宋教仁被暗杀一案，使孙中山幡然醒悟，悲愤异常，立即回国组织反袁斗争。革命党内两派意见不统一，二次革命能否成功呢？
1913年3月袁世凯制造的暗杀宋教仁案件，使原来对袁世凯怀抱幻想的资产阶级革命党人受到了血的教训，很多人开始从“议会政治”、“政党内阁”的幻梦中惊醒过来。诚如宋教仁被刺前所说：“脱（若）不幸而余被刺死，或足以促进吾党之奋斗，而缩短项城（即袁世凯）之命运。”最先觉悟的是孙中山，他在日本得知宋被刺后，悲愤异常，立即返国，26日到达上海，当晚即与黄兴等召开紧急会议，商讨对策。孙中山认为：“袁氏将拨专制之死灰，而负国民之付托”，“宋案证据确凿，人心激昂，民气奋发，正可及时利用”，力主武力讨袁。并提出“联日”、“速战”的主张，打算在广东、福建、江西、湖南、安徽五省同时起兵，先发制人，推翻袁世凯的反动统治。以黄兴、陈其美为代表的部分国民党领导人则认为，革命党方面“武力不足恃，苟或发难必致大局糜烂”，“民国已经成立，法律非无效力”，所以坚持听候法律解决。还有的国民党人主张对袁世凯须“以其制人之道，还制其人之身”，即“欲以暗杀袁世凯，省事免牺牲”。国会中大部分国民党议员则主张联合进步党人，依据法律，进行倒袁活动。双方争论激烈，孙中山反复说明：“袁世凯是总统，总统指使暗杀，则断非法律所能解决，所能解决者，只有武力。”但拥护孙中山武力倒袁主张的只有江西都督李烈钧等少数人。
正当国民党内部争论不休之际，袁世凯积极筹备军力，决定与国民党兵戎相见。为了筹集战费，未经国会正式讨论，即于4月26日，也就是“宋案”公布的当天夜里，袁世凯政府与英、法、德、日、俄五国银行团签订了条件极为苛刻、数额为2500万英镑的所谓“善后大借款”，在财政上得到帝国主义的大力支持。5月1日，任命段祺瑞为代理内阁总理，确立“战时内阁”体制。6日，下达“除暴安良”令，矛头直指国民党。6日和15日先后召集紧急军事会议，确定了对国民党控制的湘、赣、皖、苏四省用兵计划，决定以段芝贵为第一军军长，率第二、第六两师及毅军驻豫、鄂边界，进攻江西，并防制湖南；以冯国璋为第二军军长，率第三师及张勋、雷震春、倪嗣冲各部，分别由津浦路与河南两路向苏、皖推进。同时，袁世凯还从政治上进一步集结反革命势力，从善后大借款中拨出160万元作活动经费，促成拥袁的共和、民主、统一三党联合，以集中力量对付国民党。5月29日，三党正式合并，拼凑成以黎元洪为理事长，梁启超、汤化龙、张謇等为理事的进步党，在国会中与反袁的国民党相对抗。在完成上述一系列反革命部署后，袁世凯正式与国民党摊牌，于5月21日，发出“传语国民党人”的最后通牒：“现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱。我受四万万人付托之重，不能以四万万人之财产生命听人捣乱。自信政治、军事经验、外交信用，不下于人。若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让。彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之！”在袁世凯的猖狂进攻面前，国民党内部仍不能形成统一意见。对于非法的“善后借款合同”，举国哗然，纷纷反对，而部分国民党领导人仍然幻想依靠国会、依恃法律解决。孙中山则认为，在袁世凯的淫威之下，“国会乃口舌之争，法律元抵抗之力……欲求解决之方，惟有诉诸武力而已矣”。
但这个正确意见竟不能为多数国民党人所接受。在国民党主持的南方各省实力派当中，除江西都督李烈钧支持武力讨袁政策外，其他各省意见纷歧，莫衷一是：湖北虽称首义之区，但已为黎元洪所把持，黎甘心附袁，成为袁世凯发动反革命内战的帮凶；湖南都督谭器延闿“态试畏葸，军队亦不和”；安徽都督柏文蔚态度与谭延闽接近，部下也不一致；南京方面自留守府撤销后，江苏都督程德全“以依违两方为务”军队中，中下层军官较积极，上层多采取观望态度；广动都督胡汉民与陈炯明争权，内部不和，力主法律解决。万般无奈，孙中山只好以个人名义，命广东都督胡汉民首先发难，在广东宣布独立，胡以“时机未至”拒绝；又命陈其美在上海宣布独立，陈则以“上海地小，难与之抗”为理由，不能赴命。孙中山非常气愤，想亲自到广州主持武力讨袁，又被党内同志阻止。由于国民党内在讨袁问题上步调不一，举棋不定，一误再误，以致错过了发动讨袁战争的良好时机，造成军事上的被动局面。
