人祸、天灾，造成了元末的经济残破，民不聊生。但元朝统治者却仍然醉生梦死地过着奢侈淫逸的生活。广大劳动人民已经无法再照旧生活下去了，于是民怨沸腾。当时，人们往往借用一些自然现象，编造出短小生动的民谣来表达自己的政治心愿。像河北民谣：“塔儿黑，北人做主南是客；塔儿红，朱衣人做主人公。”在河南有民谣：“天雨线，民起怨，中原地，事必变。”这些民谣，很明显是反对元朝统治的，它符合当时广大人民的愿望，所以出现以后，就广为流传，鼓舞人心。浙江温州和台州地区的人民，由于受不了地主阶级和元朝统治者的残酷压迫和剥削，直接在村边竖起造反的大旗，旗上写着：“天高皇帝远，民少相公多；一日三遍打，不反待若何！”这已经成为全国人民的一个共同的愿望。
（一）龙凤政权的建立
元末红巾军大起义，最初的组织者和领导者是韩山童和刘福通。他们是利用宣传白莲教进行组织活动的。
白莲教又称白莲会，它是自东汉以来，在各个历史时期中不断吸收佛教、道教某些教派的教义，最后与摩尼教合流而成的。南宋时候出现了白莲教这个名称，到了元代流传更盛。由于流传地区和师承不同，他们分成了若干支派。起初，元朝政府曾明令保护白莲教，随着阶级斗争的深入，元朝政府害怕白莲教被群众利用，便加以取缔。但白莲教仍在民间流行。韩山童是北方白莲教的首领之一。他的祖父是白莲教主，被元朝政府以“烧香惑众”的罪名驱逐到永年（今河北邯郸市东北）。到韩山童时，秘密结社有了很大发展，白莲教的活动十分活跃。韩山童、刘福通就利用它作为发动群众的工具，为起义做准备。刘福通宣称韩山童是宋徽宗的八代孙，河南和江淮的人们都相信，贫苦农民中相信的人也很多，都随着他们去参加起义。
元朝末年，水旱灾害不断发生。至正四年（1344年），黄河三次决口，洪水淹没了很多州府，出现了大量的饥民。到至正十一年（1351年）四月，元朝政府任命工部尚书贾鲁为总治河防使，强迫征求十五万的民夫修治黄河，又以两万士兵作为监工，更加加重了灾区人民的负担。而治河官又贪污、克扣治河的钱财，要治河的民工自己带干粮，激起了民工的极大不满。韩山童、刘福通等人抓住了这一机会，在民工中宣扬“弥勒佛下生”“明王出世”，天下就要大乱。一天，民工们突然挖出了一个石头刻的人。这个石人长得很特别，只有一只眼睛，更奇怪的是，背部竟然刻着一行字：“莫道石人一只眼，此物一出天下反！”民工们奔走相告，这个消息就像长上了翅膀一样，很快传遍了黄河两岸，人们认为这是老天爷叫他们起来造反。他们本来早就想反抗元朝，现在竟然天意也叫他们造反，这个时候不造反更待何时？正当韩山童在河北永年准备起义的时候，有人走漏了消息，韩山童被杀。他的妻子和儿子韩林儿逃到武安山避难。刘福通聚集了部分起义群众组织农民起义军，并且出其不意，在这年的五月迅速攻占了颍州，占领了元朝囤粮的地点，获得了大批粮食，散发给贫苦农民，壮大了起义队伍。接着又攻下了罗山、上蔡、真阳、确山。到了九月又攻下了汝宁府和光、息等县。起义军每到一地，便杀掉元朝的贪官，开仓救济贫民，对百姓不杀不淫，毫不侵犯，因此得到了人民的热烈拥护，队伍迅速发展到十多万人。
