蒋介石对李宗仁竞选副总统一事，直到一九四八年三月上旬还没有什么表示。因此李宗仁以为蒋已同意了，特于三月十一日在北平中南海对新闻记者首次发表竞选副总统的谈话。竞选事务委员会也在南京正式成立，由邱昌渭（1898—1956，美国哥伦比亚大学哲学博士。1931年曾担任桂系的中国国民党革命同志会秘书主任。1943年10月调任中央设计局副秘书长。1949年任总统府秘书长。同年去台湾。）主持其事。
可是以后事态的发展，完全出乎李宗仁意料之外。三月十六日，蒋介石召见孙科，次日孙科公开表态，也要竞选副总统。十分清楚，孙科背后有蒋介石撑腰。这么一来，李宗仁的处境就大大不妙了：第一，孙科是孙中山先生的儿子，又是现任国民政府副主席，易于取得人们的支持；第二，人们已经知道总统一职，非蒋介石莫属，蒋与李宗仁都是军人，当然以孙科同蒋搭档较为适宜；第三，孙为粤人，广东人当然支持他，李失粤援，自易失败。白崇禧发现情势对李不利，曾对我说：“我们只好力尽人事罢了。”
李宗仁于三月二十二日由北平飞抵上海，发表竞选言论。他反复地陈述这样的意见：如果当选副总统，当尽力所能及，在政治上实行民主政策。几日后，他到了南京。那时国民党人竞选副总统的，除李宗仁、孙科外，还有于右任和程潜。蒋介石发现这种情况，特决定总统、副总统的候选人，应由国民党中央提名，并派定陈立夫负责领导国民大会内的党团干部会议，所有国民党籍的国民代表都要受党团干部会议的约束，违反者予以党纪制裁。
四月三日夜，蒋介石在他的黄埔路官邸召见李宗仁，对李说：“总统、副总统的候选人，均由中央提名。副总统候选人，已内定孙哲生（孙科），希望你顾全大局，退出竞选。”
李宗仁不顾蒋介石的劝告，理直气壮地说：“半年以前，我已经向总裁请示，如果你不赞成，我当然唯命是听；不料你一直没有什么表示，所以我就积极准备一切。事到如今，我已经欲罢不能了。”
四月三日，通过黄绍竑的联系，李宗仁同于右任、程潜建立了一条有关竞选副总统的联合战线，一致反对副总统候选人由党内提名的决定。此一举措得到了复兴系、三青团地方干部的广泛支持。
原来，自抗战胜利以后，陈氏的CC系声势日涨，显然与蒋、宋、孔并驾齐驱，成为四大家族之一。一九四七年九月十二日，国民党六届四中全会通过《统一党团组织案》（三民主义青年团并入中国国民党），自是各省、市、县的国民党主委由CC系分子担任，而副主委则由三青团分子（大部分是复兴系分子）担任。由于争权夺利，CC系与三青团分子的矛盾日益激化。在一九四八年四月初国民大会第一次大会前夕，三青团的地方干部大部分得以国大代表身份来到南京。他们得知蒋介石以中央组织部长陈立夫成立党团组织，支持孙科竞选，认为如果孙能胜利，蒋介石将更加信赖陈立夫，而CC得势，自非他们之利。于是，为了对付陈立夫的CC系，蓝（蓝衣社）、埔（黄埔系）、青（三青团）的一些骨干分子，如汤如炎、白瑜、周天贤、任国荣、郎维汉、刘先云、郑代恩、许伯超等，一致支持李宗仁竞选。虽经贺衷寒（1900—1972，国民党著名特务，国军政训系统负责人。黄埔系骨干将领。抗战时，贺衷寒先后任国民政府军事委员会政治部第一厅厅长、政治部秘书长。1947年任社会部政务次长，1949年蒋介石引退，贺亦随之辞职。贺与蒋的关系不仅是师生，亦是蒋的爱将，长期在军中政治部门活动。）、袁守谦（1904—1992，黄埔军校第一期毕业。参加第一、二次东征和北伐战争。1932年参与发起组织复兴社特务处。抗日战争爆发后，任军委会政治部第一厅厅长、代部长。1945年后任国民党中央党部书记长，国民党第六届中央常委。1948年起任华中“剿总”秘书长兼政务委员会委员。）劝阻，也不理会。此一发展，实非蒋介石所能逆料。
四月四日，国民党第六届中央执行委员会临时全体会议在南京丁家桥中央党部礼堂举行，全会议程是专门讨论总统、副总统候选人问题。蒋介石主持会议，他首先讲话，主张首届总统应提出一位党外人士担任，并提出下列三项人选标准：（一）在学术上有成就者；（二）在国际上有声誉者；（三）曾对国家有贡献者。蒋介石并表示，他无意于竞选总统，宁愿当行政院院长。蒋介石说完了话，就离开会场。当时议论纷纷，人们以为蒋要推胡适来当总统，甚至有人说蒋已派王世杰（1891—1981，武汉大学首任校长。获法国巴黎大学法学研究所法学博士。回国后曾任教于北京大学，与胡适等创办《现代评论》周刊。后转投国民党，进入政界。1981年病逝台北荣民医院。立遗嘱将其一生所收藏的所有字画书籍赠与武汉大学。）征得胡适同意。