在国民党与袁世凯对峙之际，一批旧立宪党人，如张謇、赵凤昌；接近国民党的旧官僚，如岑春煊、李经羲、伍廷芳、王芝祥；已投靠了袁世凯的老同盟会员，如汪精卫、孙毓筠、胡瑛；以及一批颇具影响的知名人士，如谭人凤、蔡元培、章士钊等，曾试图进行“调解”。5月4日，谭人凤、岑春煊、王芝祥等10人致电袁世凯，提出引渡洪述祖、赵秉钧出庭对质；大借款提交国会通过；政府不得干涉宪法的制订等项作为“南北妥协”的条件，袁世凯回电一口拒绝。5月下旬，谭人凤、王芝祥、伍廷芳和岑春炫的代表蓝建枢等到京，分别面见袁世凯。袁绝口否认有违法情事，并声称：“今日非调和南、北问题，乃系地方不服从中央，中央宜如何统一问题。”“宋案候法庭裁决，借款听国会解决，国会议决要如何便如何，我何违法之有？”态度非常强硬。6月初，汪精卫、蔡元培从国外回国，立即参与“凋解”活动，提出如下几项妥协方案：（1）国民党仍选举袁世凯为正式总统；（2）袁世凯暂不撤换皖、赣、粤、湘四省国民党都督；（3）坚持宋案法律解决，而追究罪名仅至洪述祖、应桂馨为止，不再向上追究。这个妥协方案，实际上意味着向袁世凯屈服。但即使如此，仍不能为袁世凯所接受，袁决心以武力消灭国民党。6月9日，袁借口李烈钧反对善后借款是不服从政府，悍然下令撤销其江西都督职务；14日和30日，又下令撤销广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚职务。李、胡、柏三督是当时国民党握有实力的重要人物，袁世凯撤免三督是向国民党进攻的开始。
7月初，孙中山在上海再次召开军事会议，黄兴等为大势所迫，放弃“法律解决”的主张，一致决定兴师讨袁。李烈钧在孙中山支持下决心返江西兴兵讨袁，其他地方的革命党人也表示将举兵响应。自袁世凯免国民党三督职务的命令下达后，北洋军李纯部已于7月5日开赴九江，在沙河镇与原李烈钧部下林虎部发生冲突，林部被迫退往湖口。当李烈钧8日自上海潜抵湖口时，李纯部已兵临九江城下。12日，袁世凯任命李纯为九江镇守使。同日，李烈钧在湖口宣布独立，并以江西讨袁军总司令的名义发布讨袁檄文，正式兴兵讨袁。檄文揭露袁世凯“暗杀元勋，弁髦约法，擅借巨款”等罪行，宣布以“保卫共和，驱除民贼”为目的，指出赣省之战，是“反对专制”的正义战争，号召国民“亟起自卫，与天下共击之！”还向各属及人民通电宣布约法三章：“一、誓诛民贼袁世凯；二、巩固共和政体；三、保障中外人民生命财产。”当天拂晓，李烈钧讨袁军向沙河北洋军发起猛攻，“二次革命”正式爆发。首先起而响应的是南京。
7月14日夜，黄兴潜往南京组织江苏讨袁军，15日率南京高级将领迫使江苏都督程德全宣布独立，黄兴被程任命为江苏讨袁军总司令，随即以江苏讨袁军总司令名义发出通电，宣告：“法律解决，既经无效，仍不得不诉之于武力，作最后之解决。”又发布“督师文”，表示决心率“吊民伐罪”之师，“努力驱驰，不除袁贼，誓不生还”。此后，徐州、镇江、无锡、常州、苏州、松江、清江等地相率竖旗独立。7月17日，安徽宣布独立，柏文蔚被举为安徽讨袁军总司令。18日，上海宣布独立，陈其美为上海讨袁军总司令。同日副都督陈炯明宣布广东独立。19日，福建宣布独立，以许崇智为讨袁军总司令。25日湖南都督谭延阎被迫宣布湖南独立。8月14日，川军第三师师长熊克武任四川讨袁军总司令，在重庆宣布独立。革命党人张百祥在川西组织讨袁军，自任全蜀民军总司令。21日，袁世凯发布了一个千余言的公报，宣布“讨伐令”，诬蔑李烈钧等“破坏民国统一”，扰害地方治安，并声称：政府为“整肃纪纲，维持国本”起见，“不得不以兵力勘定”。