关于直隶各省题本与各部院题本处理程序相异之处，兹分述如下：
１直隶各省题本须先送通政使司，各部院题本则系迳送司礼监（通政使司及司礼监均系代表皇帝收受题本）。
２直隶各省题本之票拟及批红极为简单，各部院题本之票拟及批红较为复杂。（通常，票拟简单，则批红亦简单，票拟冗长，则批红亦冗长）。
３直隶各省题本内阁票拟之处理意见多数仅具程序性，皇帝（或司礼监太监）批红后无需下达谕旨，指示处理方式。各部院题本内阁票拟之处理意见多数具实质性，皇帝（或司礼监太监）于批红后，常下达谕旨，指示处理方式。
４直隶各省题本之批红，多仅具程序性，故六科并无“封还执奏”之可能。各部院题本之批红，多具实质性，如有违失，六科得“封还执奏”。
明代题本制度与元代公文制度不同，司礼监、内阁与六科均系明代所创制，为元代所无，故明代题本制度实系明代所自创。明代题本制度缺点有二：
１直隶各省题本处理程序迂缓，须经两阶段处理程序，又容易泄密，行政效率低落。各部院题本虽仅有第二阶段处理程序，但其弊病亦同。
２直隶各省题本在第一阶段及第二阶段处理程序中，司礼监均有可能不发交内阁票拟，司礼监或“留中”不发，或以“中旨”迳行下达皇帝谕旨。各部院题本在第二阶段处理程序中，司礼监亦可能不发交内阁票拟。很明显的，司礼监太监处理题奏本章的权力大于内阁大学士。换言之，司礼监代表皇帝处理国家政务（含司法审判）的权力大于内阁。
又明代直隶各省题本及各部院题本，数量极为庞大。明太祖罢中书省、废宰相后，政归六部，六部直接向皇帝题奏，皇帝大权独揽。明太祖及明成祖精力旺盛，尚可亲自批览题本，鲜少假手他人。宣德以后，历朝皇帝均需假手司礼监太监处理数量庞大之题本，皇帝大权遂有时旁落于司礼监太监，发生宦官干政的重大弊病。
四内阁大学士等司法审判上的职权
（一）复核京师、直隶及各省案件
明代内阁之主体系内阁大学士。严格言之，“内阁即系内阁大学士，内阁大学士即系内阁。”内阁大学士人数自二三人至十余人，多寡不一，原则上均系个别行使职权。内阁票拟制度采“独票”时，内阁政务处理意见尚可一致。如采“分票”时，内阁大学士政务处理意见即难免有异有同。在有关司法审判题本之票拟上，也有这种情形。
内阁大学士对有关司法审判之题本，有票拟权。内阁大学士独票时，票拟之意见即系内阁之意见。内阁大学士分票时，票拟之意见仅系该内阁大学士之意见。惟无论独票或分票，内阁大学士对于有关司法审判之题本，得经由票拟，表示其处理意见。这些有关司法审判之题本包括直隶各省有关司法审判之题本，以及各部院有关司法审判之题本，换言之，内阁大学士经由票拟，得复核全国大多数司法案件。故冯元飙曰：“夫中外之责，孰大于票拟？有汉唐宰相之名，而更代天言。有国初顾问之荣，而兼隆位号。地亲势峻，言听志行。”
内阁大学士对三法司（或各部院）有关司法审判之题本，内阁大学士得依实际情形定拟出不同处理意见，或拟准，或拟驳，或拟以其他方式处理。
就司法审判而言，内阁大学士之票拟权，亦系司法审判权，票拟权使内阁大学士有权审核三法司（或各部院）所定拟之判决是否妥当或合法。除依票拟方式参与司法审判外，内阁大学士亦常以其他方式参与司法审判。
（二）奉旨会审京师死罪案件（即天顺以后之朝审案件）
内阁大学士既有票拟权，原则上即不应亲自审判案件。《万历野获篇》
虽曰：“虑囚虽大事，然刑部、大理寺乃专责也。朝审主以冢宰（指吏部），热审主以中官（指司礼监太监），已属侵越，若宰相则不问决狱，自古已然。”但事实上，历代宰相均得奉旨会审大狱（重大案件），惟不多见而已，明代内阁大学士亦同。
