明万历六年（1578年），《本草纲目》写成了。从开始编著时算起，已有二十七个年头，这时的李时珍已是一位60岁的老人了。
在这二十七年中，他阅读了近千种的著作，走了上万里的路，倾听了无数人的意见，经过持之以恒的努力，最终完成了这部著作。
《本草纲目》写成之后，李时珍为了这部书的出版，费劲了周折。
那时候，请人刻字印行是需要花许多钱的，清贫的李时珍根本就无力刊行。当时的一些出版商，面对近二百万字的书稿，又考虑到需要绘图制版等复杂的技术，心中就没了把握。于是书稿便无人敢接受。
《本草纲目》的出版虽然遇到困难，但却已被广泛地传开。不少有识之士通过各种途径告知李时珍，想办法请文坛巨匠王世贞为之作序，希望借其声望使《本草纲目》引起重视。
王世贞是当时赫赫有名的文学大家，独主文坛二十年，极负盛名。1580年，王世贞被朝廷免职家居南京太仓县。于是，李时珍于当年秋季由蕲州乘船顺江东下，经过几十天的长途跋涉，终于在九月九日到达南京太仓县，并在弇山园拜会了这位文坛领袖。
见到王世贞后，李时珍说明求序之意，并力说《本草纲目》编著的重大现实意义。可是，此时的王世贞正迷恋于道家养生成仙之术，对李时珍的恳切之言不屑一顾。相反，对于李时珍在《本草纲目》中对道教方士进行的批判和驳斥特别反感，加上李时珍刚到太仓时正赶上昙阳子升天，道教方士云集于此，王世贞正在其列。所谓昙阳子，本是太仓御职侍郎王锡爵的一个女儿，因为寡居抑郁而精神失常，平日常讲些道书上的话。这样的人物却被太仓的一批士大夫当做神仙来大肆宣传，有些士大夫还成了她的弟子，王世贞就是其中之一。重阳节那天，昙阳子死了，几乎全太仓的官僚士绅都集合起来为他们的仙师举行龛葬仪式。李时珍认为昙阳子所说的都是虚妄之语，并力劝王世贞不要迷信，以免误伤身体甚至生命。王世贞不仅不听劝告，反而与李时珍发生争执。这时的王世贞宁可为昙阳子作传，也不想给《本草纲目》作序。
李时珍见无法求得王世贞为其作序，心情十分沉重。为了不使毕生心血付之东流，李时珍在南京开始悬壶行医。当时南京是五方杂居文人荟萃之地，又是明代出版业的中心，书商经营规模颇大，刻本技术精良。李时珍充分利用空余时间，寻找出版商协商刻印，并与当时金陵出版商胡承龙有过接触。虽然未有书商愿意承担起这样一部鸿篇巨制的刻印工作，但其卓越的医名在南京不胫而走。加之李时珍曾在朝廷太医院工作过，更使不少官府人员求治于他。李时珍充分利用各次机会宣传刻印《本草纲目》的重要性，同时还利用治病救人的机会批评沉迷道教成仙之术的民众和官绅。
1589年，王世贞再度被朝廷起用，任南京刑部尚书。上任后的王世贞，已耳闻朝野内外不时地议论曾求序于他的李时珍“千里就药于门，立活不取值”的高尚品德。他利用自己的社会地位得到了民间传抄的《本草纲目》部分卷本，开始细心研读，并根据自己几十年来因信奉道教方士成仙之术而导致身患难言之疾的切身体会，深感李时珍《本草纲目》中所言此乃“帝王之秘录，臣民之重宝”的正确与可信。于是，特托人请李时珍给自己治病。
次年，李时珍再次来到王世贞的太仓县弇山园。这次相见，李时珍不仅为王世贞治好了因迷恋道教方士之仙术给身体造成的祸患，而且还感动了王世贞。当李时珍再次请求他作序时，王世贞欣然应允，并挽留李时珍在弇山园多住几天。在这短短的几天里，这两位年过花甲的老人谈得十分投机。一位是文坛巨匠，一位是盖世名医，虽然他们各自奋斗的事业不同，但此时对待科学和真理的态度却是严肃认真的。
王世贞看完《本草纲目》后赞叹不已，称此书：“薄而不繁，详而有要，综核究竟，直窥渊海。兹岂仅以医书觏哉？实性理之精微，格物之通典。帝王之秘录，臣民之重宝。”经过历史的验证，王世贞的评语是恰如其分的。王世贞还写道：“予窥其人，晬然貌也，癯然身也，津津然谈议也，真北斗以南一人。解其装，无长物，有《本草纲目》数十卷。”此语既是对李时珍献身医学事业的由衷评价，也是对他高尚情操的真实写照。
就在王世贞给《本草纲目》作序的这年，即1590年，南京著名书商胡承龙在读了《本草纲目》手抄本后，认为这是一部极有价值的著作，理应流芳百世。当他得知王世贞已给《本草纲目》写了序，并给予了极高的评价时，便决定出资印行。而此时的李时珍已在南京济世救人十个春秋了，生活条件艰苦，损害了他的健康，他的身体日渐衰弱。交稿后，不得不匆匆启程回到家乡蕲州。
李时珍回蕲州后，由长子李建中代替他去南京，几经周折，才与书商胡承龙洽谈成功。自此，《本草纲目》开始付刻。
一听到刻印的消息，李家上下沸腾了。李时珍眼里饱含泪水，这是他一生的心血呀！
从此，李家开始忙碌起来。长子李建中与次子李建元是《本草纲目》的总校正，三子和四子进行重订，李时珍的孙子们也参与了工作。《本草纲目》的全部附图是李建中亲手绘成的，原图许多画稿是工笔彩色，十分真实清晰，这是李建中伴随父亲长途调研时写生临摹下来的。
时光飞快，当《本草纲目》全部刻完，四年已经过去了。即将印刷出版之时，李时珍去世的噩耗从蕲州传到了南京。李时珍与世长辞后的第三年（1596年），《本草纲目》在南京首刊出版。后人一致认为胡承龙在金陵（南京）刻印的《本草纲目》是最好的版本，世称“金陵版”。
李时珍在去世前曾叮嘱儿子李建元把《本草纲目》一书和《遗表》上呈给明神宗皇帝。遵照父亲的遗嘱，李建元于1596年11月将《本草纲目》和《遗表》献给朝廷。当只顾炼丹成仙的神宗皇帝接到《本草纲目》时，连看都没看，仅仅御批为“书留览，礼部知道”。
虽然《本草纲目》的出版问世未能得到朝廷的重视，可在民间却被广泛传抄。
金陵刻本不久销售一空，在李建元将其进献给朝廷不过六七年的时间后，江西人夏良心、张鼎思等人又以金陵胡承龙本为蓝本翻刻一版。刊行问世后立即受到朝野的注意，社会各阶层更把它视为家珍必藏之书。从《本草纲目》首次刻印问世，不到六十年的时间里，前后共陆续翻刻了九次，平均不到六年就重印一次。
《本草纲目》在中国传播之广、流传之久、影响之深，是其他医药学著作很难匹及的，它是中国医药宝库中的伟大著作。