倭寇惯用重箭、长枪和倭刀作战，浙闽沿海又多山陵沼泽，道路崎岖，大部队兵力不易展开，而倭寇又善于设伏，好短兵相接。戚继光针对南方水乡地形和倭寇作战特点，创造了攻防兼宜的“鸳鸯阵”，以12人为一队，长短兵器配合，因地制宜，随时变换队形，灵活作战，在浙江九战皆捷，沉重地打击了倭寇。在戚家军的沉重打击下，到嘉靖四十五年（1566年）时，窜扰我国东南沿海的倭寇基本被肃清了。
明世宗迷信方术，经常吞服道士炼制的丹药。方士说用每天早晨的露水炼丹，效果最好，可以使人长生不老。于是，明世宗命令许多宫女清早为他去采露水，采露非常辛苦，久之，宫女们实在忍受不了，决定杀死明世宗。嘉靖二十二年（1543年）一天深夜，以杨金英为首的宫女趁明世宗熟睡之时，潜入他的寝宫，用黄绫勒住他的脖子，企图把他勒死。因为过于紧张，她们将绳子系成了死扣，怎么收也收不紧。这时，有人发现，跑出去报告皇后，皇后马上领人来救驾。杨金英等人全部被捕，几天后被凌迟处死。这件事史称“壬寅宫变”。
明世宗大难不死，被吓得失魂落魄，从此躲在西苑设醺炼丹，二十余年不敢再回大内，置朝政于不顾，使贪赃枉法的首辅严嵩横行近二十年。
明世宗一朝，在文官中，有一位最不爱钱的，那就是我国历史上有名的大清官海瑞。
海瑞是明代著名政治家，于明世宗嘉靖二十八年（1549年）考中举人。
海瑞做官后屡平冤假错案，打击贪官污吏，两袖清风，爱民如子，因而深得民心。他见明世宗深居西苑，不理朝政，便上书说：“陛下一心一意学道修行，花尽民脂民膏，二十余年不上朝听政。数年来官吏贪污横行，欺压百姓，百姓已经无法生活了。请陛下看看今日的天下还成什么样子？对于陛下的错误，大臣们只知阿谀奉承，没有一个人肯为陛下指出。这是欺君之罪啊！天下是陛下的家，陛下连家都不顾了，这合乎人情吗？陛下的失误太多，但其中最大的失误是修道。修道的目的是为了长生不老。这是小人制造荒唐离奇的事来欺骗陛下。陛下企图脱离世间，成仙飞升，这是枉费精神，捕风捉影，只能劳苦一辈子，一无所成。大臣怕陛下治罪而不敢说真话，臣却抑止不住心中的愤恨，冒死进言，希望陛下听取，早日上朝，改革朝政，救救百姓。”
因为明世宗常杀向他进谏的大臣，所以海瑞在进谏之前准备好了一口大棺材备用，还和妻子做了诀别。
明世宗读罢海瑞的奏章，勃然大怒，把奏章扔在地上，对左右吼道：“快把海瑞抓起来，不要让他跑了。”宦官黄锦对明世宗说：“这个人是不会跑的。听说他上书前，知道冒犯皇上必死，已经买好了一口棺材，还和妻子诀别了。”
明世宗将海瑞关进监狱后，越想越气，要杀海瑞。这时，宰相徐阶上前用几句话救了海瑞。他是这样说的：“陛下，听说海瑞在上书之前，已经买好了棺材。他明知会触怒皇上，还敢如此大逆不道，其用心何其歹毒啊！此人的目的十分明显，他这是要激怒陛下，好以死求名。陛下如果杀了他，岂不正中了他的圈套！”明世宗一边听一边点头，心想：“是的，我是一位英明的皇帝，怎能让一个小小的六品主事给骗了呢？”
就这样，海瑞的命保住了，继续在监狱住了下去。
第二年，即嘉靖四十五年，明世宗死于乾清宫。
（三）明穆宗
明穆宗朱载垕是明世宗第三子，明世宗病逝后继位，是明朝第十二位皇帝，在位六年，在历史的长河中犹如昙花一现。