永乐十七年（１４１９），“令在外死罪重囚，悉赴京师审录。”此所谓“在外死罪重囚”系指直隶各省死罪人犯，明初常令此类人犯赴京师审录。此类人犯赴京师后，其死罪案件并入京师死罪案件处理。明仁宗洪熙元年（１４２５）冬十月戊子，“行在刑部尚书金纯、大理寺卿虞谦等奏：‘真犯重囚，子殴父母，诈为制书，伪造印信，及谋人杀、造意等罪，请及时决之。’上命会公、侯、伯、五府、六部堂上官、大学士及给事中审复可疑者再谳问，勿令含冤。自今决重囚，悉准此例。”这是明代大学士第一次会审会决京师重囚（指死罪人犯）。
明仁宗又曾“召学士杨士奇、杨荣、金幼孜至榻前，谕曰：‘比年法司之滥，朕岂不知？其所拟大逆不道，往往出于文致，先帝数切戒之。故死刑必四五复奏，而法司略不加意，甘为酷吏而不愧。自今审重囚，卿三人必往同谳。有冤抑者，虽细故必以闻。’洪熙元年以后，历宣德、正统、景泰及天顺等四朝四十年间，内阁大学士均依例奉旨会审京师死罪案件。至明宪宗“成化元年奏准，内阁不必会同审囚。”始罢此一制度。
上述会审京师重囚制度，天顺二年（１４５８）以后发展成为朝审制度。《大明会典》曰：“天顺二年，令每岁霜降后，该决重囚，三法司会多官审录，着为令。”《明史·刑法志》则曰：“天顺三年令每岁霜降后，三法司同公、侯、伯会审重囚，谓之朝审，历朝遂遵行之。”笔者认为，朝审制度应始于天顺二年。
明宪宗成化元年（１４６５）以后，历成化、弘治、正德及嘉靖等四朝一○二年间，内阁大学士不再会审京师死罪案件。惟嘉靖十六年（１５３７）四月辛酉，“武定侯郭勋、大学士李时、夏言，奉敕同三法司，会鞫重囚。”按此系特例，并非典章制度。明穆宗隆庆元年（１５６７），内阁大学士高拱复行会审京师死罪案件（此时会审京师重囚一事已称为朝审）。万历年间，内阁大学士亦曾多次参与朝审。
明代内阁大学士奉旨会审京师死罪案件（即朝审案件），并非典章制度所定，时有时无，全系出自皇帝特旨。宣德、正统、景泰及天顺等四朝四十年间，内阁大学士均依例奉旨会审，天顺二年开始，会审京师死罪案件一事，定制为朝审。七年之后，成化元年，内阁始不必会同审囚。按内阁大学士参与朝审，并无必要，因内阁大学士握有票拟权，本即有权审核内外衙门大多数司法案件，参与朝审本系多余。隆庆元年，内阁大学士复行参与朝审，隆庆、万历、泰昌、天启及崇祯五朝七十八年间，内阁大学士亦持续参与朝审。自宣德元年以后，内阁大学士会审京师死罪案件（即朝审案件）的时间长达一百一十八年。
（三）奉旨会审大狱（即重大案件）
历代均有丞相奉旨会审大狱之事，惟事例较少而已，明初未废丞相之前亦有此类事例。洪武九年（１３７６），空印案发，明太祖“览书大怒，下丞相、御史杂问，究使者。”洪武十三年罢中书省、废丞相后，内阁大学士奉旨会审大狱的情形并不多。这类大狱都是皇帝交议的重大政治案件，如宗藩谋反案、宦官谋逆案等。兹举例如下：
例一：正德十五年（１５２０）十二月己丑，“先是，有旨召皇亲、公、侯、驸马、伯、内阁、府部大臣、科道官，俱至通州议宸濠狱，于是列上其罪状，言宸濠大逆不道，宜正典刑。”
例二：崇祯二年（１６２９）三月，“时大治（魏）忠贤党，（韩）。。。 与李标、钱龙锡主之。列上二百六十二人，罪分六等，名曰：‘钦定逆案’，颁行天下。”
（韩、李、钱三人均系内阁大学士）当时明思宗特就本案下达上谕：“朕鉴察既审，特命内阁部院大臣，将发下祠颂红本，参以先后论劾奏章，胪列拥戴、谄附、建祠、称颂、赞导诸款，据律推情，再三订拟。”
上述第一例朱宸濠谋反案，系外省案件，内阁系奉旨会审大狱，仅系参与会审衙门之一而已，三法司仍系主要的司法审判机关。上述第二例魏忠贤谋逆案，系京师案件，内阁大学士三人共同主导会审，侵夺三法司的司法审判权，并非良好事例。上述二例均发生在正德以后，可见正德以后内阁大学士司法审判权大为扩张。
