在发展战略上我行我素，在人事管理上，周鸿祎也按照自己的意图进行了大刀阔斧的改革。比如，周鸿祎对于不支持自己的雅虎中国财务、人事、法律的高层主管十分不满，直接要求雅虎总部撤换，杨致远同意了。他还实施了“奋进、向前奔跑、快速行动”的创业文化来清洗雅虎中国固有的跨国公司式官僚气息。“不认同理念不如趁早离开！”更适合这种企业文化的显然是3721的员工。因此有人说不是雅虎中国收购了3721，而是近200人的3721接收了50人左右的雅虎中国。
2004年，在周鸿祎的带领下，雅虎中国扭亏为盈，营业收入为4000万美元，利润达到了1000万美元，圆满完成了第一年的赢利任务。周鸿祎的努力令行业人士重新审视雅虎这个网络巨头在中国的影响，用周的话说就是“别把村长不当干部”！由于雅虎中国在2004年的业绩达到了要求，周鸿祎的“野蛮做法”得到了雅虎总部的支持。
2005年，周鸿祎和雅虎总部之间开始出现种种利益分歧。
杨致远对雅虎中国在2005年提出了更高的要求，即搜索要超过百度成为市场第一，而邮箱的用户也要得到大规模增长。但2004年底，周鸿祎发现雅虎2005财年的预算对中国市场并没有什么资金投入，这意味着完成业务新的增长必须用雅虎中国自身赢利来做支撑，周鸿祎强烈要求雅虎总部大幅度增加投资预算。
周鸿祎对雅虎总部的不舍得投入早有怨言：“我们进入雅虎之后就成了他的雇员，进入了官僚体系，往上有十几层，我这就是基层，根本没办法跟他平等对话，更不用谈什么战略。我的任务就是每个季度完成他给的指标，一搜、1G邮箱全是我们自发做的，出于创业者的热情，先斩后奏。人员上从200多人发展到600多人，用的全是3721的资源。”
但周鸿祎不愿在2005年还是靠自己投入资金做事，周开始和雅虎进行了一系列的谈判。周鸿祎提了两个方案：收购金额不变，长线的邮箱和搜索业务再拨一笔额外的费用；或者双方都退一步，协议提前结束，最后支付的金额不按照当初设定的利润收入目标来确定，而是直接确定一个比原定收购价格低的金额。雅虎总部也给周鸿祎提了一个方案，请周鸿祎和他的团队留下，以收购金额原价为标准支付周鸿祎所属股权应得，但周不要干预雅虎收购其他股东股权的应付款。
双方都无法同意对方的方案，激烈的谈判一直持续了5个月。据一位当时的雅虎中国员工回忆，一次周鸿祎在越洋电话里同总部吵得很凶，挂了电话后，扔东西将自己办公室的玻璃砸得粉碎。这种争吵使得周鸿祎不再像2004年那样全身心投入公司的经营，雅虎中国的业务受到了极大的影响。管理团队和员工也都无心做事，2005年上半年，雅虎中国的业务几乎停滞。
最终，作出退让的是雅虎，雅虎董事会还是认同需要将长远发展作为雅虎中国的发展目标，并在12亿美元的基础上再拨款500万美元用作投资。但500万美元对雅虎想要达到的目标来说远远不够，业内人士称：“现在网络界的收购都是千万美元级别，雅虎的钱不能买下任何公司，只能自己发展，而靠自己积累的速度显然太慢了。”2005年的中国网络市场竞争已经非常激烈，新浪、搜狐和网易等门户网站已经在网络增值业务中赚得盆满钵满，盛大公司也是财力雄厚，雅虎区区500万美元新投资是掀不起什么大波浪的。
2005年8月，周鸿祎离开雅虎中国，收购协议提前结束，雅虎前后共支付给3721股东9000万美元，3721归属雅虎中国。
阿里巴巴时代：定位难题
雅虎在中国的接连失败令杨致远放弃了单干或者收购的办法。他采取了最彻底的办法，完全把雅虎中国交给别人打理，他最终确定的人选是马云。
此次阿里巴巴收购包括雅虎中国的门户网站、一搜、即时通讯、3721网络实名业务和雅虎在一拍网上的所有资产，同时得到雅虎10亿美元投资和雅虎品牌在中国无限期使用权，雅虎中国成了阿里巴巴的一个子公司。与此同时，雅虎在阿里巴巴持股40%，拥有35%的投票权，董事会一共四个席位，马云和阿里巴巴的CFO共占两席，雅虎一席，软银一席，马云仍保持自己对阿里巴巴的控制。
