这一新鲜事很快传到临邛，卓王孙听到后羞得无地自容。他认为女儿在成都卖酒使他丢尽脸面。就在此时，卓文君的哥哥对父亲说："爹爹，妹妹在成都卖酒也是为生活所迫。她背父招亲虽有违礼俗，但是木已成舟，我们不如顺水推舟，成全他们。再说相如才华出众，是难得的人才，将来必有飞黄腾达的时候。而且他又是王县令的好友，不看僧面看佛面，希望爹爹原谅他们，让他们回来。"
卓王孙觉得儿子说的话很有道理，转念一想，自己在处理女儿的婚事上确有不当之处，要不是他不准女儿改嫁，女儿也不会私奔。所以，他听了儿子的劝告，立即派人给卓文君送去了一百名家仆和两百两银子。
司马相如和卓文君有了这笔钱，就在成都买房置屋，雇工经商，扩大经营。从此，他们不再为生活操心，司马相如可以安心做学问，卓文君也过上了富裕的日子。
公元前140年，汉景帝死，汉武帝登基。有一天汉武帝偶然读到司马相如的《子虚赋》，读后惊叹不已。立即问身边的杨得意："此赋是何人所作？"
杨得意说是司马相如。武帝立刻下召招司马相如入京。
司如相如接旨后要马上出发。临行那天卓文君正好生病卧床不起。她含着热泪做了一首赋说：
凄凄重凄凄，凤凰各东西。愿得一心人，白首不相离。
司马相如懂得她的担心，也赋诗一首说：
既承相契，错受知音当炉苦依，便教新显贵，怎把旧盟违。
两人依依不舍，司马相如一步三回首出了门，青囊早已准备好行李和马匹等在门外。司马相如再三叮咛孤红，好好照顾文君，然后才跟随钦差去京。
司马相如入京后，汉武帝常要他写赋。他写的《上林赋》和《大人赋》特别受汉武帝的称赞。所以，汉武帝封他为"著作郎"。
夜郎将唐蒙，在封地犍为横行霸道，欺压百姓。百姓上奏朝廷，汉武帝封司马相如为中郎将，领兵回巴蜀调查情况，捉拿唐蒙回京受审。司马相如去犍为路过临邛，他的好朋友王吉善带着大队人马出城门迎接，场面十分壮观，使司马相如在临邛威风大振。卓王孙立即派快马去成都接文君。怎奈交通不便，等了一日文君仍未回到临邛。司马相如怕不能按时到达犍为受朝廷处罚，没有等卓文君回临邛就恋恋不舍地与好友王吉善告别走了。临行时他给岳父说："我一旦抓住唐蒙，就回来与文君相聚。"为了讨好女婿，卓王孙立即当众宣布："女婿和儿子一样享有我家庭财产的继承权，我要分一半家产给他。"
话说唐蒙听到皇上派司马如相如去调查他，就派人去贿赂司马相如，希望司马相如为他隐瞒罪证，让皇上放他一马。司马相如正言厉色痛斥唐蒙，使唐蒙对他恨入骨髓。唐蒙改变策略，派心腹潜入京城散播谣言说："司马相如故意拖延时间，延误军机，贪污受贿，勾结土匪，图谋不轨。"
司马相如在京中的朋友听到谣传后，迅速派人通知司马相如。司马相如立刻派青囊去成都与临邛调查谣言的来源。
青囊还未调查出结果，朝廷已听信谣言，秘密派人进蜀，抓司马相如回京受审。幸亏青囊不在司马相如身边，才没有同时被逮捕。
司马相如被捕后，唐蒙又派人到临邛和成都散布谣言说："司马相如被判处腐刑，关押在京城......"卓文君听到这些谣言以后悲痛万分。她虽然知道丈夫不可能犯罪，但是谣言重复千遍也会变成"真理"，容不得人不信。所以，她成天只能以泪洗面，茶饭不思。幸亏有孤红多方劝解与照顾，才使她挺了过来。
卓王孙听到女婿丢官，又产生出毁婚念头。他一方面骗女儿说："我已经打听到相如已战死沙场，再也回不来了，望女儿节哀顺变，另做打算。"另一方面又传书给在成都的青囊说："文君因过度悲痛而亡。"过了几个月，他又托人给文君说媒，要文君改嫁给田太尉。文君誓死不改嫁，卓王孙逼之过急，她只好带着孤红去峨眉山戴发修行。
