不过，给这些实际问题作答的人们，还是认为自然的力量是上帝意志的直接体现——季节、星球以及海潮都被上帝掌管着，正如总统内阁议员掌控着农业部、邮电部、财政部一般。泰勒斯对这种看法持反对意见。然而他同当时大部分接受过良好教育的人一样，不愿参加公开场合的讨论。倘若海边的水果贩子遭遇日食时，被这可怕的景象吓得匍匐在地，嘴上叨念着宙斯的名字，那是他的事，泰勒斯不会去告诉他们说，只要是了解天体运行知识的小学生都会预计出公元前五八五年五月二十五日会有日食发生，在几分钟内米莱图斯城会陷入相对的黑暗。在发生此次著名日食的下午，波斯人与利迪亚人在战场上展开了厮杀搏斗。大家觉得，光线不足是他们这次相互残杀停止的缘故。这是利迪亚诸神效仿前几年在阿迦隆山谷战役中发生的先例，开创了奇迹——使天国的光芒瞬时熄灭，好让受他们宠爱的一方能稳操胜券。对于这样的说法，泰勒斯是不会相信的。泰勒斯达到了如此般的境界（这便是他的伟大之所在），他敢于将所有自然现象看做受永恒法则的支配，是永恒意志的体现，并非人们所想象的天神随意支配的产物。
他认为，就算那天下午仅有以弗所大街上的狗打架，或是哈利奇进行一次婚礼筵席，没有更重大的事发生，日食依然会同样发生。经过泰勒斯科学的观察，一个符合逻辑的结论产生了。万物的产生都被他归结于一条普通必然之法则，且作出了这样的推测（某种程度来说他的推测是对的）：世间万物之源都取决于水，水从四面八方把世界包围住，从创世纪之初就与世共存了。令人遗憾的是。泰勒斯的任何亲笔文稿都没有被遗留下来，也许他曾用文字表达过自己的思想（希腊人已从腓尼基人那学会了字母），可现今他的文稿荡然无存，对他的了解我们全都是从他同时代人的著作中提供的只言片语里获得的，方才对泰勒斯的个人生活有所了解。泰勒斯的身份是商人，同地中海诸多角落的人都有过接触，还要提一下，大部分的早期哲学家都是商人，这也成为那个时候的一大特点。哲学家被看做是“智慧的恋人”。然而这样一个事实他们是从不忽视的，即生灵之中蕴涵着生活的秘密。他们觉得，“为智慧而寻找智慧”的观点，就如同“为艺术而艺术”、“为食物而吃饭”的谬论一般，后患无穷。
他们眼中，世界上存在着各种个性的人，好的、坏的以及不好不坏的，这是衡量一切生灵的最高标准。所以，在闲暇时他们耐心地钻研这个令人难以捉摸的动物，并且依照人的真实面目去研究，不会按照先入为主的主观意识臆造从事。这可以使他们同其他人和平共处，从而极大扩大了自己的影响。这相较于不厌其烦地说教、指点人们通往大千世界的捷径更为有效一些。他们很少用清规戒律限制人们的活动准则。不过，他们以身作则地向人们表明，倘若理解了自然力，灵魂深处必然会寄托着所有幸福的安宁。当在自己的生活圈子里获取了身边人的好感之后，哲学家便能够有充分的自由去钻研、探索以及调查，甚至能够深入到只有上帝才可以干预的领域里去冒险。作为新福音的先驱者，泰勒斯为这项有益的事业将才华横溢的一生都奉献了出去。即便他对希腊人眼里的世界进行了深入地分解，分别考查了各个微细部分，并公开的对自古以来大部分人一直认为是理所应当的事情提出质疑，但人们仍然容许他躺在床上寿终正寝。就算当时有人要求他对自已的异端邪说作出阐释，至今我们也无从查考。