起义军因为都头包红布，所以叫做红巾军。又因为这些起义军多数信仰白莲教和弥勒教，烧香拜佛，因此又叫做香军。红巾军是元末农民大起义的主力和中坚力量，人数最多，组织也最严密，贡献最大，因而元末农民大起义又叫做红巾军起义。
红巾军占领颍州之后，元朝廷派枢密院同知（主管军事的中央机构的副长官）赫斯虎赤率领六千名阿速军（由色目人中的阿速人组成）和各路汉军前去镇压。阿速军原来以精悍出名，特别善于骑马、射箭，但这个时候他们过惯了舒适的生活，只知道乘机抢掠，早就丧失了战斗力，而赫斯虎赤等人只顾自己喝酒，寻欢作乐，根本没有心思去打仗。当赫斯虎赤率领兵马和红巾军对峙的时候，看见红巾军人多势众，就吓得连连扬鞭高呼：“阿布（跑）！阿布！”并带头一溜烟地逃跑了。主将一逃，士兵们也纷纷溃散。元顺帝为了消除红巾军这个心腹大患，九月，派御史大夫（中央监察机构的长官）兼知枢密院事（枢密院长官）也先帖木儿和卫王宽彻哥率领卫兵十几万人前往镇压；1352年2月，又增派逯鲁曾、月阔察儿、赫斯虎赤等军。1351年12月，也先帖木儿攻陷了上蔡（今属河南），起义军最早的领导人之一韩咬儿不幸被捕牺牲。1352年3月，元军打下汝宁，元将巩卜班率数万侍卫和蒙汉军驻在汝宁沙河岸，他们为暂时的胜利所陶醉，日夜饮酒作乐。刘福通乘他们不备，偷袭元营，巩卜班被打死，元军溃散。同时，逯鲁曾、月阔察儿、赫斯虎赤三路会攻徐州，受红巾军截击，也相继溃散。巩卜班的下场使也先帖木儿及其部下吓破了胆，他们日夜提心吊胆、疑神疑鬼。有一天晚上，士兵突然叫起来，也先帖木儿以为刘福通又来偷袭了，吓得丢弃军姿粮草，立刻上马逃命，几万人的大军直奔向汴梁逃窜。闰三月，也先帖木儿逃到朱仙镇，元顺帝听说后，一气之下把也先帖木儿撤职查办。可见元朝军队的腐败与无能。
刘福通的农民起义军几次打退了元朝军队的进攻，队伍得到了壮大，立足点稳固下来。至正十五年（1355年）二月，刘福通找到了韩林儿，把他迎到了亳州，立为皇帝，号小明王，国号大宋，建元龙凤。又以林儿的母亲杨氏为皇太后，杜遵道、盛文郁、罗文素为平章政事，刘福通的弟弟刘六知为枢密院院事，于是和元朝相对立的农民政权比较完备地建立起来了。
（二）天完政权的建立
在刘福通领导的汝、颖红巾军的影响下，原在袁州发动过起义的彭莹玉，在至正十一年（1351年）八月，又与徐寿辉、邹普胜在蕲州发动起义。后来因为家乡有疾疫的发生，彭莹玉以清泉的水为人民治病，患病的人都被治愈了，把他奉为神一样看待。袁州起义失败之后，他就逃避到淮西，淮西的人民争先庇护他。徐寿辉，蕲州罗田县人，以前是一个卖布的。邹普胜是黄州麻城人，之前是一个铁工，自从彭莹玉在袁州起义失败后，他继续宣传“弥勒佛下生，当为世主”的造反舆论。于是，他们共同推选徐寿辉为首领，聚集群众进行起义，以洪金为号令。他们起义后的第二个月，就占领了蕲水县以及黄州路。十月的时候，徐寿辉以蕲水为都城称帝，国号天完，建立治平政权，以邹普胜为太师。当时南方人民在元朝政府和地主阶级压迫剥削下，都知道形势有所变化，所以徐寿辉所到的各个地方，都得到了人民的拥护，发展很迅速。所以起义不到半年，在至正十二年（1352年）正月，就攻占了湖广行省的首府武昌，接着起义军又分几路向外扩展。