东晋朝廷内忧外患不断，刚刚消停了几个月，就又传来天大的坏消息，安帝隆安三年年底（公元399年）——贼人孙恩因民心思动，乘机起事，自海岛出兵，杀掉上虞县令，直攻会稽，又杀了书圣王羲之的儿子王凝之及其诸子。
孙恩之乱，非朝夕猝发之事。琅琊孙氏，也是世家大姓，几辈子下来都信奉“五斗米道”。孙恩的叔叔孙泰一直师事钱塘人杜子恭，学了不少相当于今天魔术的“方术”，以此浮狡小计，诱骗百姓子女钱财。“（百姓）愚者敬之如神，皆竭财产，进献子女，以祈福庆。”
当年，王?曾向会稽王司马道子陈说孙泰以妖术惑人，就把此人流放广州。广州地方官又被孙泰的“幻术”迷惑住，竟然派这个邪教头子当郁林（今广西贵县）太守。孝武帝末年，颇想长生壮阳，把孙泰召还京师，司马道子忙封他个徐州主薄的虚官，给钱给地给人让这个妖道天天“炼丹”。
王恭起事，孙泰假借讨伐王恭为名，眩惑士庶，私聚徒众。司马元显掌权后，也听说这位妖道壮阳秘术，多次前往其住处求索“伟哥”秘方。孙泰日益骄横，自认为晋朝运祚将终，就在吴地广诱百姓，以“五斗米道”作招诱，时常与徒众密会，阴谋作乱。朝廷对此知之甚多，但因他与司马元显交情深厚，没有人敢揭他老底。最后，会稽内史交出真凭实据，向晋廷告发孙泰要造反。司马道子估计觉得孙泰的异谋会危及自身，就派人杀掉了这个妖道以及他六个儿子。
“五斗米道”源于东汉，其原本教义并无太大危害性。但经杜子恭、孙泰等人掌握后，妖言惑众，不断增添“新内容”，就慢慢变成了邪教。而且，在当时没有紧密经济联系的农村社会，邪教正好成为孙泰、孙恩起事的最好组织形式。邪教的欺骗性非常惊人。孙泰被显戳于市，其教中徒众闻知消息，都认为教主是“蝉蜕登仙”，纷纷聚集，一起站在海边，向海中抛酒金银宝物以及美酒美食，祭飨这个妖人。
孙恩怀恨在心。他的叔叔孙泰被杀不久，他深知司马道子父子怨播天下，就凭借邪教骇人的招聚力，在极短时间内聚众数万，一下子就杀掉吴中八郡王凝之等数位地方官，其中包括谢安的两个儿子谢邈和谢冲，猖獗一时。
孙恩之乱所以如此容易，正在于邪教教众遍布各州郡府衙和守军之中，一呼百应，立时应召。
“时三吴承平日久，民不习战，故郡县兵皆望风奔溃”。
孙恩占据会稽后，自号征东将军，名其邪教教众为“长生人”，当地士众凡有不服从者，皆全家全族诛死，婴儿不免。攻克诸县之后，孙恩邪教组织即把当地守官杀死肢解，大锅煮熟，并当众逼迫守官的妻儿吃掉亲人的尸体。凡有不从者，就又虐杀脔割，极尽酷残之能事。这只丧心病狂的邪教队伍无恶不作，凡身陷城池，均烧毁城市，填平水井，杀尽不从之民。
邪教徒众皆把会稽为“大人圣城”，往孙恩处聚结。许多邪教妇女因有小孩在身行动不便，就把亲生骨肉扔入水中淹死，念叨说：“祝贺你先登仙堂，我见教主后随后就与你相见。”痴迷如此，可见邪教的煽动性、欺骗性是多么骇人。