明穆宗的母亲杜康妃失宠，明穆宗很少得到父爱，刚满16岁便到封地开始了独立生活，在裕王邸生活了13年，对民间疾苦，对国家积弊，对严嵩乱政，对内忧外患有清楚的认识，这对他登基后的大胆改革有很大的影响。由于他的两位长兄先后早死，他才成了储君。
明穆宗继位后，改年号为隆庆。在高拱、陈以勤、张居正等大臣的辅佐下，实行了一系列的改革。
明穆宗封为裕王时，明世宗被方士所惑，相信“二龙不相见”的胡说八道，十几年未与朱载垕相见。对方士欺君乱国和浪费民脂民膏的罪行，明穆宗恨之入骨，一上台就毫不手软地处死了这些国贼，如王今、刘文斌等。
接着，明穆宗平反冤狱，宣布自正德十六年（1521年）至嘉靖四十五年（1566年）十二月以前，因进谏获罪的大臣凡活着的全部复官，已死的存恤其后人。
于是，因直谏被明世宗关在监狱里的海瑞也获释出狱，官复原职了。
明代中后期，地主兼并土地的现象十分普遍。他们与官府勾结，不交税，不服役，给老百姓增加了沉重的赋役负担。百姓要多交税，多服役，受尽盘剥，苦不堪言。
海瑞出狱后，不久便升任右佥都御史，管理应天十府。应天十府包括现在江苏、安徽两省大部分地区。
海瑞上任后，不顾大地主反对，重新丈量土地，规定按实有土地面积缴纳田赋，田多多纳，田少少纳，无田不纳。他还强令大地主退田，解决土地兼并问题。海瑞的这种做法虽然遭到大地主的强烈反对，但深得民心。
巧的是，这一地区最大的地主正是曾救过海瑞的徐阶。徐阶退休还乡后，纵容儿子强夺民田，肆无忌惮地兼并土地，弄得民怨沸腾。
海瑞命令大地主退田时，徐阶的儿子十分忧虑。徐阶笑了笑说：“我救过海瑞的命，他不会不照顾我的。”
海瑞为了推动退田，为了国家大计，他刚正不阿，公事公办，不顾情面，勒令徐阶退田，并将他的儿子制裁了。其他大地主见海瑞连恩人也不放过，都纷纷退田，土地集中的现象得以缓解。
由于交税和服役的人多了，百姓的负担减轻了。这样，海瑞救了好多百姓的命，使他们免于饥饿劳累而死。
当初，要不是徐阶在朝上挺身而出，力救海瑞，海瑞早就死了。因此，海瑞对徐阶一直心存感激之情。这次，海瑞以国事为重，不顾私恩，一般人是做不到的。正因为海瑞是个大公无私的人，所以才能不偏袒，不徇私。
不久，海瑞升任大理寺丞，负责法律。海瑞见明穆宗明辨是非，知人善任，更加卖力。他杀贪官，除恶霸，赢得了百姓的交口称赞。
明穆宗罢除一切斋醮，撤了西苑内的高玄殿、国明阁、玉熙宫等处为斋醮所立的匾额，停止因斋醮而开征的杂税和加派的织造、采买。
明穆宗整顿吏治，加强对官吏的考核，过去不予考核的王府官员也在考核之列。廉政官员受到奖赏和提拔，贪官污吏则罢官治罪。
明穆宗采取恤商与开关政策，减轻商人的负担。过去，明朝曾多次颁布禁止百姓私自下海的命令，明穆宗大开关禁，使海外贸易蓬勃地发展起来。
明穆宗加强训练军队，巩固边防。缓解与北方蒙古族的矛盾，开展互市贸易，使北方汉、蒙百姓有了安定的生活环境。
明穆宗隆庆四年（1570年），蒙古鞑靼部落首领俺答的孙子把汉那吉因家庭纠纷投奔明朝，俺答率大军到明朝边界要人，时任宣府大同总督的王崇古关闭城门，坚守不出，双方没有爆发大规模的战斗。随后，在内阁大学士高拱和张居正的策划与安排下，明朝派使者与俺答谈判，最终用把汉那吉交换了背叛明朝投奔鞑靼十余年的汉奸赵全，事件得以和平解决。