司马相如蒙冤下狱以后，日夜思念卓文君。但是千山万水，交通阻隔，人在狱中连通一封信都不可能。所以，只好朝思夜念，梦魂缭绕，期盼早日平反昭雪与文君重聚，共诉衷肠。
公道自在人心，好人终有好报。司马相如在狱中煎熬时，好友王吉善却官场得意，升为廷尉，调到京城。王吉善将司马相如的冤案报到刑部，刑部搜集证据，证明司马相如是被唐蒙刻意陷害。汉武帝知道后，立即下旨放司马相如出狱，而且官复原职。
司马相如出狱后听说文君为思念他而死，悲痛万分，成天用酒麻醉自己。
在司马相如情感最空虚的时候，一个出身茂陵漂泊到京城的女子主动去关心他。两人一拍即合，司马相如想纳她为妾。
司马相如没有死，而且已平反昭雪，官复原职的消息很快传回巴蜀。卓文君听说后十分兴奋。当她正要下峨眉山去京城找司马相如时，又传来司马相如纳妾的消息。卓文君十分生气，提笔写了四首《白头吟》，表示要与司马相如彻底断绝夫妻关系。诗曰：
皑如山上雪，皎若云间月。闻君有两意，故来相决绝。
今日斗酒会，明日沟头水。躞蹀御沟上，沟水东西流。
凄凄重凄凄，嫁娶不须啼。愿得一心人，白首不相离。
竹竿何袅袅，鱼尾何簁簁。男儿重义气，何用钱刀为。
她要孤红将《白头吟》送到京城，亲自交给司马相如。
青囊打听到卓文君未死，尚在峨眉山修行，费尽千辛万苦赶到峨眉山。他见到卓文君后，才知道司马相如已经洗刷冤屈，官复原职。但他听说主人背信弃义，抛弃糟糠之妻以后也十分气愤。他要求卓文君让他去京城说服司马相如，要他回心转意。文君见他一片忠心，同意他去，又写了两首赋，让他带给司马相如。
第一首是：
春华竟芳，五色凌素。琴尚在御，而新声伐故。锦水有鸳，汉宫有水。彼物而亲，嗟世之人兮，瞀于谣而不悟！
第二首是：
朱弦断，明镜缺；朝露晞，芳时歇；白头吟，伤离别，努力加餐勿忘妾。锦水汤汤，与君长诀。
司马相如看了赋以后才知道文君尚在人间，感到十分惭愧。从此他打消了纳妾的念头。
陈皇后失宠以后，一心想挽回汉武帝的欢心。她知道汉武帝最爱歌赋，就要求司马相如给他作赋，然后她把那些赋拿去打动汉武帝。果然陈皇后重新得宠。陈皇后得宠以后为了报答司马相如，经常在汉武帝面前保谏司马相如，使司马相如的官越当越大。有了带家眷的能力，他就让青囊回成都接卓文君上京。
卓文君到京城后，将她们的爱情悲喜剧讲给陈皇后听了。汉武帝知道后，又要卓文君讲给他听。汉武帝听后十分感动，立即封卓文君为蜀郡夫人。青囊和孤红为主人的爱情呕心沥血，忠心耿耿，品德高尚，汉武帝封青囊爵百户，赏孤红牛酒。卓文君做主，将孤红嫁给了青囊。
晚年司马相如得了消渴病(糖尿病)，根据他的要求，卓文君送他回老家茂陵，并一直陪伴在他身边。公元前117年司马相如与世长辞。
司马相如死后，卓文君做了一篇长长的赋祭。其文如下：
嗟嗟夫子兮，擅通儒。少好学兮，综群书。纵横剑技兮，英敏有誉。尚慕往哲兮，更名相如。落泊远游兮，赋《子虚》。毕尔壮志兮，驷马高车。忆初好兮，雍容孔都。怜才仰德兮，琴心两娱。永托为妃兮，不耻当炉。平生浅促兮，命也难扶。长夜思君兮，形影孤。步中庭兮，霜草枯。雁鸣哀哀兮，吾将安如。仰天太息兮，抑郁不舒。诉此凄恻兮，畴忍听余。泉穴可从兮，愿捐其躯。
这篇赋祭不仅甚赞了司马相如的才华，回顾了他们相知相爱的原因和人生挫折，而且写出了卓文君对司马相如的无限怀念与悲痛。
人们为了纪念卓文君与司马相如，将邛崃卓家原用的水井命名为"文君井"，在成都西通惠门建设了一条仿汉代建筑的文君街。
（史料出自《史记》、《古今情海》、《西京杂记》、《琴心记》等处。）