道福从涪城杀回，我们就不好对付了。”
朱龄石听从建议，率领蒯恩、刘钟强攻彭模，力克险峻难攻的彭模北城，斩杀了侯晖、谯诜，转攻南城，一并拿下。与此同时，臧熹、朱枚也击败了蜀将谯抚之、谯小苟（十分有趣的名字），攻下广汉。
朱龄石下令舍弃船只，以步兵趋进，谯纵的士兵们都望风溃散。那位全无王者风范的成都王谯纵（当年众将要推他做主，他执意不从，还企图跳水逃避，这样没有胆识的人竟能做上割据一方的国王，可见天下大乱，已近极致）弃城逃跑。他的女儿都比他明事理，劝他说：“如今逃跑也难活命了，自取其辱而已，不如在城中等死，还可以死在先人的墓前。”
谯纵不听，投奔前来救援的谯道福，被谯道福鄙视了一把。谯道福斥责他说：“大丈夫创了这样的功业却放弃，还想去哪里呢！自古哪个人不死的，有什么好怕的？”说罢一剑掷去，正中谯纵的马鞍。
谯纵没办法，只好逃到一个僻静的所在，拉了腰带上吊自杀（关于谯纵之死，另有种说法是他在涪城被一个叫王志的当地人杀死，这两种说法，前一种见于《晋书》和《资治通鉴》，后一种见于《宋书》和《南史》。不管怎么个死法吧，这个怕死的国王到头来还是不得善终）。谯道福还想收众一战，士兵们却不愿再听从他的指挥，分了财物各自散去，谯道福投往广汉的僚人部落，也被当地人捉住送给晋军斩首。
刘裕西征两战，充分地发掘了王镇恶和朱龄石的帅才，也成功翦除了异己，收复了荆州、益州等地，一石数鸟。这时的刘裕已不只是优秀的军事家，而更是一名相当有为的政治家了。经过这一连串的胜利，刘裕的野心急剧膨胀，他连继任荆州刺史的东晋宗室司马休之，也不愿放过了。