这是一个静谧而晴朗的夜晚，月光如水。男孩辗转反侧睡不着，他离家已经三个星期了，而今天晚上正好是复活节前夜。
“今天晚上所有的巫婆都要从蓝魔山上出来，骑着扫烟囱的扫帚回到家里来。”他想着，自顾地笑起来。这时候，他看见有一只像是鹳()鸟的大飞鸟洒脱地飞在月亮前面，仿佛是从月亮中飞出来的一样，美得就像一幅画。片刻，那只鸟居然飞落在男孩身边，他一看，竟然是早就认识的住在格里敏大楼里的埃尔曼里奇先生，顿时喜出望外。他们像老朋友重逢一样聊个没完，无话不谈。鹳鸟又带着男孩出去兜风，不一会儿他们降落在一处荒无人烟的海滩上，埃尔曼里奇先生站到一个沙丘上，就蜷起身子开始休息，他让男孩自己去玩，但警告他不能跑远了。
他刚迈出一两步路，就踩着了一枚残破不堪的小铜钱，便一脚把它踢开。可就在他直起身来的时候，他被惊呆了。在离他两步开外的地方，赫然矗立起一座黑黢()黢的城墙，城门洞旁边还有碉楼，而刚才这里还是一片波光潋滟()的大海。他知道一定是有什么妖怪在作祟，但他没有感到害怕，心里反而还充满了好奇，于是迈开步子向城门走去。
卫兵蹲坐在那里掷骰子，他毫不费力地就通过了岗哨。
他来到一处广场，地面上镶着大石板，四周高大而漂亮的房屋鳞次栉比，广场上人流如织，熙熙攘攘。男人们个个都是服饰精美，俨然国王公侯，女人们穿戴也很讲究，但是远不及男人们那样华美。
这座城市本身就充满魅力，每幢房屋都有一堵山墙临街，山墙上还布满了彩画浮雕。他穿过了一条又一条狭长的街道，这里到处都是人。街上店铺林立，老太婆们只用一个纺锤在家门口纺线，手工艺匠人都在热火朝天地忙乎着。他又来到了另一个城门，看到了许多老式船只，有些船正靠岸装卸，还有一些正在抛锚。搬运夫和商人摩肩接踵，到处都是繁忙热闹的景象。
但是他知道不能耽搁太久，又赶紧朝城中心跑去。他来到了市中心广场，大教堂的三个钟楼高耸云端，门洞里各式塑像排列成行，一派金碧辉煌的景象。小店铺门前站满了顾客，商人们在兜售绫罗绸缎、嵌金线的织物和天鹅绒。
在此以前，男孩疾步奔跑的时候，街上没有人注意到他。他从别人身边一掠而过时，人们还以为是一只灰色小老鼠哩。但是，他此刻慢慢地沿着街走的时候，有个商人一眼就看到了他，便向他招起手来，还向他展示了一块非常好看的锦缎。这时，几乎所有的商人都看见了他，他们都抛下其他的顾客向他走来，并带上最上乘的商品几乎哭着请求他购买，要价很低，就一个铜钱而已。男孩看了看这些精致的商品，想起了海滩上的那枚铜钱，便飞奔过去想捡起来。可是就在他捡起铜钱准备回城的时候，城市突然消失不见了，只剩下大海而已。
他想着这么美丽繁华的城市居然不见了，不禁伤心起来。这时，埃尔曼里奇先生醒了过来，走到男孩身边，告诉了他关于这个城市的秘密。从前这个海滩上曾经有一座名叫威尼塔的城市。那座城市极其富有，到处金碧辉煌。但是那里的居民，骄横奢侈()无所不为，便遭到了上帝的惩罚：在一次海啸中这个城市被大水淹没并且沉入了海底。城里的居民并没有死去，整个城市也完好如初。但是要每隔一百年，这个城市才能在某个夜晚从海底浮出水面，把旧日繁华风貌展现在陆地上，在地面上停留的时间只不过一个小时。“一小时之内，如果城里没有一个商人能够把随便什么东西卖给一个活生生的人的话，这座城市就会重新陷入海底。大拇指儿，你身边只要有一枚很小很小的铜钱付给商人，威尼塔城就会在这里的海岸上一直保留下去。那个城市里的居民也可以像其他的人一样有生有死啦。”
男孩听了以后心里非常难过，为自己没能拯救这座城市而黯然神伤。
复活节第二天的下午，大雁们和大拇指儿又继续飞行，他们来到了果特兰岛上空。这个岛屿很大，和斯康耐一样平坦，岛上有许多教堂和农庄，不同之处是这里耕地之间杂有更多放牧的草场。
大雁们绕道来到果特兰岛上空，其实完全是为了大拇指儿。男孩还在为没能拯救那座美丽的城市而深深自责，无论大家怎么劝都不管用。就在这时，老卡克西回来了。她被狂风卷到了果特兰岛上，好不容易才找到自己的旅伴。卡克西听说大拇指儿的事情后，决定带男孩到她昨天见过的那个地方，希望能安慰他。
于是大雁们告别了绵羊，动身前往卡克西要给大拇指儿看的那个地方。他从鹅背上往下看整个岛，看到了也像小卡尔斯岛那样的一块又高又陡峭但是要大很多的岩石。
他们在果特兰岛的那个下午，天气晴朗，风平浪静。很长一段时间里，他一直骑在鹅背上往下看。他无意中抬起头来朝前一瞧，发现大雁们已经飞过了岛的腹地，正朝西海岸飞行。他的面前又展现出碧波万顷的大海和一座矗立在海滩上的城市，同他在复活节前夜所见到的那座同样的气派非凡。
当他再次来到这座城市的上空，他这才看清原来它同那座海底城市又不尽相同。看得出这座城市也有过昔日的显赫，然而，现在却是四壁残垣()，空空荡荡。看到了这座城市以后，他再也不愿为此而烦恼了。即便他曾经一睹风采的那座城市没有沉入海底，说不定过了多少年之后也会变得同眼前这座城市一样衰败。与其这样，还不如风采依旧、完好无缺地深藏在海底。自此之后，男孩就不再为那件事黯()然神伤了。
大雁们顺利地飞过大海，发现春天已经来了。阿卡说，第二天早晨必须起程向北飞行，到东耶特兰省去。
在索耐尔布县与哈兰德省交界的地方，有一片辽阔的沙质荒地，面积很大，一望无际。雁群们在这里发现了一座没有主人的废弃小屋。这里还住着一大群乌鸦，由一只名叫黑旋风的凶猛乌鸦掌权，另外这里还有一只出身名门、强壮但迟钝的叫做迟钝儿的备受压迫的雄乌鸦。
一天下午，黑旋风和另外几只乌鸦飞进了荒漠一角的一个坑里，发现了一个用木钩子锁着的大瓦罐。他们想尽办法想撬()开盖子，却没有成功。
这时狐狸出现了，他摇了摇罐子听了听声音，告诉乌鸦里面是银币，并出主意让乌鸦去找来大拇指儿帮他们打开罐子，打开后银币给乌鸦，但是大拇指儿要交给狐狸。
乌鸦答应了狐狸的要求，马上出去找大拇指儿。
这天早晨天刚破晓，大雁们在小岛的水中吃了东西后便准备飞往东耶特兰。尼尔斯也在四下张望，希望能找到可以充饥的食物，正好被乌鸦逮了个正着。起初他觉得自己可以应付就没有呼救，结果很快就被这群凶猛的鸟儿劫持到了一块杉树林里。这时他听到大雁们在呼唤自己的名字，但迫于乌鸦的威胁他不敢做声。