休息后继续开会，由孙科主持。黄埔系多数人主张蒋不当总统，让他做有实权的行政院院长，但CC系和戴季陶则主张仍应推蒋做总统候选人。张道藩（1897—1968，CC系骨干人物，历任国民党中央组织部副部长，内政部常务次长，教育部常务次长，中央社会部副部长，中央宣传部长，海外部长。长期参与控制国民党文宣与党务系统。1938年于武汉发起成立“中华全国文艺界抗敌协会”，1952年10月当选台地方当局“立法院”院长，主持院务近10年。）且说：“如果赞成总裁不做总统，请问有什么办法要国大代表另选他人？”经上下午两次讨论，结果仍一致推蒋做总统候选人，由陈布雷打电话告诉蒋，蒋仍不赞同，最后决定交中央常务委员会研究后再行决定。
四月五日上午九时，中央常会在丁家桥中央党部会议厅召开，研究蒋介石当不当总统候选人问题。会上仍是两种意见尖锐对立，久久不能做出决定。张群看到事不宜迟，就站起来说：“并不是总裁不愿意当总统，而是依据宪法规定，总统是一位虚位元首，所以他不愿处于有职无权的地位。如果常会能想出一个补救办法，规定在特定期间，赋予总统以紧急处置的权力，他还是要当总统的。”常会当即推定张群、陈立夫、陈布雷等三人前去见蒋，转达常会意见，如蒋愿任总统，当在宪法外另订条款，赋予他以必要的权力。
四月五日下午四时，中央常会继续开会。张群发言：“已征得总裁同意，在宪法外另定条文，如临时条款之类，使总统在特定时期得做紧急处置。在这个条件下，他愿意当总统候选人。”常会当即照张群所提意见通过如仪。所以国民党政府的宪法，在还没有实行以前，已遭到蒋介石的破坏了。这就是四月十八日“国大”通过《动员戡乱时期临时条款》的由来。
四月六日上午九时，国民党临全会继续开会，由张群代表常会作关于本届总统候选人提名问题的研究报告，建议以蒋介石为本届总统候选人，当即由全会决定：本届总统候选人，仍拥护总裁竞选，但党不提名，本党同志得依法联署提名，唯下届总统、副总统竞选，应由党提名。在通过此一决议时，经张群说明：根据此一决议，总裁和居正同志都可以依法连署竞选总统（居正是经指定陪蒋竞选的）；李宗仁、孙科、程潜、于右任四位同志都可以连署竞选副总统。
蒋介石因为由党内提名竞选的主张被国民党临全会议打消，心里很不高兴。四月十二日，他在总理纪念周中借题发挥，大骂不受党的约束的人，并援引一九一三年国民党员不听孙中山先生的命令从而招致全党分裂的故事作为鉴戒。这些话的矛头，主要是指向李宗仁。
四月十九日，国民大会举行第十三次大会，选举总统，蒋介石以二千四百三十票当选。居正作为陪选人，也得到二百六十九票。废票三十五张，有的在蒋的姓名上面打×，更有写孙中山的。
四月二十三日，国民大会选举副总统开始了。整个过程波涛汹涌，险象频生。是日开票结果：李宗仁七五四票，孙科五五九票，程潜五二二票，于右任四九三票，莫德惠（1883—1968，东北社会贤达。在张学良执掌东北政权后，是张学良亲近的合作者之一。抗日战争时期，任国民政府国民参政会主席团主席。1948年任国民政府“宪政督导委员会”会长。）二一八票，徐傅霖（1878—1958，早年加入同盟会，后参与反袁活动、参加护法运动。1929年与张君劢等筹组国家社会党。抗战胜利后，历任民社党中央常委兼宣传部部长、宪政督导委员会副会长、“总统府”资政等。）二一四票。由于无人得到超过代表总额一半的票数，依选举法的规定，定次日将前三名，即李宗仁、孙科、程潜，进行第二次选举。