这下倒好，东晋之地，本来除了桓玄、刘牢之、杨?缙诘日剂斓墓愦蟮嘏掏猓⒌暮帕钪辉谌庵匦械猛āＫ锒髀移穑丝そ韵荩艨芊淦穑党悄诙加胁簧傩敖探掏角狈醭负踔皇Ｏ乱桓隹占茏印＝⒓矗σ运韭碓晕熘芯趵沃胄话仓有荤餐时炙锒鳌?br/>
晋军初战告捷。谢琰、刘牢之政府正规军一到，孙恩乱民之伍根本抵御不住，纷纷败北。
乱世出英雄。正是孙恩之乱，引出一位日后功高一时、终于篡晋的大英雄刘裕。
刘裕本京口寒贱之人，“仅识文字，以卖履为生”，又好赌博，斗鸡走马，其实就是个横行乡里的流泯。刘牢之击伐孙恩，良莠不分，四处招人，只要有好身板能提枪射箭就行。由此，刘裕加入了晋军，任类似侦察排长的低级军职。一次，刘裕外出执行巡逻任务，突遇邪教贼众数千。刘裕地痞出身，军力悬殊至此，丝毫不惧，带着身边十几个人就冲上前。很快，从人皆死，刘裕本人也被贼人用枪捅到了河岸之下。邪教分子们也不怕死，一窝蜂上前，想跳下去斩杀这位东晋小头目。刘裕手执长矛，仰头乱捅，竟然又挑死数名贼人，一跃重新跳上岸，大叫冲杀，数千贼众吓得一哄而走。刘裕边叫边杀，成百邪教徒均死于他的矛下。如果当时没人看见，任凭刘裕自己怎么讲，别人也不会相信一人敌几千的“天方夜谭”，偏偏刘牢之之子刘敬宣发现刘裕侦察小分队出外很久不归营，便率军出来寻找，正好瞧见刘裕一人“独驱数千人”的奇景，一帮人一时间竟然都忘了上前帮忙，立于原地感叹不已。“因进击贼，大攻之，斩获千余人。”一战成名，刘裕就这样横空出世了。
当初孙恩攻破八郡，大笑着对手下人讲：“天下无事了，当与诸君共至建康”；不久，听说刘牢之发兵，孙恩又讲：“我割浙江（钱塘江）以东，不失作一勾践！”接着，又听闻刘牢之大军过江，孙恩倒豁达，忙讲“孤不羞走”。说话算话，孙恩忙裹胁二十多万男女百姓向东逃窜，并沿路丢弃金银财宝，推落抢来的美貌少女于道中。刘牢之所率晋军纪律很差，各自争抢美女宝物，竞使得大邪教头子逃跑而去，窜入海岛匿藏。
三吴士民翘首企待“官军”，但刘牢之纵兵暴掠，大失人望。
晋廷怕孙恩再来，任谢琰为会稽太守，率兵戍守海浦。
年青的权奸司马元显自以为平孙恩皆是自己的功劳，更是骄狂差点飞上天。左右佞谀小人有的夸他一时英杰，有的夸他风流名士，司马元显皆信以为然，命朝中大臣均要向自己下拜见礼。
趁着孙恩之乱，昔日的盟友桓玄、殷仲、杨?缙谌讼嗷ソ韵敫傻舳苑健Ｑ?缙诖秩耍煌Ｋ褪橐笾倏埃幌感；感钪睢⒁罅郊一橐鱿嘟幔谂运趴约海闵鲜榻ⅲ笤黾幼约和沉斓牡嘏獭Ｎ死爰湔馊鋈耍⒕图踊感级骄Ｖ菟目ぞ拢忠曰感母绺缁肝按嫜?缙诘母绺缪罟阄下Ｎ尽?br/>
愤惧之下，杨?缙诶毡ㄑ溃员狈ノǖ笔焙筇┮π私ヂ逖簦朐家笾倏耙煌霰只感Ｒ笾倏凹染寤感峙卵?缙诘檬坪蠼竞幔唤霾淮鹩Τ霰古商玫芤筮y屯于江陵以北，遏止杨?缙诘慕?br/>
