东线工程沿线黄河以南有洪泽湖、骆马湖、南四湖、东平湖等湖泊，略加整修加固，总计调节库容达75.7亿立方米，不需新增蓄水工程。黄河以北现有天津市北大港水库可继续使用，天津市团泊洼和河北省的千顷洼需扩建，并新建河北省大浪淀、浪洼，黄河以北五处平原水库总调节库容14.9亿立方米，形成沿输水线路的水量调节系统。图1-21为南水北调东线工程沿线蓄水湖泊。
洪泽湖主要受纳和调节淮水，总库容42.5亿立方米，非汛期调节库容31.5亿立方米，是系统内最大调蓄场所。根据东线一期工程规划，洪泽湖非汛期蓄水位拟从13.0米抬高到13.5米，可增加调蓄库容8.25亿立方米。洪泽湖非汛期蓄水位抬高至13.5米后，影响面积达1369.89平方千米，影响处理工程主要有滨湖圩堤防护工程、通湖河道影响处理工程、江苏影响处理区圩区排涝工程及安徽影响处理区洼地排涝工程。
骆马湖和南四湖受纳和调蓄沂沭泗水，其中骆马湖总库容9.1亿立方米，非汛期调节库容5.9亿立方米。上级湖（主要包括南阳湖、独山湖和昭阳湖）和下级湖（主要包括微山湖）总库容17.1亿立方米，非汛期调节库容11.3亿立方米。东线第一期工程拟将南四湖下级湖非汛期蓄水位32.5米抬高0.5~33米，增加调蓄库容3.06亿立方米。南四湖下级湖抬高蓄水位0.5米后，南四湖湖区蓄水条件发生了变化，对当地渔湖民的生产、生活会产生部分负面影响，东线工程也将根据实际情况做出适当补偿。
东平湖是大汶河汇入黄河入口地区的洼地，现有库容1.0亿立方米，没有蓄水任务，现规划利用东平湖老湖区蓄水。在进一步扩大库容的情况下，它将成为江水过黄河向北输送的重要调蓄枢纽。东平湖蓄水后，需对东平湖圩堤进行加固处理和淹没补偿。
东平湖蓄水影响处理工程主要有围堤加固工程、堂子排涝站改建工程、济平干渠湖内引渠清淤工程。
千顷洼、大浪淀、北大港等洼淀总库容8.06亿立方米，是调水入华北的主要蓄水水库。南水北调东线工程规划扩建千顷洼及大浪淀两座调蓄水库的库容分别为2.23亿立方米及2.54亿立方米。北大港水库除险加固工程将加高加固圩堤24.5千米，护坡26.8千米，修建圩堤堤顶公路52.1千米。可确保水库蓄水位达到5.5米、蓄水量达到4.03亿立方米时的蓄水安全，可成为引黄济津以及未来南水北调东线调水工程的调蓄水库。
规划全线调节库容为59.70亿立方米，其中黄河以南48.95亿立方米，黄河以北10.75立方米；全线调节库容比现状增加19.42亿立方米，其中黄河以南15.01亿立方米，黄河以北4.41亿立方米。这些湖泊和洼淀使南水北调东线水资源系统具有较大的调蓄能力，为工程运行调度创造了不可多得的有利条件。这是南水北调东线工程突出的优越性之一。黄河以南调蓄湖泊蓄水指标见表1-9，黄河以北调蓄湖泊蓄水指标见表1-10。
（第三节）东线治污
为落实朱镕基、温家宝同志关于南水北调东线工程治污规划的有关指示精神，体现“先节水后调水，先治污后通水，先环保后用水”的“三先三后”原则，保证东线调水水质，国家计划委员会会同水利部、国家环保总局、建设部等部门制定了南水北调东线工程治污规划。
一、规划目标
东线工程规划编制遵循确保输水水质、治污促进节水的原则，突出调水工程需求、地方行政首长负责制的原则。治污规划总目标是确保输水干线的水质达到地表水环境质量Ⅲ类水标准，同时，受水区要加大污水处理和再利用，规划东线受水区污水处理率提高到2010年的74%、2030年的81%，污水处理再利用于城市工业和市政杂用，2010年38亿立方米，2030年60亿立方米。下面以2010年为目标年对东线治污目标进行说明。
（一）水质目标
2010年，南水北调东线工程输水干线规划区44个控制断面达地表水环境质量Ⅲ类标准，卫运河山东段、卫运河河北段、北排河等3个季节性河流断面COD控制在70毫克/升（其他指标按照农灌标准执行），保障回用水水质要求，污水不进入输水干线；江苏、山东、天津用水区槐泗河、小清河、天津市区用水段3个控制断面达地表水环境质量Ⅲ类标准；河南、安徽规划区淮河干流沫河口及入洪泽湖支流五河断面达地表水环境质量Ⅲ类标准，卫河河南段龙王庙断面2010年控制在70毫克/升（其他指标按照农灌标准执行），保障回用水水质要求，污水不进入输水干线。
（二）污染物总量控制目标