在这次事件中，明朝与鞑靼双方通过沟通增进了彼此间的了解，俺答再次提出进贡和互市。在高拱和张居正的斡旋下，明朝与鞑靼达成和议，明朝封俺答为顺义王，同时双方在边境地区开展互市贸易。隆庆和议的达成加强了汉蒙两族人民的团结，此后近百年中，双方再未爆发大规模的战争。
明穆宗以身作则，一改皇室奢侈的作风。他在生活上一切从简，粗衣素食，起了很大的表率作用。百官争相效仿，以致节俭成风，大大减轻了百姓的负担。
隆庆六年（1572年）四月二十五日春天，明穆宗病危，召高拱、张居正及高仪三人为顾命大臣。第二天，病逝于乾清宫。
（四）明神宗
明神宗朱翊钧是明朝第十三位皇帝，是明穆宗第三子，10岁继位，次年改元万历。在位四十八年，是明朝在位时间最长的皇帝。
明世宗死后，明穆宗继位，张居正因才能出众受到明穆宗的宠信。明穆宗在位六年后死去，临死前命张居正等三人为辅政大臣。
张居正字叔大，明世宗嘉靖四年（1525年）生于江陵。张居正自幼聪明绝伦，嘉靖二十六年（1547年）考中进士。张居正眉清目秀，胡须至腹；勇于任事，以天下为己任。
明神宗继位后不久，张居正成了首辅。张居正根据明穆宗的嘱托，像老师教学生一样循循善诱地辅导年仅10岁的明神宗。张居正编了一本图文并茂的历史故事书，名为《帝鉴图说》，每天给明神宗讲解。
张居正对明神宗的教育十分严格，明神宗把张居正当做严师，既敬他，又惧他。在太后和大宦官冯保的支持下，朝中大事全由张居正作主。张居正掌握实权后，大刀阔斧地在军事、政治、经济几方面进行了整顿。
在张居正的努力下，腐败的明朝政治有了转机。国家粮仓堆满了粮食，足够十年之用。国库中也堆满了白银，花也花不完。
由于张居正的改革触犯了贵族的利益，这些人对张居正恨之入骨。
明神宗万历十年（1582年），张居正因病去世。
明神宗亲政后，一向对张居正改革不满的大臣纷纷攻击张居正和支持他的大太监冯保。昏君明神宗深信他们的谗言，把张居正生前的官爵全部撤掉，还抄了冯保的家，抄出好多白银和各种奇珍异宝。明神宗以为张居正执政十年，家中的白银和奇珍异宝也一定不会少。出于贪心，他竟下令抄了恩师兼贤相张居正的家。明神宗借口追赃，使张居正的儿孙十多人被关在屋子里活活饿死，大儿子被拷打后自缢而死。
明神宗废除了张居正的所有改革措施，刚有一点转机的明王朝又衰落了。
明神宗十分好色，在民间大选嫔妃，还玩弄小太监。当时宫中有10个长得很俊的小太监，就是供他发泄兽欲的，号称“十俊”。
明神宗极其贪财，将冯保、张居正的家产全部搬入宫中，归自己支配。挥霍光了之后，为了掠夺钱财，又派出矿监、税监到全国各地搜括钱财，搞得民变四起，天下大乱。
明神宗不理朝政，不管江山社稷，只顾自己享乐，沉湎酒色，导致经济凋敝，武备不修。
贤臣张居正的改革虽长达十年，但在历史长河中仅如昙花一现，就被昏君明神宗断送了。
明万历四十四年（1616年），女真酋长努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁省新宾县）自称可汗，建立了后金政权。
两年后，努尔哈赤率军进攻明朝，在萨尔浒一战中歼灭了十万明军。从此，明朝军队丧失了优势，从而注定了明朝灭亡的结局。因此，历史学家说：“明之亡，实亡于神宗。”