刘裕大军消灭后秦，尽杀姚羌，关中震动，各个邻国原本都持观望态势，现在生怕下一个倒霉蛋就是自己。刚刚领教过却月阵厉害的拓跋北魏暂时是不敢对刘裕有想法了。西秦的乞伏炽磐一直与后秦为敌，骚扰后秦的西部边境，这时候拼命向刘裕示好，主动帮助晋军扫除边境上的零星叛军。西北面沮渠蒙逊的北凉原本与后秦是盟国，这时就着了慌。
沮渠蒙逊手下有个叫刘祥的官员觐见他，恰好那天心情不错，被沮渠蒙逊察觉。沮渠蒙逊怒道：“你听说刘裕入关了是吧，脸色这么好！”说着就把他给斩了——焦躁之心可见一斑。
如此好的形势，继续创建新的功业并非不可能。然而，在整个晋国说一不二的刘裕，却决定撤军回建康了，这究竟是为什么呢？
《宋书》和《南史》的说法，是因为刘穆之病故，刘裕担心后方出乱子，不得不亲自回去；而按照《通鉴》的说法，除了刘穆之病故这一突变因素外，诸将士久战思归，不愿在长安驻留才是根本的原因。在我看来，这两点都不怎么靠得住。
先说后方的问题，刘裕已经花了十几年的工夫，肃清了所有的反叛和异己势力，并且在各处安插自己的绝对亲信。比如建康除留守的世子刘义符外，辅佐的徐羡之、王弘，都是刘裕一手提拔起来的，其他的像徐州的刘义隆，荆州的刘道怜，不是儿子就是兄弟，而且身边都有自己的部下辅佐，十分稳固。徐羡之凡事都向长安请示虽令刘裕不满，但他完全可以从身边抽调一名得力的助手到建康替换，没有必要急着赶回去。“牵一发则动全身”，这道理刘裕不该不懂，也不会不懂。
其次，东晋将士虽说出来有一年了，却也不算太长，何况打下长安，大多数士兵都发了财，正是成家立业的好时机。长安是帝王之都，沃野千里，又易守难攻，建康在当时虽已相当繁荣，但毕竟是“蛮夷之地”，充其量陪都而已，没有道理舍本而求末。
可见史家的附会有时也十分牵强，经不起推敲。刘裕回建康的真正原因，可能在于：一、出身寒门的刘裕十几年来南征北战、东讨西伐，已经觉得自己赚够本了。就像一个暴发户，他所在乎的是自己本身的利益，其他的什么不朽功业啊、历史地位啊，显然并不在他的考虑范围之内，而他的最大利益，便是做正统的皇帝，一切有利于他称帝的行动，他都会去做的；二、刘裕虽有意经营关中，但未必对北方的情况有透彻的了解，当时的关中已是五胡杂居之地，汉人的比例并不大，刘裕撤军时确有父老前往哭诉苦留，但那应该只是少数。祖陵尚在，人已非故，在“非我族类，其心必异”的民族意识下，想要处置好这么一个长安，对于出生江南的刘裕而言未免太难。现实与想象的巨大差距使刘裕放弃了仅存的一点理想。（理想抱负却常常不得不屈从于现实，古往今来这本就是无数读书人最大的无奈之处，不知道是该说理想太虚无，还是现实太残酷。）
崔浩和赫连勃勃，都准确地认识到了这两点。前者劝拓跋嗣按兵以观其变，后者则一面受降东晋还来不及到达的后秦岭北诸镇，一面厉兵秣马，一俟刘裕东归，便挥师南下。
刘裕在长安呆了三个月，就开路走人。他封自己的次子、年仅十二岁的刘义真为雍、秦二州刺史，留守长安；王镇恶在伐秦大战中功劳最大，封为安西司马、冯翊太守，与刘裕的参军王修共同在长安辅佐刘义真。另外刘裕还留下了沈田子、毛德祖、傅弘之等人，处理军务要事。
刘裕的这一安排是后人非议最多的地方，北伐军中牛人无数，每个人带兵打仗都是顶级，却基本上不懂合作精神，相互之间谁也不服谁。
这种行为，就像诸葛亮生前留下杨仪、魏延两个以致内讧一样，早晚会出问题。刘裕还没走呢，沈田子、傅弘之等人就在刘裕那里打小报告，先是说：“王镇恶家中私藏姚泓的御辇，想造反呢！”刘裕派人去看，王镇恶把御辇上的金银珠宝剔下来，而把车子丢弃在墙角，这才让刘裕稍感心安。
过后沈田子又说：“王镇恶的祖父王猛在关中颇得人心，此人守在长安，不可以信赖。”刘裕也不劝和，反而说：“我留给你们将士精兵上万人，他要是有异心，正好自取灭亡，你们不必多说了。”私底下刘裕又对沈田子说：“当年钟会做乱失败，就是因为有卫瓘的缘故。俗话说：‘猛兽不如群狐’，你们十几个猛将，还怕对付不了一个王镇恶么？”
这番话很要命，沈田子本来就对王镇恶看不顺眼，现在得了刘裕的暗示，便开始酝酿阴谋，除掉王镇恶。
刘裕终于带着大部队离开长安向关东进发。北面的赫连勃勃兴奋不已，他问身边的大臣王买德：“我要攻取关中，你给谋划个方法。”王买德分析道：“关中这么重要的地方，刘裕却只留下未成年的儿子守卫，正是急着要赶回去篡位呢，他是不会再想回中原了。这是天赐关中，机不可失。我们应该出兵截断青泥、上洛这两处南北的险要，再在东面堵住潼关，阻拦水陆两路，然后传檄关中，对老百姓威德并施，到时候，擒刘义真小儿就如探囊取物一般。”