殷仲堪一向多疑少决，他手下谘议参军罗企生就对弟弟罗遵生表示：“殷公仁而无断，必及于难。吾蒙公知遇，义不可去，誓与俱死！”
由于当时荆州地区忽发大水，殷仲堪不得不开仓济民，仓廪全空，军队乏粮。桓玄闻讯，顿时起了乘虚伐人的意图。他先派军袭取了殷仲堪在巴陵的谷仓，然后送信与殷仲堪，表示说自己要带兵讨伐不思进取、遗弃皇陵的杨?缙冢笾倏吧钡粞?缙谥盅罟恪Ｍ保感职抵信扇诵疵苄鸥谝笾倏按Φ男殖せ肝埃盟髂谟Α；肝暗ㄐ∪缑猓炭植豢埃鸦感拿苄疟┞兑笾倏翱础Ｒ笾倏按缶鸦肝叭斫酥剩鬃孕葱湃盎感灰鸨按强嗌踔痢薄?br/>
桓玄大军齐进，没有任何犹豫，他对左右说：“殷仲堪为人无决断，常怀成败之计，私心甚重，我兄虽为其所拘，肯定没有性命之忧。”
殷仲堪见桓玄撕破脸皮，只得苍促应战，忙派堂弟殷遹帅七千水军至西江口以抗桓玄军。桓玄调度有方，派属下郭?纭④藓辏ㄕ馕卉藓瓴皇潜鹑耍擒藜岽蟮鄣奶右Ｍ督到螅衍藓臧仓迷诮荩治感茫┙鳎蟀芤筮y。杨?缙谥盅罟憷淳龋脖换感虬堋?br/>
困守江陵的殷仲堪狼狈至极，由于城中无粮，只得用原本要榨油的芝麻当军粮给守军食用。芝麻吃一、两匙挺香，当饭吃可就不行了，军士们纷纷拉稀，茅坑里遍是消化不掉的芝麻臭香之气。
桓玄大军乘胜，进至零口屯军，距江陵才二十里远。殷仲堪无奈，只得急召杨?缙诶淳取Ｑ?缙谄鹣炔淮鹩Γ硎窘晡蘖福笾倏奥示晃В胱约阂黄鸸彩叵逖簟?br/>
殷仲堪“志在全军保境”，不想丢弃自己的州土奔亡到别人的地盘，就派人骗杨?缙谒担骸敖此拇φ髁福延凶愎坏木ⅰ！?br/>
杨?缙谛乓晕妫挡患讣傅芈什狡锇饲В滓眨宦反笳牌旃亩两辍?br/>
到了城外，殷仲堪派人送饭，只有粗米供杨?缙诎饲Т缶秤茫墓┮槐ザ选Ｑ?缙诖笈窈鹨簧骸罢庀峦炅耍 逼拢氤怯胍笾倏跋嗉裁饬耍肫湫盅罟阒富泳樱逼嘶感魇馑酪欢贰?br/>
眼见杨?缙诓灰感木澹鲁肪谅硗芬员芷淙瘛Ｗ欤?缙谄炝搜郏柿炀蛹被骰感蠼?纾僬蟛畹慊钭蕉苑健Ｕ诠?绲挚共蛔〉墓赝罚感毂尤胝绞拢捎谌硕嗍浦冢?缙诰慷亲佑挚眨钪昭罹蟀埽饲吮簧钡靡桓霾皇＃?缙诘ト硕榔锾油逖簟０肼罚换感俗芳埃⒖陶渡薄?br/>
龟缩于城中的殷仲堪眼看杨?缙诰埽踩谱呶霞疲懦鎏樱胪?城逃避。半路，听闻杨?缙谝驯簧保笾倏坝指谋涮优芊较颍急赋霰汲ぐ餐逗笄亍Ｃ蛔叨嘣叮感蠼敫寐示略诼分校芰艘笾倏啊?br/>
根据桓玄事先“指示”，冯该扔给殷仲堪一把刀，要他马上自杀。事已至此，再无他法，一向能言善辩的大名士一个字也讲不出来，只能闭目横刀，自刎而死。
至此，桓玄昔日两位强有力的盟友，皆为其所灭。