（四）皇帝最终裁决时提供有关司法审判之处理意见
有明一代，司法审判之最终裁决权始终掌握在皇帝手中。直隶各省案件或京师案件具题后，三法司定拟判决，奏闻皇帝发交内阁者，由内阁票拟处理意见，再由皇帝（或司礼监太监）批红，此项批红即为皇帝的最终裁决。
皇帝为最终裁决时，常向内阁大学士咨询，内阁大学士则适时提供有关司法审判之处理意见。提供处理意见是内阁大学士参与司法审判的重要方式，通常内阁大学士系各自向皇帝提供有关司法审判的处理意见。《典故纪闻》
载，隆庆初，礼部尚书高仪等言：
伏望皇上每日罢朝，即御文华殿，除内阁辅臣日侍讲读，自宜随朝入供事，其六部、都察院大臣，仍乞皇上不时召见。即将览过题奏，干系大赏罚、大黜陟、大典礼、大刑狱、大军机、大会计，与凡一切大政令，当斟酌详议者，特降清问，许部院官陈述始末，内阁辅臣即拟可否，皇上加以睿断，亲赐裁答。
《典故纪闻》所述大刑狱一事即系有关司法审判之重大案件。高仪认为国家政务（含司法审判）应由“内阁辅臣拟可否，皇上加以睿断。”内阁大学士得就三法司所拟判决是否合法及妥当，或就其他有关司法审判事项，提供处理意见。兹举例说明如下：
例一：嘉靖六年（１５２７）九月壬午，明世为因李福达白莲教案疑巡按御史马录审拟不公，拟亲鞫于廷。“大学士杨一清曰：‘天子之体与臣下不同，有司之职非人君宜与。今案牍具明，词证咸在，若仍令诸司虚心研审，则真情自得，何至上劳黼扆之尊，下亲狱讼之事哉！’上乃己，仍下廷臣会讯。”例二：万历二十四年（１５９６）十月甲戌，“大学士赵自皋等奏：‘御史曹学程系狱日久，……伏望皇上扩天地之量，垂父母之慈，俯察臣等所言，赤心无他，将曹学程罪从未减，重加谴罚，庶刑法允当，人情咸安。’不报。”（先是监察御史曹学程因事上疏，帝大怒，命斩，系狱。）
上述第一例是内阁大学士劝阻皇帝亲鞫大臣，上述第二例是内阁大学士力劝皇帝减轻大臣刑罚，均系有关司法审判事项。上述内阁大学士提供处理意见即系“献替可否”。
（第三节）司礼监
一序言
中国历史上，宦官干政之事，历代俱有，惟以有明一代为祸最烈。明代宦官干预政事（含司法审判），有皇帝的授权，与汉唐宦官干政情形迥不相同。明代宦官组织二十四衙门中，以司礼监最为尊贵紧要。司礼监与内阁共同协助皇帝处理政务，司礼监主***阁主外，两者都是皇帝的秘书机关。
明太祖建国之初，即禁止宦官干政。洪武二年（１３６９）八月己巳，定内侍官制，谕吏部曰：
朕观周礼，阍寺不及百人。后世多至数十，卒为大患。今虽未能复古，亦当为防微之计。此辈所事，不过供洒扫、给使令而已。若求善良，百无一二，用为耳目即耳目蔽，用为心腹则心腹病。驭之之道，但当使之畏法，不可使之有功。有功则骄恣，畏法则检束，自不为非也。洪武十年（１３７７）五月，有内侍以久侍内廷，言及政事。上即日斥遣归里，终身不齿。谕诸臣曰：“此辈曰在左右，其小忠小信，足以固结君心。及其久也，假窃威权，以干政事，遂至于不可抑。自古以此阶乱者多矣。今立法不许寺人干预朝政，决去之所以惩将来也。”旋令内臣不许读书识字。
洪武十七年（１３８４）铸铁牌，文曰：“内臣不得干预政事，犯者斩”，置宫门中。又敕诸司毋得与内官监文移往来。
明太祖崩殂后，“建文帝嗣位，御内臣益严，诏出外稍不法，许有司械闻。”“建文三年，燕王因兵屡败，不敢决意南下。无何，有以中官奉使侵暴为言者。帝诏所在有司系治。于是中官密遣人赴燕，具言京师空虚可取状，约为内应。”“及燕师逼江北，内臣多逃入其军，漏朝廷虚实。文皇以为忠于己，而狗儿辈复以军功得幸，即位后遂多所委任。”