二十三日下午发生了一些意外的情况：一是龚德柏（1891—1980，《世界日报》总编辑，国民政府军委会少将参议。1915年9月入日本东京第一高等学校特别预科。1922年回国，在南京从事新闻工作。1923年执教于法政大学。因积极反共，1948年被中共列为战犯之一。）所办的《救国日报》刊载了孙科和他的“小妾”蓝妮的故事，广东国大代表十分恼火，由国民政府参军长薛岳（1896—1998，抗日名将，时有抗日“战神”之称，陆军一级上将。抗日战争期间，参加淞沪会战，指挥了武汉会战、徐州会战、长沙会战等著名会战；以其著名的天炉战法，消灭了大量日军，荣膺美国总统杜鲁门所授自由勋章。）率领前往，把这家报馆捣毁了。事后李宗仁嘱我拿金条四根交给刘士毅（1886—1982，桂系外省籍的重要将领。曾任南京中央军校筹备主任，国民政府总统府参军长，国民革命军陆军二级上将。1949年飞往台北。）转给龚德柏，以示关注之意。二是蒋介石召见贺衷寒、袁守谦，面嘱他们立即为程潜助选，并拨出一笔相当可观的竞选费交他们支配。蒋介石现在已经知道孙哲生不是李德邻（李宗仁）的对手，只有帮助程颂云（程潜），才能击败李宗仁。贺、袁与程潜原无深切的关系，只以同是湖南人，又有蒋介石的吩咐，也就欣然应命，事实上是蒋要程来分李的票使孙科当选。
四月二十四日，第二次投票结果，李宗仁一千一百六十三票，孙科九百四十五票，程潜六百一十六票，名次仍然未变，依法必须进行第三次选举。
可是风暴突然起来了。
二十四日下午，蒋介石再召见贺衷寒、袁守谦，要他们把所有为程潜争得的票全部改投孙科。贺、袁出来后大发牢骚，说蒋介石不把他们当人。同时蒋又示意程潜放弃竞选，他将起用其助选人，补偿其竞选费，要程将选票全部投孙。程严词拒绝，当晚即发表声明放弃竞选。
李宗仁与程潜在竞选中原订有“攻守同盟”的口头协定，程既放弃竞选，李宗仁势难单独进行。二十四日晚饭后，李宗仁召集白崇禧、黄绍竑、黄旭初、邱昌渭、程思远等到大悲巷雍园一号白崇禧寓所举行会谈。最后，与会众人一致认为放弃竞选较为有利，遂于午夜后二时做出放弃竞选的决定。
四月二十五日，南京各报赫然刊载李宗仁、程潜放弃竞选的声明。李、程两人在声明中指出，这次国民大会在选举副总统时，存在着某种压力，使各代表不能本其自由意志投票。李宗仁还补充说，最近有人制造谣言，谓本人此次竞选，志在“逼宫”，谣诼纷兴，人心震撼。为肃清流言，消除误会，不得不放弃竞选，以免影响大会的进行。
李宗仁、程潜放弃竞选的行动激起了其支持者的愤激情绪，纷纷罢选，二十五日的国民大会竟不能如期举行。孙科处境尴尬，也被迫放弃竞选。在这种情况下，国大不得不被迫停开。二十五日下午四时，蒋介石召开中常会，决定派人劝请各候选人取消放弃竞选，俟在会外协商取得结果后再开国民大会。
二十六日的疏通工作，并无任何结果。二十七日，蒋介石召见白崇禧，说：“北伐和抗战两个时期，因有你和德邻的帮助而得到最后胜利。今天这个局面，仍需要你们两位支持。希望你劝促德邻重新参加竞选。我一定全力支持他，以达到合作到底的目的。”白崇禧回报李宗仁，谓蒋信誓旦旦，自应对他信任。黄绍竑听了心里有数，只看着天花板微笑。李宗仁沉吟一下，终于答应取消放弃竞选的行动，但说：“总不能私相授受，要由主席团出来转圜才行。”
四月二十八日，国民大会重开，进行第三次投票。李宗仁得一千一百五十六票，孙科得一千〇四十票，程潜得五百一十五票。这表明蒋介石仍支持孙科，他对白崇禧所说的话不足置信。但是蒋介石劝李宗仁重新出来竞选，已使李在政治上处于有利的地位。这时李宗仁俨然成为国民党内争取民主改革的代表人物，凡是二十年来对蒋介石不满的人，大多站到李宗仁这边来了。
最后一次投票，竞选者只有李宗仁、孙科两人。依选举法规定，只以比较的多数当选，所以即使一票之差，也可以决定双方的胜败。这样短兵相接，情况就显得特别紧张。二十八日夜间，是蒋李斗争的紧要关头。蒋介石在黄埔路官邸亲自发号施令，蒋经国在南京中央饭店设置机关，为孙科竞选部署一切。但即使如此，也无裨于孙科所处的劣势。
四月二十九日上午九时，国民大会进行副总统第四次选举，直到午后方计票完毕，结果李宗仁得一千四百三十八票，孙科得一千二百九十五票。李以微弱的多数战胜了孙科，当选国民党政府第一届副总统。李宗仁竞选胜利了，但国民党的内部矛盾也更加激化了。
有人说，李宗仁之所以能当选，乃得自金钱的助力。但蒋介石为四大家族之首，他既全力支持孙科，在物质基础上当然远远超过李宗仁。对此有一个主要因素易为人们所忽略，那就是当时对现状不满和反对CC这两股主流，恰巧为李宗仁用上而已。