一经泰勒斯指明了道路，就出现了蜂拥而至的追随者。比方说阿那克萨哥拉，他三十六岁时从小亚细亚来到雅典，此后一直作为“诡辩家”，在希腊几座城市里还当过私人教师。他对天文学很有研究。在讲课时他指出，太阳并非大家普遍公认的是某名天神驾驭的一辆马车，而是一个又红又滚烫的火球，比整个希腊还要大千万倍。这个理论并未给他招惹是非，老天也没有因他胆大妄为而劈死他。因而他把自己的理论又推进了一步，大胆指出，在月球表面上覆盖着山脉与山谷，后来他还暗示说，有一种“种子”，是万物的起源和终端，从创世纪时就已存在。可是，阿那克萨哥拉涉及到了一个危险的地带，他所提的都是人们熟知的事情，以后的许多科学家也经历过类似的事情。太阳与月亮相隔地球千里，哲学家通常并不在乎如何称呼它们。然而这位教书先生说世间万物都是从一个叫做“种子”的不明物中成长的，这未免大过分了。他的断言和天神的故事恰恰相反——是天神在洪水之后将小石子变成无数男女，这样世界才会重新人口兴旺。
在孩提时代希腊所有的孩子就听过这样的故事，因而对它的无比庄重严肃的真实性加以否定会让现存社会的安宁受害无穷，也会让孩子们对长辈的智慧提出质疑，万万不可。所以，阿那克萨哥拉变成了雅典父母同盟大肆攻击的靶子。倘若当时是君主制与共和制初期，城邦的统治者还依然有足够力量对一名宣扬不受欢迎的教理老师进行保护，让他免遭大字不识的古雅典农民的愚蠢仇视的迫害。可当时的雅典，民主制已经发展到了巅峰时刻，个性自由早已今时不同往日了。何况，当时深受大部分人鄙视的伯里克利恰好是这位天文学家的得意门生，这又为给法庭打开了方便的治罪之门，致使人们用以掀起一场反对古老独裁统治的政治风暴。有位名叫奥菲特斯的教士，在某一人口最密集的郊区做行政长官，他提出的一项法律被通过了。这项法律规定，“对全部不相信现今宗教者与对所有神明持不同看法者，要马上治罪”。因此，阿那克萨哥拉被投进监狱。可是最后城市中的开明势力占了上风。阿那克萨哥拉只缴纳了一笔很小的罚款便获释了。他移居到小亚细亚，在那儿安享晚年，名如皓月，到公元前四二八年才离开人世。
这一案件说明，官方要压制科学理论的发展确实是枉费心机。尽管阿那克萨哥拉被迫离开雅典，不过他的思想却留给了后世。两百年之后，一个名叫亚里士多德的人注意到他的思想，并将其作为自己科学假设的基石。经历一千年的黑暗时期之后，亚里士多德的思想又让人欢心地直接传授给了伊本·路西德（一般称阿威罗伊），一个杰出的阿拉伯医学家，他于西班牙南部摩尔大学的学生中间大力宣传亚里士多德的思想，将理论与自己的观察结合在一起，写下了大量著作。这些书被及时地运往庇里牛斯山，送至巴黎与布伦大学，且翻译成拉丁文、法文以及英文。西欧人与北欧人全盘接受了书中的看法，而今它们已成了科学启蒙书中不可或缺的一部分，人们觉得它们就像乘法口诀表一样无害。现在我们回到阿那克萨哥拉的话题上来。在他受审之后几乎一代人的时间里，希腊科学家有幸承蒙恩准，能够教授和民间迷信有偏差的学说。到公元前五世纪末年，第二件事又发生了。这次受迫害的是一个名叫普罗塔哥拉的流浪教师，，他来自希腊北部以沃尼亚殖民地的阿布戴拉村。这个地方因是德谟克利特的出生所在地而名声不好。
德谟克利特是拥有创见的“微笑哲学家”，他提出一条定论：“只有可以给绝大部分人提供最大幸福与最小痛苦的社会，才是最有价值的。”后来他被看成激进分子，要被置于保安系统的严密监视之下。普罗塔哥拉深受这一思想的熏陶。他前往雅典，经过几年的刻苦研究，向人们宣称说，人是衡量一切世间万物的尺度；生命犹如昙花一现般短暂，因而不要将宝贵的时间花在原本就让人怀疑的上帝的存在当中，所有精力应该致力于让生活更美好愉快。这一观点无疑是切中了要害，绝对会比曾经一切文字或谈话都更加能够动摇人们的信仰。并且，这个理论产生之时，恰逢雅典与斯巴达间的战役胜败攸关的紧要关头，人们深受失败与瘟疫的毒害，已到了走投无路的地步。很显然，这时对上帝的超凡的神力提出质疑，激怒上帝，确实不是时候。普罗塔哥拉被指控是无神论者，斥令一定要改变理论，服从法庭的管制。本来伯里克利能够保护他，可这时他已经过世了。虽然普罗塔哥拉是科学家，却对殉道一点兴趣也没有。他跑了。可悲的是，在驶向西西里的旅程中，他的船触礁了。他很可能当场溺水而死，因为至此之后再也没有听到有关他的任何消息。