（1）2010年，安徽、河南、河北、天津COD排放总量控制在35.0万吨，削减率为23.9%；COD入输水干线量控制在2.7万吨，减少率为91.3%；氨氮排放总量控制在5.1万吨，削减率为42.7%；氨氮入输水干线量控制在0.3万吨，减少率为94.9%。
（2）2010年，全线COD排放总量从97.2万吨削减至54.7万吨、削减率为43.7%；COD入输水干渠量从67.1万吨削减至9.0万吨，减少率为86.6%；氨氮排放量从13.9万吨削减至7.1万吨，削减率为49.2%；氨氮入输水干渠量从9.6万吨削减至0.8万吨，减少率为91.1%。
二、治污规划分区
（一）规划范围
按照南水北调东线工程总体规划，治污规划范围覆盖对调水水质有影响的区域，治污规划区域包含6个省市（直辖市）、23个市（地级市）、105个县（县级市、县城和区），详见表1-11。
（二）规划分区
规划按南水北调输水线路、用水区域和相关水域的保护要求，划分为输水干线规划区，山东、天津用水规划区（含江苏泰州），河南、安徽规划区。
规划区域由3个规划区、8个控制区、53个控制单元组成，以控制单元作为规划污染治理方案和进行水质输入响应分析的基础单元。
输水干线规划区为输水主干渠所在区域，由淮河流域江苏控制区、淮河流域山东控制区、黄河流域山东控制区、海河流域河北控制区、海河流域山东控制区、海河流域天津控制区共6个控制区组成，包括新通扬运河、北澄子河、入江水道、淮河盱眙段、老汴河（濉河）、大运河淮阴段等47个控制单元（详见表1-12）。
山东、天津用水规划区为南水北调东线工程末端接用水区和胶东输水干线起始区接用水区，由淮河流域江苏控制区、黄河流域山东控制区、海河流域天津控制区共3个控制区组成，包括槐泗河、小清河、天津市区用水段等3个控制单元（详见表1-13）。
河南、安徽规划区为保护漳卫新河和洪泽湖水质的污染控制区，由淮河流域安徽控制区、海河流域河南控制区2个控制区组成，包括淮河干流、入洪泽湖支流、卫河河南段等3个控制单元（详见表1-14）。
三、规划重点控制区域
（一）水质敏感区
水质敏感区主要分布于南水北调东线输水干线规划区内骆马湖以北的28个控制单元：
（1）光府河、老运河、赵王河、梁济运河（李集）、梁济运河（邓楼）、城郭河、老运河（微山段）、卫运河河北段八个单元（有六项以上的水质指标超标）。
（2）洙水河、邳苍分洪道、泗河、泉河四个单元（五项水质指标超标）。
（3）不牢河、白马河、东鱼河、洙赵新河、大汶河、卫运河山东段、南运河山东段、南运河河北段八个单元（四项水质指标超标）。
（4）大运河邳州段、沛沿河、韩庄运河、峄城沙河、小运河-六五河-七一河、清凉江河北段（杨圈闸）、清凉江河北段（杨二庄）、马厂减河八个单元（三项水质指标超标）。
另外，河南、安徽规划区内卫运河河南段四项水质指标超标，也属于水质敏感区。
（二）污染控制重点区
输水干线规划区内，光府河、不牢河、大汶河、房亭河、东鱼河、洙赵新河、大运河淮阴段、城郭河、北排河、卫运河山东段、泗河、东平湖11个控制单元COD排放量为29万吨，占输水干线规划区排污总量的62%，为输水干线规划区污染控制重点区。
规划区内江苏、安徽、山东、河南、河北、天津各省市中，山东、河南省废水和污染物排放量最大。山东省废水排放量占全线的31.9%，COD排放量占全线的36.5%，氨氮排放量占全线的30.0%。
河南省废水、COD、氨氮排放量分别占全线的22.7%、24.0%、29.4%，因此，输水干线规划区，山东省是污染控制的重点，河南安徽规划区，河南省是污染控制的重点，抓住了山东和河南这两个省的污染治理，就抓住了南水北调东线50%以上的污染负荷和废水排放量。
四、治污措施
南水北调东线调水工程方案，划分为2008年、2013年两个时间段，规划2008年前应完成的项目，以山东、江苏治污项目为主，同时实施河北省工业治理项目；2009~2013年以黄河以北河南、河北、天津治污项目为主，同时实施安徽治污项目。东线一期工程的重点是南四湖，要求南四湖区域加大治污力度，确保环湖各区域污染物削减满足输水要求，一步到位。避免南四湖水质富营养化在5年内继续发展，使输水干线承受水质风险。
（一）全线重点控制工业和城市污染源，局部区域注意面污染源影响