明成祖虽云：“朕一遵太祖训，无御宝文书，即一军一民，中官不得擅调发。”惟永乐七年（１４０９）十一月，“令中官刺事。（此刺事之始）”永乐十八年（１４２０），“立东厂于东安门北，以内监掌之。（东厂始此）”《明史·宦官传》亦曰：“（永乐）十八年置东厂，令刺事。”“盖明世宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权，皆自永乐间始。”明太祖所定“宦官不得干政”之祖制，已全然被明成祖所破坏。
明太祖为防止宦官干政，曾于洪武十年令内臣不许读书识字。惟此项祖制亦为明宣宗所废。明宣宗宣德元年（１４２６）七月，“始立内书堂，改刑部主事刘翀为翰林修撰，专授小内使书。其后大学士陈山，修撰朱祚俱专是职。选内使年十岁上下者二三百人，读书其中。后增至四、五百人，翰林官四人教习，以为常。（此通文墨之始）”瑏瑠宦官既通文墨，如果又受皇帝信任授权，为皇帝分忧解劳，处理章奏，代为批朱，明代宦官干政之势已成。
明代宦官干政的根本原因是明太祖“罢中书省，废宰相，由皇帝直接统领六部，处理国家政务。但国家政务繁剧，各部院及各省每日具题之题本数量高达二三百本以上。在洪武及永乐时期，已开始进用翰林学士数人，票拟内外章奏，呈皇帝裁决。此即所谓“票拟”。宣德以后，历朝皇帝不如太祖及成祖之勤政。内阁票拟之后，亦鲜少亲批，大多委由司礼监代为批红，即委由司礼监太监以朱笔批于章奏之上。司礼监太监因取得代皇帝批红之权，遂成为皇帝以外最有权力之人。”
明代宣德年间，宦官即取得批朱权，其权力已大于内阁大学士，明宣宗颇信任宦官，司礼监太监大受亲信，“赐王瑾、金英印记，则与诸密勿大臣同。
赐金英、范弘等免死诏，则又无异勋臣之铁券也。”明宣宗朝之金英，明英宗朝之王振，明宪宗朝之怀恩，明武宗朝之刘瑾，明熹宗朝之魏忠贤，均为司礼监太监。
关于司礼监太监与内阁大学士之关系，黄宗羲论曰：
或谓后之入阁办事，无宰相之名，有宰相之实也。曰：不然。入阁办事者，职在批答，犹开府之书记。其事既轻，而批答之意又必自内授之而后拟之，可谓有其实乎。吾以谓有宰相之实者，今之宫奴也。盖大权不能无所寄，彼宫奴者，见宰相之政事坠地不收，从而设为科条，增其职掌，生杀予夺出自宰相者，次第而尽归焉。有明之阁下，贤者贷其残膏剩馥，不贤者假其喜笑怒骂。道路传之，国史书之，则以为其人之相业矣。故使宫奴有宰相之实，则罢丞相之过也。
又曰：
奄宦之祸，历汉唐宋而相寻而已，然未有若有明之烈也。汉唐宋有干与朝政之奄宦，无奉行奄宦之朝政。今夫宰相、六部，朝政所自出也，而本章之批答，先有口传，后有票拟；天下之财赋，先内库，而后太仓；天下之刑狱，先东厂，而后法司；其他无不皆然。则是宰相六部为奄宦奉行之1而已。
二司礼监的设置沿革与组织
明太祖建国之初，并未设置司礼监。《明史·职官志》曰：“初，吴元年置内史监，设监令（正四品），丞（正五品），奉御（从五品），内史（正七品），典簿（正八品）。皇门官设皇门使（正五品），副（从五品）。后改置内使监、御用监，各设令一人（正三品），丞二人（从三品），奉御（正六品），典簿（正七品）。”洪武十七年（１３８４）更定内官诸监、库、局品职，始设司礼监。“司礼监，设令一人（正七品），丞一人（从七品）彼时司礼监之长官称为“令”，而非“太监”。
据《春明梦余录》载，司礼监之职掌为“掌宫廷礼仪，凡正旦、冬至等节，命妇朝等礼，则掌其班位、仪注，及纠察内官人1违犯礼法者。”又据《弇山堂别集》载：“掌冠婚丧祭礼仪制帛与御前勘合，赏赐笔墨书画并长随、当差、内使人等出门马牌等事，及督光禄司供应诸筵宴之事。”