惨遭雅典人恶毒迫害的另一个人是戴阿哥拉斯。事实上他并不是哲学家，而是一位青年作家。在一次官司中他没有得到上帝的眷顾，于是将个人的怨恨全部宣泄到上帝身上。在很长一段时期，他为自己的苦情郁郁寡欢，导致思想产生了很大变化。他到处奔走，用亵渎神灵的语言诽谤希腊北部人尊敬的“神圣玄机”。他的胆大让他被判处死刑。然而在临刑前夕，这个可怜的家伙得到了逃跑的机会。他来到科林斯，照样诅咒奥林匹斯的天神，后来最终因肝火太旺而寿终正寝。最后希腊人不易说的偏见发展到了无以复加的地步，其中的典型例子就是法庭对苏格拉底臭名昭著的死亡宣判。对这我们在此有详尽的记载。只要一提及世界依然如故，说到古代雅典人心胸狭隘的程度不亚于后人的话，人们就必定举出苏格拉底的事例，看成希腊人顽固不化的强有力佐证。然而现今我们通过详尽的考察以后，对情况有更为清楚地了解了。这位街头演说家的毕生都很平凡，他才华卓越，却让人讨厌，他给公元前五世纪盛行于古希腊的思想自由精神作出了最直接的贡献。
那个时候的人们依然相信有天神存在，于是苏格拉底将自已说成代表上帝的预言家，尽管雅典人没法完全理解他所讲的“精灵”（也就是在内心深处告诉他应如何说如何做的声音）代表着什么，却完全能够领会这一事实：对身边的人们供奉神明的东西持否定态度，也不屑于传统的习俗。最后，当政者把这位老人杀死了，可他的神学观点（虽然官方为了说服大家而牵强地作为欲加之罪）事实上与审判的结果几乎没有关联。苏格拉底是一位石匠的儿子。他的父亲子女很多，钱财很少。他没有钱上正规大学，这是因为那时的哲学家都讲究实惠，教一门学科的报酬是两千块钱。何况，对苏格拉底来说，追求纯粹的真理、研究无用的科学现象完全是浪费时间与精力。他觉得，只要一个人善于培养自己的信念，有无几何学的知识也无关紧要，对于拯救灵魂来说，了解彗星和行星的自然现象毫无用处。这个塌鼻梁、衣冠不整的朴实小个子，白天在街头和无业游民争论，晚上则毕恭毕敬听妻子的唠叨（为了养活一大家子人，他的妻子必须在家里给别人洗衣服，可她的丈夫却将谋生当做是生存中最不应注意的细节）。
他曾多次参加战争与远征，是个令人尊敬的老兵；他身为雅典参议院的前议员，在当时众多的教师中被挑选出来，为了自己的信仰而接受惩罚。为了详尽地了解事情的始末，我们应当明白在苏格拉底为人类的知识以及进步作出痛苦而有用的努力的时候，雅典的政治面貌怎样。在苏格拉底的一生中（他被处以死刑时已年过七十），他试图告诫人们，他们正在浪费青春，生活毫无意义可言，花费了过多的时间在空洞的快乐与虚无缥缈的胜利之上，一直挥霍伟大的上帝赐给的诸多恩典，哪怕使自己的虚荣心与野心得到几小时的满足都是好的。他绝对相信人的命运是崇高的，所以旧哲学界设置的所有框框和禁区他都打破了，甚至走得比普罗塔哥拉还远。普罗塔哥拉教悔人们：“人是衡量一切生灵的尺度。”苏格拉底则说：“人的无形意识是（或应该是）万物的最后尺度；改变命运的不是上帝，而应该是我们自已。”在法官面前苏格拉底的演讲（确切地说，法庭上总共是五百名法官，他们都是苏格拉底的政敌刻意挑选的，其中的有些人还会读书写字），对所有听众来说，无论他们是否持同情的态度，都是最鼓动人心的通俗浅显的道理。这位哲学家争辩说道：“世上谁都没有权力命令别人信仰什么，或夺取别人随意思考的权利。