殷仲堪从江陵逃跑时，只有罗企生一个属官跟从。经过家门时，罗遵生把哥哥从马上拉下，马上抱住，哀求说有老母在家，不要哥哥随殷仲堪去死。殷仲堪急于逃命，便也未等罗企生，率从人奔马而去。桓玄大胜后，殷仲堪昔日的从属皆前去拜见，惟独罗企生不往，并为殷仲堪料理丧事。
桓玄恼怒，但由于从前两人有交情，就派人对罗企生说：“如果当面向我道歉，我就放你一条生路。”
罗企生对来人讲：“我是殷公下属，兵败不能救援，内心惭愧，又有什么可向桓公道歉的呢。”
桓玄命人逮捕罗企生，准备当众斩首。刑前，桓玄又派人向罗企生有何遗言。
罗企生回答：“文帝杀嵇康，其子嵇绍为晋忠臣；我有老母，求桓公赦免我兄弟以为老母养老送终。”
于是，桓玄杀掉罗企生，赦其弟罗遵生。
以此观之，桓玄心胸狭隘，终非能成帝王大业者。
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桓玄这边刚消停，孙恩却不闲着。安帝隆安四年（公元400年）春，他率人又出袭晋军。
谢琰方面，在会稽镇定得过头，天天诗酒欢狂，根本不把孙恩放在心上。淝水之役，这位美男子曾亲自率八千精兵，以辅国将军的身份冲锋陷阵，与堂兄谢玄并肩作战，轻取大功，因勋劳获封为望蔡公。但是，到任会稽后，谢琰无绥抚之能，不修武备。府中将师纷纷劝谏，要谢琰提防孙恩卷土重来。谢琰不听，大言道：“苻坚百万，尚送死淮南。孙恩残贼遁海，何敢再来。其能果真再来，正是天杀国贼，令其速死！”
孙恩出浃口（今浙江镇海），入余姚，破上虞，一下子就打到山阴以北三十多里的地方。谢琰派出的两军皆败，众人都劝主师应持重严备，分兵设伏以待贼军。谢琰不听，仍旧名士派头，像他老爸那样“镇定自若”。
刘牢之见大事已去，又悔又惧，忙派儿子刘敬宣去京口迎取家眷。过了几天，见刘敬宣失期不至，刘牢之以为事泄，一家人可能全为桓玄诛杀，便慌忙带领几个家丁往北逃。行至新洲，老英雄?厢逦藜疲诘贸ψ佣记啵辜渥早擞诹种小Ａ蹙葱琶幢际保细敢炎怨叶现Γ床患翱奚ィ撕诙山油懔辍?br/>
听闻刘牢之自缢，其故僚旧吏念昔日情谊，选取上好棺木，殡葬老上司，归葬丹徒。桓玄死人也不放过，命人斩棺出尸，砍掉刘牢之的脑袋，暴尸于市。
对于桓玄来说，真是福无双至今日至（恐怕日后“祸不单行明日行”）。邪教头子孙恩听闻晋朝内乱，又进寇临海，被东晋临海太守辛景打得大败。这次再无好运，晋军追得孙恩上天无路，入地天门，惶急之下，这位邪教头子投海而死。
邪教洗脑真厉害，徒众们又觉得孙恩是入水成仙。随他自杀的徒党妓妾竟有数百人。剩余贼众千余人，复推孙恩妹夫卢循为主，遁逃而去。桓玄高兴之余，又觉卢循是大族出身（其曾祖是晋朝司空从事中郎卢湛），就封卢循为永嘉太守。卢循不理会，很快就又兴兵攻打邻近州郡，桓玄只得令刘裕去征讨，打得卢循连连败北，乘船逃往岭南，驱逐了当地的东晋广州刺史，占领了广州。至此，暂时按下此人不表。