起义军所到的地方，元朝的官军大多不能够与他们进行抗衡，狼狈逃跑。而广大贫苦农民则纷纷参加起义军，至正十二年（1352年）三月，徐寿辉的起义军到达江西饶州地区的时候，就有几万人参加了起义军，声势十分浩大。起义军纪律严明，至元十二年（1352年）七月，攻下杭州的时候，不杀不淫，也不强制人民去当兵，只是把投降的人记在名单上。但是对于从元朝政府搜刮来的政府财物，加以没收，深受杭州人民的拥护。而元朝的官员，当起义军进城的时候，狼狈逃窜，等到起义军退走的时候，却又耀武扬威地进入杭州，焚烧城池，残暴不堪。
徐寿辉所领导的红巾军，还推行了剥夺富家、救济贫民的政策。至元十二年（1352年），江西宜黄一路涂佑所率的起义军进入了福建，和另一支起义军共同攻占了邵武，他们提出了“摧富益贫”的口号，号召人们起来造反。他们没收地主阶级的财物来救济贫民，有的地主逃跑了，起义军就跟踪到山谷中去搜索。“摧富益民”的政策受到贫苦人民的热烈拥护，十多天之内就聚集了几万的群众。
面对着农民起义军杀掠有钱人的威胁，地主阶级自然不会放弃自己的阶级利益，他们要做拼死的挣扎，不少地主分子纷纷组织反动的地主武装来反抗农民起义军，如江西、四川、徽州等地区，他们对农民起义军的冲击非常大。元朝政府认识到地主武装可以利用，因此，竭力扩充所谓的“民兵”或者“义兵”。这些地主武装在当时成为农民起义军的死敌，而对于元朝政府来说，在官军不堪一击的情况下，他们又成为了延长生命的兴奋剂。
在元末农民大起义的初级阶段，徐寿辉等人所领导的蕲黄红巾军，起了极为重要的作用，他们发展得很快，声势也很大。因此，当时元朝的军事重点就放在对付蕲黄的红巾军上。至正十二年（1352年），元朝政府任命四川行省派兵向东进攻荆襄地区，命令江西行省派兵守住江东西关隘，对蕲黄红巾军形成了围剿的态势。这些部队在元朝军队中是比较能够作战的，大多是通过招募民兵的形式组织起来的。
徐寿辉领导的红巾军起义之后，开始进行得比较顺利，但是后来由于遇到了地主武装和元朝军队的抵抗，双方展开了激烈的争夺战，在湖广、江西、江浙等一些战略要地，进行了反复的争夺，战斗打得十分激烈。起义军重要的首领彭莹玉和项普都在战斗中牺牲。到了至正十三年（1353年）五月，元军由信州和徽州两路进军攻陷了饶州后，就逐渐地向蕲水逼近。六月，攻陷了蕲水西北方的安陆。七月湖北行省的参知政事攻陷了武昌及汉阳。之后，江西的左丞攻陷了蕲水正南方的瑞州。元军从四面八方进逼，终于在至正十三年（1353年）十二月，元朝政府会和军队，攻陷了蕲水。起义军遭到了失败之后，退避到了新的地区，坚持斗争。
元军对蕲黄红巾军的围剿，到至元十三年（1353年）十二月攻陷蕲水为顶点，以后元军没有能组织更大的军事力量来消灭他们。这是因为当时在高邮的张士诚，在至正十四年（1354年）正月自称为诚王，国号大周。在这个时候汝颖的红巾军也在同年五月进攻庐州。这两处起义部队的行动，支援了蕲黄红巾军，使元朝政府不得不把注意力转向两淮地区。元朝政府在至正十四年（1354年）二月，命湖广行省平章政事为淮南行省平章政事，进攻高邮。