面对自己旗下的7个公司，马云描绘说，老大是阿里巴巴。当初为了防止eBay进入老大的B2B领域来抢地盘，就搞了老二“淘宝”；为了解决支付手段和市场诚信，就做了老三“支付宝”；后来发现老大要巩固自己在电子商务领域的优势地位，还需要一个得力帮手，就找了雅虎中国做搜索。在马云心中，阿里巴巴是主角，雅虎中国是配角。
2005年，马云说：“阿里巴巴在搜索领域既有决心更有信心，从今天起，在中国，雅虎就是搜索，搜索就是雅虎。”阿里巴巴首席技术官吴炯表示：“我们已将2000余台服务器从美国搬至国内，在美国，还成立了由30多位顶尖华人科学家组建的搜索技术研发团队，专门支持中国市场。”马云还说，到2006年总共要在国内设立5000台服务器，钱都准备好了，正在订货之中。
马云对雅虎中国的决策权更大，他说：“雅虎中国就像是一个重病的病人，需要推上手术台做大手术，而我才是主治医生，具有最高的决策权，其他人只能给建议，而不能提要求。雅虎中国与雅虎美国之间没有任何报告的关系，所以即使是杨致远，合理的建议我会听，我认为不合理的他说一万句也没用。”他迅速对雅虎中国进行了大刀阔斧的改革。雅虎中国网站在当年完成了大变脸，首页几乎完全就是一个搜索引擎的入口，仅仅保留了几条资讯。作为阿里巴巴的子公司，雅虎中国几乎完全失去了雅虎的味道。同时，马云停止了无线、广告等盈利业务，甚至连仅创立1年既实现赢利的“一搜”也被宣布强制叫停。有报道称负责无线业务的团队全部投入了周鸿祎创办的奇虎公司，周鸿祎对此戏言要感谢马云源源不断地将优秀的人才向奇虎输送。
网站完成转型之后，马云投入了巨资进行雅虎搜索的宣传推广。2006年初，雅虎搜索在北京打出新年第一炮，投资3000万元联手华谊兄弟传媒集团，盛邀陈凯歌、冯小刚、张纪中三大国内著名导演围绕“雅虎搜索”的主题，各自创作一支时长2～3分钟的短片，用电视广告和网络电影的方式来传播。为了保证这三部充满科幻色彩的网络电影的绝对曝光率，在2005年底的央视广告招标会上，雅虎搜索母公司阿里巴巴已经拿下了央视2006年8000万的黄金段位广告。但巨额的广告宣传并未使百度和谷歌的用户大量转向雅虎，马云的这些营销动作没有达到他聚拢人气的目的，这也使他大刀阔斧的改革面对的压力继续加大。
2006年2月，马云飞往美国硅谷。3月31日，雅虎中国再次以门户页面出现在中国的广大网民面前。不久，马云把冰封的3721网络实名也重新开放。有内部消息称，这是因为雅虎总部强烈要求马云立刻把改掉的雅虎中国首页恢复过来，还要求恢复被砍掉的赢利部门。2006年8月15日，雅虎中国又宣布改版，媒体戏称这个页面几乎创造了国内网站首页调整频率的纪录。从庞杂的门户到简捷的搜索，雅虎中国已数次变身，此次又提出“搜索”加“编辑”的复杂概念；同时，雅虎还发布了一个几乎跟百度一模一样的搜索页面。
2006年的雅虎中国仍然是迷茫的，搜索？门户？搜索+门户？马云说：“什么时候雅虎中国不像雅虎的时候，雅虎就成功了。”雅虎中国还在探索的路上。
雅虎中国的蹉跎岁月
回顾雅虎8年多的发展历程，开头几年，雅虎总部对中国市场的投入不大，也不了解中国网民的需求，典型表现是不注重新闻内容的建设，对相对比较了解中国市场的本土经理人的意见又不重视。2003年，随着中国经济的快速发展，雅虎总部决定加强对中国市场的投入，改变落后状态。但新浪创始人之一王志东认为雅虎全身心投入中国市场的决心下得太晚了：“和其他高科技行业老是落后几拍不同，中国互联网的发展是和世界发展同步的。在20世纪90年代末期，国际资本、国际性的人才、国际化的商业运作等已经参与到了中国互联网企业，以新浪在2000年成功上市纳斯达克为标志，中国本土互联网企业已经把国外同行远远甩在了后面。”