北京大学刚刚成立时，学校的学生均为举人或进士出身的京官。从1912起，先后有严复、马良、胡人源、蔡元培等人担任北京大学的校长。而这其中，以蔡元培在任期间对北京大学所做的贡献最大，使北京大学有了飞跃性的发展，并一跃成为全国的最高学府，蔡元培成为北京大学命运转变的第一人。他在任期间，对北京大学做了如下的重要改革：第一，崇尚知识，重视研究，追求真才实学；他之所以提出这样的改革要求，与当时的学校风气有着密切的关系。因为在此之前的北京大学仍沿袭着京师大学堂的旧传统，许多学生来到这里并不是为了研究学术，而是把它作为谋求升官发财的阶梯，因此学生对其老师的评价并不是看他是否有学术水平，而是看他在政府中的官阶。所以，蔡元培到任后，督促学生要崇尚知识，追求真才实学，在学校里掀起了一股浓厚的学习风气。第二，推崇多元化教学。多年留学西方的经历，促使蔡元培成为一个崇尚自由主义的教育家，他认为只要对教育、对学生有用的知识，都可以引用到学校中。因此在对教员的选择上，也采取兼容并包的方针。他认为，只要是“言之有理，持之有故”，都可以自由争鸣，让学生自由选取。第三，给学生充分的自由，不干涉学生的政治活动。他认为只有这样，才能培养出真正有思想、有主见的学生。第四，对中外教员，采取平等对待的态度。当时的北京大学各科都聘有外国的教员，然而这些教员中有的并没有真正的学问，蔡元培就按照合同将这样的人辞退，从不考虑外教们所在的国家是否会对其报复。他认为只有教师有真正的才华，才能培养出有知识的学生，而学识浅薄的教员会耽误一个学生的一生。
就这样，在蔡元培坚持不懈的改革下，北京大学成为新文化运动的主要阵地，兼容并包、自由主义的思想也使学生有了接受新思潮和参加政治活动的机会。北京大学也因此成为中国第一所新型的高等学府，培养了许多爱国爱民的新青年。这些学生关心国家的前途、民族的命运，民主觉悟与爱国热情不断高涨，并且组织和创办了许多具有政治倾向的社团、杂志。这些社团和杂志有的号召人民反对日本帝国主义对中国的侵略，有的宣扬文学革命、伦理革命、个性解放和妇女解放，与《新青年》杂志相呼应，在社会上产生了积极的影响，对人民大众的思想解放起到了非常重要的作用。而关于蔡元培在五四运动中的地位和作用，有学者这样认为：正是因为蔡元培对北大进行的一系列不同寻常的改革与整顿，才得以使北大成为新文化运动的主要阵地，虽然蔡元培并不是五四运动的直接领导者，但是考虑到他对五四运动所起的实际作用和影响，又非一般五四运动的领袖所能达到的，他从思想上为五四运动培养了大量的人才，奠定了基础。此外，他以自身优秀而崇高的品格素质在五四运动中起到了最高层次的巨大作用。
蔡元培是一个当之无愧的伟大教育家，他在去北大任职之前还曾创办过“爱国学社”。“爱国学社”的创办还有一个小小的故事背景，那就是“墨水瓶事件”。1905年11月，上海南洋公学发生了一起轰动全国的“墨水瓶风潮”。南洋公学是盛宣怀于1897年创办的一所专门训练洋务人才的学校，因经费充足、校舍宽敞、师资较好、出路优越而颇著声名。其中，五班文课、学课教习郭镇瀛学识浅陋、顽固守旧，专以欺压学生为能事，为箝制学生思想，平时只准学生读《大清会典》、《圣武记》，严禁阅读新书新报，更不得集会和议论时政。五班学生对之深恶痛绝。
1905年11月5日，学生故意将一个墨水瓶放在他的座椅上。郭镇瀛认定是有意侮辱他，勃然大怒，并串通学生总办进行诬陷迫害。11月11日，校方应郭之请，开除学生伍正钧，全班同学力争无效。14日，全班决定退学，举行告别演说会。
五班的行动引起全校同情，次日，全校学生集会，派代表向总办汪凤瀛请求收回成命，汪不允，于是学生们决定全校退学。这时校方才慌了手脚，急忙请学生们尊敬的教习蔡元培出来调解。16日一早，全校学生200余人，检点行装，在操场上排好队伍，等候交涉的最后消息。可是，蔡元培去见督办盛宣怀转达学生的要求时，盛却紧锁房门，对学生的行动不予理会。10点，学生们见没有回音，便高呼：“祖国万岁！祖国万岁！祖国万岁！”整队离开学校。
学生退学后，因校方引诱，家长威逼，返回、散走了一些，但退学者仍有145人。大部分退学的学生无处可依，他们想自办“共和学校”也无经费，便请求中国教育会帮助。11月19日，教育会与退学的学生在张园集会商讨后，决定成立爱国学社，当时，教育会也没有钱，蔡元培便赶赴南京向人借款。到码头时，家人赶过来说其长子病死，蔡元培挥泪嘱他人代办丧事，然后毅然登轮。11月下旬，爱国学社就在南京路福源里正式开学。蔡元培被推为总理，吴稚晖为舍监，章炳麟、黄炎培、蒋维乔、吴丹初等人为义务教师。
爱国学社以灌输民主主义思想为己任。蔡元培在学社开学祝词中说：“用吾理想普及全国，如神经系之遍布脑筋于全体是也。”学社最富特色的地方就是学生自治制度。学生在校内享有很大的权利和自由。住宿生实行自治制。高年级学生还充当低年级学生的教师。学生们经常同教师一起外出参加政治活动。爱国学社在教育上的创举和活跃的政治空气，吸引了许多青年前来就学。
（三）民初以来的国耻情绪
由于清朝政府的闭关锁国政策以及顽固保守、骄傲自大的治国方针，晚期的清朝统治已经是危机四伏了，国内农民起义连续不断，后来随着民族资本主义的发展，1911年以孙中山先生为主的资产阶级革命派进行了一场辛亥革命，推翻了昏庸无能的清政府，建立了中华民国。然而由于资产阶级的软弱性和封建残余势力的强大，刚刚成立的中华民国就被袁世凯盗取了。袁世凯就任中华民国大总统后，完全破坏了责任内阁制，又成为与清朝皇帝没有什么区别的独裁者。1914年1月10日，他下令解散国会，2月18日又下令解散了各省的议会，5月1日，他废除了《中华民国临时约法》，至此辛亥革命的成果已经荡然无存了。1915年12月12日，袁世凯下发告示，承认帝制。然而，历经了辛亥革命的洗礼，中国人民的民主意识已经逐步增强，他们不甘心再回到以前的封建独裁制度下，全国人民一起反对和声讨袁世凯，使袁世凯的皇帝梦最终破灭了。北京政府大权落在了皖系军阀段祺瑞手中。这就是民初时的国内状况。