随着中医药理论体系的形成和临床经验的不断丰富，食疗的理论和实用配方成为了中医药学的重要组成部分，食疗也一直把中医药理论作为依据与核心。
中医经典著作《素问》中就提出了“天食人以五气，地食人以五味。五气入鼻，藏于心肺，上使五色修明，音声能彰；五味入口，藏于肠胃。味有所藏，以养五气，气和而生，津液相成，神乃自生”。这实际上指明了人的生命全部仰赖于天地间五气五味的供养。五气即自然界之大气，五味即存在于自然界的各种食物。《素问》还说，自然界的食物经过人体摄入以后“食气入胃，散精于肝，淫气于筋；食气入胃，浊气归心，淫精于脉；脉气流经，经气归于肺，肺朝百脉，输精于皮毛；毛脉合精，行气于腑，腑精神明，留于四脏，气归于权衡；权衡以平，气口成寸，以决死生”。这说的是食物中存在着许多精微物质，这些水谷之精“清者为营，浊者为卫，营在脉中，卫在脉外，营周不休，五十而复大会，阴阳相贯，如环无端”。人身体内各种气的兴衰，是与人的生命健康息息相关、共存亡的。因此饮食疗法必须要遵循辨证的原则，一切以人体的需求为依据，通过下面几点即可知晓。
（一）以阴阳五行为指导，以气血津液为基础，与藏象密切相关
阴阳，是对自然界相互关联的某些事物和现象对立双方的概括。阴阳学说贯穿于中医学理论体系的方方面面，疾病分阴症、阳症，治疗的药物、食物也要辨清其阴阳属性，才能做出针对性施治、施食。即阳胜则热，阴胜则寒；阳虚则寒，阴虚则热，寒者热之，热者寒之。也就是说，寒性疾病，要用温热性质的药食，如羊肉、狗肉、生姜、葱白等；热性疾病要用寒凉性质的药食，如莲子心、菊花、赤小豆、龟肉、鳖肉、薏仁等来调整阴阳补其不足，泻其有余，恢复阴阳的相对平衡。这些药食的治疗作用，经现代研究证明是有调节机体内环境稳定，调整新陈代谢及免疫系统功能的效用。
五行，即木、火、土、金、水五种物质的运动，五行学说，在中医学主要是以五行的特性分析研究机体的脏腑、经络等组织器官的五行属性，在食疗学中体现为“四季五补”“五味”“五入”“五禁”的用膳原则。“四季五补”，一年四季分“春、夏、长夏、秋、冬”，对应五脏配五行即：春，属肝，配木；夏，属心，配火；长夏，属脾，配土；秋，属肺，配金；冬，属肾，配水。故而施食滋补方法是：春需升补，宜补肝；夏需清补，宜补心；长夏需淡补，宜补脾；秋需平补，宣补肺；冬需滋补，宜补肾。“五味”“五入”“五禁”即依据五脏各有所喜所恶，以五行生克的理论衍化眼、猪血、猪肝、鸡血、鸡肝等常食可补血；鲜芦根、生梨、西瓜、甘蔗汁等常食可生津；鳖肉、龟肉常食可增液。
饮食疗法与藏象密切相关，藏，是指藏于体内的内脏；象，是指表现于外的生理、病理现象。藏象学说，是通过对人体生理、病理现象的观察，研究人体各个脏腑的生理功能、病理变化及相互关系的学说。特点是：以五脏为中心的整体观，体现在以脏腑分阴阳，一阴一阳相为表里，脏与腑是一整体。如，心与小肠、肺与大肠、脾与胃、肝与胆、肾与膀胱、心包与三焦相为表里，这些对药膳食疗十分重要。如眼疾患者，若是病变在肝，则可用补肝明目的药食，沙苑羊肝汤效果而来的，早在《内经》中已述“五味所入，酸入肝，辛入肺，苦入心，咸入肾，甘入脾，是谓五入”，“肝病禁辛，心病禁咸，脾病禁酸，肺病禁苦，肾病禁甘”。
气、血、津、液是构成人体和维持人体生命活动的基本物质，中医理论认为，它们最精华的部分称为“精”。又有“先天之精”和“后天之精”。食物进入体内而成的水谷精华即“后天之精”，对治疗疾病有重要意义。即使肾所藏之“先天之精”有损乏，也可通过食物加以补充，可用一些“血肉有情之品”如鹿茸、鹿肉、鹿血等补阳精。食疗中有一些常用来补充血和津液不足的食物，如大枣、荔枝、龙很好。又如，羊肝汤对青盲内障有较好的疗效。在藏象学说的指导下研究药食对各脏腑的疗法，非常有意义。
中医学亦有“以脏补脏”“以脏治脏”的专门疗法。早在《神农本草经》中就有记载，是由孙思邈明确提出的，鹿肾治疗阳痿、鹿或羊靥（甲状腺）治疗甲状腺病等，都是世界医学史上最早的记载，得到了现代医学的验证。
