秘密花园里的花儿们一拨接一拨地盛开，每天早晨都有新的奇迹出现。知更鸟的巢里有一些蛋，知更鸟的媳妇坐在蛋上面，用自己毛绒绒的胸膛和翅膀小心翼翼地为它们保持温暖。一开始她非常紧张，知更鸟自己也烦躁不安地保持警觉。在那些日子里，连迪肯也不靠近那个枝叶茂盛的角落，只是一直等待着。最后他似乎默默地通过某些神秘的符咒让那对小不点明白：在花园里，没有什么跟它们不一样的东西——没有谁不理解它们身上正在发生的事情有多么奇妙——蛋既是深不可测的、温柔的，也是可怕的、易碎的，它们美妙而又庄严。要是花园里有一个人没在内心深处弄明白，如果有一颗蛋被拿走或是受到伤害，整个世界就要天旋地转、裂成碎片、末日来临——即使只有一个人不明白并且依此行事，那么花园里也不会有快乐，即便是在这金色的春光里。好在所有的人都明白、都能感觉得到这一点，知更鸟和它的媳妇也知道人们明白。
起初，知更鸟机警敏锐地监视着玛丽和柯林。出于一些神秘的原因，它知道不需要监视迪肯。它露珠一样明亮的黑眼睛第一次看见迪肯就知道他不是陌生人，他只是只没有喙和羽毛的知更鸟。他会说知更鸟语（那是一种非常独特的语言，不会跟其他语言混淆）。对一只知更鸟说知更鸟语，就像是对一个法国人说法语。迪肯一直跟知更鸟说知更鸟语，所以他跟人类说话时用的那种奇怪的叽里呱啦的声音根本无关紧要。知更鸟认为，他跟人们叽里呱啦是因为他们不够聪明，听不懂鸟类语言。迪肯的行动也跟知更鸟一样。它们从不突然行动吓着别人，因为那样看起来很危险、对别人造成威胁。任何知更鸟都理解迪肯，所以他在那里连打扰都算不上。
刚开始好像有必要对其他两个人保持警惕。首先，那个男孩并不是用腿走进花园的。他是在一个有轮子的东西上被推进来的，他身上还盖着野生动物的皮。这件事本身就令人怀疑。而且，他站起来走动的时候，动作奇怪、不熟练，其他人似乎必须帮助他。知更鸟常常躺在灌木丛里紧张地监视他，脑袋一会儿歪向这边，一会儿又歪向那边。它觉得他缓慢的行动意味着他正准备猛扑，就像猫一样。当猫准备猛扑时，它总是在地上爬得非常慢。知更鸟和它的太太有好几天都在讨论这事儿，但后来它决定不再提起这个话题，因为她太害怕了，她担心这样会伤害到蛋。
当男孩开始自己行走，行动快起来的时候，知更鸟大大地松了一口气。可是在很长一段时间里——或者说在知更鸟看来是很长时间——他都是让它紧张的原由。他的动作跟别人不一样。他好像很喜欢走路，可他又时不时地坐一会儿或是躺一会儿，然后又手忙脚乱地站起来接着走。
有一天知更鸟想起来，当自己被父母逼着学飞时，它也做过很多次类似的事情。它飞出短短的几码远，就不得不停下来休息一下。所以它突然意识到，这个男孩是在学飞——其实是学走。它跟太太说起这事儿。当它告诉她，等它们的蛋变成羽翼丰满的小鸟之后可能也要进行同样的训练时，她心里非常舒服。她甚至对此产生极大的兴趣，在巢边观察男孩，看得很开心——不过她一直认为蛋要更聪明一些，会学得更快。不过她又宽容地说，人类总是比蛋笨也比蛋慢。人好像根本学不会飞，在空中或树梢上从来遇不到他们。
过了一阵子，男孩开始和其他人一样走动。可那三个孩子有时会做一些奇怪的事情。他们站在树底下，动动胳膊、腿儿还有脑袋，既不是走，又不是跑，也不是坐。他们每天隔一会儿就这样动一动，知更鸟怎么也没法跟太太解释清楚他们在干什么或是想要干什么。它只能说，它敢肯定它们的蛋永远也不会像那样拍翅膀。不过那个会说一口流利的知更鸟语的男孩也跟他们一样做这些动作，鸟儿们可以确信这些动作不危险。当然，知更鸟和它太太从没听说过摔跤冠军鲍勃·哈沃斯，以及他为了让肌肉鼓起来而进行的练习。知更鸟跟人类不一样，它们的肌肉从一开始就能得到锻炼，所以它们的生长方式很自然。只要你到处飞着去找吃的，你的肌肉就不会萎缩（萎缩的意思就是由于缺乏锻炼而慢慢衰弱）。
男孩和别人一样到处走啊、跑啊，挖土、除草，角落里的鸟巢笼罩在一片安宁和满足的气氛中。为蛋担心已经成为过去的事。知道自己的蛋像锁在银行保险箱里一样安全，而且可以看到这么多奇怪的事情发生，这让坐着孵蛋成了一种最有趣的工作。下雨天，蛋妈妈甚至感觉有些无趣，因为孩子们不来花园。
即使在下雨天，玛丽和柯林也觉得很有意思。有一天早晨，大雨下个不停，柯林开始有点烦躁不安。他不得不待在沙发上，因为站起来到处走不太安全。那天玛丽想到一个好主意。
“现在我是个真正的男孩。”柯林说，“我的腿和胳膊还有全身都充满了魔法，我不能让它们安静下来，它们总是想要有事情可做。你知道不知道，玛丽，有一天早晨我醒来时，天还很早，鸟儿在外面叫喊着，似乎所有的东西都在快乐地叫喊——甚至包括树和我们无法真正听见的东西——我感觉自己必须跳下床，自己也大声叫喊。如果我真的那样做了，想想会发生什么吧！”
