体能结束后，接下来将要对这些被挑选出来的佼佼者采用最好的、最有效的方式进行广泛的准军事训练（如射击和自由跳伞），时间一般要长达三个月之久。准军事训练合格者再进行语言学习和技术训练。在此基础上还要增加大量的特种部队训练项目。在提高作战能力方面，则注重基础训练。
特种部队队员首先要在训练中心学会擒拿格斗、地图识别和战场通信联络等基本技术。擒拿格斗训练，主要是让学员掌握接近和打倒敌人的技能，以及对付敌人警卫和捕捉、绑架、俘虏的技能，包括在徒手或持枪的情况下，同敌人遭遇时的处置办法。识图训练是使学员掌握在作战过程中了解环境的能力，包括使用指南针、凭借地貌辨认地形、方位。通信训练的目的是使学员熟练掌握各种通信工具，在作战中能够在本部之外，地面与空中之间保持联系，甚至能与己方的通信卫星随时沟通。此外，他们还必须学会在行进的坦克间穿行，在开伞高度低，着陆精度高的要求下进行空降训练。
对于“阿尔法”部队的每一位成员而言，射击则是“小菜一碟”。这是他们赖以存身的基本功和拿手戏，当然也是经常训练的重头项目。谁都清楚，百步穿杨的枪法是每一个成员都必须练就的绝技，但绝非一朝一夕之功。“阿尔法”别动队的训练主题是射击，训练结束后，每个队员都要成为弹无虚发的神枪手。特种部队狙击手训练射击，每人每天要消耗200～300发子弹。几年下来，数十万发子弹练就了他们百步穿杨的本领，颗颗弹头都会嵌进恐怖分子的脑壳或心脏。阿尔法别动队每月进行一次技能考核，以巩固和掌握各种实战技能，未能达标者限期赶上，否则一律除名。我们从其射击训练就可看出其训练的强度。
此外，对于特种作战部队队员来说，野外生存训练也必不可少。生存训练主要包括适应性训练、求生训练、自救和防病训练及素质训练。特种作战部队执行特殊的作战任务，大多数情况下是在敌后作战或孤军奋战，不能得到自己人的连续支援，并在极度缺少食品的环境中完成任务的。在生存训练中，受训练的队员经常被置于深山老林、荒原大漠之中，暴露于烈日酷暑、冰天雪地之下，以锻炼其在断水断粮、孤立无援的环境中，利用当地资源生存的能力。
队员要掌握的生存技能包括：熟悉兽、鸟、虫等的捕捉和野外烹调方法，能够辨别食用植物、药用植物、有毒植物，懂得饮水净水法、取火要领，以及使用帐篷或就地取材构筑防水、保温、防虫设施的方法。在恶劣的环境中作战，经常会有人员伤亡和疾病发生。因此，特种作战部队队员生存训练的内容还包括外伤、骨折的简单治疗，发烧、中暑、中毒、冻伤的紧急处置，对溺水者如何进行人工呼吸，以及在恶劣条件下运送伤病员的方法等。同时，生存训练更能使特种作战队员培养出坚强的毅力和自制能力。
心理训练
一名合格的士兵不一定能成为一名合格的特种作战队员。一名合格的士兵与一名合格的特种兵之间的差异，首先是心理特征上的差异，而心理差异反过来又影响其他方面的能力。良好的心理素质是对特种作战部队队员的基本要求之一。因此，心理训练极为重要。这一切的训练，目的除了帮助每一位成员具备基本的战斗素质外，还有另一项重要的宗旨，这就是培养小组成员为他人勇于自我牺牲的精神。
特种作战部队的官兵通常是以单兵、小组或小部队的形式独立作战。由于任务特殊，环境艰苦，危险性高，作战中队员们经常遇到难以预料的困难和复杂的局面。因此，具有临危不惧、处乱不惊的心理素质，是完成任务的重要保证。同时，在训练中，“阿尔法”部队还刻意培养每—位成员独立行动的能力，这就是“阿尔法”部队的基本原则之一，即每一个成员都能够以必要的方式去独立完成所受领的艰巨任务。
训练的方法之一便是让队员在十分险恶的环境中完成任务，克服恐惧心理。“阿尔法”部队每月都要对其成员进行一次检查，对他们的能力状况做出客观评价。如果未能达到训练要求，则难以逃脱被除名的厄运。当然，对于每一位入选者来说，这种情况很少发生。他们全都明白自己肩负的重担，以及每一滴汗水与未来流血牺牲的联系。另外，别动队的每名队员都要学习犯罪心理学，实施谈判和心理战方面的训练。
特种技能训练
“阿尔法”特种部队突击队员还要掌握各种轻武器和冷兵器的使用方法。每个突击队员都必须学会驾驶汽车、装甲运输车、步兵战车，还要学会跳伞、格斗、暗杀、破坏、生存、侦察、攀登、救护、审讯、隐蔽等技能。每个突击队员还要具备携带轻兵器在水下执行作战任务的本领。经过长期的严格训练，“阿尔法”特种部队突击队员都成为技能超群的职业军人。同时，“阿尔法”队员不仅要熟练掌握己方的武器装备性能及使用，还要了解敌方武器装备的性能及使用，以备在行动中可以取敌用为己所用。
此外，合成训练也是“阿尔法”队员训练的科目之一。特种作战部队的作战小组是执行任务的基本单位。作战小组的组成主要是考虑非常规作战任务的需要，一般将作战、情报、武器、工程、医疗及通信等专业人员编在一起，以便作战中相互协调、相互支援、相互补充。要在作战中充分发挥整体威力，需要进行艰苦的分组合成训练。这要求特种部队作战队员在作战中至少要能承担两项以上的任务。因此，队员不仅要熟悉自己的专业，而且要进行交叉训练，以便作战中有人员伤亡时，能够相互替补，继续完成任务。特种作战部队作战小组的组成非常灵活，主要根据任务而定，这也要求特种部队作战队员要掌握广泛的知识和技能。