桓玄死后，桓谦以及桓玄之侄桓振等人重新攻下江陵，拥立司马德宗复位，企图与刘裕的势力继续对抗，但毕竟抵不住刘毅、刘道规等人率领的北府精兵的骁勇，很快就又丢失了江陵，把白痴皇帝也拱手让了出来。
内乱刚定，刘裕被封为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。轮到刘裕有机会“挟天子以令诸侯”了，然而他终究是一介武夫出身，又是寒门，比不上桓玄那样的名门大族，因此他虽在倒桓大业中立下头功，却还做不到“号令天下，莫敢不从”。桓玄称帝作乱，东晋的“半壁江山”也几近分崩离析。毛璩讨伐桓玄，本想顺流而下攻打江陵，益州一带的兵将不愿远征，发生了兵变，杀死了毛璩一家，推举安西府参军谯纵为成都王。不久，谯纵又向后秦称藩，并与西逃的桓谦联手，与东晋方面抗衡，偏远的巴蜀地区继成汉之后再次出现了割据政权。一直在东海各郡骚扰官兵的卢循也乘机南下，攻占了番禺（今广东广州），又派部将徐道覆北上攻占了始兴（今广东韶关西南）。胸无大志的卢循企图割据岭南，遣使向东晋朝廷称臣纳贡。刘裕等人无暇南顾，便暂且做个“顺水人情”，委任卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相。
益州和广州事实上的独立，使得刘裕等人只能勉强控制住长江中下游的荆州、扬州等地，桓氏余党阴魂不散，零星的反叛令刘裕头疼不已。
他花了几年工夫把桓氏势力彻底清除，然后将目光投向了北方。与“纸上谈兵”的桓玄不同，久经沙场的刘裕是要靠实实在在的北伐成果来树立自己在朝廷中的绝对权威。
此时的北方，也已经历了几场大规模的动荡。北魏的拓跋氏几乎消灭了淝水之战后在关东盛极一时的后燕，并将都城从塞外的盛乐（今内蒙古和林格尔西北）迁到了平城（今山西大同）；后燕的残余势力分裂为两个国家，即十六国里的北燕和南燕，北燕号称继承的是后燕正统，皇帝却一个不如一个，政权几经易手，最后落入汉人冯跋手中，南燕呢，只保有青州一州之地，其管辖面积不及今天的山东省大，苟延残喘而已；关中的大国后秦在败于北魏后也已衰落，境内狼烟四起，不但对付不了新兴“流氓国家”赫连夏国，面对臣服多年的凉州诸小国，也有些应接不暇；穷兵黩武的赫连勃勃、秃发傉檀等人，做得最多的是烧杀抢掠，在关中陇西一带征战不息，其破坏力远大于建设力。十六国末期的北方形势，大致如此，我在《纵横十六国》已有详述，这里只重点说说终结十六国动乱的北魏。
后秦魏南凉北凉南燕西凉夏西秦北燕（409年）北魏在其立国之初，并没有什么特别起眼之处，充其量也不过被人看做拓跋代国的复兴，整个国家的规模不比凉州各蕞尔小国大多少。前秦由极盛转为极衰，这个成分极其复杂的多民族国家在一瞬间支离破碎，公元四世纪的最后十五年成为北方各部族开展轰轰烈烈的复国运动的十五年。僻处塞北的拓跋鲜卑部追随时代大潮，在今天内蒙古锡拉木林河畔的牛川，召开部族大会，推举已故代王拓跋什翼犍的嫡孙拓跋珪为新的代王。“代”这个名字，本是东周时的诸侯国名，秦朝时设郡，治所在今河北蔚县一带，地跨长城南北，素来是防御北方匈奴的要冲，后来人们习惯以“代”指代幽州的北部。拓跋猗卢的骑兵常在这一带活动，因此在永嘉大乱时被晋朝皇帝封为代王，而事实上作为游牧民族的拓跋氏，其统治中心主要还是在今天的内蒙古河套地区。代国复兴三个月后，为了表明自己的完全独立性，拓跋珪把国号改成了“魏”。