赫连勃勃依其计，派世子抚军大将军赫连率骑兵两万为前锋，杀向长安，前将军赫连昌进攻潼关，切断晋军通道，王买德进驻青泥，赫连勃勃亲率大军为后继。
东晋义熙十四年（公元418年），赫连的骑兵到达渭水以北，逼近长安北门，一路上的关中降民不计其数。东晋的长安守军并无战心，沈田子前往抵抗，却怯敌不进，退守在长安城外的刘回堡。
王镇恶闻讯，十分震怒地埋怨道：“刘公将十多岁的儿子托付给我们，我们应该全力辅佐，现在拥兵不进，怎么可以平定胡虏呢！”沈田子由此更加憎恨王镇恶。
不久，王镇恶与沈田子一同出城抵抗赫连。沈田子让人在军中散布谣言：“王镇恶要尽杀南方人，据关中造反啦！”接着，他便借故将王镇恶召集到傅弘之帐中议事，乘机将其杀死。（可惜一代名将王镇恶，没有战死疆场，却屈死在同僚的手中，可悲可叹！）傅弘之得到消息，回报刘义真与王修。王修登长安北城张望，见沈田子带着十来个人回城，当即命手下人按住沈田子，对其数落一番，然后斩首。一场内讧使东晋平白损失两员强将，足令刘裕叫苦，赫连勃勃拍手。幸亏傅弘之率部大败赫连，一直追到寡妇渡（今甘肃庆阳北），暂时打退了夏军，才稳定住了局势。
王修平息了内乱，其性命也难保全，仅过半年多，刘义真听信谗言，认为“王镇恶要造反，沈田子杀了他，而王修又杀了沈田子，说明王修也要造反”（这“负负得正”的逻辑根本胡闹，刘义真却偏愿意相信），于是又派手下杀了王修。这下可好，长安城中人心惶惶，刘义真深感不安，赶紧把外地的驻军调进长安防守。大夏的军队见晋军示弱，不失时机卷土重来，长安以外各郡县纷纷投降夏国，赫连勃勃的大军兵不血刃地开进咸阳。
刘裕此时驻扎在彭城，得知前方的形势，意识到关中凶多吉少，但又得摆出坚持的姿态，便派蒯恩去长安召回刘义真，之后又派朱龄石代刘义真镇守长安，派朱超石去河东等地劳军。（为了这一姿态，又白白损失三员大将的性命，可见这个时候的刘裕私心太重了。）
朱龄石来到长安，眼前的场景却是贪得无厌的刘义真与他的将士大肆抢掠长安百姓的财物（由此也可见当时长安一带还是相当富饶的）。
离开长安时，他们一个个都带着辎重、财宝、美女，缓缓地前行。身后赫连的三万骑兵，已经不远。傅弘之劝刘义真放弃辎重，轻装行军，摆脱夏军的追赶。刘义真不听，退到青泥，撞上了早在这里等候多时的王买德，回头一看，赫连也已经到了，晋军哪里是对手，顷刻崩溃。傅弘之、蒯恩断后，掩护刘义真先走，两人都被王买德所擒。刘义真马快，走在前面，后来又躲进草丛里，被中兵参军段宏保护着才逃出了夏兵的追击范围。晋军全军覆没，当初那迷恋财物美女的兵将，终于遭受了贪婪的报应。
报应还不算完，朱龄石也跟着一起受罪，刘义真走后，长安百姓对晋人彻底失去了好感，他们搬起棍棒石头，驱逐朱龄石。朱龄石被迫逃往潼关，路上与弟弟朱超石会合，这一趟却又早被王买德算着，赫连昌就驻扎在潼关，他截断晋军水道，将朱氏兄弟生擒。赫连勃勃进驻长安，杀掉了傅弘之、朱龄石等几乎所有的刘裕爱将，只有毛修之投降，保全了性命。
也许是老了，失去了往日的朝气，遥想刘裕当年“狮吼功”破敌，该是多么雄壮的场景，而如今却为头顶上的冠冕终日“奔忙”。也许是荣华富贵、帝王功业迷乱了眼睛，昔日的北府军勇将成了利欲熏心的权臣。回到建康的刘裕终于不再推辞，受封相国、宋公、九锡。继而，他派手下缢死晋安帝司马德宗，改立其弟司马德文为帝，即晋恭帝。
司马德文与白痴哥哥比起来，做皇帝要够格得多，偏偏碰上末世，纵有才能也无处发挥。刘裕立他的原因，只是因为谶语里说“昌明之后有二帝”（昌明指晋孝武帝司马曜（字昌明）），需要再立一个皇帝凑足“二帝”而已。
晋恭帝元熙元年（公元419年），刘裕再进一步，受封宋王。第二年，他便在中书令傅亮的协助下，迫使司马德文禅位，在建康称帝，是为宋高祖武皇帝。他开了两个先例：第一个，是残忍地杀害了禅位的前朝旧帝，这在寒门出身的他，并不算太意外，但就是这样一个恶例，一直被沿用到了五代以后，可谓害人不浅；第二个，他是第一位在建康受禅的皇帝（桓玄那样的不算），他这个皇帝没有了长安，也无法定都洛阳，成色大打折扣。所幸，他开启了南朝第一个治世局面的序幕。