玛丽咯咯地大笑起来。
“护士会跑过来，迈德洛克太太也会跑过来。她们会确定你已经疯了，她们会把医生叫来。”她说。
柯林自己也咯咯笑了。他能想象得到他们的样子——知道他的发作有多么害怕，看到他直直地站立有多么吃惊。
“我希望爸爸回来。”他说，“我想自己告诉他。我一直在想这件事——我们不能再这样下去。我受不了安静地躺着装病。而且，我的样子也跟以前大不一样。我真希望今天没下雨。”
就在这时，玛丽想到了那个好主意。
“柯林，”她神秘地说，“你知不知道这房子里有多少个房间？”
“差不多一千个吧，我猜。”他回答说。
“有一百个房间谁也没进去过。”玛丽说，“有一次下雨，我进去看了很多间。谁也不知道这件事，虽然差点儿被迈德洛克太太发现。我回来的时候迷了路，在你房间的走廊尽头停下。那是我第二次听到你哭。”
柯林一下子从沙发上坐起来。
“一百个没人去过的房间，”他说，“听起来就像是一个秘密花园。咱们去看看吧。你替我推轮椅，没人知道咱们去哪儿。”
“我也是这样想的。”玛丽说，“没人敢跟着咱们。有一些画廊，你可以在那里奔跑。咱们还可以做操。有一个印度小房间，里面有满满一柜子象牙雕成的象。还有各种各样的房间。”
“按铃。”柯林说。
护士来了之后，柯林下达命令。
“我要我的轮椅。”他说，“玛丽小姐和我要去看看房子里没有使用的地方。约翰可以把我推到画廊那儿去，因为有一些台阶。然后他就走开，让我们两个单独待着，直到我再叫他。”
那天上午，雨天不再可怕。仆人按照吩咐，把轮椅推到画廊，留下他们两个人在一起。柯林和玛丽高兴地看着对方。等到玛丽确认约翰真的回到楼下他自己的住处了，柯林立刻从轮椅里跳起来。
“我要从画廊这头跑到那头。”他说，“接着我再跳一跳。然后我们做做鲍勃？哈沃斯的操。”
他们做了所有这些，还有很多别的事情。他们看画像，发现了那个穿绿色缎子衣服、手指上托着鹦鹉的丑丑的小女孩。
“所有这些人，”柯林说，“肯定都是我的亲戚。他们是很久以前的人。那个有鹦鹉的，我相信，是我的一个曾、曾、曾、曾祖姑母。她看着跟你挺像，玛丽——不像你现在，像你刚来时的样子。现在你胖多了，也好看多了。”
“你也是。”玛丽说。他俩一起笑了。
他们走进印度房间，玩象牙雕成的大象。他们找到了那个满屋子玫瑰色织锦的闺房和靠垫上老鼠留下的洞。不过老鼠已经长大、走掉了，洞是空的。他们比玛丽第一次游览时参观了更多的房间，有更多的发现。他们找到了新的走廊、拐角和楼梯，还有他们喜欢的古画和不知道用途的怪异古旧东西。这是一个神秘又有趣的上午，在一个大房子里游荡，与很多人同处在这幢房子里却又感觉好像离他们十万八千里，这感觉简直太奇妙了。
“我很高兴咱们来了。”柯林说，“我从不知道自己住在这么一个又大又奇怪又古老的地方。我喜欢这个地方。以后每次下雨时咱们都来乱逛。肯定会找到新的拐角和奇怪的东西。”
那天早上他们找到很多东西，胃口特别好。他们回到柯林的房间里，不可能再把午餐原封不动地送回去了。
护士把托盘拿到楼下，“砰”地一声放在厨房的柜子上，好让鲁米丝太太——那个厨师——能看见被吃得一干二净的碟子和盘子。
“瞧瞧！”她说，“这是一座充满神秘的房子，那两个孩子是这房子里最大的谜。”
“要是他们每天都这样，”年轻强壮的仆人约翰说，“那就难怪他今天比一个月前重一倍了。我得及时辞掉这活儿，省得拉伤我的肌肉。”那天下午，玛丽发现柯林的房间里有新变化。其实她前一天就注意到了，只是没说什么。她以为那个变化只是偶然。今天她也什么都没说，但她坐在那儿一直盯着壁炉上的画像。她能看见画像，因为帘子被拉到了一边。这就是她发现的变化。
“我知道你想问我什么。”她盯了几分钟之后，柯林说，“当你想让我告诉你什么事情的时候，我总是知道。你在想那个帘子为什么被拉开。我要让它一直开着。”
“为什么？”玛丽问。
“因为看见她笑我再也不生气了。两天前的晚上，月光明亮，我醒过来，觉得房间里充满了魔法，让一切都熠熠发光。我躺不住了。我起床看着窗外。房间里很亮，有一片月光照在帘子上。不知怎么回事，我去拉动了绳子。她低头看着我笑，像是很高兴见到我站在那里。所以我喜欢看着她。我想一直看着她那样笑。我想，也许她也是一个会魔法的人。”
“你现在看起来很像她。”玛丽说，“有时候我想，你也许是她灵魂的化身。”
这个念头似乎打动了柯林。他仔细考虑一会儿，慢慢地回答她。
“如果我是她的灵魂化身——我爸爸应该会喜欢我。”他说。
“你希望他喜欢你吗？”玛丽问。
“我以前讨厌这个想法，因为他不喜欢我。如果他慢慢地喜欢上我，我想我应该告诉他魔法的事。这也许能让他快乐起来。”