孙中山先生是“二次革命”的领袖和策动者，他在袁世凯发布“讨伐令”的次日，即致电袁世凯，痛斥其刺杀宋教仁、非法签订“善后借款合同”等罪行，指出袁氏“舍辞职外，决无他策”，“为公仆者受国民反对，犹当引退，况于国民以死相拚；杀一不辜以得天下，犹不可为，况流天下之血以从一己之欲！”又警告说：“若公必欲残民以逞，善言不入，文不忍东南人民久困兵革，必以前此反对君主专制之决心，反对公之一人。义无反顾！”同日发表《告全体国民宣言》，并向北京参、众两院、国务院、各省都督、民政长官等发出通电，号召“以民命为重，以国危为急”，共同敦劝袁世凯“早日辞职，以息战祸”，若袁氏“执拗不听”，“必欲牺牲国家与人民以逞一己之业”，则应同仇敌忾，奋起讨袁。
电文表明孙中山高举民主共和的旗帜，誓与袁世凯一决雌雄的坚强决心。
“二次革命”开始后，南方七省区相继独立，表面上一时颇有声势，但双方力量对比，袁世凯军事力量明显地占有优势。江西和南京是袁世凯进攻的两个主要目标，也是“二次革命”的主要战场。7月12日晨，江西讨袁军林虎部以一团兵力猛烈攻击沙河北军的左翼，首先打响了战斗。讨袁军初战取胜，毙伤北洋军120余名，占领沙河。但很快北洋军增援部队赶到，大举猛攻，相持10余日。23日晚开始，北洋军兵分三路，大举进攻湖口，讨袁军曾顽强抵抗，终于抵敌不住，不得已放弃湖口，25日湖口失陷，李烈钧败走。8月18日南昌陷落，江西讨袁军失败。0江苏方面，黄兴到南京后，遇到军队不听调遣、军饷无着等种种困难；程德全一宣布独立，马上逃到上海，不与黄兴合作，所以讨袁军很快失败，被迫放弃徐州、蚌埠，退守浦口。7月25日，程德全公然声明南京独立的一切电文都是黄兴借用他的名义发出的，并诬称黄兴曾向他下跪，乞求其宣布独立等情，要求黄兴取消讨袁名义，“投戈释甲，痛自引咎，以谢天下”。又于28日向南京军界发出取消独立的密电，并令捉拿黄兴。黄兴原拟死战、受此打击，怨愤万分，竟企图自杀，经部下规劝，于当日夜乘日轮离宁赴沪，转赴日本。次日，代理江苏民政长蔡寅等宣布取消独立；8月8日，国民党员何海鸣在南京发动兵变，“自任江苏讨袁军总司令，再次宣布独立，但仅6小时即被已经投敌的第八师师长陈之骥（冯国璋女婿）拘禁，很快又被下层士兵所释放。11日，何海鸣第三次宣布南京独立，奋力抵御袁军，直坚持到9月1日，南京终于被张勋、冯国璋所率北洋军攻占。南京城陷后，北洋军纵兵抢掠三日，使南京人民的生命财产蒙受巨大损失。在南京保卫战期间，讨袁军各个战场纷纷失利。安徽由于第一师师长胡万泰为袁世凯所收买，于8月7日取消独立；上海陈其美于8月13日放弃吴凇；同日，福建、广东、湖南也自行宣布取消独立；9月14日，熊克武在重庆失败，讨袁军失去最后一个据点，“二次革命”至此完全失败。
“二次革命”是一场资产阶级革命民主派保卫民主共和制度的战斗，虽然很快遭到失败，但它仍然是对袁世凯独裁统治的一次冲击。“二次革命”的历史证明了单纯通过议会斗争的途径以取得政权的道路是行不通的，中国革命必须走武装斗争的道路，这是中国革命的客观规律。“二次革命”的优点在于它继承了辛亥革命武装斗争的光荣传统，即使未能取得胜利，却使革命的火种得以保存，为今后革命的复苏和发展准备了条件。“二次革命”失败的根本原因仍然是中国资产阶级及其政党的软弱性和妥协性。民国成立以来，他们一再忍辱退让，期望用调和妥协的方法来换取袁世凯的善意，维持一个所谓共和的局面，结果只是更加涣散了自己的阶级队伍和战斗意志，以致在推翻清朝后，整个资产阶级即迅速“转向为背”，抛弃革命，渴望稳定、和平，要求兴办实业，发展资本主义经济，从而使革命民主派失去本阶级的支持，不堪封建势力一击。兼之革命党人和讨袁军方面未能形成一个坚强的政治领导核心和统一的军事指挥中心，思想分歧，内部涣散，意志不能统一；战略上各自为战，步调不一，容易被敌人各个击破；忽视与人民群众斗争的配合，形成单纯军事冒险等等具体原因，“二次革命”的失败不可避免。