（关于代和魏这两个国号的问题，北魏内部曾经在天兴元年（公元398年）有过一次讨论。群臣的意见是国号应取发源之地的名字为宜，而拓跋珪本人则以平定中原，慑服海内为己任，最终坚持以中原旧国的国名“魏”作为国号。历史上已经存在过曹丕的魏国和冉闵的魏国，所以这个魏曾被称为“后魏”，以别旧朝。今天我们更多的是称其为“北魏”，我认为主要有两点原因：一是拓跋氏的魏国（或称魏朝）是两百年的北朝中最重要的一个朝代，而北朝的所有朝代，除分裂的东魏和西魏外，都被后人加上了“北”字，以区别于南朝（尤其是北齐和南齐需要特别的区分）；另一点呢，是北魏享祚很久，如若加上分裂的东西魏，有一百七十多年，在分裂时期中是时间最长的，加“后”来区分其他魏国，不甚合适。北魏之后，就不再有以“魏”为国号的朝代了。）
他们在当时的首要敌人，还不是内迁塞内的各胡所建立的政权，而是同样地处塞外漠北的周边各部族。对于逐水草而生的游牧民族而言，和与己为敌的部族作战，就等同于生存之战。拓跋北魏成为北方强国，打赢这一场场生存之战乃是必要条件。这些漠北的部族大致可以分为四类：一是与拓跋部为敌的漠北鲜卑部族，比如鲜卑贺兰部；二是分布在拓跋部以东的奚，也称库莫奚，他们其实也是鲜卑的一种，但属辽东鲜卑，为宇文部被慕容部消灭后散落在北方的后人，与后来建立大辽的契丹同族异部；三是高车各部，主要分布在北魏的西部和北部，但也常进入北魏统治地区（高车在南北朝时期多是北朝人所用的称呼，以其“车轮高大，辐数至多”而得名；同时代的南朝人则用“丁零”称之，十六国时期曾建立短暂政权的翟氏，就是丁零人，或者说是迁徙到黄河流域的高车人，高车的别名还有敕勒、狄历、铁勒等等，从源流上考究，高车与漠北其他各族区别最大，其内部分歧也多，主要是因为漠北其他各族基本上都源于胡（即匈奴）或东胡（鲜卑、乌桓等），高车则不然，他们的语言属阿尔泰语系突厥语族，近于后来在漠北盛极一时的突厥，而异于东胡各族（一般认为东胡各族均属阿尔泰语系蒙古语族））；四是被北朝人蔑称为“蠕蠕”
的柔然，这也是漠北的鲜卑与匈奴融合后形成的一个大支系（柔然在时间跨度上几乎与北魏共始终，日后统一时将是北魏最头疼的北方强敌）。
按照《魏书》的说法，拓跋珪所击败的叱突邻、纥突邻、纥奚、叱奴、黜弗、素古延、侯吕邻等部，都是柔然或高车的部族。
游牧民族居无定所，组织框架又非常松散，想要通过一两场战争来消灭掉是很困难的。拓跋部族自己就是游牧民族，十分清楚这一点，所以北魏对付这些邻居的一般做法是通过武力征服，吞并和利用其所拥有的资源，从而达到控制和占有的目的。
领兵征战是拓跋珪的强项，但他治理内政也绝对不赖。既然奋斗的目标不仅仅是为了拥有万千牛羊、辽阔牧场，而是整个“天下”，那么吸取先进的中原文化，就相当重要了。拓跋珪及其辅臣的学习对象，可能是邻近的汉化较早的其他政权，比如前后秦，比如慕容燕。
拓跋珪的高明之处在于，他所推行的措施具有相当的渐进性和计划性，按部就班，做得十分扎实（而且，非常重要的一点是，这些措施能被后继的君主们一步步忠实地执行下去）。他称王之时，便有意引导习惯了游牧生活的鲜卑人改变生活方式，学习和从事农业生产。在击败后燕、夺取中山城后，他向关东地区迁徙大量人口与耕牛，并实行屯田，解决战争所需的军粮问题。天兴年间，他又学习汉人的礼乐制度，规定各种礼仪与音乐，并统一颁布度量衡，设立法律进行监督管理；他参照儒家经典设置博士，开设太学，招收数千学员；鉴于游牧民族家族为单位构建行政组织，他亲自考核官员，根据各自的能力任用官职，并加强保举制度，没有能力的部族子弟，就不任用官职，而以爵位代替。
拓跋珪的这些措施，在汉人看来极其平常，对于原本粗枝大叶的漠北鲜卑人来说，却是巨大的革新。所谓“强国之本”，并不是一时战功的显赫，而是经受了考验的制度。