（二）以辨证施食为准则
辨证论治（又称辨证施治）是中医认识疾病和治疗疾病的基本原则，是中医学对疾病的一种特殊的研究和处理方法，也是中医学的基本特点之一。那么什么是辨证呢，是将四诊（望、闻、问、切）所收集的资料、症状，通过分析，综合辨清疾病的原因、性质、部位以及邪正之间的关系，概括、判断为某种性质的症候。这个过程就是“辨证”。辨证的结果，确定相应的治疗原则和方法称之为“论治”又叫“施治”。“辨证”和“论治”相合，即为中医学的“辨证论治”。辨证决定治疗的前提和依据，论治是治疗疾病的手段和方法。
中医的辨证论治不同于一般的“对症治疗”，也不同于西医所说的“辨病治疗”，其核心是如何正确地识别“症候”。“症候”不是症状、体征，不是疾病，而是疾病发展到某个阶段的病理概括，它可以概括疾病的病因、病位、病性及正邪之间斗争的情况，所以它比疾病病状、体征更全面、更深刻，更能正确地反映疾病的本质。施治可见“同病异治”和“异病同治”，即虽然是相同的疾病却表现出来不同的症候就不能使用相同的治疗方法；反之虽然是不同疾病，只要表现出来的症候相同就可使用相同的方法治疗。
中医学认为“药食同源”“药食同性”。食物就是药物，亦可祛病延年。中医食疗是在中医理论的指导下，以包含的形式进行医疗、保健的一种方法。中医治疗疾病要辨证施治，中医食疗自然要辨证施食。选择食疗时，食物的性味必须与疾病的属性相反才行，即采用“寒者热之”“热者寒之”的治疗方法，治疗疾病时根据疾病的性质、病变部位的不同，以及正气损耗的情况，来调配相应的饮食，具体可根据以下几种情况施食：
1.根据疾病的性质施食：疾病分寒热，食物也有寒热之别。葱、姜、蒜、牛肉、羊肉、狗肉均为温热性，可用于外感风寒、阳虚内寒之症；小米、绿豆、西瓜、鱼、鳖等属寒凉性，用于热盛伤津之症，方可对症。
2.根据正气的损耗施食：五脏对应五味，食物同样分属五味，各归相应的脏腑，如酸养肝，苦养心，甘养脾，辛补肺，咸滋肾，但要注意五味又不可太过。
3.根据正气的损耗施食：中医学认为，疾病过程都是正邪相争的过程，无论疾病的哪个阶段，人体的正气都会遭到不同程度的耗损，所以本着“虚则补之”的原则来实施食补，得到药物所不能替代的治疗作用，正所谓“药补不如食补”。如：用羊肉、骨髓等补益气血，益精生髓，作用是一般草药的数倍。
4.根据自然、地理、环境施食：人的生长壮老与自然界息息相关；四季之变化，六气之太过或不及，四方地理环境之差异，对于人体均可造成相关的疾病，治疗时必当注意因时、因地、因人制宜，饮食疗法同样不例外。
5.大病、久病之后的施食：久病、大病正气亏损，用补益性质的食物使之恢复元气，“虚则补之”既要营养丰富的食物又要易于消化吸收的食物，以免因食物伤及脾胃，因食而病留下后遗症。
辨证施食是食疗的重要原则，医者要做到“食疗有方，方必依法，定法有理，理必有据”。
（三）中医食疗的整体观
中医学认为，人体是一个有机的整体，人体与自然环境也是一个有机的整体，这一观念在饮食疗法上同样体现出来，无论进食还是食补，都要先考虑季节，根据四时（四季）气候特点，春温、夏热、秋凉、冬寒，再结合食物寒热温凉而进食、食补；其次要考虑地方水土及饮食习惯，如有的地区习惯辛辣，有的习惯食醋，有的喜食面，有的喜食米等，这体现了整体观的一个方面。
中医认为，人体是个有机的整体，每部分以五脏为中心，通过经络系统把六腑、五体、五官、九窍、四肢百骸等全身 组织器官联系成有机的整体。人体某一局部区域内的病理变化，往往与全身脏腑、气血、阴阳的盛衰有关。因此在用药食治疗疾病时医者必须了解五官、形体、色脉等变化，方可诊断出内脏病变，从而提出正确的施食方法。如得了口舌糜烂的患者，由于心开窍于舌，心与小肠相表里，所以可用清心泻小肠火的药食来调理，能收到较好的疗效。正如《灵枢·终始》中说“病在上者，下取之，病在下者，高取之”，正是在整体观指导下确定的治疗原则。