又把答失八都鲁、阿儿灰等部军队调来汝宁和庐州。到至正十四年（1354年）十二月，张士诚在高邮城下打败元军。徐寿辉领导的蕲黄红巾军在这一胜利形势的鼓舞下，再次兴起，大举出击。后来徐寿辉的部将又攻下了襄阳、中兴路、武昌、汉阳、饶州等地。到至正十七年（1357年）的时候，又攻下了巴蜀地区。天完政权又重新壮大了起来，在中央设有丞相、平章等官职，以倪文俊为丞相，并且设有中书省和六部。在军制方面，设立统军元帅府管理军队，在地方设有行省等等，一系列管理的措施都实行了。
（三）李二、赵均用、彭大红巾军起义
刘福通在颍州发动起义后，各地人民群众都深受鼓舞，纷纷起兵响应。北方地区主要有“芝麻李”在徐州起义，声势较为浩大。
芝麻李原名李二，是邳州（现属江苏省）人。黄河泛滥之后，他的家乡发生了饥荒，他虽然财产不多，但也慷慨地把仅有的一仓芝麻拿出来救济饥民，因此名声很大，大家都亲切地叫他“芝麻李”。刘福通起义后，芝麻李认为元朝不久就要灭亡，于是便和邻居赵均用商量说：“如今朝廷不顾百姓的死活，强迫修治黄河，弄得大家贫困不堪，没有活路。我听说颍州有个香军起义，官府拿他没有办法。作为一个男子汉大丈夫，生在当今，就应该有一番作为。”赵均用同意他的看法。赵均用是当地的一个社长，人们都比较熟悉，说：“据我所知，樵夫彭大，勇悍而有胆略，没有他，是不能起兵的。我愿意替你去请他。”说完，赵均用便去找彭大，一进他家门，只看见彭大正在磨斧。赵均用问：“你磨斧做什么？”彭大说：“我天天等待官府的救济，到如今一点也没有，只好磨斧去砍柴，进城换点米渡过饥荒。”说完叹气道：“官府实在信不得！”赵均用一听，马上接着说：“你如果能够和我一起起义，我们就不再受官府的压迫，就能够过上好生活。”于是，芝麻李、赵均用、彭大等八个人，歃血为盟，并仔细商量了起义的计划。
至正十一年（1351年）八月十日，他们八个人分成了两组：一组四个人化装成治河的民工，进入了徐州城；另一组四个人留在了城外。到半夜四更的时候，城里面的四个人点起火，呐喊起来，城外的四人也点起四把火，大声呼喊。静悄悄的城里立刻大乱，城里的四人乘乱夺取了守城官兵的武器，乱杀乱砍，并打开了城门，让城外四人进来。城里的元军受到这个突然的袭击，各个都手足无措，只好乖乖地从命。芝麻李等只用八个人，就夺取了徐州城。第二日天亮之后，他们招募百姓参加起义军。队伍很快就发展到十万人，连续攻下徐州附近的州县和安徽境内不少地方。
同时起义的还有布王三，他原名王权，是一个布贩子，所以人们叫他“布王三”。他联合张椿等人占领了邓州、南阳，叫做“北锁红军”。孟海马，叫做“南锁红军”，攻陷了房、归、均、峡、荆门等州。
当时，元朝几次派兵镇压刘福通都遭到惨败，以后就改变策略，重点进攻刘福通的两侧，就是芝麻李和布王三、孟海马领导的红巾军。
元朝派逯鲁曾到徐州镇压芝麻李，由于兵力不足，他招募了两淮的三万盐丁，组成了一支“黄军”，包围了徐州城。这时脱脱看到徐州唾手可得，为了争得战功，也亲自率兵攻打徐州。后来徐州城破，元军进行了惨无人道的大屠杀，“芝麻李”不幸被捕，光荣牺牲。他领导的红巾军虽然受到挫折，但其他各支起义军仍如火如荼地发展着。